本发明提供一种3D显示系统及其显示方法。3D显示系统包括显示装置和3D眼镜,显示装置包括均匀分布的多个第一微发光二极管、多个第二微发光二极管以及多个第三微发光二极管;3D眼镜包括第一镜片和第二镜片,第一镜片的颜色与第一微发光二极管的出光颜色一致;其中,第一微发光二极管与第二微发光二极管交替工作,当第二镜片的颜色与第二微发光二极管的出光颜色一致时,第三微发光二极管不工作,当第二镜片的颜色与第二微发光二极管和第三微发光二极管的混合出光颜色一致时,第三微发光二极管与第二微发光二极管同时工作。本发明在不降低显示屏分辨率的基础上实现色差式3D和快门式3D的结合使用,提高用户的3D体验效果。