本发明公开了19种樱桃品种特异性分子标记及其筛选方法和应用,包括下列步骤:(1)取叶片提取基因组DNA;(2)按照简化基因组测序技术Super-GBS方法构建文库,文库质检合格后上机测序;(3)对测序数据进行过滤后,使用GATK获得SNP位点,并对SNP进行过滤,以提高SNP的准确性;(4)根据每个品种的分型结果筛选19种樱桃品种中至少有一个品种与其他品种不同的位点;(5)根据上述筛选策略,筛选到3751个SNP位点,在这些SNP位点当中,根据每个位点能够区分品种的类别可以组合出几千组能够高效鉴别19种樱桃品种的SNP位点标记群;(6)基于这些位点标记开发出两种简便、快速、可靠鉴定19种樱桃品种的方法,为从源头准确控制樱桃品种奠定技术基础。