本发明涉及分子生物学及遗传育种技术领域,具体涉及芝麻育性分子标记、分子标记引物、应用、高木酚素芝麻新品种选育方法。本发明提供的分子标记的不同基因型对应芝麻的确定育性,通过针对不同基因型设计特异性扩增引物,通过判断扩增片段的有无即可对芝麻的育性进行准确判断;本发明提供的选育方法,采用轮回选育的方式,在基础群体构建过程的中回交过程结合分子标记进行芝麻育性的辅助选择,与传统的在回交并自交的群体后代中再选择不育株进行回交或者直接连续回交的方法相比,能减少一半以上的时间或工作量,并且构建的基础群体使不育系亲本遗传成分在群体中的比例降至2%以下,提高了群体的遗传多样性。