胆管癌术后生存预测方法、试剂盒以及试剂盒的应用方法

文档序号:1903408 发布日期:2021-11-30 浏览:17次 >En<

阅读说明:本技术 胆管癌术后生存预测方法、试剂盒以及试剂盒的应用方法 (Bile duct cancer postoperative survival prediction method, kit and application method of kit ) 是由 刘苏来 林巍 宋颖辉 于 2021-09-05 设计创作,主要内容包括:本发明提供了胆管癌术后生存预测方法、试剂盒以及试剂盒的应用方法,涉及胆管癌技术领域,该方法包括以下步骤:获取患者术后切除病灶的胆管癌病例标本以及对应的三叶因子家族基因表达水平;其中,所述三叶因子家族基因表达水平为胆管癌术后生存预测预后指标;将所述三叶因子家族基因表达水平输入至胆管癌预后预测模型中,得到所述胆管癌预后预测模型输出的生存风险评分,本发明通过将TFF作为预测胆管癌患者术后预后的指标,基于获得的TFF基因表达水平,将TFF基因表达水平输入至该方法构建的胆管癌预后预测模型中,得到对应的生存风险评分,可以有效地预测胆管癌患者的生存情况。(The invention provides a bile duct cancer postoperative survival prediction method, a kit and an application method of the kit, relating to the technical field of bile duct cancer, wherein the method comprises the following steps: obtaining a bile duct cancer case specimen of a postoperative excision focus of a patient and a corresponding trefoil factor family gene expression level; wherein the trefoil factor family gene expression level is a prediction and prognosis index for the postoperative survival of the bile duct cancer; the TFF is used as an index for predicting the postoperative prognosis of the patient with the bile duct cancer, and the TFF gene expression level is input into the bile duct cancer prognosis prediction model constructed by the method based on the obtained TFF gene expression level to obtain the corresponding survival risk score, so that the survival condition of the patient with the bile duct cancer can be effectively predicted.)

胆管癌术后生存预测方法、试剂盒以及试剂盒的应用方法

技术领域

本发明涉及胆管癌技术领域,尤其涉及胆管癌术后生存预测方法、试剂盒以及试剂盒的应用方法。

背景技术

胆管癌(cholangiocarcinoma,CCA)是起源于胆管上皮细胞的高度侵袭性的恶性肿瘤,其全球发生率,尤其是在亚洲国家中呈逐年上升趋势,5年生存率不足5%。胆管癌早期发病隐匿,常无明显的临床表现,明确诊断时已至中晚期。尽管目前已有手术、放疗、化疗等临床治疗手段,但是胆管癌患者的预后仍很差。随着对CCA分子水平的深入研究,发现了一些关键调节子如抑癌基因p53、p16、BAP1、DPC4/SMAD4,其他如ARID1A、ARID1B、BAP1、PBRM1、TP53、STK11和PTEN;原癌基因Ras家族、c-erbB-2、C-ROS 癌基因1、IDH1/IDH2,其他如KRAS、BRAF和PIK3CA等,这些调节因子可能成为治疗靶点。此外,目前临床常用的靶向药物主要以EGFR、VEGFR、PDE-FR、BRAF、MEK、mTOR、LI- 6、COX- 2等为作用靶点。由于由于CCA癌的发生、发展涉及多个基因的突变或者多个信号通路的相互作用,上述基因多只能作为CCA发生发展的参考,对疾病预后的判断作用是十分有限的。

三叶因子家族(Trefoil factor family,TFF)已被研究具有促进上皮细胞迁移和抗凋亡特性,在多种肿瘤中被认为与肿瘤生物学特性高度相关,例如TFF3可作为肺癌血清学检测指标,非小细胞肺癌组织的TFF3高表达,与病理分级及淋巴结转移有相关性;在人甲状腺乳头状癌细胞系中,TFF3可能通过激活PI3K/Akt/NF-κB信号通路参与TPC-1细胞的增殖和凋亡,进而影响甲状腺乳头状癌细胞的发生和发展;对于结直肠癌的患者,其血清TFF3水平显著升高,且与CEA、CA19-9、TNM分期存在显著的相关性;在卵巢癌患者中,沉默TFF3基因可以降低卵巢癌SKOV3细胞的体外增殖及侵袭。而在CCA的相关研究中,并未有针对TFF家族与CCA疾病预后相关性及预后预测的研究。故CCA预后的有效预测方面仍有空缺。

综上,现有技术提供的基因标志物用于判断CCA手术后患者预后的优劣效果差,而且现有技术基因标志物选择相应的药物进行辅助治疗效果并不理想,不能达到对CCA患者的个体化治疗效果;TFF家族在多种肿瘤中被认为与肿瘤生物学特性高度相关,但未有研究将其用于CCA疾病预后的预测。

发明内容

有鉴于此,本发明提供胆管癌术后生存预测方法、试剂盒以及试剂盒的应用方法,用以解决现有技术中基因标志物用于判断CCA手术后患者预后的优劣效果差的缺陷,实现有效地预测胆管癌患者的生存情况,从而做出对患者最为有利的临床决策。

基于上述目的,本发明提供了一种胆管癌术后生存预测方法,包括以下步骤:

获取患者术后切除病灶的胆管癌病例标本以及对应的三叶因子家族基因表达水平;其中,所述三叶因子家族基因表达水平为胆管癌术后生存预测预后指标;

将所述三叶因子家族基因表达水平输入至胆管癌预后预测模型中,得到所述胆管癌预后预测模型输出的生存风险评分;其中,所述胆管癌预后预测模型是基于正常样本对应的三叶因子家族基因表达水平和胆管癌样本对应的三叶因子家族基因表达水平训练得到的。

可选的,所述胆管癌预后预测模型通过以下步骤训练得到:

获取所述正常样本和所述胆管癌样本;

获取所述正常样本对应的三叶因子家族基因表达水平和所述胆管癌样本对应的三叶因子家族基因表达水平;

将所述三叶因子家族基因表达水平作为训练使用的输入数据,得到用于生成所述胆管癌病例标本的所述生存风险评分的所述胆管癌预后预测模型。

可选的,所述三叶因子家族基因表达水平通过试剂盒检测得到,所述试剂盒内包含有三叶因子家族抗体以及三叶因子家族抗-抗体。

本发明还提供一种试剂盒,用于检测胆管癌测定标志物,所述试剂盒包括试剂盒一液和试剂盒二液,所述试剂盒一液内包含有三叶因子家族抗体,所述试剂盒二液内包含三叶因子家族抗-抗体。

可选的,所述三叶因子家族包括三叶因子1、三叶因子2和三叶因子3。

本发明还提供一种试剂盒的应用方法,包括以下步骤:

胆管癌病例标本离体,并对离体的胆管癌病例样本进行低温保护;

石蜡包埋离体的胆管癌病例样本的组织;

组织切片,并将包含有完整组织的载玻片置于40°C水体中;

捞出载玻片并放入37C°C温箱中烘干;

依次将烘干后的载玻片放入二甲苯-二甲苯-100%酒精-100%酒精-95%酒精-90%酒精-80%酒精-70%酒精试剂中进行脱蜡;

脱蜡后的载玻片在清水中冲洗一段时间,加入3% H2O2溶液浸泡10min,然后倒掉3%H2O2溶液,在清水中洗两次,再加入柠檬酸缓冲液,蒸煮3min,刚到沸腾即可,冷却至室温,然后再蒸煮一次,冷却至室温,使抗原的位点暴露;

倒掉柠檬酸缓冲液,清水中水洗2次以及磷酸盐缓冲盐溶液中洗2次,擦干组织周围的磷酸盐缓冲盐溶液,马上加上血清,然后放入37°C温箱中30min;

将载玻片取出,用吸水纸擦干血清,加试剂盒一液,于4°C冰箱中保存过夜;

将载玻片从冰箱中取出,放入磷酸盐缓冲盐溶液中洗3次,擦干组织周围的磷酸盐缓冲盐溶液后加上试剂盒二液,然后置于37°C温箱中30min;

将载玻片从温箱中取出, 放入磷酸盐缓冲盐溶液中洗3次,擦干组织周围的磷酸盐缓冲盐溶液后加上链霉亲和素-生物素复合物,然后置于37°C温箱中30min;

将片子从温箱中取出, 放入磷酸盐缓冲盐溶液中洗3次,擦干组织周围的磷酸盐缓冲盐溶液后加上显色剂。

将显色后载玻片子用清水冲洗一段时间后,浸泡于苏木精中进行复染染色;

将复染后的载玻片置于清水中水洗后,依次将载玻片放入70%酒精-80%酒精-90%酒精-95%酒精-100%酒精-100%酒精-二甲苯-二甲苯,最后浸泡在二甲苯中,搬到通风柜中;

用中性树胶滴在组织旁边,再用盖玻片盖上,封好的载玻片后置于通风柜中晾干。

可选的,所述切片的厚度为5µm。

可选的,所述依次将烘干后的载玻片放入二甲苯-二甲苯-100%酒精-100%酒精-95%酒精-90%酒精-80%酒精-70%酒精试剂中进行脱蜡步骤中,每种试剂中均放入10min。

可选的,所述将复染后的载玻片置于清水中水洗后,依次将载玻片放入70%酒精-80%酒精-90%酒精-95%酒精-100%酒精-100%酒精-二甲苯-二甲苯,最后浸泡在二甲苯中,搬到通风柜中步骤中,每种试剂中均放入2min。

可选的,每次清水中水洗以及每次磷酸盐缓冲盐溶液中洗均为5min。

从上面所述可以看出,本发明提供的胆管癌术后生存预测方法、试剂盒以及试剂盒的应用方法,通过将TFF作为预测胆管癌患者术后预后的指标,基于获得的TFF基因表达水平,将TFF基因表达水平输入至该方法构建的胆管癌预后预测模型中,得到对应的生存风险评分,可以有效地预测胆管癌患者的生存情况,从而做出对患者最为有利的临床决策。此外,TFF标志物在预测生存方面表现出良好的性能,并且可能是胆管癌患者生存预测的独立预后指标。

附图说明

为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案,下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。

图1为本发明胆管癌术后生存预测方法的流程示意图;

图2为本发明试剂盒应用方法的流程示意图;

图3为本发明试剂盒应用方法对121例CCA总样本进行实验后中TFF3阳性分布图;

图4为本发明试剂盒应用方法对121例CCA总病例总体生存曲线图;

图5为本发明试剂盒应用方法进行实验的对象为预测肝内胆管癌(IntrahepaticCholangiocarcinoma,ICC)样本中TFF3高表达例免疫组化的示意图;

图6为本发明试剂盒应用方法进行实验的对象为ICC样本中TFF3低表达例免疫组化的示意图;

图7为本发明试剂盒应用方法进行实验的对象为肝外胆管癌(Extrahepaticcholangiocarcinoma,ECC)样本中TFF3高表达例免疫组化的示意图;

图8为本发明试剂盒应用方法进行实验的对象为ECC样本中TFF3低表达例免疫组化的示意图;

图9为本发明试剂盒应用方法进行实验的对象为周围型肝内胆管癌(Peripheralintrahepatic cholangiocarcinoma,PCC)样本中TFF3高表达例免疫组化的示意图;

图10为本发明试剂盒应用方法进行实验的对象为PCC样本中TFF3低表达例免疫组化的示意图。

具体实施方式

为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚明白,以下结合具体实施例,并参照附图,对本发明进一步详细说明。

需要说明的是,除非另外定义,本发明实施例使用的技术术语或者科学术语应当为本公开所属领域内具有一般技能的人士所理解的通常意义。本公开中使用的“第一”、“第二”以及类似的词语并不表示任何顺序、数量或者重要性,而只是用来区分不同的组成部分。“包括”或者“包含”等类似的词语意指出现该词前面的元件或者物件涵盖出现在该词后面列举的元件或者物件及其等同,而不排除其他元件或者物件。“连接”或者“相连”等类似的词语并非限定于物理的或者机械的连接,而是可以包括电性的连接,不管是直接的还是间接的。“上”、“下”、“左”、“右”等仅用于表示相对位置关系,当被描述对象的绝对位置改变后,则该相对位置关系也可能相应地改变。

作为本发明的一个优选实施例,本发明提供本发明提供了一种胆管癌术后生存预测方法,包括以下步骤:

获取患者术后切除病灶的胆管癌病例标本以及对应的三叶因子家族基因表达水平;其中,所述三叶因子家族基因表达水平为胆管癌术后生存预测预后指标;

将所述三叶因子家族基因表达水平输入至胆管癌预后预测模型中,得到所述胆管癌预后预测模型输出的生存风险评分;其中,所述胆管癌预后预测模型是基于正常样本对应的三叶因子家族基因表达水平和胆管癌样本对应的三叶因子家族基因表达水平训练得到的。

本发明还提供一种试剂盒,用于检测胆管癌测定标志物,所述试剂盒包括试剂盒一液和试剂盒二液,所述试剂盒一液内包含有三叶因子家族抗体,所述试剂盒二液内包含三叶因子家族抗-抗体。

本发明还提供一种试剂盒的应用方法,包括以下步骤:

胆管癌病例标本离体,并对离体的胆管癌病例样本进行低温保护;

石蜡包埋离体的胆管癌病例样本的组织;

组织切片,并将包含有完整组织的载玻片置于40°C水体中;

捞出载玻片并放入37C°C温箱中烘干;

依次将烘干后的载玻片放入二甲苯-二甲苯-100%酒精-100%酒精-95%酒精-90%酒精-80%酒精-70%酒精试剂中进行脱蜡;

脱蜡后的载玻片在清水中冲洗一段时间,加入3% H2O2溶液浸泡10min,然后倒掉3%H2O2溶液,在清水中洗两次,再加入柠檬酸缓冲液,蒸煮3min,刚到沸腾即可,冷却至室温,然后再蒸煮一次,冷却至室温,使抗原的位点暴露;

倒掉柠檬酸缓冲液,清水中水洗2次以及磷酸盐缓冲盐溶液中洗2次,擦干组织周围的磷酸盐缓冲盐溶液,马上加上血清,然后放入37°C温箱中30min;

将载玻片取出,用吸水纸擦干血清,加试剂盒一液,于4°C冰箱中保存过夜;

将载玻片从冰箱中取出,放入磷酸盐缓冲盐溶液中洗3次,每次5min,擦干组织周围的磷酸盐缓冲盐溶液后加上试剂盒二液,然后置于37°C温箱中30min;

将载玻片从温箱中取出, 放入磷酸盐缓冲盐溶液中洗3次,擦干组织周围的磷酸盐缓冲盐溶液后加上链霉亲和素-生物素复合物,然后置于37°C温箱中30min;

将片子从温箱中取出, 放入磷酸盐缓冲盐溶液中洗3次,擦干组织周围的磷酸盐缓冲盐溶液后加上显色剂。

将显色后载玻片子用清水冲洗一段时间后,浸泡于苏木精中进行复染染色;

将复染后的载玻片置于清水中水洗后,依次将载玻片放入70%酒精-80%酒精-90%酒精-95%酒精-100%酒精-100%酒精-二甲苯-二甲苯,最后浸泡在二甲苯中,搬到通风柜中;

用中性树胶滴在组织旁边,再用盖玻片盖上,封好的载玻片后置于通风柜中晾干。

通过该胆管癌术后生存预测方法、试剂盒以及试剂盒的应用方法,通过将TFF作为预测胆管癌患者术后预后的指标,基于获得的TFF基因表达水平,将TFF基因表达水平输入至该方法构建的胆管癌预后预测模型中,得到对应的生存风险评分,可以有效地预测胆管癌患者的生存情况,从而做出对患者最为有利的临床决策。此外,TFF标志物在预测生存方面表现出良好的性能,并且可能是胆管癌患者生存预测的独立预后指标。

下面结合附图对本发明胆管癌术后生存预测方法、试剂盒以及试剂盒的应用方法,的较佳实施例进行说明。

请参阅图1,本发明提供了一种CCA术后生存预测方法,该方法包括以下步骤:

S100、获取患者术后切除病灶的CCA病例标本以及对应的TFF基因表达水平,该方法中TFF基因表达水平为CCA术后生存预测预后指标,即该方法中TFF作为CCA预后测定标志物。

S200、将TFF基因表达水平输入至CCA预后预测模型中,得到CCA预后预测模型输出的生存风险评分。该方法中CCA预后预测模型是基于正常样本对应的TFF基因表达水平和CCA样本对应的TFF基因表达水平训练得到的。

另外,该方法中还可以从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载多个CCA样本和正常样本的基因表达谱数据,构建CCA离体标本TFF基因差异表达谱,将CCA病例标本对应的TFF基因表达水平与CCA离体标本TFF基因差异表达谱进行比对,同样可以进行患者的生存风险评价,得到生存风险评分。

在该方法中,TFF基因表达水平通过试剂盒检测得到,试剂盒内包含有TFF抗体以及TFF抗-抗体。

因此,该方法中,通过将TFF作为预测CCA患者术后预后的指标,基于获得的TFF基因表达水平,将TFF基因表达水平输入至该方法构建的CCA预后预测模型中,得到对应的生存风险评分,可以有效地预测CCA患者的生存情况,从而做出对患者最为有利的临床决策。此外,TFF标志物在预测生存方面表现出良好的性能,并且可能是CCA患者生存预测的独立预后指标。

可以理解的是,将TFF作为CCA预后测定标志物还可以应用在CCA发生和进展的分子机制中。CCA在其发生发展过程中存在复杂的通路和机制,研究发现的相关基因越来越多,并且其相互间存在交叉网络作用。而目前暂缺乏对TFF在CCA分子机制的研究,因此,TFF作为CCA预后测定标志物可以为后续CCA发生和进展的分子机制研究提供帮助。

可以理解的是,将TFF作为CCA预后测定标志物还可以应用在肿瘤标志物中。肿瘤标志物是能反映肿瘤发生、发展,监测肿瘤对治疗反应的一类物质。现有可用于临床检测的CCA标志物种类有限,且特异度不够,常常不能单独用于CCA疾病的早期诊断、预后判断、治疗监测等作用。因此,TFF作为CCA预后测定标志物可以为临床提供一种新的肿瘤标志物,用于CCA疾病的预后判断等方面。

可以理解的是,将TFF作为CCA预后测定标志物还可以应用在药物靶标中。生物靶向治疗是针对特定的致癌位点(基因片段、抗原/受体或肿瘤微环境),通过设计相关的治疗药物进入特定的致癌位点,使肿瘤细胞特异性死亡,而不伤及正常组织或细胞的干预治疗策略。目前对CCA的靶向治疗大多仍处于实验研究阶段,临床应用较少。因此,TFF作为CCA预后测定标志物可以为CCA的靶向治疗提供新的药物靶标,为后续研究提供方向。

CCA预后预测模型通过以下步骤训练得到:

A100、获取正常样本和CCA样本。

A200、获取正常样本对应的TFF基因表达水平和CCA样本对应的TFF基因表达水平。

A300、将TFF基因表达水平作为训练使用的输入数据,得到用于生成CCA病例标本的生存风险评分的CCA预后预测模型。

本发明还提供一种试剂盒,该试剂盒包括用于检测CCA测定标志物,即用于检测TFF基因水平,该试剂盒包括试剂盒一液和试剂盒二液,试剂盒一液内包含有TFF抗体即TFF第一抗体,试剂盒二液内包含TFF抗-抗体即TFF第二二抗,TFF包括TFF1、TFF2和TFF3。

免疫组织化学(Immunohistochemistry,IHC)是基于抗原抗体特异性结合的原理,通过化学反应使标记抗体的显色来对组织内抗原进行定位、定性、定量的一项技术。根据抗原抗体反应和化学显色原理。从待测组织或细胞中提取蛋白作为抗原,先与一抗结合形成抗原抗体反应物,再与生物素或荧光素标记的二抗反应,通过化学显色可以在显微镜下清晰观察到抗原抗体反应物,从而能在组织切片上确定抗原的分布和含量。该试剂盒是基于现有的成熟的免疫组化技术的基础上,加入了特异性的抗体,即试剂盒一液和试剂盒二液。

请参阅图2,本发明还提供该试剂盒的应用方法,该应用方法包括以下步骤:

A10、标本离体:CCA病例标本离体,并对离体的CCA病例样本进行低温保护。

A20、石蜡包埋:石蜡包埋离体的CCA病例样本的组织。

A30、切片:组织切片,并将包含有完整组织的载玻片置于40°C水体中。在本实施例中,切片的厚度为5µm。

A40、烘干:捞出载玻片并放入37C°C温箱中烘干。

A50、脱蜡:依次将烘干后的载玻片放入二甲苯-二甲苯-100%酒精-100%酒精-95%酒精-90%酒精-80%酒精-70%酒精试剂中进行脱蜡。步骤A50中,每种试剂中均放入10min。

A60、抗原修复:脱蜡后的载玻片在清水中冲洗一段时间,加入3% H2O2溶液浸泡10min,然后倒掉3% H2O2溶液,在清水中洗两次,再加入柠檬酸缓冲液,蒸煮3min,刚到沸腾即可,冷却至室温,然后再蒸煮一次,冷却至室温,使抗原的位点暴露。

A70、血清封闭:倒掉柠檬酸缓冲液,清水中水洗2次以及PBS中洗2次,擦干组织周围的PBS,马上加上血清,然后放入37°C温箱中30min。

A80、加第一抗体:将载玻片取出,用吸水纸擦干血清,加试剂盒一液,于4°C冰箱中保存过夜。

A90、加第二抗体:将载玻片从冰箱中取出,放入磷酸盐缓冲盐溶液(PhosphateBuffered Saline,PBS)中洗3次,擦干组织周围的PBS后加上试剂盒二液,然后置于37°C温箱中30min。

A100、加SABC:将载玻片从温箱中取出, 放入PBS中洗3次,擦干组织周围的PBS后加上链霉亲和素-生物素复合物(strept avidin-biotin complex,SABC),然后置于37°C温箱中30min。

A110、加显色剂:将片子从温箱中取出, 放入PBS中洗3次,擦干组织周围的PBS后加上显色剂。

A120、复染:将显色后载玻片子用清水冲洗一段时间后,浸泡于苏木精中进行复染染色。

A130、脱水:将复染后的载玻片置于清水中水洗后,依次将载玻片放入70%酒精-80%酒精-90%酒精-95%酒精-100%酒精-100%酒精-二甲苯-二甲苯,最后浸泡在二甲苯中,搬到通风柜中。步骤A130中,每种试剂中均放入2min。

A140、封片:用中性树胶滴在组织旁边,再用盖玻片盖上,封好的载玻片后置于通风柜中晾干。再基于IHC,得到CCA病例标本对应的TFF基因表达水平。

在本实施例中,每次清水中水洗以及每次PBS中洗均为5min。

请参阅图3至图10,本发明中收集了121例行肝胆手术治疗,并且术后病理诊断为“CCA”的患者样本。按照本发明提供的试剂盒的应用方法进行了TFF3的免疫组化试验,阳性分布如图3所述。根据结果,绘制了CCA区别表达TFF3的生存曲线图,如图4所示。具体来说通过分别对比不同位置CCA结论,得出TFF3用于ICC疾病预后更加有意义。

所属领域的普通技术人员应当理解:以上任何实施例的讨论仅为示例性的,并非旨在暗示本公开的范围(包括权利要求)被限于这些例子;在本发明的思路下,以上实施例或者不同实施例中的技术特征之间也可以进行组合,步骤可以以任意顺序实现,并存在如上所述的本发明的不同方面的许多其它变化,为了简明它们没有在细节中提供。

本发明的实施例旨在涵盖落入所附权利要求的宽泛范围之内的所有这样的替换、修改和变型。因此,凡在本发明的精神和原则之内,所做的任何省略、修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。

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