本发明公开了一种MOCVD系统反应腔清理装置,包括自带加热装置的反应腔,反应腔上设置有氯气进气口和清扫进气口,氯气进气口与氯气储存瓶联通,清扫进气口与吹扫系统连通,反应腔上还设置有出气口,该出气口连接有过滤器,过滤器包括箱体,箱体上设置有分隔板,分隔板将箱体分隔成为进气腔室和出气腔室,分隔板上设置有连通孔,分隔板上位于进气腔室内固定有滤芯组件,出气腔室上设置有排气口且内部固定有抽气风机,滤芯组件的内腔与连通孔相互连通,所述进气腔室上设置有补气口,该补气口与补气冷却系统相互连通。该清理装置能够对反应腔进行在线清理,从而减少停机次数,提高生产效率,保证产品的一致性。