一种融合DNA形状特征的转录因子结合位点预测方法

本发明涉及一种融合DNA形状特征的转录因子结合位点预测方法,属于生物信息学领域,所述方法结合了结构生物学和基因组学以及深度学习神经网络的知识提出了一个使用CNN结合DNA序列与形状特征信息预测转录因子结合位点的新模型。同时,构建了包含DNA形状特征及DNA序列信息的特殊数据集,在传统转录因子预测的数据集基础之上添加了对应的DNA形状信息。从而提高DNA转录因子结合位点预测的准确性。

2021-11-02

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基于卷积神经网络的药物-蛋白相互作用预测模型

本发明提出了一种基于卷积神经网络的药物-蛋白相互作用预测模型,该预测模型的构建方法如下：步骤1、为靶点蛋白质的结合位点构建包围盒描述符,利用三层3D卷积神经网络提取多通道的结合位点空间结构特征；步骤2、基于靶点蛋白质的氨基酸序列,利用三层1D卷积神经网络提取蛋白质的氨基酸构成特征；步骤3、为待筛选的药物分子构建分子图,利用三层图卷积神经网络提取药物分子特征；步骤4、将得到的所有特征进行组合得到整体特征后,输入至两层全连接网络预测药物-蛋白的相互作用,借此,本发明具有不仅考虑了与对接过程密切相关的结合位点的局部特征,还考虑了蛋白质的全局特征,并将这些特征预测化合物-蛋白质相互作用的优点。

2021-11-02

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基于多层网络与图编码的药物靶点相互作用预测方法

本发明公开了基于多层网络与图编码的药物靶点相互作用预测方法。本发明方法包括数据采集模块、数据预处理模块、特征学习模块、模型算法设计模块、结果评估模块。数据预处理模块构建药物及蛋白质网络,以及异质图的处理。特征学习模块包括对结构性图编码器的自监督学习和对图的向量编码,以及同构向量处理,将图的拓扑信息表示成向量的形式。模型算法设计模块包括构造交叉验证集、预测模型设计。结果评估模块是采用基于混淆矩阵的ROC曲线和基于准确率、召回率序列的PR曲线验证模型的预测效果。本发明方法从数据挖掘和图的角度研究药物和靶点,通过生成的图结构信息及后续的树模型来预测两者之间的相互作用。

2021-10-29

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一种配体-蛋白质相互作用的预测方法及装置

本发明公开了一种配体-蛋白质相互作用的预测方法及装置,包括：对目标蛋白质的一级序列进行处理,获得由特征向量组成的若干蛋白质特征序列；基于目标配体的分子指纹图谱获取目标配体的若干原子特征序列；基于所述若干蛋白质特征序列以及所述若干原子特征序列利用预设的预测模型进行预测,获得所述目标蛋白质和所述目标配体相互作用的概率。本发明实施例中当需要预测某个蛋白质和某个配体能否进行相互作用时,只需要获得该蛋白质的各蛋白质特征序列以及该配体的原子特征序列,通过利用预测模型,就能预测出蛋白中哪些氨基酸片段能和配体中哪些原子进行相互作用,由此能够计算出该蛋白质和该配体相互作用的概率。

2021-10-29

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用于选择性全基因组扩增的引物设计方法、装置及应用

本申请公开了一种用于选择性全基因组扩增的引物设计方法、装置及应用。本申请的方法包括,引物设计参数设置步骤,预先设置引物长度、引物组合个数,引物组合在目标基因或背景基因的平均距离、最大距离、分布均匀性；引物设计步骤,利用k-mer在背景基因与目标基因中的差异设计引物；引物组合筛选步骤,输出最优的N个引物组合；引物组合测评步骤,模拟各引物组合对各目标基因的覆盖率,预计可能丢失的区域；结果分析步骤,输出每组实验的目标基因组覆盖率和深度图,以便根据实验情况筛选引物组合。本申请的方法,可设计能同时富集多个目标基因的引物组合,能有效提高目标基因覆盖度,在同等条件下比现有的引物设计流程缩短约80％的时间。

2021-10-29

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一种用于预测药物靶标的信息处理方法及装置

本申请公开了一种用于预测药物靶标的信息处理方法及装置,用以提升药物靶标预测的准确性。所述方法包括,获取化合物对应的化合物微扰谱；获取所述化合物所作用的目标基因对应的基因微扰谱；确定所述化合物微扰谱和所述基因微扰谱的相关程度；根据所述相关程度和预设的实验条件数据,对所述化合物能够对所述目标基因产生作用的概率进行预测。采用本申请所提供的方案,在确定化合物是否能够对目标基因产生作用的判断过程中,考虑了化合物微扰谱和基因微扰谱之间的相关性,从而提高了药物靶标预测的准确性。

2021-10-22

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一种利用基因检测确定防治目标的靶向性健康管理方法

本发明提供一种利用基因检测确定防治目标的靶向性健康管理方法,涉及基因检测技术领域。该利用基因检测确定防治目标的靶向性健康管理方法,包括存储盒,所述存储盒的内部安装有载物机构,所述载物机构包括转盘,所述螺母的内部螺纹连接有支杆。该利用基因检测确定防治目标的靶向性健康管理方法,通过调节杆带动磁块移动,当磁块移动至想要位置,松开调节杆,调节杆在弹簧的作用下带动卡杆卡接在卡槽中,同时驱动轴带动驱动爪转动,驱动爪带动转盘转动,当定位块转动至磁块位置时,磁块限制转盘转动,此时驱动轴带动驱动爪摆动,再通过驱动爪与转盘的配合使用,从而达到了能自动定位试剂瓶,取样方便的效果。

2021-10-22

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miR-339-增强子-靶基因网络激活模型及其应用

本发明涉及生物技术领域,具体涉及miR-339-增强子-靶基因网络激活模型及其应用。首先公开了一种可激活乳腺癌相关基因的miRNA,所述miRNA的基因座位置与增强子的组蛋白修饰标志H3K4me1或H3K27ac重合。本发明提供了可激活疾病相关基因的miR-339与乳腺癌相关,为乳腺癌等疾病的诊断、治疗提供新的策略和潜在的药物靶点。并且,本发明首次将“miRNA-增强子-靶基因网络激活模型”理论应用于解释乳腺癌的发生发展现象,克服了现有技术的偏见。

2021-10-22

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一种干细胞移植后体内功能建立与调控方法

本发明公开了一种干细胞移植后体内功能建立与调控方法,包括以下步骤：取成年生猪进行活体移植干细胞后,在被移植活体无明显体能异常的状态下移入无菌环境进行体能调控和康复训练；观察干细胞在生猪体内的排异反应,运用AI技术赋能医疗设备进行手术记录、AI记录运动康复训练、AI技术护理,精准观察生猪体内的干细胞是否存在过度的排异反应,以及及时记录排异反应程度；通过选择生猪作为试验对象,能够使试验的结果更接近人类的基因序列,能够最大程度上辅助寻找合适的药物进行体内功能的建立。

2021-10-19

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一种治疗慢性支气管炎中药的机理分析方法

本发明涉及一种治疗慢性支气管炎中药的机理分析方法,包括：S1、以慢性支气管炎对中药药方数据进行数据挖掘,获取合理的中药组合；S2、获取中药组合的各种中药的活性成分及中药相关靶点；S3、获取慢性支气管炎相关靶点；S4、将中药相关靶点与慢性支气管炎相关靶点进行交集,得到共同靶点,并构建PPI网络,筛选核心靶点；S5、构建中药、活性成分、核心靶点、疾病之间的调控拓扑网络图,以从整体层面展现中药的作用路径；S6、将慢性支气管炎相关靶点输入Metascape数据库分析,以进行富集分析；S7、分子对接,并评价靶点与活性成分的结合强度与活性。本发明提升了慢性支气管炎中药机理分析的可靠性、准确性。

2021-10-15

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