一种含有多粘类芽孢杆菌海藻酸钠的复合微球的制备方法及其应用,包括如下步骤:多粘类芽孢杆菌菌悬液的制备:对多粘类芽孢杆菌进行对数培养后离心收集得到菌悬液;制备初级微胶囊:在菌悬液中加入稳定剂以及淀粉,然后加入到海藻酸钠当中得到中间液,然后再将中间液置于低浓度CaCl-2中制备初级微胶囊悬浊液;胶囊硬化:将初级微胶囊置于高浓度CaCl-2中进行硬化。本发明利用海藻酸钠和氯化钙合成形成的海藻酸钠微球,能够吸附多粘类芽孢杆菌的芽孢,使其在扩繁巢定殖,提高芽孢的抗逆性,延续芽孢的再定殖,可作为生防菌株的繁殖巢和扩繁巢。在制备微胶囊的过程中多添加4%明胶可改变胶囊的崩解时间和释放速度,以适应不同的使用场合。