一种多肽抗癌功能识别方法、系统、介质及设备

本发明属于生物信息技术领域,提供了一种多肽抗癌功能识别方法、系统、介质及设备。其中,该识别方法包括获取多肽序列；将多肽序列输入至训练完成的多肽药物抗癌功能预测器中,得到多肽是否具有抗癌功能；其中,多肽药物抗癌功能预测器包括嵌入层、编码层和任务特定层,所述嵌入层用于将接收的多肽序列的每个残基转换为低维密集向量且以矩阵的形式输出；所述编码层用于从嵌入层输出的矩阵中捕获每个残差嵌入向量在不同位置的上下文,并学习抗癌肽的鉴别特征,输出特征矩阵；所述任务特定层用于根据特征矩阵来判断多肽序列属于抗癌肽的概率。

2021-11-02

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一种预测蛋白质-多肽结合位点的方法及系统

本发明公开了一种预测蛋白质-多肽结合位点的方法及系统,包括：获取待预测的蛋白质-多肽序列数据,将所述数据输入到训练好的基于预训练模型BERT和对比学习的神经网络模型,输出位点级别的多肽结合概率,并确定输入序列中的各个位点是否结合；其中,所述基于预训练模型BERT和对比学习的神经网络模型首先将原始蛋白质-多肽序列中的每个氨基酸转换为嵌入矩阵,所述嵌入矩阵经过BERT编码和全连接神经网络层,得到每个氨基酸的低维表示矩阵；进行BERT编码时,通过构建对比损失进行约束,生成具有区分性的结合与非结合位点表示特征。本发明使用预训练模型BERT作为对原始蛋白质序列的编码器,可以自动提取特征,从而避免由预测工具所带来的问题。

2021-11-02

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人类微生物组的衰老标记物和微生物组的衰老时钟

根据受试者的微生物丛的微生物分类剖析预测其表型年龄的方法可包括：从该受试者的微生物群系样本中分离出多个微生物核酸；分析该多个微生物核酸,以根据该多个微生物核酸鉴定出微生物群系的微生物数量。根据每种微生物的数量生成受试者微生物群系的分类学剖析；以配置有机器学习平台的计算机处理微生物群系的分类学剖析,以预测受试者的表型年龄；生成带有受试者预测表型年龄的报告；以及向受试者提供该报告。

2021-10-29

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甲状腺肿瘤良恶性鉴别模型及其应用

本发明涉及用于甲状腺肿瘤良恶性鉴别和恶性潜能未定的滤泡性肿瘤评估的甲基化标志物、试剂盒、装置、计算机可读介质和系统。

2021-10-22

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一种用于预测胃癌免疫治疗的肿瘤微环境评分系统的构建方法以及分子探针

本发明提供了一组用于检测评估肿瘤微环境的基因集的分子探针,包括44条序列如SEQ ID NO:1～44所示的核苷酸序列。本发明筛选出的探针,在同一孔中对目的基因的表达进行NanoString数字化表达检测,绘制数字基因表达谱,可用于免疫治疗效果的评估。本发明还提供了用于评价胃癌肿瘤微环境的多基因评分模型的构建方法,筛选出得到的44个可代表不同微环境分型的基因集,可用于建立评估患者的肿瘤微环境多基因评分模型。本发明模型通过有效地评估肿瘤微环境,不仅能作为良好的预后生物标志物,还能够预测多种肿瘤的检查点抑制剂免疫治疗反应,对于实现个体化医疗的同时节约医疗资源,具有重要的意义和临床应用价值。

2021-10-22

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用于估算或预测基因型和表型的方法和组成

提供了用于估算或预测基因型、单倍型、分子表型、农艺表型和/或共祖率的方法和组成。所提供的方法和组成包括使用潜在空间来生成独立于基础的基因型或表型数据的潜在空间表示或潜在向量。所述方法可以包括通过借助基于机器学习的编码器框架将源自基因型或表型数据的离散或连续变量编码成潜在向量来生成通用的潜在空间表示。本文提供了将获得自一个或多个群体或样品集的基因型或表型数据进行参数化表示以估算或预测目的基因型或表型的通用方法。

2021-10-19

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一种基于敞开式离子源的甲状腺恶性肿瘤诊断系统

本发明提供了一种基于敞开式离子源的甲状腺恶性肿瘤诊断系统,该系统包括：(S1)、样品前处理试剂盒,所述试剂盒包括有机溶剂；(S2)、敞开式离子源联用质谱设备；(S3)、可选的,计算机模块和处理器,用于构建机器学习模型并获得待测样品结果。通过质谱分析的手段,能够给出恶性肿瘤的特征分子,极大的提高诊断效率。

2021-10-19

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使用深度学习对ATAC-SEQ数据进行去噪

本公开提供使用具有神经网络的深度学习来对ATAC-seq数据集去噪的方法、系统、计算机程序产品。该方法、系统和程序提供了在广泛的组织和细胞类型中识别染色质可及性的基因组位点的提高的效率、准确度和速度。

2021-10-08

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基于局部和全局的网络中心性分析的癌症驱动基因预测方法及系统

本发明公开了一种基于局部和全局的网络中心性分析的癌症驱动基因预测方法,包括以下步骤：S1：对标准化的体细胞突变数据和基因表达数据进行预处理,表达成基因-矩阵的形式；S2：使用预处理完成的数据对下载的PPI网络加权；S3：模型构建,使用改进的重启随机游走算法分析网络的全局和局部特征；S4：使用构建好的模型对癌症数据集进行预测,以获取驱动基因的排名向量,实现对癌症驱动基因的预测。还公开了一种基于局部和全局的网络中心性分析的癌症驱动基因预测系统。本发明能够更好地识别驱动基因,大大提高对癌症驱动基因预测的精度,为癌症的诊断和精准医疗的发展做出了贡献。

2021-10-08

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一种用于肿瘤预后评估的基因标志物、评估产品及应用

本发明公开了一种用于肿瘤预后评估的基因标志物、评估产品及应用。所述评估产品的构建方法,包括：将基因标志物的表达量代入模型公式,计算每个样本的风险评分；以及根据模型的阈值对样本进行分组并进行组间生存分析。本发明的研究成果为患者的精准医学治疗提供了重要指导意义。

2021-10-01

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