本发明公开了一种糖蜜精制脱毒及发酵生产丙酮、丁醇的方法,糖蜜精制脱毒的方法包括:(1)脱灰分、胶质:将糖蜜稀释,稀释后加入酸液调节pH至溶液呈酸性,水浴加热溶液使糖蜜中的非还原糖水解转化为还原糖,之后加入絮凝剂,搅拌后静置,使胶质絮凝沉降,冷却后取上层澄清液,加入钙盐调节pH至中性,离心过滤硫酸钙沉淀,得到清液;(2)脱磷除氮:向清液中加入含镁无机化合物和含磷无机化合物并搅拌,同时用碱液调节pH至碱性,生成鸟粪石沉淀,过滤沉淀后得到澄清液;(3)脱色:向澄清液中加入大孔吸附树脂震荡脱色,之后过滤即可。本发明提供的丙酮、丁醇生产方法成本低廉、经济环保,通过对糖蜜精制脱毒从而提高发酵液的品质,提高丙酮、丁醇的产量。