色谱仪制备系统包括：试样注入部(10),向流动相流动的分离流路(8)中注入试样；分离柱(12),设置于所述分离流路(8)上,用于将注入至所述分离流路(8)中的试样按成分分离；检测器(14),设置于所述分离流路(8)上的所述分离柱(12)的下游,用于检测经所述分离柱(12)分离的试样成分；捕集部(18；18’),具有多个捕集容器(22)及切换机构(20；30；32),所述多个捕集容器(22)用于捕集来自所述分离柱(12)的洗脱液的一部分,所述切换机构(20；30；32)构成为能将所述分离流路(8)的下游端与所述捕集容器(22)中的任一个选择性地连接；捕集设定部(26),构成为使用预先获取的试样的色谱图,设定来自所述分离柱(12)的洗脱液中应捕集至所述捕集容器(22)的各个中的部分,且构成为能将来自所述分离柱(12)的洗脱液中包含试样成分的部分及来自所述分离柱(12)的洗脱液中在所述色谱图上相互相邻的两个试样成分之间的部分设定为所述应捕集的部分；及控制部(28),构成为对所述捕集部(18；18’)的所述切换机构(20；30；32)的运行进行控制,将由所述捕集设定部(26)设定的所述应捕集的部分捕集至规定的所述捕集容器(22)中。