本发明提供一种利用工业磷肥副产物氟硅酸合成SAPO-34分子筛的方法及其应用,属于资源综合利用技术领域。包括以下步骤：1)将磷源、铝源加入到水中,搅拌后加入三乙胺,得到溶液I；2)将工业氟硅酸、三乙胺混合得到溶液II,并将溶液II加入到所述溶液I中得到前驱液,所述前驱液中物质的摩尔比为Al2O3：SiO2：P2O5：H2O：TEA=1:0.3-0.6:1-1.1:70-90：3.2-9.5；3)将前驱液进行水热晶化得到SAPO-34分子筛前体；4)将SAPO-34分子筛前体进行焙烧,得到微孔的SAPO-34分子筛。一种基于前文所述的SAPO-34分子筛的应用,将所述SAPO-34分子筛装入层析柱,加入粗磷酸,减压抽滤,进行粗磷酸的脱氟。本发明所制得的SAPO-34分子筛晶粒大,结晶度高,纯度好,杂相更少,能将含氟6g/L粗磷酸脱氟65%以上,分子筛氟吸附容量可达350mg/g。