本发明属于海上风电基础技术领域,公开了一种海上风电多筒导管架基础自动控制系统,包括设置在多筒导管架基础上的监测模块和设置在运输安装船上的采集模块、数据处理模块、控制模块；监测模块包括陀螺仪、测深仪、倾角仪、压力计；陀螺仪、测深仪、倾角仪、压力计均与采集模块信号连接,采集模块与数据处理模块信号连接,数据处理模块与控制模块信号连接,控制模块与气泵、水泵和电控阀门信号连接,气泵、水泵和电控阀门与采集模块信号连接；数据处理模块配置有气浮运输模式和安装沉放模式。本发明能够提高施工过程的精度和可控性,降低对多筒导管架施工指挥人要求,实现施工过程自动化控制,降低施工风险。