本发明公开了一种CRISPR/Cpf1基因编辑系统及其构建方法和在赤霉菌中的应用,该系统为骨架质粒pCpf1Ff-DR,包括Fncpf1基因、功能性crRNA基因、启动子pGPD、启动子pTRPC、强RNA聚合酶III型启动子5srRNA、潮霉素筛选标记hph。本发明系统效率高、通用性强、易于操作而被迅速应用于丝状真菌赤霉菌中,通过该基因编辑系统可用于赤霉菌中实现长达17kb的比卡菌素基因簇的敲除。本发明首次在赤霉菌中实现大片段基因敲除,且首次发现比卡菌素基因簇敲除有利于提高赤霉素产量,该方法有望进一步用于改造赤霉素工业菌,缩短菌株升级的时间,为提高赤霉素产量、增加经济效益提供了强有力保障。