本发明提供一种超纯水器纯化柱再生处理方法。所述超纯水器纯化柱再生处理方法包括以下步骤:S1、取出:(1).将纯化柱内的阴阳离子交换树脂全部取出,放到阳塔中进行漂洗;S2、清洗:(1).阳离子交换树脂:先用清水对阳离子交换树脂进行冲洗,然后用4-5%的HC1和NaOH在阳塔中依次交替浸泡2-4h,在酸碱之间用大量清水淋洗至出水接近中性,如此重复2-3次,每次酸碱用量为树脂体积的2倍,最后一次处理应用4-5%的HC1溶液进行,放尽酸液,用清水淋洗至中性即可。本发明提供的超纯水器纯化柱再生处理方法可以避免对纯化柱进行拆除,加强再生效果,使其既可以反洗,也能彻底正洗,从而可以达到降低工作量,减少污染的优点。