本发明公开了一种高效制备丹酚酸B和紫草酸的方法,采用pH区带逆流色谱对含有丹酚酸B和紫草酸的样品进行分离纯化；pH区带逆流色谱的溶剂系统由叔丁基甲醚、水组成,叔丁基甲醚和水的体积比为1:0.9～1.1,溶剂系统的上相溶液作为固定相,溶剂系统的下相溶液作为流动相,固定相中添加酸,流动相中添加碱。本发明提供的方法能够同时获得丹酚酸B与紫草酸,纯度均在95％以上。