本发明涉及燃料电池系统。燃料电池系统(10)的辅助设备壳体(26)的外部的反应气体流路部件(124)与壳体贯通孔(120)连接。在辅助设备壳体(26)与反应气体流路部件(124)之间,在壳体贯通孔(120)的径向排列设置包围壳体贯通孔(120)的多个流路密封构件(138)。反应气体流路部件(124)的相向面(124a)面对辅助设备壳体(26)的壳体贯通孔(120)的周缘部(26b)。流路密封构件(138)具有与相向面(124a)抵接的内侧密封构件(138a)以及其径向外侧的外侧密封构件(138b)。在内侧密封构件(138a)与外侧密封构件(138b)之间,设置与辅助设备壳体(26)的内部空间(26a)连通的连结流路(144)。