本发明提供一种磁悬浮轴承系统的保护方法、装置、存储介质及轴承控制器,所述方法包括：确定所述磁悬浮轴承系统的转子是否处于未悬浮状态；当所述转子处于未悬浮状态时,控制所述磁悬浮轴承系统的前向轴承线圈和后向轴承线圈通电,或者控制所述磁悬浮轴承系统的轴向轴承线圈通电,以使所述转子固定。本发明方案能够固定转子位置,避免其因特殊环境中晃动撞击造成磁悬浮压缩机损坏。