本发明公开一种水性油墨过滤系统及过滤方法,涉及油墨制造技术领域,旨在解决目前的水性油墨过滤效率低成本高的问题,其技术方案要点是:包括过滤器、蠕动泵、压力计、进料管、出料管、墨水罐一和墨水罐二,所述过滤器包括设置有进液口、出液口的滤囊以及滤囊内的滤芯,所述进液口通过进液管连接墨水罐一,所述出液口通过出液管连接墨水罐二,所述压力计的测试端伸入滤囊的进液口内;过滤时,所述蠕动泵设置于进液管上,清洗滤芯时,所述蠕动泵设置于出液管上。本发明采用步进式蠕动泵加单滤囊及单滤芯,对使用后的滤芯浸泡及反循环冲洗,并能够对墨水进行稳定可靠地过滤,提高过滤后墨水质量稳定性。