本发明公开了一种应用于铁路废旧钢轨修复的多自由度多孔钻方法,包括以下步骤：设备预调整：根据加工需要设置万向节钻杆组件数量,通过液压控制调整万向节钻杆组件和导向装置的高度,调整多个锥柄麻花钻的间距,调整多个导向圈的间距,导向圈和锥柄麻花钻处于同一水平位置,锥柄麻花钻穿过导向圈与所述变径套间隙配合；钢轨运输至对应位置通过限位装置固定；打开电机,通过动力箱系统带动所述万向节钻杆组件旋转；进给油缸系统控制所述万向节钻杆组件进给实现钻孔。本发明在保证钻孔精度前提下,能够满足不同规格铁路废旧钢轨多孔同时钻削,从而解决了以往单孔依次钻削效率低、平行度无法保证的难题,提高了铁路废旧钢轨钻孔效率和自动化程度。