本发明公开了零差相干激光通信系统中多普勒频移的补偿方法,涉及空间激光通信零差相干探测技术领域,包括以下步骤:S1,当发生多普勒频移漂移时,将信号光和本振光进行处理得到中低频的漂移频差量信号;S2,通过现场可编程门阵列将中低频的漂移频差量信号转换为数模输出量,将处理后的数模输出量输入至本振激光器中控制其压电陶瓷柱伸缩实现移频;S3,压电陶瓷柱移频范围位于移频极限区间时,现场可编程门阵列通过解耦切换控制通信模块改变本振激光器的温度开启温度移频,减小高精度数模转换器的输入量,将压电陶瓷柱移频量由温度移频量替代,将压电陶瓷柱反向拉回,增加压电陶瓷柱的补偿范围,重复步骤S2,直到完成漂移频差量补偿。