本发明涉及海洋防污技术领域,特别涉及一种天然水性防污涂料及其制备方法、防污剂微胶囊及其制备方法,其中,天然水性防污涂料包括以下原料:可降解水性聚氨酯乳液、防污剂微胶囊、颜填料、助剂、水。采用可降解水性聚氨酯为基底树脂,VOC含量低,树脂的不断降解有利于污损的脱落,保证防污剂的稳定释放,同时有效减小对海洋环境的污染。采用2-辛基-2H-呋喃-5-酮为芯材,以天然多糖为壁材,以氯化钙为固化剂,通过层层自组装法制备了安全环保的防污剂微胶囊。其制备工艺简单、微胶囊尺寸可精准控制,微胶囊在水性涂料体系中分散性和稳定性优异。本发明的天然水性防污涂料防污性能优异,在绿色环保,高性能的防污涂料方面具有良好的应用前景。