本发明涉及一种具有溯源性的网络时间同步方法及系统,服务器列表中的每一网络时间服务器均溯源至原子时标国家计量基准,能够保证网络时间服务器的时间来源可信。以一组可溯源至原子时标国家计量基准的网络时间服务器作为客户端进行网络时间同步的时间源,并从中筛选出一个最优网络时间服务器,能够借助于保证网络时间服务器的时间来源可信,来为客户端筛选一个可信的网络时间服务器,能够显著降低时间同步的安全风险。且本发明利用网络时间协议分别与服务器列表中的每一网络时间服务器进行交互,能够筛选出一个最优网络时间服务器,进而能够进一步筛选得到一个准确、可靠的网络时间服务器,时间同步结果精度高。