本发明公开了一种基于自噬相关lncRNA模型的乳腺癌预后评估方法及系统,其中,所述基于自噬相关lncRNA模型的乳腺癌预后评估方法用于乳腺癌的预后,所述基于自噬相关lncRNA模型的乳腺癌预后评估方法包括：根据多个乳腺癌样本的RNA信息以及多个正常乳腺样本的RNA信息确认出与自噬相关的lncRNA信息；对所述与自噬相关的lncRNA信息以及所述多个乳腺癌样本的临床数据进行分析,建立与自噬相关的lncRNA预后模型；基于所述与自噬相关的lncRNA预后模型进行预后。本发明的基于自噬相关lncRNA模型的乳腺癌预后评估方法及系统能够对乳腺癌样本的预后进行较为精准的判定。

本发明涉及微生物技术领域,具体涉及微生物益生性功能基因的检测方法及其应用。本发明的微生物益生性功能基因的检测方法包括：构建益生性功能基因数据库,将待测微生物的所有蛋白的序列在所述数据库中进行BLAST比对,根据阈值确定所述待测微生物含有的益生性功能基因,其中,所述阈值包括BLAST比对的蛋白序列相似度、比对区域覆盖度。该方法可从蛋白序列水平,快速检测出菌株中含有的基础氨基酸和维生素合成代谢基因、抗菌活性基因、抗氧化基因、胞外多糖合成基因和降胆固醇基因的数目和具体信息,具有检测方便快捷、周期短、准确性较高的特点,为益生菌的评价和潜在益生菌菌株的筛选提供高效的技术手段。

本发明提供了一种坡耕地垄沟布局对微生物影响机理的识别方法,属于土壤微生物学技术领域,包括：确定坡耕地垄沟布局参数；布设实验小区和对照小区；进行土壤微生物高通量测序,得到土壤微生物群落结构多样性相关指数和土壤碳氮循环过程功能基因丰度数据；确定对所述土壤微生物群落结构多样性相关指数和土壤碳氮循环过程功能基因丰度数据产生影响的坡耕地垄沟布局参数的主次顺序；构建线性回归方程；对所述线性回归方程进行显著性检验,完成对坡耕地垄沟布局对微生物影响机理的识别。本发明选择四种具有代表性的垄沟布局参数,通过高通量测序技术对不同垄沟布局下土壤微生物群落多样性进行分析,识别坡耕地垄沟布局对土壤微生物影响机理,为制定合适的坡耕地垄沟布局方式提供参考。

本发明公开了一种基于序列频率信息识别DNA增强子元件的方法,所述方法基于支持向量机构建的双层DNA增强子元件预测模型,所述预测模型通过如下步骤生成：步骤(1)：通过细胞系的染色质数据库信息构建DNA增强子序列数据集；步骤(2)：通过PSTNP算法对DNA增强子序列数据集进行处理获得具有位置特异性的三核苷酸序列的DNA增强子信息；步骤(3)：通过Kullback-Leibler散度算法对DNA增强子信息的三核苷酸序列信息进行优化；步骤(4)：采用LASSO算法对DNA增强子信息的三核苷酸序列的特征数据进行降维处理；本发明解决了DNA增强子及其强度的预测问题,采用特征优化、特征筛选方法对提取的序列频率信息进行改进,明显提高了预测精度。

本发明属于生物信息学和生物医药领域,具体涉及一种用于病毒基因组变异分析、监测方法和系统。该方法通过序列比对后进行全基因注释获得编码基因信息,再进行翻译比对并根据遗传密码子表分析突变类型,获得基因组的突变位点、类型及频率,统计高频率突变位点,通过采集不同时间和区域的病毒株,分析高频率突变位点在时间和地区上的分布特征,并筛选位于免疫表位及其附近的高频率突变位点,以实现病毒基因组变异分析及监测。

本发明提出了一种基于卷积神经网络的药物-蛋白相互作用预测模型,该预测模型的构建方法如下：步骤1、为靶点蛋白质的结合位点构建包围盒描述符,利用三层3D卷积神经网络提取多通道的结合位点空间结构特征；步骤2、基于靶点蛋白质的氨基酸序列,利用三层1D卷积神经网络提取蛋白质的氨基酸构成特征；步骤3、为待筛选的药物分子构建分子图,利用三层图卷积神经网络提取药物分子特征；步骤4、将得到的所有特征进行组合得到整体特征后,输入至两层全连接网络预测药物-蛋白的相互作用,借此,本发明具有不仅考虑了与对接过程密切相关的结合位点的局部特征,还考虑了蛋白质的全局特征,并将这些特征预测化合物-蛋白质相互作用的优点。

本发明公开了一种家庭冠心病患病风险评估及其风险因素鉴定系统。本发明所保护的一种家庭冠心病患病风险评估及其风险因素鉴定装置包括数据搜集与整理模块、多基因风险评分计算模块、个人风险预测模型搭建模块、家庭风险预测模型搭建模块、特定疾病的有利与有害因素评估模块。具体是以样本基因型数据为基础,采用多基因风险评分算法计算样本个人风险评分,然后通过机器学习算法构建预测模型,通过计算家系平均患病可能性给出家系中家庭的患病风险评估,再通过孟德尔随机化方法,提供与疾病有显著因果关联的有利因素与有害因素,帮助家庭更好的规避冠心病风险,保持健康,进一步为冠心病的预防、治疗与预后提供了证据支持与相关方法。

本公开提供了一种图像分析方法、装置、计算机设备和存储介质,其中,该方法包括：获取待检测的基因峰形图谱,其中,所述基因峰形图谱包括至少一种基本碱基的待检测波形；提取每个所述待检测波形对应的初始波形特征；基于提取的所述初始波形特征,确定目标融合波形特征；基于所述目标融合波形特征,确定所述基因峰形图谱对应的碱基序列。本公开实施例将多种基本碱基所对应的初始波形特征进行融合,利用融合后的目标融合波形特征不仅能够准确地预测出基本碱基,还能够准确地预测出简并碱基,提高了基因预测的准确度；另外,上述方法可以通过训练好的神经网络模型实现,能够进一步提高预测的效率和预测的稳定性。

一种婴儿配方奶粉及其加工过程中克罗诺杆菌的溯源方法,属于食品安全技术领域。本发明利用MALDI-TOF MS和核糖体分型技术对保留于不同时间段和不同区域的婴儿配方粉及其生产过程中的克罗诺杆菌进行分离和鉴定,建立了我国乳制品中克罗诺杆菌菌株的质量指纹图谱,系统地研究了婴儿配方奶粉及其生产过程中克罗诺杆菌的污染分布情况,获得了克罗诺杆菌属进入生产环境的途径和后续加工污染的途径,设计和执行改进了控制措施以弥补和强化现有的操作规范来尽可能消除克罗诺杆菌的污染,对于保障乳制品安全和指导乳制品生产具有重要意义。

本发明提供了一种确定长链非编码核糖核酸相互作用蛋白的新方法。本发明提供了由BASU和dCasRx形成的融合蛋白、用于表达所述融合蛋白的哺乳动物表达载体。本发明确定lncRNA相互作用蛋白的方法包括：通过将表达所述融合蛋白的哺乳动物表达载体和特异的靶向目标lncRNA的gRNA共转染到靶细胞中,使BASU对附近的效应蛋白进行特异的生物素化标记；使用链霉素亲和偶联的磁珠分离生物素化的蛋白质,然后进行洗脱,胰蛋白酶消化和质谱的无标记定量分析。本发明可以高度可信地确定与lncRNA相互作用的蛋白质。