本发明公开了一种多塔串联连续制备生物柴油的方法及装置,所述方法为:碱醇溶液与原料油从一级搅拌反应塔底部内进料,经搅拌混合反应后,粗生物柴油及其副产粗甘油从塔顶出料进入静态分离罐,快速分层后,收集下层粗甘油并将粗甘油部分回流到一级搅拌反应塔底部内,循环利用溶解在粗甘油中的催化剂及甲醇;将静态分离罐中上层粗生物柴油通入二级搅拌反应塔底部内,与碱醇溶液再次充分搅拌混合反应后塔顶出料。本发明工艺简单,多级搅拌反应塔的联合使用强化反应过程,缩短反应时间,催化剂与甲醇分两次进料,即提高原料利用率,也避免催化剂过多使油脂皂化,分离甘油提高转化率的同时回收甲醇和催化剂循环利用,节省生产成本,适合工业化生产。