本发明提供一种由棉子低聚糖制备棉子糖的方法以及一种棉子糖,属于低聚糖提纯技术领域。其中,由棉子低聚糖制备棉子糖具体步骤包括:在棉子低聚糖中加入有机提取剂,在水浴条件下超声处理,以得到提取液;对提取液进行脱色处理;对脱色处理后的提取液采用模拟移动床进行分离,以得到第一溶液、第二溶液以及第三溶液;对第一溶液、第二溶液以及第三溶液分别进行过滤以除去固体杂质;对除去固体杂质后的第一溶液、第二溶液以及第三溶液分别进行结晶,离心分离,干燥,混料,筛分处理,以得到第一产物、第二产物以及第三产物。本发明的方法可有效提高棉子糖的分离与纯化效率,缩短棉子糖的制备时间,以及实现对三种糖液的有效分离,提高其纯度。