本发明公开了面向高通量卫星的多信关站跳波束同步方法及系统。首先地面信关站组主要包括网络控制中心、主信关站和多个从信关站,每个信关站进行业务信号以及同步控制信号的产生。然后,跳波束卫星载荷中的前向链路转发器将每个信关站发送的业务信号和控制信号分离,其中业务信号送给后端的功率放大链路,同步控制信号送给跳波束控制器进行处理,跳波束控制器对多个信关站的同步控制信号进行解析和时间比对,提取从信关站与主信关站的时间误差,同时根据解析出来的跳波束控制指令对跳波束后端的开关链路进行控制。该方法波束跳变同步流程简单,同步时间快,星上处理简单可靠,且不依赖具体的业务通信体制。