本发明提供一种使用氨气为燃料的固体氧化物燃料电池与质子交换膜燃料电池混合系统。本发明包括固体氧化物电池堆模块(SOFC),质子膜电池模块(PEMFC),重整氨气模块,控制模块,用电模块,氨气重整模块将氨气裂解为氮气和氢气,并将其供给固体氧化物电池模块,然后剩余的氢气再供给给质子膜电池模块,其过程通过控制模块来调节,用电模块来消耗产生的电能。本发明可以把固体氧化物电池与质子交换膜电池结合起来,最大化两种燃料电池的优势,解决了碳排放问题。该设计方案可以更高效的利用SOFC与PEMFC的各自优势,充分利用SOFC的余热来高效重整氨气,提高氨气转化为氢气的能量转化效率,并且可以利用PEMFC的高体积能量密度,来提高发电系统的综合能量密度。