本发明公开了一种安全内核芯片,包括安全SPU和加密协处理器,采用自动加载随机噪声的指令体系,抗逻辑分析和DPA探测,通过扰乱加密总线对指令和数据做保护。所述安全SPU包括唯一编号、独立内存、程序存储器、数据存储器和控制加密协处理器及总线的接口,安全SPU启动程序根据加密逻辑和认证公钥,调用加密运算组件,能有效控制应用程序执行和安全更新,应用程序代码通过特定私钥签名,才能用安全SPU的指定公钥认证通过,安全SPU应用程序经过安全编译后,需要安全SPU处理才能正确执行,通过安全SPU的唯一编号或应用程序签名方的唯一编号能够计算认证用标识公钥,并保护数字签名,实现更安全的多应用。