本发明公开了一种基于ZYNQ芯片的FPGA加载方法,包括:上电启动时的上电自动加载和ZYNQ系统启动完成后的上位机控制加载;所述上电自动加载的过程为:设备上电启动时,FPGA的加载模式默认为主动加载,此时FPGA主动从Flash2读取文件,快速加载;所述上位机控制加载的过程为:ZYNQ系统运行起来后,自动运行控制守护进程,监听网络端口,响应上位机命令;上位机使用网口、串口等方式和ZYNQ系统建立通信,下发待更新的FPGA代码;ZYNQ系统接收数据,把数据存放在DDR3内存中,并对数据进行校验,将校验结果反馈给上位机;ZYNQ系统根据上位机的指令,确定设备更新方式。本发明提供的基于ZYNQ芯片的FPGA加载方法具有FPGA更新快速方便、设备中断工作时间短的特点。