本发明公开了一种面向弱刚性钻削的数字孪生控制方法及系统。该方法包括:采集加工过程中的多维时序数据;对所述时序数据按照加工进度进行切分;对切分后的数据进行时频域分析,提取特征值;将所述特征值输入至机理模型,得到毛刺状态参数;根据所述毛刺状态参数、当前加工工艺参数以及剩余加工进度预测毛刺高度;构建决策信息库;所述决策信息库中包括不同加工场景下抑制毛刺的最优加工工艺参数;当毛刺预测高度超过毛刺高度阈值时,从所述决策信息库中选取最优加工工艺参数进行反馈。本发明利用数字孪生的虚拟模型和实时的虚实交互特点来实现弱刚性钻削领域的毛刺控制。