本发明公开了一种乡村河道多层式生态保护修复方法,其是在河道上设置一道以上的溢流坝；所述溢流坝包括设置在河床基底上的混凝土层,所述混凝土层的外侧设置有第一卵石层,所述混凝土层的顶部设置第二卵石层；所述第一卵石层的外侧设置有砂土层,所述砂土层的外侧设置有石质拱形构件并种植沉水性植物；在所述第二卵石层外围设置植生生态混凝土层,所述植生生态混凝土层种植挺水性植物；所述石质拱形构件和植生生态混凝土层上设置网格帘；接着在所述溢流坝的下游位置处并排设有一个以上的石笼和砾石层,所述砾石层上设置泥土层并种植沉水性植物。本发明在河床上设置生态河床挡水构件,逐步改善生态和生物多样性,提高乡村河道的生态保护修复效果。