本发明提供一种具有低温腐蚀自阻断功能的低温省煤器系统及运行方法,该系统包括低温省煤器、循环泵及再循环调门；低温省煤器的换热管的两端设有第一开口及第二开口,凝结水系统通过管路经由循环泵、低温省煤器逆流进口阀门与第一开口连通；第二开口通过管路经低温省煤器逆流出口阀门与凝结水系统连通；低温省煤器逆流进口阀门与循环泵及第一开口之间的管路上分别设有第一旁支管路和第二旁支管路,第一旁支管路经由低温省煤器顺流进口阀门与第二开口连通,第二旁支管路经由低温省煤器顺流出口阀门与凝结水系统连通；低温省煤器逆流出口阀门、低温省煤器顺流出口阀门与凝结水系统之间的管路上设有第三旁支管路,其经再循环调门与循环泵的入口连通。