本发明提供一种杂多酸催化剂及其制备方法以及在环己烷氧化制己二酸中的应用,所述杂多酸催化剂的结构如下:Q-(a)H-(b)XM-(c)D-(d)O-(e),其中M是中心金属原子,选自钼、钨或钒;D是掺杂金属原子,选自钴、铜、铁、镍、锰、钼、钒、铌、钽或铈;Q是季铵盐阳离子部分,用[R-(1)R-(2)R-(3)R-(4)N~(+)]表示,其中R-(1)、R-(2)、R-(3)、R-(4)是H-、直链或支链的烷基、环烷基或苄基;X是杂原子,选自硼、硅、锗、磷或砷;1≤a≤7,0≤b≤5,6≤c≤12,1≤d≤6,e=39或40;本发明利用杂多酸催化剂提高了环己烷单程转化率、降低了环己烷循环量,能够降低硝酸消耗、减少三废、取消了纯碱消耗、降低能耗、简化工艺过程,提高己二酸收率。