本发明公开了一种基于编码链发卡结构特异性移除的DNA存储加密方法,包括一套带发卡结构与限制性内切酶识别位点的DNA编码链和限制性内切酶组合。其中,特定的限制性内切酶可将特定编码链的发卡结构切断,使编码区暴露而将其激活。在信息读取过程中,如果DNA编码链未经正确激活,则因发卡结构阻碍杂交而导致信息无法有效读取。该方法实施时,发送方从编码链组合中选取一组进行数据写入,将存储盘发给接收方,并用另一保密途径将密钥(即正确的内切酶信息)发送。接收方在收到密钥后方能对编码链做正确处理而将其激活,而错误处理将无法激活,甚至可能导致存储盘自毁。本发明实现了DNA杂交存储技术的硬加密,促进该存储技术的应用。