一种新型冠状病毒肺炎重症区分与疗效评价系统
阅读说明:本技术 一种新型冠状病毒肺炎重症区分与疗效评价系统 (Novel coronavirus pneumonia severe illness distinguishes and curative effect evaluation system ) 是由 徐建华 滕祥云 石亚玲 张嘉琪 王大伟 黄若磐 胡薇 于 2020-10-22 设计创作,主要内容包括:本发明公开了一种新型冠状病毒肺炎重症区分与疗效评价系统。本发明提供了一种用于诊别新型冠状病毒肺炎重症与疗效评价的细胞因子标志物组合,选自如下细胞因子中的一种或几种组合:包括:Eotaxin-2、IP-10、IL-18Rb、IL-18、OPN、IL-2Rb、GDF-15、IL-12p40。并基于此提供了一种新型冠状病毒肺炎重症区分与疗效评价系统,包括预设值模块、数据收集模块、数据存储模块、数据处理模块、结果显示模块。所述系统在区分新型冠状病毒肺炎重症与非重症方面具有很好的应用价值,同时还可应用于重症患者的疗效评价,对于新型冠状病毒肺炎的防控具有重要的应用价值和意义。(The invention discloses a novel coronavirus pneumonia severe distinguishing and curative effect evaluating system. The invention provides a cytokine marker combination for diagnosing severe and curative effect evaluation of novel coronavirus pneumonia, which is selected from one or more of the following cytokines: the method comprises the following steps: eotaxin-2, IP-10, IL-18Rb, IL-18, OPN, IL-2Rb, GDF-15, IL-12p 40. Based on the data, the system for distinguishing severe coronavirus pneumonia and evaluating curative effect of severe coronavirus pneumonia comprises a preset value module, a data collection module, a data storage module, a data processing module and a result display module. The system has good application value in distinguishing severe and non-severe cases of the novel coronavirus pneumonia, can be applied to the curative effect evaluation of severe patients, and has important application value and significance in prevention and control of the novel coronavirus pneumonia.)
技术领域
本发明属于生物医药技术领域。更具体地,涉及一种新型冠状病毒肺炎重症区分与疗效评价系统。
背景技术
由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的新型冠状病毒肺炎以发热、干咳、乏力等为主要表现,少数患者伴有鼻塞、流涕、腹泻等上呼吸道和消化道症状;重症病例多在1周后出现呼吸困难,严重者快速进展为急性呼吸窘迫综合征、脓毒症休克、难以纠正的代谢性酸中毒和出凝血功能障碍及多器官功能衰竭等。因此,区分鉴别出重症以对应确定治疗方案至关重要。
目前,COVID-19重症的确定主要是依靠对生命体征、SpO2、意识状态及临床常规器官功能的评估而定,但是因患者临床表现异质性大,结果判断局限性等诸多因素,不利于临床快速指导相关治疗。寻求一种快捷、稳定的新型冠状病毒肺炎重症区分与疗效评价系统具有重要的临床应用价值。
发明内容
本发明的目的是提供一种用于诊别新型冠状病毒肺炎重症与疗效评价的细胞因子标志物组合。
本发明的另一目的是提供一种新型冠状病毒肺炎重症区分与疗效评价系统。
本发明的再一目的是提供所述标志物组合和系统在制备新型冠状病毒肺炎重症区分与疗效评价试剂盒中的应用。
本发明上述目的通过以下技术方案实现:
本发明经过大量的探索研究得出,多种细胞因子可以很好的用于诊别区分新型冠状病毒肺炎重症与其他各种非重症,包括康复组,因此在新型冠状病毒肺炎重症区分与疗效评价方面具有很高的应用价值。
因此本发明要求保护:
一种用于诊别新型冠状病毒肺炎重症与疗效评价的细胞因子标志物组合,选自如下细胞因子中的一种或几种组合:包括:Eotaxin-2、IP-10、IL-18Rb、IL-18、 OPN、IL-2Rb、GDF-15、IL-12p40。
同时还提供了区分新型冠状病毒肺炎重症与一系列非重症以及疗效评价的细胞因子标志物组合,所述非重症包括健康、无症状、轻型、普通型、康复,具体包括如下:
(1)用于区分新型冠状病毒肺炎重症与健康以及疗效评价的细胞因子标志物组合选自如下细胞因子中的一种或几种组合:
IP-10
TFPI
MPIF-1
WIF-1
bIG-H3
IL-8
Cystatin B
RBP4
GDF-15
IGF-2R
IL-18
IL-1RI
TGFb2
IL-10
EGF
E-Cadherin
IGFBP-4
CD200
IL-17C
Fas
TGFb1
Endoglin
GDNF
Midkine
VCAM-1
HVEM
IL-1F7
IL-1F9
FGF-4
Pref-1
uPAR
IL-20
sFRP-3
I-TAC
L-Selectin
NAP-2
Layilin
CHI3L1
OPG
Fetuin A
IGFBP-3
PDGF-AA
TRAIL R1
Epo R
TLR2
TGFb3
Transferrin
IL-32alpha
GRO
MMP-1
TIM-3
XEDAR
HCC-1
IL-18Rb
MCP-2
SCF
OPN
FGF-7
ADAM8
CD14
FABP2
Nidogen-1
DR3
Cystatin E M
Galectin-9
B2M
Leptin
TREM-1
CD58
IGF-2
RAGE
ANGPTL4
HGF
IL-1R5
IL-5Ra
Chemerin
ESAM
IL-1F8
TRAIL R3
IL-24
IGFBP-2
IL-23
CD99
IL-12p40
FGF-21
LIGHT
ALCAM
Testican 2
MIF
MIP-3b
MCP-4
ErbB3
Cystatin A
b-NGF
CEACAM-1
MIP-3a
IGFBP-1
CD40
NT-3
IL-29
CXCL16
Syndecan-1
BDNF
CTACK
IGFBP-6
IL-17B
Pentraxin 3
LIF
IL-2Rb
CEA
6Ckine
GCP-2
IGF-1
Cathepsin L
TECK
PECAM-1
BLC
GH
Eotaxin-2
MCSF R
EGF R
MSP
Axl
Shh-N
Trappin-2
MCP-1
MMP-13
HGF R
NSE
RANTES
B7-H3
ST2
Activin A
IL-1R6
HB-EGF
Renin
IL-18BPa
CCL28
NGF R
VEGF-D
TIMP-4
Fractalkine
ADAM12
SLAM
Lipocalin-2
HCC-4
FGF-9
IL-2Ra
VEGF R2
aFGF
Desmoglein 2
Decorin
DcR3
EG-VEGF
Tie-2
(2)用于区分新型冠状病毒肺炎重症与无症状以及疗效评价的细胞因子标志物组合选自如下细胞因子中的一种或几种组合:
(3)用于区分新型冠状病毒肺炎重症与轻型以及疗效评价的细胞因子标志物组合选自如下细胞因子中的一种或几种组合:
FLRG
IL-5
IL-10Rb
IL-3
FGF-19
FAP
IL-18Rb
TNF RII
IP-10
Contactin-2
IL-18
IL-12p40
GDF-15
bIG-H3
NAP-2
IL-7
TGFb1
CD40
PDGF-AA
TRAIL R2
NSE
DAN
OPN
IGFBP-6
LAG-3
TIM-3
CEA
Troponin I
IL-24
Thrombospondin-5
HGF
ADAM8
VEGF R2
Dkk-4
G-CSF R
Activin A
RANK
SDF-1a
IL-1b
CXCL16
IGFBP-3
Eotaxin-2
IL-2Rb
E-Cadherin
IL-17B R
Siglec-5
IL-4
MIG
RBP4
NCAM-1
IL-27
Kallikrein 14
FAS L
IL-17
HCC-4
TSP-1
Adiponectin
SDF-1b
BAFF
WIF-1
Nidogen-1
DKK-1
IFNg
BMP-2
SCF R
MMP-10
Furin
SOST
Shh-N
Fractalkine
TNF RI
BMP-9
IL-2Rg
TRAIL R1
IL-13R2
Cadherin-13
aFGF
TGFb2
Fetuin A
CD200
OPG
TACI
FOLR1
IFNab R2
MIF
I-TAC
IL-18BPa
GITR
IL-15
GRO
TIMP-4
SCF
Resistin
IL-1a
IL-23
ANGPTL3
APRIL
IGF-2
IGF-1R
GASP-2
hCGb
uPA
IL-13
IL-16
DcR3
FABP2
HAI-2
(4)用于区分新型冠状病毒肺炎重症与普通组型以及疗效评价的细胞因子标志物组合选自如下细胞因子中的一种或几种组合:
(5)用于区分新型冠状病毒肺炎重症与康复以及疗效评价的细胞因子标志物组合选自如下细胞因子中的一种或几种组合:
Eotaxin-2
Notch-1
EDA-A2
Prostasin
FGF-19
RBP4
MCP-2
MSP
IP-10
CTLA4
IL-1a
CD48
B7-H1
Tie-1
HB-EGF
PF4
OPN
FGF-4
IL-1F10
HCC-1
GDF-15
Cystatin A
MCP-4
bFGF
GRO
MCP-1
bIG-H3
Angiostatin
ANGPTL3
IGF-1
Decorin
EGF R
ENA-78
TIM-3
CD58
IL-13R2
NOV
Ck beta 8-1
LRIG3
NGF R
IL-17E
DNAM-1
MIF
IL-18Rb
MMP-8
ErbB4
HGF R
IL-7
Eotaxin
PSA-free
Kallikrein 14
Osteoactivin
FAP
IGFBP-2
IFNg
C5a
IL-12p40
Thrombomodulin
ADAM8
Fetuin A
AFP
IL-23
Mer
ErbB3
Fractalkine
Nectin-4
ADAM12
IL-1F5
MDC
Shh-N
S100A8
Insulin
IL-18
MIP-1a
CEACAM-1
Syndecan-4
HGF
IL-21
IL-2Rb
TNFb
LOX-1
IL-6R
Cathepsin B
BTC
OPG
ACE-2
TARC
Syndecan-1
更重要的,基于上述结果,本发明提供了一种新型冠状病毒肺炎重症区分与疗效评价系统,包括预设值模块、数据收集模块,数据存储模块,数据处理模块,结果显示模块;
(1)所述预设值模块包括重症与非重症对应的上述细胞因子标志物的浓度值:
(2)所述的数据收集模块包括数据监测模块和/或数据录入模块,用于采集和/或录入上述细胞因子标志物的浓度值;
(3)所述的数据存储模块用于存储所述数据收集模块的信息;
(4)所述的数据处理模块用于比较预设值模块与数据收集模块的信息;
(5)所述的数据显示模块用于显示数据处理模块的结果。
步骤(5)的结果显示依据为:
所述细胞因子标志物的浓度值对应重症与非重症的判断标准如下:
进一步地,所述系统还可包括通讯设备关联装置或接口,所述的通讯设备关联装置或接口用于连接计算机、手机、存储云端或其它移动设备;
所述的数据收集模块还可与无创医疗检测设备相连,所述无创医疗检测设备包括细胞因子浓度测试仪。
另外,上述细胞因子标志物组合在作为新型冠状病毒肺炎重症区分或疗效评价标志物方面的应用,以及在制备用于新型冠状病毒肺炎重症区分或疗效评价的产品方面的应用,以及所述细胞因子标志物组合的检测试剂在制备用于新型冠状病毒肺炎重症区分或疗效评价的产品方面的应用,均应在本发明保护范围之内。
同时所述系统在制备新型冠状病毒肺炎重症区分与疗效评价试剂盒中的应用,也应在本发明保护范围之内。
另外,需要说明的是,本发明的研究成果中,还包括明确了:区分重症与健康、区分重症与无症状、区分重症与轻型、区分重症与普通型、区分重症与康复的细胞因子标志物组合;还可对这些差异因子进行深入分析从而分别得到区分重症与健康、区分重症与无症状、区分重症与轻型、区分重症与普通型、区分重症与康复的区分系统。对于新型冠状病毒肺炎患者的分诊治疗有积极意义。
本发明具有以下有益效果:
本发明提供了一种区分新型冠状病毒肺炎重症与非重症以及疗效评价的细胞因子标志物组合,同时基于此提供了一种新型冠状病毒肺炎重症区分与疗效评价系统,在区分新型冠状病毒肺炎重症与非重症方面具有很好的应用价值,同时还可应用于重症患者的疗效评价,对于新型冠状病毒肺炎的防控具有重要的应用价值和意义。
附图说明
图1为重型组与其他各组间的差异蛋白制作的韦恩图,图中数字“8”代表:重型组分别与健康组、无症状组、轻型组、普通型组间比较得出的差异因子的重叠数为8个,即这8个差异因子皆存在于重型组与健康组、无症状组、轻型组、普通型组得差异因子中。
图2为8个重叠蛋白的表达量趋势图,以显示细胞因子在疾病不同严重程度下的表达情况。
图3为用R软件包“clusterProfiler”对蛋白质功能进行GO和KEGG分析,显示差异因子主要富集于“细胞因子及其受体相互作用”、“Toll样受体信号通路”、“病毒蛋白与细胞因子及其受体相互作用”等通路。
图4为GO分析显示差异因子主要参与“T细胞及NK介导的免疫反应”等生物学过程。
图5为显示差异因子发挥调节“细胞因子及其受体活性与结合”等功能。
图6为使用R软件包“pROC”构建ROC曲线并计算ROC曲线下面积(AUC);对于重型和非重型患者,GDF-15(AUC=0.887),IP-10(AUC=0.858), OPN(AUC=0.858),Eotaxin-2(AUC=0.798),IL-18(AUC=0.792), IL-12p40(AUC=0.728)具有较好的诊断效能。
具体实施方式
以下结合说明书附图和具体实施例来进一步说明本发明,但实施例并不对本发明做任何形式的限定。除非特别说明,本发明采用的试剂、方法和设备为本技术领域常规试剂、方法和设备。
除非特别说明,以下实施例所用试剂和材料均为市购。
实施例1
1、资料和实验方法
1.1研究对象
本研究回顾性分析了自2020年1月至5月的131例Sars-cov-2感染患者,依据国家卫生健康委员会“新冠肺炎防治议定书”(第6版)纳入了14例无症状患者,依据《新型冠状病毒诊断与治疗指南》纳入了12例轻型患者、34例普通型患者、 18例重/危重型患者,此外,依据该指南规定的康复出院标准,我们纳入了33 例康复型患者。20例健康对照样本来自广州中医药大学顺德医院。样本均采集于疾病早期,康复组患者样本采集时间在出院前三天至出院20天内。
1.2抗体阵列Q440
COVID19 Cytokines采用瑞博奥QAH-CAA-440蛋白芯片,测量了131份血清标本中生物标志物的水平,分析观察样本中COVID19不同分型患者血清细胞因子水平。
具体地,使用可定量检测440种的人类血清蛋白的细胞因子阵列 Q440(QAH-CAA-440,RayBiotech,Inc,Peachtree Corners,GA,USA)进行蛋白质筛选。抗体阵列操作严格按照厂家说明书进行。简而言之,将阵列在室温下干燥2小时,然后在每孔中加入100μl的2倍稀释的样品稀释剂进行封堵,30分钟后吸出样品稀释剂。每孔中加入100μl 2倍稀释血清样品,4℃孵育过夜。用洗涤缓冲液I洗涤玻片5次,每次5min,然后用洗涤缓冲液II洗涤3次,每次5min。吸干洗涤缓冲液,每孔加入80ul生物素偶联抗体混合物,室温孵育2小时。清洗阵列后,每孔加入80ul AlexaFluor 555-偶联链霉亲和素,室温避光孵育1小时。最后,使用InnoScan310扫描仪(Innopsys,Carbonne,法国)扫描并提取信号。
1.3统计分析
通过分析研究中不同来源的变异对总变异的贡献大小,从而确定可控因素对研究结果影响力的大小。差异表达蛋白(DEP)定义为p值(P.val)小于0.05, foldchange大于1.2或小于0.83(absolutelogFC>0.263)。使用R软件(版本3.6.3) 分析所有统计数据。
主成分分析和层次聚类分析是基于蛋白质表达模式的差异来分析不同组样本和蛋白质之间的差异。GO分析和KEGG富集分析确定了蛋白功能和信号通路的显著富集,p值<0.05。使用R软件(版本3.6.3)分析PCA(R包“ggbilot”)、分级聚类分析(R包“gplots”)、KEGG富集分析(R包“clusterProfiler”)和GO富集分析(R 包“org.hs.e.db”和“clusterProfiler”)。利用R软件包“pROC”构建ROC曲线,评价蛋白对COVID-19不同时期、不同症状的诊断价值。
2、实验结果
统计数据如表1所示
表1
2.1组间进行两两差异比较,差异表达蛋白(DEPs)定义为p-value(P.Val)小于0.05、foldchange大于1.2或小于0.83(absolutelogFC>0.263)。本实验筛选出健康对照组与重型组间差异蛋白160个;无症状组与重型组间差异蛋白56个;轻型组与重型组间的差异蛋白有107个;普通组与重型组间差异蛋白有60个;康复组与重型组间的差异蛋白有88个。
将筛选出的重型组分别与健康组、无症状组、轻型组、普通型组间的差异蛋白制作韦恩图,得到8个重叠细胞因子,包括:Eotaxin-2、IP-10、IL-18Rb、IL-18、 OPN、IL-2Rb、GDF-15、IL-12p40。见图1。
同时得到71个健康对照与重型组间独有的细胞因子,15个无症状组与重型组间独有的细胞因子,41个轻型组与重型组间独有的细胞因子,8个普通型与重型组间独有的细胞因子,28个康复组与重型组间独有的细胞因子。
2.2利用重叠的8个蛋白的表达量制作趋势图,以观察细胞因子在疾病不同严重程度下的表达情况,见图2。
2.3用R软件包“clusterProfiler”对蛋白质功能进行GO和KEGG分析。KEGG 分析显示差异因子主要富集于“细胞因子及其受体相互作用”、“Toll样受体信号通路”、“病毒蛋白与细胞因子及其受体相互作用”等通路,见图3。GO分析显示,差异因子主要参与“T细胞及NK介导的免疫反应”等生物学过程(图4),发挥调节“细胞因子及其受体活性与结合”等功能(图5)。细胞因子功能见表2。
表2
2.4使用R软件包“pROC”构建ROC曲线并计算ROC曲线下面积(AUC)。对于重型和非重型患者,GDF-15(AUC=0.887),IP-10(AUC=0.858), OPN(AUC=0.858),Eotaxin-2(AUC=0.798),IL-18(AUC=0.792), IL-12p40(AUC=0.728)具有较好的诊断效能,见图6。
实施例2
基于上述结果,本发明提供了一种用于诊别新型冠状病毒肺炎重症与疗效评价的细胞因子标志物组合,选自如下细胞因子中的一种或几种组合:包括: Eotaxin-2、IP-10、IL-18Rb、IL-18、OPN、IL-2Rb、GDF-15、IL-12p40。
同时还提供了一系列区分新型冠状病毒肺炎重症与非重症以及疗效评价的细胞因子标志物组合,所述非重症包括健康、无症状、轻型、普通型、康复,具体包括如下:
(1)用于区分新型冠状病毒肺炎重症与健康以及疗效评价的细胞因子标志物组合选自如下细胞因子中的一种或几种组合:
(2)用于区分新型冠状病毒肺炎重症与无症状以及疗效评价的细胞因子标志物组合选自如下细胞因子中的一种或几种组合:
OPN
Clusterin
LDL R
MICA
Renin
IL-29
IL-18Rb
IL-2
IL-18
Decorin
CD163
IL-17B
GRO
MPIF-1
Legumain
IL-24
IP-10
TRAIL R2
TFPI
IL-23
IL-18BPa
IL-15
FLRG
Fetuin A
Eotaxin-2
MIP-3a
DLL1
hCGb
MIF
Leptin R
TNFb
Eotaxin
Syndecan-1
EDA-A2
L1CAM-2
ANG-4
MCP-2
IGFBP-6
MIP-1a
IL-2Rb
6Ckine
IL-12p40
IFNg
RBP4
Cystatin C
CD84
NSE
Galectin-3
GDF-15
IL-21
Pepsinogen I
Mer
MMP-8
CD23
CTACK
EMMPRIN
(3)用于区分新型冠状病毒肺炎重症与轻型以及疗效评价的细胞因子标志物组合选自如下细胞因子中的一种或几种组合:
(4)用于区分新型冠状病毒肺炎重症与普通组型以及疗效评价的细胞因子标志物组合选自如下细胞因子中的一种或几种组合:
hCGb
CEACAM-1
ADAM8
Nidogen-1
bIG-H3
SIGIRR
Eotaxin-2
FGF-9
IL-18Rb
Cathepsin B
TACE
Prolactin
Cystatin E M
B7-H1
IL-18BPa
HB-EGF
IL-18
IGFBP-3
Kallikrein 14
IFNab R2
OPG
Cystatin A
IGFBP-1
IL-1F10
IGF-1R
Cadherin-4
CEACAM-5
MBL
Fractalkine
SDF-1a
GDF-15
L-Selectin
HGF
GH
OPN
ANGPTL3
IL-21
IGFBP-2
ESAM
Layilin
FGF-19
CA15-3
IL-1RII
CD23
IL-3
IGFBP-4
FGF-7
IL-1R6
B7-H3
Insulin
IL-2Rb
CHI3L1
AFP
NGF R
IP-10
Eotaxin
IL-12p40
FAP
Syndecan-1
IL-1F5
(5)用于区分新型冠状病毒肺炎重症与康复以及疗效评价的细胞因子标志物组合选自如下细胞因子中的一种或几种组合:
更重要的,基于上述结果,本发明提供了一种新型冠状病毒肺炎重症区分与疗效评价系统,包括预设值模块、数据收集模块,数据存储模块,数据处理模块,结果显示模块;
(1)所述预设值模块包括重症与非重症对应的上述细胞因子标志物的浓度值:
细胞因子(pg/ml)
重症
非重症
IP-10
1657.431
858.5427
OPN
44767.89
20083.95
IL-2Rb
505.336
1955.144
IL-18Rb
46.04179
727.1648
IL-18
8821.305
2679.998
GDF-15
589.8844
167.732
Eotaxin-2
62.98553
126.6738
IL-12p40
36.44589
118.7969
(2)所述的数据收集模块包括数据监测模块和/或数据录入模块,用于采集和/或录入上述细胞因子标志物的浓度值;
(3)所述的数据存储模块用于存储所述数据收集模块的信息;
(4)所述的数据处理模块用于比较预设值模块与数据收集模块的信息;
(5)所述的数据显示模块用于显示数据处理模块的结果。
步骤(5)的结果显示依据为:
所述细胞因子标志物的浓度值对应重症与非重症的判断标准如下:
进一步地,所述系统还可包括通讯设备关联装置或接口,所述的通讯设备关联装置或接口用于连接计算机、手机、存储云端或其它移动设备;
所述的数据收集模块还可与无创医疗检测设备相连,所述无创医疗检测设备包括细胞因子浓度测试仪。
上述实施例为本发明较佳的实施方式,但本发明的实施方式并不受上述实施例的限制,其他的任何未背离本发明的精神实质与原理下所作的改变、修饰、替代、组合、简化,均应为等效的置换方式,都包含在本发明的保护范围之内。