本发明提供了一种测量微型水生生物鲜重的方法、微型装置和应用,该方法包括:(1)天平垫称量纸去皮调零;(2)取出滤网在下面垫有机滤膜;(3)剪掉枪头尖头,用移液枪吸入大型溞转移到滤网中心,吸入大型溞随带的水会被垫付在滤网下面的滤膜吸出,达到大型溞溞体和水分的分离;(4)取完所有大型溞,用滤膜析出溞体周围剩余水分后,称量截留大型溞的筛网质量;(5)把大型溞倒入水体中,称量此时滤网质量,差值即为大型溞鲜重。本发明缓解测量鲜重时大型溞和周围水分分离过程中面临物理损伤、耗时长,不易重复操作的问题,能快速高效测量微小型水生动物鲜重,为评价其相关毒性效应的毒性指标提供数据支撑。