本发明公开了一种硝基还原酶基因dnrA及其硝基还原酶和应用,该基因dnrA的核苷酸序列为SEQ ID NO.1,该基因dnrA编码的硝基还原酶DnrA的氨基酸序列为SEQ ID NO.2。本发明克隆到一种硝基还原酶基因dnrA,该基因为一种二苯醚类除草剂硝基还原酶基因,全长为780bp,编码259个氨基酸;本发明硝基还原酶基因dnrA编码的硝基还原酶DnrA能够将二苯醚类除草剂中的硝基还原成氨基降解和转化二苯醚类除草剂,该硝基还原酶DnrA以及含有硝基还原酶基因dnrA的基因工程菌可用于污染农田和环境水体中二苯醚类除草剂残留的去除及药物合成的生物转化,具有非常重要的理论和应用价值。