一种玫瑰孢链霉菌中提高癸酸利用率及耐受度的调控基因及应用
阅读说明：本技术 一种玫瑰孢链霉菌中提高癸酸利用率及耐受度的调控基因及应用 (Regulatory gene for improving utilization rate and tolerance of capric acid in streptomyces roseosporus and application of regulatory gene ) 是由 吴杰群 吴金荣 方丽纳 张薇 杨永梅 范萍 沈建宇 徐金勇 方一民 夏迷妮 储消 于 2020-05-26 设计创作，主要内容包括：本发明公开了一种玫瑰孢链霉菌生产达托霉素的调控基因,其核苷酸序列为SEQ ID NO：1所示,或与SEQ ID NO：1所示核苷酸编码相同蛋白的核苷酸序列。本发明通过使用全局调控因子CRP,解决了传统链霉菌育种的高工作量,高盲目性的问题,得到了利用基因工程培育的达托霉素高产的菌株,应用前景广阔；利用该方法对出发菌玫瑰孢链霉菌进行改造,意外发现CRP基因能提高玫瑰孢链霉菌在发酵过程中对癸酸的利用率,以及提高其对癸酸的耐受度。(The invention discloses a regulatory gene for producing daptomycin by streptomyces roseosporus, which has a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1, or a sequence similar to that shown in SEQ ID NO: 1 encodes the same protein. According to the invention, by using the global regulatory factor CRP, the problems of high workload and high blindness of traditional streptomycete breeding are solved, and the high-yield daptomycin strain cultured by using genetic engineering is obtained, so that the application prospect is wide; the method is used for modifying the streptomyces roseosporus serving as the starting bacterium, and the CRP gene is unexpectedly found to improve the utilization rate of the streptomyces roseosporus to the capric acid in the fermentation process and improve the tolerance of the streptomyces roseosporus to the capric acid.)
技术领域
本发明涉及基因工程技术领域，尤其是涉及一种玫瑰孢链霉菌中提高癸酸利用率及耐受度的调控基因、其应用及获得高抗生素产量链霉菌的方法。
背景技术
达托霉素是由玫瑰孢链霉菌(Streptomyces roseosporus)产生的一种新型的环脂肽抗生素，是以钙离子依赖的方式与细胞膜相互作用并发挥杀菌活性。2010 年12月,美国FDA批准了Cubist制药有限公司的达托霉素(daptomycin)注射剂Cubicin以一日1次2min静脉内推注用新给药方案。Cubicin在美最早于2003 年获得批准,用于一日1次30min静脉内输注给药治疗由某些革兰阳性菌、包括耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引起的复杂性皮肤和皮肤组织感染,2006年又获得了治疗由对甲氧西林敏感和耐药的金黄色葡萄球菌引起的菌血症、包括右心感染性心内膜炎的新适应证。我国食品药品监督管理总局分别于2015年和2016 年批准了杭州中美华东制药有限公司，浙江海正药业股份有限公司和江苏恒瑞医药股份有限公司生产的注射用达托霉素。多项研究表明达托霉素上市10多年来耐药比例并未显著提高，彰显出达托霉素的独特优势。
达托霉素是一种微生物次级代谢产物，结构复杂，产量非常低，通过基因工程改造是提高达托霉素产量、降低生产成本的重要策略。
癸酸是达托霉素合成中的外源性前体，可改变菌体的次级代谢方向。在达托霉素的生产中，癸酸是必需物质，但过量的癸酸会对玫瑰孢链霉菌产生毒性；相反，若癸酸浓度过低，则会导致前提供应不足而使发酵液中的产品的效价降低。环腺苷酸受体蛋白(CRP)是一个广泛存在于细菌中的保守的代谢调节器，在革兰氏阴性和阳性菌中都存在，但并不存在于芽孢杆菌和其他厚壁菌属中。CRP 在大肠杆菌中的研究最为广泛。在大肠杆菌中，它与别构效应物cAMP一起介导碳分解代谢抑制过程。在放线菌中，包括链霉菌，CRP也有重要的全局调控作用，众多研究表明CRP直接参与了天蓝色链霉菌中多种抗生素的调控，表明它能够影响前体通量进入次生代谢，并在一级和二级代谢过程中发挥作用(Gao C,Hindra,Mulder D,et al.CRP Is a Global Regulator of Antibiotic Production inStreptomyces[J].mBio,2012,3(6).)。达托霉素的CRP与天蓝色链霉菌CRP的核苷酸一致性为89.3％，氨基酸序列的一致性为94.2％，通过系统发育树分析，CRP 广泛存在于链霉菌中，且具有很高的保守性，但在大多数链霉菌中的作用并不相同，有些调控链霉菌孢子发育，有些只调控次级代谢产物，但未报道CRP基因可以提高玫瑰孢链霉菌对癸酸的耐受度。
发明内容
本发明提供了一种玫瑰孢链霉菌中提高癸酸利用率及耐受度的调控基因，并提供了一种该基因在制备高产达托霉素菌株中的应用。
本发明提供的一种玫瑰孢链霉菌中癸酸利用率及耐受度的调控基因，可编码CRP蛋白。
作为一种具体的实施方式，所述CRP蛋白的氨基酸序列为SEQ ID NO.3所示。
作为一种具体的实施方式，所述调控基因可在玫瑰孢链霉菌中表达。
作为一种具体的实施方式，所述调控基因的核苷酸序列为SEQ ID NO.1所示。
作为一种具体的实施方式，所述的调控基因通过对玫瑰孢链霉菌基因组进行亚克隆获得，其长度为672碱基对。
作为一种具体的实施方式，所述的调控基因可以提高玫瑰孢链霉菌对癸酸的耐受度和利用率，所述调控基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
作为一种具体的实施方式，所述的调控基因为通过天蓝色链霉菌的CRP基因的同源性分析，在玫瑰孢链霉菌的基因组序列中找到相似度最高的基因，其基因名为CDS-7，注释分类为CRP/Fnr family transcriptional regulator，但并未有相关文献和研究报道其在达托霉素中的功能，通过进一步的系统发育树和氨基酸序列motif分析，确定其为CRP同源蛋白。
本发明还提供了一种重组质粒，可在玫瑰孢链霉菌中表达SEQ ID NO.3的蛋白，优选的，所述蛋白的编码基因为SEQ ID NO.1。
作为一种具体的实施方式，上述重组质粒的质粒骨架包括可插入强启动子 erme的窜梭质粒，优选pKC1139、pEST152、pOJ260或pSOK804。
作为一种具体的实施方式，上述选用pSET152作为骨架的重组质粒的核苷酸序列为SEQ ID NO.2。
本发明提供的使用增强表达玫瑰孢链霉菌中提高癸酸利用率及提高对癸酸耐受的调控基因CRP获得高抗生素产量链霉菌的方法，包含以下步骤：
(a)通过天蓝色链霉菌的CRP基因的同源性分析，在玫瑰孢链霉菌的基因组序列中找到相似度最高的基因，通过进一步的系统发育树和氨基酸序列motif 分析，确定其为CRP同源蛋白；
(b)从玫瑰孢链霉菌中用PCR克隆目的调控基因CRP片段，将该片段克隆到表达载体上，得到含调控基因CRP的重组质粒；
(c)通过接合转移的方法，将含有调控基因CRP的重组质粒，转移到玫瑰孢链霉菌中；
(d)通过抗生素筛选得到包含调控基因CRP的抗生素产生菌重组菌株；
(e)对步骤(d)得到的重组菌进行抗生素测定，得到高抗生素产量玫瑰孢链霉菌菌株。
作为一种具体的实施方式，步骤(b)所述的表达载体的质粒骨架包括可插入强启动子erme的窜梭质粒，优选pKC1139、pEST152、pOJ260或pSOK804。
作为一种具体的实施方式，步骤(c)所述的玫瑰孢链霉菌为玫瑰孢链霉菌NO.CGMCC4.7231。
作为一种具体的实施方式，步骤(e)所述的玫瑰孢链霉菌已于2019年7 月26日向中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心提交保藏，保藏地址：中国，北京，中国科学院微生物研究所，保藏编号CGMCC No.18297。
本发明所述重组菌株的保藏信息如下：
保藏时间：2019年7月26日；
保藏单位名称：中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心；
保藏编号：CGMCC No.18297；
保藏单位地址：北京市朝阳区北辰西路1号院3号；
分类命名：玫瑰孢链霉菌(Streptomyces roseosporus)。
因此，本发明具有以下有益效果：本发明通过使用全局调控因子CRP，解决了传统链霉菌育种的高工作量，高盲目性的问题，得到了利用基因工程培育的达托霉素高产的菌株，应用前景广阔；利用该方法对出发菌玫瑰孢链霉菌进行改造，意外发现CRP基因能提高玫瑰孢链霉菌在发酵过程中对癸酸的利用率，以及提高其对癸酸的耐受。
附图说明
图1为在培养基中不同前体浓度下，本发明中高抗生素产量玫瑰孢链霉菌与现有玫瑰孢链霉菌发酵产量归一化处理后的对比图；
图2为重组质粒pSET152CRP的物理图谱；
图3为pSET152CRP酶切电泳图；
图4为pSET152CRP质粒测序结果；
图5为本发明中的构建菌与出发菌在发酵过程中，每日补入正常生产过程中癸酸的量和每日补入两倍正常量的癸酸的两种补料工艺下，每日达托霉素效价归一化处理后的对比图；
图6为本发明中的构建菌与出发菌在发酵过程中，每日补入正常生产过程中癸酸的量和每日补入两倍正常量的癸酸的两种补料工艺下，每日癸酸利用率 (效价/癸酸累计加入量)的对比图。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明的技术方案作进一步的说明。
在本发明中，若非特指，所有的设备和原料均可从市场上购得或是本行业常用的，下述实施例中的方法，如无特别说明，均为本领域常规方法。
实施例1：包含CRP基因的重组质粒的pSET152CRP的构建：
通过天蓝色链霉菌中报道的同源基因CRP的核苷酸序列，与NCBI(网站：www.ncbi.nlm.nih.gov)的玫瑰孢链霉菌的基因组序列进行Blast，获得玫瑰孢链霉菌中的目的基因CRP，其大小为672bp。
用primer 5.0设计引物如下：
CRPS:ATTTCTAGAAATACCTGACCGAGCACG；
CRPA:ATTGGATCCATCGCACTGTTTTACCGT。
提取玫瑰孢链霉菌的总DNA，扩增CRP基因，得到目的基因片段。
使用SanPerp柱式质粒DNA小量抽提试剂盒，参照试剂盒说明书方法提取 pSET152质粒。将所得到的质粒DNA溶液置于-20℃保存或用于后续试验。
使用限制性内切酶处理pSET152质粒，酶切后进行DNA琼脂糖凝胶电泳，使用SanPerp柱式DNA胶回收试剂盒，根据说明书操作，回收大小为858bp的目的条带。将所得的DNA溶液置于-20℃保存或用于后续实验。
将扩增后的CRP基因与酶切回收后的pSET152质粒片段进行连接，酶切连接反应体系：载体0.03pmol，片段0.03-0.3pmol，T4 DNA连接酶1200U，缓冲液5ul，剩余体积用蒸馏水补足，16℃连接16h，得到连接产物。
取大肠杆菌感受态细胞200ul，加入上述连接产物，轻轻旋转以混匀内容物，在冰中放置30min。将管放入预加温至42℃的循环水浴中放置90s。快速将管转移到水浴中，使细胞冷却1-2min。每管加入37℃预热的LB培养基800ul，然后转移至37℃水浴45min。将适当体积已转化的感受态细胞转移到含相应抗性的 LB培养基上。37℃倒置培养12-16h后出现菌落。挑取菌落进行酶切验证，验证结果如图3所示，取验证成功菌落进行保存及测序验证，测序结果用Snapgene 进行比对和查看seq峰图如图4所示。
重组质粒pSET152CRP大小为7033bp，带有安普拉抗性基因，可在大肠杆菌和玫瑰孢链霉菌中筛选，intΦC31为整合酶基因，attP为整合位点，p*erme 为红霉素启动子。
LB培养基配方：胰蛋白胨10g，酵母提取物10g，NaCl 10g，加去离子水至 1000ml，PH7.0。在121℃下灭菌30min，用于培养大肠杆菌。固体培养基加入 2％的琼脂粉。
实施例2：将重组质粒通过属间接合转移至玫瑰孢链霉菌
将包含重组质粒PSET152 CRP的大肠杆菌ET12567与玫瑰孢链霉菌NO.CGMCC4.7231进行接合转移，用安普拉霉素和萘啶酮酸筛选得到含有 PSET152 CRP质粒的接合子，同时用导入空载体PSET152空质粒的载体做对照。
大肠杆菌和玫瑰孢链霉菌NO.CGMCC4.7231属间接合转移的方法：
接种ET12567(PUZ8002/PSET152)和ET12567(PUZ8002/PSET152CRP) 至LB(含卡那霉素/氯霉素/氨苄霉素)培养基，在37℃220rpm的摇床中过夜培养。按1:100的比例分别转接ET12567(PUZ8002/PSET152)和ET12567 (PUZ8002/PSET152CRP)至新鲜的LB培养基(含卡那霉素/氯霉素/氨苄霉素)， 37℃，220rpm的摇床中培养至OD600达到0.3～0.4。用相同体积的LB培养基重悬细胞2次，最后重悬于0.1倍体积的LB培养基中。在洗细胞的同时，每次接合转移所需的10-8个孢子悬浮于500ul 2×YT培养基中，50℃热激10min，冷却至室温。各取500ul大肠杆菌液和玫瑰孢链霉菌孢子液充分混匀，离心去倒去大部分的上清，用剩余的液体重悬。将混合好的菌液涂布于含10mM MgCl2的MS 固体培养基，在29℃下培养16-20h。取1ml含0.5mg萘啶酮酸和1mg安普拉霉素的无菌水，在接合转移的平板上均匀覆盖。继续置于29℃培养箱中培养2-3 天，即可观察到接合子。用划线的方法得到含pSET152CRP的玫瑰孢链霉菌单菌落，将单菌落接种至含75ug萘啶酮酸和250ug阿普拉霉素的5ml TSB液体试管中进行传代，验证接合子的基因型。
2×YT培养基配方：
胰蛋白胨16g，酵母提取物10g，NaCl5g，加入去离子水至1000ml，用5N NaOH调PH至7.0，121℃高压蒸汽灭菌20min。
MS培养基配方：
甘露醇20g，黄豆饼粉20g，琼脂20g，加去离子水至1000ml，PH7.2-7.3， 115℃15min灭菌两次，使用时加入1M MgCl2至终浓度为10mM/L。(1M MgCl2： MgCl2.7H2O)
实施例3：重组菌发酵工艺
将构建完的玫瑰孢链霉菌菌株在R5斜面培养基30℃培养5d后，将其转移至含50mlYEME液体培养基的摇瓶中，30℃振荡(220rpm/min)培养25h，发酵时采用一次性补入料癸酸作为发酵前体，培养至发酵结束，HPLC测定发酵单位，选取高产的菌株。由说明书附图1所示与现有的玫瑰孢链霉菌(出发菌) 相比，本发明中制得的高抗生素产量玫瑰孢链霉菌具有更高的发酵产量，也就是具有更好的达托霉素产量，发酵产量提高200％以上。
TSB液体培养基配方：
胰酪蛋白胨17g，大豆蛋白胨3g，D-葡萄糖2.5g，氯化钠5g，磷酸氢二钾 2.5g，加入去离子水至1000ml，121℃灭菌30min。
R5培养基配方：
蔗糖103.0g，K2SO4 0.25g，MgCl2·6H20 10.12g，葡萄糖10.0g，水解酪蛋白0.1g，微量元素溶液2.0g，酵母膏5.0g，TES缓冲液57.3ml，KH2PO4(0.5％) 10ml，CaCl2·H2O(5M)4ml，L-脯氨酸(20％)150ml，NaOH(1N)7ml，琼脂20.0g，加去离子水至1000ml，PH 7.2。在115℃灭菌30min。
微量元素溶液(每升)：ZnCl2 40mg，FeCl2·6H2O 200mg，CuCl2·2H2O 10mg，MnCl2·2H2O 10mg，Na2B4O7·10H2O 10mg，(NH4)6Mo7O24·4H2O 10mg
YEME培养基配方：
酵母提取物1.5g，胰蛋白胨5g，麦芽提取物3g，葡萄糖10g，蔗糖250g，加入去离子水至1000ml，115℃蒸汽灭菌15min。
实施例4：HPLC测定达托霉素发酵单位
色谱条件：色谱柱：Phenomenex IB-SIL C8 4.6×250mm 5um，流速： 1.0mL/min，检测波长：223nm，进样量：25μL，柱温：25℃，梯度洗脱流动相 A：称取3.4g磷酸二氢铵用1000mL蒸馏水溶解，用磷酸调pH至3.1，流动相B：乙腈。
实施例5：构建菌株对前体浓度的耐受测试
采用实施例3的发酵工艺，在摇瓶中对比出发菌株与构建菌株 NO.CGMCC4.7231对于发酵前体在培养基中浓度的耐受范围。实验结果如说明书附图1所示，构建菌在摇瓶中前体浓度3％～5％时达托霉素的产量最高，超过 5％以后产量有明显的下降；但出发菌产量最高的前体浓度在2％～3％，在3％以后产量就有明显的下降。说明CRP基因可以提高玫瑰孢链霉菌对于培养基中前体的耐受度，在工业生产时可以提高发酵罐中癸酸的加入量，获得单位体积更高的产量。
实施例6：出发菌与构建菌不同的中试发酵工艺对比
按照达托霉素的中试发酵工艺，将构建完的玫瑰孢链霉菌菌株在种子罐中培养22-26小时后，将其转移至发酵罐中，30℃左右培养25h，发酵时连续补料癸酸作为发酵前体，根据构建菌对前体的耐受度，构建菌在罐上补入的癸酸量是出发菌正常工艺的两倍。作为对比，出发菌尝试与构建菌使用相同的补料工艺(即癸酸补入量是原始工艺的两倍)。培养至发酵结束，HPLC测定发酵单位，对比。
种子罐配方：马铃薯淀粉6％，葡萄糖1.5％，甘蔗糖蜜0.72％，硫酸亚铁铵0.08％，泡敌0.05％。
发酵罐配方：马铃薯淀粉7.2％，葡萄糖1％，甘蔗糖蜜0.72％，酵母粉 1.2％，硫酸亚铁铵0.086％，泡敌0.05％。
实验结果如说明书附图5所示，在罐上发酵第7天和第8天时，构建菌的效价为出发菌原始工艺的2.5～3倍，是出发菌相同工艺(即癸酸补入量是原始工艺的两倍)的2倍以上。说明书附图6的结果显示，在发酵过程中，构建菌的癸酸利用率(以效价/癸酸累计补入量计算)是出发菌原始工艺的2倍以上，同时也比出发菌相同工艺(即癸酸补入量是原始工艺的两倍)明显提高。以上两幅图说明了，首先，构建菌明显提高了罐上达托霉素的表达量，增加了单次发酵的产量；其次，构建菌明显提高了对于癸酸的利用率，使得加入相同量的癸酸后产生更多的达托霉素。
应当理解的是，对于本领域普通技术人员来说，可以根据上述说明加以改进或变换，而所有这些改进和变换都应属于本发明所附权利要求的保护范围。