治疗癌症的方法
阅读说明：本技术 治疗癌症的方法 (Methods of treating cancer ) 是由 R·C·森托雷 L·许 D·拉尔 于 2019-11-21 设计创作，主要内容包括：本发明涉及用于治疗BAF相关病症如黑素瘤、前列腺癌、乳腺癌、骨癌、肾细胞癌和血液学癌症的方法和组合物。(The present invention relates to methods and compositions for treating BAF-related disorders such as melanoma, prostate cancer, breast cancer, bone cancer, renal cell carcinoma, and hematologic cancers.)
背景技术
本发明涉及用于调节BRG1或BRM相关因子(BAF)复合物的方法，所述复合物用于治疗葡萄膜黑素瘤或其他癌症，例如血液学癌症。特别地，本发明涉及用于治疗与BAF复合物功能相关的病症的方法。
染色质调控对于基因表达至关重要，并且ATP依赖性染色质重塑是发生这种基因表达的机制。人转换/蔗糖不发酵型(SWI/SNF)染色质重塑复合物(也称为BAF复合物)具有两种SWI2样ATP酶，称为BRG1(Brahma相关基因1)和BRM(Brahma)。转录活化因子BRG1(也称为ATP依赖性染色质重塑剂SMARCA4)由19号染色体上的SMARCA4基因编码。BRG1在一些癌症肿瘤中过表达，并且是癌细胞增殖所需的。BRM(也称为可能的全局转录活化因子SNF2L2和/或ATP依赖性染色质重塑剂SMARCA2)由9号染色体上的SMARCA2基因编码，并且已被证明对以BRG1功能突变丧失为特征的细胞中的肿瘤细胞生长至关重要。BRG和/或BRM的失活导致细胞中的下游效应，包括细胞周期停滞和肿瘤抑制。
葡萄膜黑素瘤是一种涉及虹膜、睫状体或脉络膜(统称为葡萄膜)的眼癌。肿瘤起因于葡萄膜内存在的使眼睛着色的色素细胞(黑素细胞)。它是成年人中最常见的原发性眼内恶性肿瘤，约占美国记录的所有黑素瘤的5％，在美国和欧洲每百万人中约有5-6例。尽管葡萄膜黑素瘤患者中有97％-98％在诊断时没有转移性疾病的证据，并且局部治疗的成功率超过90％，但所有患者中有一半最终发展转移性疾病。局限于眼睛的葡萄膜黑素瘤患者的5年生存率约为80％，而转移性葡萄膜黑素瘤患者的5年生存率约为15％。
血液学癌症，也称为血液癌症，是始于血液形成组织(如骨髓)或免疫系统细胞的癌症，例如白血病、淋巴瘤和骨髓瘤。白血病是血液和骨髓中发现的癌症，是由异常白细胞的快速产生引起的。淋巴瘤是影响淋巴系统的癌症。骨髓瘤是浆细胞的癌症。在大多数血液学癌症中，异常类型的血细胞不受控制的生长中断正常的血细胞发育。异常的血细胞阻止血液执行其许多功能。血液学癌症约占所有新癌症诊断的10％。血液学癌症的5年相对生存率的范围为约50％到约90％。
发明内容
本发明的特征是用以在例如有需要的受试者中治疗黑素瘤、前列腺癌、乳腺癌、骨癌、肾细胞癌、血液学癌或食道癌的方法。
在一方面，本发明的特征是治疗有需要的受试者中的黑素瘤、前列腺癌、乳腺癌、骨癌、肾细胞癌、血液学癌症或食道癌的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂。
在另一方面，本发明的特征是降低有需要的受试者中的黑素瘤、前列腺癌、乳腺癌、骨癌、肾细胞癌、血液学癌症或食道癌的肿瘤生长的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低所述肿瘤中的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂。
在另一方面，本发明的特征是抑制受试者中的黑素瘤、前列腺癌、乳腺癌、骨癌、肾细胞癌、血液学癌症或食道癌的转移进展的方法，所述方法包括施用有效量的降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂。
在另一方面，本发明的特征是抑制受试者中的黑素瘤、前列腺癌、乳腺癌、骨癌、肾细胞癌、血液学癌症或食道癌的转移定殖的方法，所述方法包括施用有效量的降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂。
在另一方面，本发明的特征是降低黑素瘤、前列腺癌、乳腺癌、骨癌、肾细胞癌、血液学癌症细胞或食道癌细胞中的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞中的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂接触。
在任何上述方面的一些实施方案中，所述黑素瘤、前列腺癌、乳腺癌、骨癌、肾细胞癌、血液学癌症细胞或食道癌细胞在受试者体内。
在任何上述方面的一些实施方案中，与参考相比，所述剂的有效量使BRG1的水平和/或活性降低至少5％(例如，6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)。在一些实施方案中，与参考相比，所述剂的有效量使BRG1的水平和/或活性降低至少50％(例如，55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)。在一些实施方案中，所述剂的有效量使BRG1的水平和/或活性降低至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)。
在一些实施方案中，与参考相比，所述剂的有效量使BRG1的水平和/或活性降低至少5％(例如6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)保持至少12小时(例如，14小时、16小时、18小时、20小时、22小时、24小时、30小时、36小时、48小时、72小时或更长时间)。在一些实施方案中，与参考相比，所述剂的有效量使BRG1的水平和/或活性降低至少5％(例如，6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)保持至少4天(例如，5天、6天、7天、14天、28天或更长时间)。
在任何上述方面的一些实施方案中，与参考相比，所述剂的有效量使BRM的水平和/或活性降低至少5％(例如，6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)。在一些实施方案中，与参考相比，所述剂的有效量使BRM的水平和/或活性降低至少50％(例如，55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)。在一些实施方案中，所述剂的有效量使BRM的水平和/或活性降低至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)。
在一些实施方案中，与参考相比，所述剂的有效量使BRM的水平和/或活性降低至少5％(例如6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)保持至少12小时(例如，14小时、16小时、18小时、20小时、22小时、24小时、30小时、36小时、48小时、72小时或更长时间)。在一些实施方案中，与参考相比，所述剂的有效量使BRM的水平和/或活性降低至少5％(例如，6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)保持至少4天(例如，5天、6天、7天、14天、28天或更长时间)。
在一些实施方案中，所述受试者患有癌症。在一些实施方案中，所述癌症表达BRG1和/或BRM蛋白，和/或所述细胞或受试者已被鉴定为表达BRG1和/或BRM。在一些实施方案中，所述癌症表达BRG1蛋白，和/或所述细胞或受试者已被鉴定为表达BRG1。在一些实施方案中，所述癌症表达BRM蛋白，和/或所述细胞或受试者已被鉴定为表达BRM。在一些实施方案中，所述癌症是黑素瘤(例如，葡萄膜黑素瘤、粘膜黑素瘤或皮肤黑素瘤)。在一些实施方案中，所述黑素瘤是葡萄膜黑素瘤。在一些实施方案中，所述癌症是前列腺癌。在一些实施方案中，所述癌症是血液学癌症，例如多发性骨髓瘤、大细胞淋巴瘤、急性T细胞白血病、急性骨髓性白血病、骨髓增生异常综合征、免疫球蛋白Aλ骨髓瘤、弥漫性混合型组织细胞和淋巴细胞淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、急性成淋巴细胞性白血病(例如，T细胞急性成淋巴细胞性白血病或B细胞急性成淋巴细胞性白血病)、弥漫性大细胞淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤。在一些实施方案中，所述癌症是乳腺癌(例如，ER阳性乳腺癌、ER阴性乳腺癌、三阳性乳腺癌或三阴性乳腺癌)。在一些实施方案中，所述癌症是骨癌(例如，尤文氏肉瘤)。在一些实施方案中，所述癌症是神经母细胞瘤。在一些实施方案中，所述癌症是皮肤黑素瘤。在一些实施方案中，所述癌症是横纹肌样瘤。在一些实施方案中，所述癌症是上呼吸消化道癌症。在特定的实施方案中，所述癌症是食道癌(例如，食道腺癌或食道鳞状细胞癌)。在一些实施方案中，所述癌症是肾细胞癌(例如，小眼转录因子(MITF)家族易位性肾细胞癌)。在一些实施方案中，所述癌症是转移性癌症(例如，癌症已扩散至肝脏)。转移性癌症可包括表现出迁移细胞的迁移和/或侵袭的细胞和/或包括表现出内皮募集和/或血管生成的细胞。在其他实施方案中，所述迁移性癌症是细胞迁移癌症。在仍其他实施方案中，所述细胞迁移癌症是非转移性细胞迁移癌症。转移性癌症可以是经由接种腹膜、胸膜、心包或蛛网膜下腔的表面而扩散的癌症。可选地，转移性癌症可以是经由淋巴系统扩散的癌症，或者是血源性扩散的癌症。在一些实施方案中，降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂的有效量是有效抑制癌症向肝脏转移定殖的量。
在一些实施方案中，所述癌症在GNAQ中具有突变。在一些实施方案中，所述癌症在GNA11中具有突变。在一些实施方案中，所述癌症在PLCB4中具有突变。在一些实施方案中，所述癌症在CYSLTR2中具有突变。在一些实施方案中，所述癌症在BAP1中具有突变。在一些实施方案中，所述癌症在SF3B1中具有突变。在一些实施方案中，所述癌症在EIF1AX中具有突变。在一些实施方案中，所述癌症具有TFE3易位。在一些实施方案中，所述癌症具有TFEB易位。在一些实施方案中，所述癌症具有MITF易位。在一些实施方案中，所述癌症具有EZH2突变。在一些实施方案中，所述癌症具有SUZ12突变。在一些实施方案中，所述癌症具有EED突变。
在一些实施方案中，所述方法还包括向所述受试者施用抗癌疗法或使所述细胞与抗癌疗法接触，所述抗癌疗法例如化学治疗剂或细胞毒性剂、免疫疗法、外科手术、放射疗法、热疗法或光凝。在一些实施方案中，所述抗癌疗法是化学治疗剂或细胞毒性剂，例如抗代谢药、抗有丝分裂剂、抗肿瘤抗生素、天冬酰胺特异性酶、双膦酸盐、抗肿瘤药、烷化剂、DNA修复酶抑制剂、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、皮质类固醇、去甲基化剂、免疫调节剂、janus相关激酶抑制剂、磷酸肌醇3-激酶抑制剂、蛋白酶体抑制剂或酪氨酸激酶抑制剂。
在一些实施方案中，所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂与用于治疗葡萄膜黑素瘤的另一种抗癌疗法如外科手术、MEK抑制剂和/或PKC抑制剂组合使用。例如，在一些实施方案中，所述方法还包括在施用所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂之前、之后或与施用所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂同时进行外科手术。在一些实施方案中，所述方法还包括在施用所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂之前、之后或与施用所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂同时施用MEK抑制剂和/或PKC抑制剂。
在一些实施方案中，所述抗癌疗法和所述降低细胞中的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂在彼此的28天内施用，并且各自以一起有效治疗受试者的量施用。
在一些实施方案中，所述受试者或癌症具有和/或已被鉴定为具有BRG1功能丧失性突变。在一些实施方案中，所述受试者或癌症具有和/或已被鉴定为具有BRM功能丧失性突变。在一些实施方案中，所述癌症具有BRG1 T910M突变。
在一些实施方案中，所述癌症对一种或多种化学治疗剂或细胞毒性剂具有抗性(例如，所述癌症已诸如通过遗传标志物被确定为对化学治疗剂或细胞毒性剂具有抗性，或可能对化学治疗剂或细胞毒性剂具有抗性，如对化学治疗剂或细胞毒性剂没有反应的癌症)。在一些实施方案中，所述癌症对一种或多种化学治疗剂或细胞毒性剂没有反应。在一些实施方案中，所述癌症对达卡巴嗪、替莫唑胺、顺铂、曲奥舒凡、福莫司汀、IMCgp100、CTLA-4抑制剂(例如，伊匹单抗)、PD-1抑制剂(例如，纳武单抗或派姆单抗)、PD-L1抑制剂(例如，阿特珠单抗、阿维鲁单抗或德瓦鲁单抗)、有丝分裂原活化蛋白激酶(MEK)抑制剂(例如，司美替尼、比美替尼或曲美替尼)和/或蛋白激酶C(PKC)抑制剂(例如，索曲妥林(sotrastaurin)或LXS196(也称为IDE196))具有抗性或没有反应。
在一些实施方案中，所述癌症对先前施用的用于治疗葡萄膜黑素瘤的治疗剂如MEK抑制剂或PKC抑制剂具有抗性或没有反应。例如，在一些实施方案中，所述癌症对有丝分裂原活化蛋白激酶(MEK)抑制剂(例如，司美替尼、比美替尼或曲美替尼)和/或蛋白激酶C(PKC)抑制剂(例如，索曲妥林或LXS196)具有抗性或没有反应。
在一些实施方案中，所述降低细胞中的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂是小分子化合物、抗体、酶和/或多核苷酸。
在一些实施方案中，所述降低细胞中的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂是酶，例如成簇规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)相关蛋白(如CRISPR相关蛋白9(Cas9)、CRISPR相关蛋白12a(Cas12a))、锌指核酸酶(ZFN)、转录活化因子样效应物核酸酶(TALEN)或大范围核酸酶。
在一些实施方案中，所述降低细胞中的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂是多核苷酸，例如反义核酸、短干扰RNA(siRNA)、短发夹RNA(shRNA)、微小RNA(miRNA)、CRISPR/Cas 9核苷酸或核酶。
在一些实施方案中，所述降低细胞中的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂是小分子化合物，例如小分子BRG1和/或BRM抑制剂。在一些实施方案中，所述降低细胞中的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂是小分子化合物，例如小分子BRG1抑制剂。在一些实施方案中，所述降低细胞中的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂是小分子化合物，例如小分子BRM抑制剂或降解剂。
在一些实施方案中，所述小分子BRG1和/或BRM抑制剂是具有式I结构的化合物或其药学上可接受的盐：
其中m是0、1、2、3或4；
X1是N或CH；并且
每个R1独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、巯基或任选取代的氨基。
在一些实施方案中，所述小分子BRG1和/或BRM抑制剂是具有式II结构的化合物或其药学上可接受的盐：
其中R2是苯基，所述苯基被羟基取代并且任选地被一个或多个独立地选自下组的基团取代，该组由以下组成：卤基、氰基、三氟甲基、三氟甲氧基、C1-3烷基和C1-3烷氧基；
R3选自下组，该组由以下组成：-Ra、-O-Ra、-N(Ra)2、-S(O)2Ra和-C(O)-N(Ra)2；
每个Ra独立地选自下组，该组由以下组成：氢、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、3-15元碳环基和3-15元杂环基，其中每个C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、3-15元碳环基和3-15元杂环基任选地被一个或多个独立地选自下组的基团取代，该组由以下组成：Rb、氧代、卤基、-NO2、-N(Rb)2、-CN、-C(O)-N(Rb)2、-S(O)-N(Rb)2、-S(O)2-N(Rb)2、-O-Rb、-S-Rb、
-O-C(O)-Rb、-C(O)-Rb、-C(O)-ORb、-S(O)-Rb、-S(O)2-Rb、-N(Rb)-C(O)-Rb、-N(Rb)-S(O)-Rb、-N(Rb)-C(O)-N(Rb)2和-N(Rb)-S(O)2-Rb；
每个Rb独立地选自下组，该组由以下组成：氢、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6烷氧基、3-15元碳环基和3-15元杂环基，其中每个C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6烷氧基、3-15元碳环基和3-15元杂环基任选被一个或多个独立选自Rc的基团取代；或两个Rb
与它们所附接的氮一起形成杂环基，所述杂环基任选地被一个或多个独立地选自下组的基团取代，该组由以下组成：氧代、卤基和任选地被一个或多个独立地选自由氧代和卤基组成的组的基团取代的C1-3烷基；
每个Rc独立地选自下组，该组由以下组成：氧代、卤基、-NO2、-N(Rd)2、-CN、
-C(O)-N(Rd)2、-S(O)-N(Rd)2、-S(O)2-N(Rd)2、-S-Rd、-O-C(O)-Rd、-C(O)-Rd、-C(O)-ORd、-S(O)-Rd、-S(O)2-Rd、
-N(Rd)-C(O)-Rd、-N(Rd)-S(O)-Rd、-N(Rd)-C(O)-N(Rd)2、-N(Rd)-S(O)2-Rd、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、3-15元碳环基和3-15元杂环基，其中任何C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、3-15元碳环基和3-15元杂环基任选地被一个或多个独立地选自下组的基团取代，该组由以下组成：Rd、氧代、卤基、
-NO2、-N(Rd)2、-CN、-C(O)-N(Rd)2、-S(O)-N(Rd)2、-S(O)2-N(Rd)2、-O-Rd、-S-Rd、-O-C(O)-Rd、-C(O)-Rd、-C(O)-Rd、-S(O)-Rd、-S(O)2-Rd、-N(Rd)-C(O)-Rd、-N(Rd)-S(O)-Rd、-N(Rd)-C(O)-N(Rd)2和-N(Rd)-S(O)2-Rd；
每个Rd独立地选自下组，该组由以下组成：氢、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、碳环基和碳环基(C1-3烷基)-；
R4是H、C1-6烷基或-C(＝O)-C1-6烷基；并且
R5是H或C1-6烷基。
式II的化合物可以通过本领域已知的方法合成，例如美国专利公布号2018/0086720中所述的那些方法，其中的合成方法以引用的方式并入本文。
在一些实施方案中，所述小分子BRG1和/或BRM抑制剂是具有式III结构的化合物或其药学上可接受的盐：
其中R6是卤基，例如氟或氯；
R7是氢、任选取代的氨基或任选取代的C1-6烷基；并且
R8是任选取代的C6-10芳基或任选取代的C2-9杂芳基。
在一些实施方案中，所述小分子BRG1和/或BRM抑制剂是具有化合物1-16中任一项的结构的化合物或其药学上可接受的盐：
在一些实施方案中，所述小分子化合物或其药学上可接受的盐是降解剂。在一些实施方案中，所述降解剂具有式IV的结构：
A-L-B
式IV
其中A是BRG1和/或BRM结合部分；L是接头；并且B是降解部分，或是其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，所述降解部分是泛素连接酶部分。在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括Cereblon配体、IAP(细胞凋亡的抑制剂)配体、小鼠双微体2同源物(MDM2)、疏水性标签或希佩尔-林道配体、或其衍生物或类似物。
在一些实施方案中，A包括式I-III中任一项或化合物1-16中任一项的结构。
在一些实施方案中，所述疏水性标签包括二苯甲烷、金刚烷或三-Boc精氨酸，即，所述疏水性标签包括以下结构：
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括式A的结构：
其中X1是CH2、O、S或NR1，其中R1是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；X2是C＝O、CH2或并且R3和R4独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基，m是0、1、2、3或4；并且每个R2独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、巯基或任选取代的氨基，
或是其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括以下结构：
或是其衍生物或类似物，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括式B的结构：
其中每个R4、R4’和R7独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；R5是任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C1-C6烷基C3-C10碳环基或任选取代的C1-C6烷基C6-C10芳基；R6是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C1-C6烷基C3-C10碳环基或任选取代的C1-C6烷基C6-C10芳基；n是0、1、2、3或4；每个R8独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、巯基或任选取代的氨基；并且每个R9和R10独立地是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基，其中R4’或R5包括与接头的键，或是其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括以下结构：
或是其衍生物或类似物，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括式C的结构：
其中每个R11、R13和R15独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；R12是任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C1-C6烷基C3-C10碳环基或任选取代的C1-C6烷基C6-C10芳基；R14是任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C1-C6烷基C3-C10碳环基或任选取代的C1-C6烷基C6-C10芳基；p是0、1、2、3或4；每个R16独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、巯基或任选取代的氨基；q是0、1、2、3或4；并且每个R17独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、巯基或任选取代的氨基，或是其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括以下结构：
或是其衍生物或类似物，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括式D的结构：
其中每个R18和R19独立地是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C1-C6烷基C3-C10碳环基或任选取代的C1-C6烷基C6-C10芳基；r1是0、1、2、3或4；每个R20独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、巯基或任选取代的氨基；r2是0、1、2、3或4；并且每个R21独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、巯基或任选取代的氨基，或是其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括以下结构：
或是其衍生物或类似物，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述接头具有式V的结构：
A1-(B1)f-(C1)g-(B2)h-(D)-(B3)i-(C2)j-(B4)k-A2
式V
其中A1是接头和A之间的键；A2是B和接头之间的键；B1、B2、B3和B4各自独立地选自任选取代的C1-C2烷基、任选取代的C1-C3杂烷基、O、S、S(O)2和NRN；RN是氢、任选取代的C1-4烷基、任选取代的C2-4烯基、任选取代的C2-4炔基、任选取代的C2-6杂环基、任选取代的C6-12芳基或任选取代的C1-7杂烷基；C1和C2各自独立地选自羰基、硫代羰基、磺酰基或磷酰基；f、g、h、I、j和k各自独立地是0或1；并且D是任选取代的C1-10烷基、任选取代的C2-10烯基、任选取代的C2-10炔基、任选取代的C2-6杂环基、任选取代的C6-12芳基、任选取代的C2-C10聚乙二醇或任选取代的C1-10杂烷基或连接A1-(B1)f-(C1)g-(B2)h-与-(B3)i-(C2)j-(B4)k-A2的化学键。
在一些实施方案中，D是任选取代的C2-C10聚乙二醇。在一些实施方案中，C1和C2各自独立地是羰基或磺酰基。在一些实施方案中，B1、B2、B3和B4各自独立地选自任选取代的C1-C2烷基、任选取代的C1-C3杂烷基、O、S、S(O)2和NRN；RN是氢或任选取代的C1-4烷基。在一些实施方案中，B1、B2、B3和B4各自独立地选自任选取代的C1-C2烷基或任选取代的C1-C3杂烷基。在一些实施方案中，j是0。在一些实施方案中，k是0。在一些实施方案中，j和k各自独立地是0。在一些实施方案中，f、g、h和i各自独立地是1。
在一些实施方案中，式V的接头具有式Va的结构：
其中A1是接头和A之间的键，并且A2是B和接头之间的键。
在一些实施方案中，D是任选取代的C1-10烷基。在一些实施方案中，C1和C2各自独立地是羰基。在一些实施方案中，B1、B2、B3和B4各自独立地选自任选取代的C1-C2烷基、任选取代的C1-C3杂烷基、O、S、S(O)2和NRN，其中RN是氢或任选取代的C1-4烷基。在一些实施方案中，B1、B2、B3和B4各自独立地选自任选取代的C1-C2烷基、O、S、S(O)2和NRN，其中RN是氢或任选取代的C1-4烷基。在一些实施方案中，B1和B4各自独立地是任选取代的C1-C2烷基。在一些实施方案中，B1和B4各自独立地是C1烷基。在一些实施方案中，B2和B4各自独立地是NRN，其中RN是氢或任选取代的C1-4烷基。在一些实施方案中，B2和B4各自独立地是NH。在一些实施方案中，f、g、h、I、j和k各自独立地是1。
在一些实施方案中，式V的接头具有式Vb的结构：
其中A1是接头和A之间的键，并且A2是B和接头之间的键。
化学术语
对于任何以下化学定义，原子符号后的数字表示存在于特定化学部分中的所述元素的原子总数。应理解，根据需要，可存在其他原子，如氢原子或如本文所述的取代基，以满足原子的化合价。例如，未取代的C2烷基具有式-CH2CH3。当与本文所定义的基团一起使用时，提及碳原子数包括乙缩醛和缩酮基团中的二价碳，但不包括酰基、酯、碳酸酯或氨基甲酸酯基团中的羰基碳。提及杂芳基中的氧、氮或硫原子的数目仅包括形成杂环的一部分的那些原子。
如本文所用，术语“酰基”表示通过如本文所定义的羰基附接至母体分子基团的氢或烷基，并且由甲酰基(即，羧基醛基团)、乙酰基、三氟乙酰基、丙酰基和丁酰基举例说明。示例性未取代的酰基包括1至6个、1至11个或1至21个碳。
如本文所用，术语“烷基”是指具有1至20个碳原子(例如，1至16个碳原子、1至10个碳原子或1至6个碳原子)的支链或直链单价饱和脂族烃基团。
亚烷基是二价烷基。如本文单独或与其他基团组合使用的术语“烯基”是指具有碳-碳双键且具有2至20个碳原子(例如，2至16个碳原子、2至10个碳原子、2至6个或2个碳原子)的直链或支链烃残基。
如本文单独或与其他基团组合使用的术语“炔基”是指具有碳-碳三键且具有2至20个碳原子(例如，2至16个碳原子、2至10个碳原子、2至6个或2个碳原子)的直链或支链烃残基。
如本文所用，术语“氨基”表示-N(RN1)2，其中每个RN1独立地是H、OH、NO2、N(RN2)2、SO2ORN2、SO2RN2、SORN2、N-保护基团、烷基、烷氧基、芳基、芳基烷基、环烷基、酰基(例如，乙酰基、三氟乙酰基或本文所述的其他酰基)，其中这些列举的RN1基团中的每一个可任选地被取代；或两个RN1组合形成亚烷基或杂亚烷基，并且其中每个RN2独立地是H、烷基或芳基。本文所述的化合物的氨基可以是未取代的氨基(即，-NH2)或取代的氨基(即，-N(RN1)2)。
如本文所用，术语“芳基”是指具有至少一个芳环的6至12个碳原子的芳族单或多碳环基团。此类基团的实例包括但不限于苯基、萘基、1,2,3,4-四氢萘基、1,2-二氢萘基、茚满基和1H-茚基。
如本文所用，术语“芳基烷基”表示被芳基取代的烷基。示例性未取代的芳基烷基是7至30个碳(例如，7至16个或7至20个碳，如C1-C6烷基C6-C10芳基、C1-C10烷基C6-C10芳基或C1-C20烷基C6-C10芳基)，如苄基和苯乙基。在一些实施方案中，烷基和芳基各自均可进一步被如本文针对相应基团所定义的1、2、3或4个取代基取代。
如本文所用，术语“叠氮基”表示-N3基团。
如本文所用，术语“桥联多环烷基”是指含有1至3个桥的5至20个碳的桥联多环基团。
如本文所用，术语“氰基”表示-CN基团。
如本文所用，术语“碳环基”是指其中环由碳原子形成的非芳族C3-C12单环、双环或三环结构。碳环基结构包括环烷基和不饱和碳环基团。
如本文所用，术语“环烷基”是指具有3至10个、优选3至6个碳原子的饱和、非芳族、单价的单或多碳环基团。此术语进一步由诸如环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基、降冰片基和金刚烷基等基团举例说明。
如本文所用，术语“卤素”是指氟(氟代)、氯(氯代)、溴(溴代)或碘(碘代)基团。
如本文所用，术语“杂烷基”是指其中一个或多个组成碳原子已被氮、氧或硫替代的如本文所定义的烷基。在一些实施方案中，杂烷基可进一步被如本文针对烷基所描述的1、2、3或4个取代基取代。杂烷基的实例是“烷氧基”，如本文所用，烷氧基是指烷基-O-(例如，甲氧基和乙氧基)。杂亚烷基是二价杂烷基。如本文所用，术语“杂烯基”是指其中一个或多个组成碳原子已被氮、氧或硫替代的如本文所定义的烯基。在一些实施方案中，杂烯基可进一步被如本文针对烯基所描述的1、2、3或4个取代基取代。杂烯基的实例是“烯氧基”，如本文所用，烯氧基是指烯基-O-。杂亚烯基是二价杂烯基。如本文所用，术语“杂炔基”是指其中一个或多个组成碳原子已被氮、氧或硫替代的如本文所定义的炔基。在一些实施方案中，杂炔基可进一步被如本文针对炔基所描述的1、2、3或4个取代基取代。杂炔基的实例是“炔氧基”，如本文所用，炔氧基是指炔基-O-。杂亚炔基是二价杂炔基。
如本文所用，术语“杂芳基”是指具有至少一个芳族环的5至12个原子的芳族单或多环基团，所述芳环含有1、2或3个选自氮氧和硫的环原子，其中剩余的环原子是碳。杂芳基的一个或两个环碳原子可被羰基替代。杂芳基的实例是吡啶基、吡唑基、苯并噁唑基、苯并咪唑基、苯并噻唑基、咪唑基、噁唑基和噻唑基。
如本文所用，术语“杂芳基烷基”表示被杂芳基取代的烷基。示例性未取代的杂芳基烷基是7至30个碳(例如，7至16个碳或7至20个碳，如C1-C6烷基C2-C9杂芳基、C1-C10烷基C2-C9杂芳基或C1-C20烷基C2-C9杂芳基)。在一些实施方案中，烷基和杂芳基各自均可进一步被如本文针对相应基团所定义的1、2、3或4个取代基取代。
如本文所用，术语“杂环基”是指具有至少一个环的具有3至12个原子的单或多环基团，所述环含有1、2、3或4个选自N、O或S的环原子，其中没有环是芳族的。杂环基的实例包括但不限于吗啉基、硫代吗啉基、呋喃基、哌嗪基、哌啶基、吡喃基、吡咯烷基、四氢吡喃基、四氢呋喃基和1,3-二噁烷基。
如本文所用，术语“杂环基烷基”表示被杂环基取代的烷基。示例性未取代的杂环基烷基是7至30个碳(例如，7至16个或7至20个碳，如C1-C6烷基C2-C9杂环基、C1-C10烷基C2-C9杂环基或C1-C20烷基C2-C9杂环基)。在一些实施方案中，烷基和杂环基各自均可进一步被如本文针对相应基团所定义的1、2、3或4个取代基取代。
如本文所用，术语“羟烷基”表示被-OH基团取代的烷基。
如本文所用，术语“羟基”表示-OH基团。
如本文所用，术语“N-保护基团”表示在合成程序中意图保护氨基免于发生不希望的反应的那些基团。常用的N-保护基团在Greene,“Protective Groups in OrganicSynthesis,”第3版(John Wiley&Sons,New York,1999)中公开。N-保护基团包括但不限于酰基、芳酰基或氨基甲酰基，如甲酰基、乙酰基、丙酰基、新戊酰基、叔丁基乙酰基、2-氯乙酰基、2-溴乙酰基、三氟乙酰基、三氯乙酰基、邻苯二甲酰基、邻硝基苯氧基乙酰基、α-氯丁酰基、苯甲酰基、4-氯苯甲酰基、4-溴苯甲酰基、4-硝基苯甲酰基和手性助剂，如受保护的或未受保护的D、L或D、L-氨基酸，如丙氨酸、亮氨酸和苯丙氨酸；含磺酰基的基团，如苯磺酰基和对甲苯磺酰基；氨基甲酸酯形成基团，如苄氧基羰基、对氯苄氧基羰基、对甲氧基苄氧基羰基、对硝基苄氧基羰基、2-硝基苄氧基羰基、对溴苄氧基羰基、3,4-二甲氧基苄氧基羰基、3,5-二甲氧基苄氧基羰基、2,4-20二甲氧基苄氧基羰基、4-甲氧基苄氧基羰基、2-硝基-4,5-二甲氧基苄氧基羰基、3,4,5-三甲氧基苄氧基羰基、1-(对联苯基甲酰基)-1-甲基乙氧基羰基、α,α-二甲基-3,5-二甲氧基苄氧基羰基、二苯甲基氧基羰基、叔丁氧基羰基、二异丙基甲氧基羰基、异丙氧基羰基、乙氧基羰基、甲氧基羰基、烯丙氧基羰基、2,2,2,-三氯乙氧基羰基、苯氧基羰基、4-硝基苯氧基羰基、芴基-9-甲氧基羰基、环戊氧基羰基、金刚烷基氧基羰基、环己基氧基羰基和苯硫基羰基；芳基烷基，如苄基、三苯基甲基和苄氧基甲基；以及甲硅烷基，如三甲基甲硅烷基。优选的N-保护基团是alloc、甲酰基、乙酰基、苯甲酰基、新戊酰基、叔丁基乙酰基、丙氨酰基、苯磺酰基、苄基、叔丁氧基羰基(Boc)和苄氧基羰基(Cbz)。
如本文所用，术语“硝基”表示-NO2基团。
如本文所用，术语“巯基”表示-SH基团。
烷基、烯基、炔基、杂烷基、杂烯基、杂炔基、碳环基(例如，环烷基)、芳基、杂芳基和杂环基可被取代或未被取代。除非另有说明，否则当被取代时，通常将存在1至4个取代基。取代基包括，例如：烷基(例如，未取代的和取代的，其中取代基包括本文所述的任何基团，例如芳基、卤基、羟基)、芳基(例如，取代的和未取代的苯基)、碳环基(例如，取代的和未取代的环烷基)、卤素(例如，氟)、羟基、杂烷基(例如，取代的和未取代的甲氧基、乙氧基或硫代烷氧基)、杂芳基、杂环基、氨基(例如，NH2或单或二烷基氨基)、叠氮基、氰基、硝基或巯基。芳基、碳环基(例如，环烷基)、杂芳基和杂环基也可被烷基(未取代的和取代的，诸如芳基烷基(例如，取代的和未取代的苄基))取代。
本文所述的化合物可具有一个或多个不对称碳原子，并且可以光学纯的对映异构体、对映异构体的混合物例如像外消旋体、光学纯的非对映异构体、非对映异构体的混合物、非对映异构外消旋体或非对映异构外消旋体的混合物形式存在。光学活性形式可例如通过拆分外消旋体、通过不对称合成或不对称色谱法(使用手性吸附剂或洗脱剂的色谱法)获得。即，某些公开的化合物可以各种立体异构体形式存在。立体异构体是仅在其空间排列上不同的化合物。对映异构体是成对的立体异构体，它们的镜像不可重叠，最常见的原因是它们含有不对称取代的碳原子，所述碳原子充当手性中心。“对映异构体”意指为彼此的镜像并且不可重叠的一对分子中的一者。非对映异构体是与镜像无关的立体异构体，最常见的原因是它们含有两个或更多个不对称取代的碳原子，并且表示一个或多个手性碳原子周围的取代基构型。化合物的对映异构体可例如通过使用一种或多种熟知的技术和方法，例如像手性色谱法和基于其的分离方法，从外消旋体分离对映异构体来制备。本领域技术人员可容易地确定从外消旋混合物中分离本文所述的化合物的对映异构体的适当技术和/或方法。“外消旋体”或“外消旋混合物”是指含有两种对映异构体的化合物，其中此类混合物未表现出光学活性；即，它们不会旋转偏振光的平面。“几何异构体”是指在与碳-碳双键、环烷基环或桥联双环系统有关的取代基原子的取向方面不同的异构体。碳-碳双键每一侧的原子(除H外)可呈E(取代基在碳-碳双键的25个相对侧)或Z(取代基在同一侧)构型。“R”、“S”、“S*”、“R*”、“E”、“Z”、“顺式”和“反式”表示相对于核心分子的构型。所公开的化合物中的某些可以阻转异构体形式存在。阻转异构体是由于围绕单键的旋转受阻而产生的立体异构体，其中旋转的空间应变屏障足够高以允许构象异构体的分离。本文所述的化合物可通过异构体特异性合成而制备为单独的异构体或由异构体混合物拆分。常规拆分技术包括使用光学活性酸形成异构体对的每种异构体的游离碱的盐(随后进行分步结晶和游离碱的再生)、使用光学活性胺形成异构体对的每种异构体的酸形式的盐(随后进行分步结晶和游离酸的再生)、使用光学纯酸、胺或醇形成异构体对的每种异构体的酯或酰胺35(随后进行色谱分离和除去手性助剂)，或使用各种众所周知的色谱方法解析起始材料或最终产物的异构体混合物。当通过结构命名或描绘所公开化合物的立体化学时，所述命名或描绘的立体异构体相对于其他立体异构体是至少60重量％、70重量％、80重量％、90重量％、99重量％或99.9重量％。当通过结构命名或描绘单一对映异构体时，所描绘或命名的对映异构体是至少60重量％、70重量％、80重量％、90重量％、99重量％或99.9重量％光学纯的。当通过结构命名或描绘单一非对映异构体时，所描绘或命名的非对映异构体是至少60重量％、70重量％、80重量％、90重量％、99重量％或99.9％重量纯的。光学纯度百分比是对映体的重量相对于对映体的重量加上其光学异构体的重量的比率。按重量计的非对映异构体纯度是一种非对映异构体的重量相对于所有非对映异构体的重量的比率。当通过结构命名或描绘所公开化合物的立体化学时，所述命名或描绘的立体异构体相对于其他立体异构体是按摩尔分数计至少60％、70％、80％、90％、99％或99.9％纯的。当通过结构命名或描绘单一对映异构体时，所描绘或命名的对映异构体是按摩尔分数计至少60％、70％、80％、90％、99％或99.9％纯的。当通过结构命名或描绘单一非对映异构体时，所描绘或命名的非对映异构体是按摩尔分数计至少60％、70％、80％、90％、99％或99.9％纯的。按摩尔分数计的纯度百分比是对映体的摩尔数相对于对映体的摩尔数加上其光学异构体的摩尔数的比率。类似地，按摩尔分数计的纯度百分比是非对映异构体的摩尔数相对于非对映异构体的摩尔数加上其异构体的摩尔数的比率。当通过结构命名或描绘所公开的化合物而未指示立体化学并且所述化合物具有至少一个手性中心时，应理解所述名称或结构涵盖所述化合物的不含相应光学异构体的任一对映异构体、所述化合物的外消旋体混合物或相对于其相应的光学异构体富含一种对映异构体的混合物。当所公开的化合物通过结构命名或描绘而未指示立体化学并且具有两个或更多个手性中心时，应理解，所述名称或结构涵盖不含其他非对映异构体的非对映异构体、不含其他非对映异构体对的许多非对映异构体、非对映异构体的混合物、非对映异构体对的混合物、其中一种非对映异构体相对于其他一种或多种非对映异构体富集的非对映异构体的混合物或其中一种或多种非对映异构体相对于其他非对映异构体富集的非对映异构体的混合物。本发明包括所有这些形式。
除非另外定义，否则本文所用的所有技术和科学术语均具有与本发明所属领域的普通技术人员通常所理解的相同的含义。本文描述了用于在本公开中使用的方法和材料；也可使用本领域中已知的其他合适的方法和材料。所述材料、方法以及实例仅是说明性的并且不意图是限制性的。本文提及的所有公布、专利申请、专利、序列、数据库条目和其他参考文献均以引用的方式整体并入。在冲突的情况下，以包括定义在内的本说明书为准。
定义
在本申请中，除非上下文另有明确说明，否则(i)术语“一个/种”可被理解为是指“至少一个/种”；(ii)术语“或”可被理解为是指“和/或”；并且(iii)术语“包括(including)”和“包括(including)”可被理解为涵盖逐项列出的组分或步骤，无论是它们本身呈现还是与一直或多种其他组分或步骤一起呈现。
如本文所用，术语“约”和“大约”是指在所描述的值以上或以下10％以内的值。例如，术语“约5nM”表示4.5至5.5nM的范围。
如本文所用，术语“施用”是指将组合物(例如，化合物或包含如本文所述的化合物的制剂)施用至受试者或系统。可通过任何适当的途径向动物受试者(例如，人)施用。例如，在一些实施方案中，施用可以是支气管(包括通过支气管滴注)、经颊、肠内、真皮内、动脉内、皮内、胃内、髓内、肌内、鼻内、腹膜内、鞘内、肿瘤内、静脉内、心室内、粘膜、鼻、口服、直肠、皮下、舌下、局部、气管(包括通过气管内滴注)、经皮、阴道和玻璃体。
如本文所用，术语“BAF复合物”是指人细胞中的BRG1相关因子或HBRM相关因子复合物。
如本文所用，术语“BRG1功能丧失性突变”是指BRG1中导致蛋白质活性降低的突变(例如，BRG1活性降低至少1％，例如BRG1活性降低2％、5％、10％、25％、50％或100％)。示例性BRG1功能丧失性突变包括但不限于纯合的BRG1突变和BRG1的C-末端处的缺失。
如本文所用，术语“BRG1功能丧失性病症”是指表现出BRG1活性降低(例如，BRG1活性降低至少1％，例如BRG1活性降低2％、5％、10％、25％、50％或100％)的病症(例如，癌症)。
如本文所用，术语“BRM功能丧失性突变”是指BRM中导致蛋白质活性降低的突变(例如，BRM活性降低至少1％，例如BRM活性降低2％、5％、10％、25％、50％或100％)。示例性BRM功能丧失性突变包括但不限于纯合的BRM突变和BRM的C-末端处的缺失。
如本文所用，术语“BRM功能丧失性病症”是指表现出BRM活性降低(例如，BRM活性降低至少1％，例如BRM活性降低2％、5％、10％、25％、50％或100％)的病症(例如，癌症)。
如本文所用，术语“GBAF复合物”和“GBAF”是指人细胞中的SWI/SNF ATP酶染色质重塑复合物。GBAF复合物亚基可包括但不限于ACTB、ACTL6A、ACTL6B、BICRA、BICRAL、BRD9、SMARCA2、SMARCA4、SMARCC1、SMARCD1、SMARCD2、SMARCD3和SS18。
术语“癌症”是指由恶性赘生性细胞的增殖所引起的病状，如肿瘤、赘生物、癌、肉瘤、白血病和淋巴瘤。
如本文所用，“组合疗法”或“组合施用”是指将两种(或多种)不同的剂或治疗作为针对特定疾病或病状的限定治疗方案的一部分施用至受试者。治疗方案定义了每种剂的剂量和施用周期，以使单独剂对受试者的作用重叠。在一些实施方案中，两种或更多种剂的递送是同时或并行的，并且所述剂可共同配制。在一些实施方案中，两种或更多种剂不是共同配制的，并且作为处方方案的一部分以顺序方式施用。在一些实施方案中，两种或更多种剂或治疗的组合施用使得与病症相关的症状或其他参数的减少大于在单独递送的一种剂或治疗或在不存在所述剂的情况下观察到的减少。两种治疗的作用可部分累加、完全累加或大于累加(例如，协同作用)。顺序或基本上同时施用每种治疗剂可通过包括但不限于经口途径、静脉内途径、肌肉内途径以及通过粘膜组织直接吸收的任何适当的途径来实现。可通过相同途径或通过不同途径施用治疗剂。例如，可通过静脉内注射施用组合的第一治疗剂，同时可口服施用组合的第二治疗剂。
如本文所用，术语“BRG1”是指ATP依赖性染色质重塑剂SMARCA4。BRG1是BAF复合物的组成部分，所述复合物是SWI/SNF ATP酶染色质重塑复合物。人BRG1由19号染色体上的SMARCA4基因编码，其核酸序列在SEQ ID NO:1中列出。(GenBank登录号NM_001128849.1(mRNA)；www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001128849.1？report＝fasta)
术语“BRG1”还指野生型人BRG1蛋白的天然变体，如与野生型BRG1的氨基酸序列(其在SEQ ID NO:2(UniProt登录号：P51532；www.uniprot.org/uniprot/P51532.fasta)中列出)具有至少85％同一性(例如，85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％同一性或更高同一性)的蛋白质。
SEQ ID NO:2.
如本文所用，术语“BRM”是指可能的全局转录活化因子SNF2L2。BRM是BAF复合物的组成部分，所述复合物是SWI/SNF ATP酶染色质重塑复合物。人BRM由9号染色体上的SMARCA2基因编码，其核酸序列在SEQ ID NO：3中列出。(GenBank登录号：NM_003070.4www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_003070.4？report＝fasta)
SEQ ID NO:3.
术语“BRM”还指野生型人BRM蛋白的天然变体，如与野生型BRM的氨基酸序列(其在SEQ ID NO:4中列出)具有至少85％同一性(例如，85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％同一性或更高同一性)的蛋白质。(Uniprot登录号：P51531；www.uniprot.org/uniprot/P51531.fasta)
SEQ ID NO:4.
如本文所用，术语“降解剂”是指包含降解部分的小分子化合物，其中所述化合物与蛋白质(例如，BRG1和/或BRM)以导致蛋白质降解的方式相互作用，例如，所述化合物的结合使得例如细胞或受试者中的所述蛋白质的水平降低至少5％。
如本文所用，术语“降解部分”是指其结合导致蛋白质(例如，BRG1和/或BRM)降解的部分。在一个实例中，所述部分结合至代谢蛋白质(例如，BRG1和/或BRM)的蛋白酶或泛素连接酶。
“确定蛋白质的水平”是指通过本领域已知的方法直接或间接地检测蛋白质或编码所述蛋白质的mRNA。“直接确定”是指执行过程(例如，对样品进行测定或测试，或如本文所定义的术语“分析样品”)以获得物理实体或值。“间接确定”是指从另一方或来源(例如，直接获取物理实体或值的第三方实验室)接收所述物理实体或值。测量蛋白质水平的方法通常包括但不限于蛋白质印迹、免疫印迹、酶联免疫吸附测定(ELISA)、放射免疫测定(RIA)、免疫沉淀、免疫荧光、表面等离子体共振、化学发光、荧光极化、磷光、免疫组织化学分析、基质辅助激光解吸/电离飞行时间(MALDI-TOF)质谱法、液相色谱(LC)-质谱法、微细胞术、显微、荧光活化细胞分选(FACS)和流式细胞术，以及基于蛋白质性质的测定，包括但不限于酶活性或与其他蛋白质配偶体的相互作用。用于测量mRNA水平的方法是本领域中已知的。
“调节BAF复合物的活性”是指改变与BAF复合物(例如，GBAF)有关的活性的水平或相关的下游效应。BAF复合物的活性水平可使用本领域已知的任何方法来测量，例如，Kadoch等人,Cell 153:71-85(2013)中描述的方法，所述文献的方法以引用的方式并入本文。
“降低BRG1和/或BRM的活性”是指降低与BRG1和/或BRM有关的活性的水平或相关的下游效应。抑制BRG1和/或BRM的活性的非限制性实例是降低细胞中BAF复合物(例如，GBAF)的水平。BRG1和/或BRM的活性水平可使用本领域已知的任何方法来测量。在一些实施方案中，降低BRG1和/或BRM的活性的剂是小分子BRG1和/或BRM抑制剂
“降低BRG1和/或BRM的水平”是指降低细胞或受试者中BRG1和/或BRM的水平。BRG1和/或BRM的水平可使用本领域中已知的任何方法来测量。
如本文所用，术语“抑制BRG和/或BRM”是指阻断或降低蛋白质的ATP酶催化结合结构域或溴结构域的水平或活性。BRG1和/或BRM抑制可使用本领域已知的方法来确定，例如，BRG和/或BRM ATP酶测定、Nano DSF测定或BRG1和/或BRM萤光素酶细胞测定。
“水平”是指与参考相比，蛋白质或编码所述蛋白质的mRNA的水平。所述参考可以是如本文定义的任何有用的参考。蛋白质的水平“降低”或“水平增加”是指与参考相比，蛋白质水平降低或增加(例如降低或增加约5％、约10％、约15％、约20％、约25％、约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约100％、约150％、约200％、约300％、约400％、约500％或更多；与参考相比，降低或增加超过约10％、约15％、约20％、约50％、约75％、约100％或约200％；降低或增加小于约0.01倍、约0.02倍、约0.1倍、约0.3倍、约0.5倍、约0.8倍或更少；或增加超过约1.2倍、约1.4倍、约1.5倍、约1.8倍、约2.0倍、约3.0倍、约3.5倍、约4.5倍、约5.0倍、约10倍、约15倍、约20倍、约30倍、约40倍、约50倍、约100倍、约1000倍或更多)。蛋白质的水平可以质量/体积(例如，g/dL、mg/mL、μg/mL、ng/mL)或相对于样品中总蛋白质或mRNA的百分比表示。
如本文所用，术语“抑制剂”是指降低蛋白质(例如，BRG1和/或BRM)的水平和/或活性的任何剂。抑制剂的非限制性实例包括小分子抑制剂、降解剂、抗体、酶或多核苷酸(例如，siRNA)。
如本文所用，术语“LXS196”是指具有以下结构的PKC抑制剂：
或是其药学上可接受的盐。
如本文所用，术语本文所述的降低(例如，细胞或受试者中的)BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂的“有效量”、“治疗有效量”和“足够量”是指当施用至包括人的受试者时足以产生有益或所需的结果(包括临床结果)的量，并且因此，“有效量”或其同义词取决于其所应用的背景。例如，在治疗癌症的背景下，与不施用降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂所获得的反应相比，其是足以实现治疗反应的降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂的量。将对应于这种量的降低本文所述的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的给定剂的量将取决于各种因素而变化，所述因素如给定剂、药物配制品、施用途径、疾病或病症的类型、所治疗的受试者(例如年龄、性别和/或体重)或宿主的身份等，但是仍然可由本领域技术人员常规确定。同样，如本文所用，降低本公开内容的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂的“治疗有效量”是与对照相比，在受试者中产生有益或所需结果的量。如本文所定义，降低本公开的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂的治疗有效量可由本领域普通技术人员通过本领域已知的常规方法容易地确定。可调整剂量方案以提供最佳的治疗反应。
术语“抑制性RNA剂”是指与靶RNA具有足够序列互补性以指导RNA干扰的RNA或其类似物。实例还包括可用于制备RNA的DNA。RNA干扰(RNAi)是指序列特异性或选择性过程，通过所述过程下调靶分子(例如，靶基因、蛋白质或RNA)。一般来说，干扰RNA(“iRNA”)是导致特定mRNA催化降解的双链短干扰RNA(siRNA)、短发夹RNA(shRNA)或单链微小RNA(miRNA)，并且也可用于降低或抑制基因表达。
术语“短干扰RNA”和“siRNA”(也称为“小干扰RNA”)是指长度为约10-50个核苷酸的RNA剂，优选双链剂，所述链任选地具有突出端，所述突出端包含例如1、2或3个突出核苷酸(或核苷酸类似物)，其能够指导或介导RNA干扰。天然存在的siRNA是通过细胞的RNAi机制(例如，Dicer或其同源物)从更长的dsRNA分子(例如，长度>25个核苷酸)产生的。
如本文所用，术语“shRNA”是指具有茎环结构的RNA剂，所述RNA剂包含互补序列的第一和第二区域，所述区域的互补性程度和取向足以使得在所述区域之间发生碱基配对，所述第一和第二区域由环区域连接，所述环由于环区域内核苷酸(或核苷酸类似物)之间缺乏碱基配对而产生。
术语“miRNA”和“微小RNA”是指长度为约10-50个核苷酸、优选地介于约15-25个核苷酸之间的RNA剂，优选单链剂，其能够指导或介导RNA干扰。天然存在的miRNA是由Dicer从茎环前体RNA(即前体miRNA)产生的。如本文所用，术语“Dicer”包括Dicer以及能够将dsRNA结构加工成siRNA、miRNA、siRNA样或miRNA样分子的任何Dicer直向同源物或同源物。基于已经发现天然存在的miRNA以时间方式(例如，在发育期间)表达的事实，术语微小RNA(“miRNA”)可与术语“小时序RNA”(“stRNA”)互换使用。
如本文所用，术语“反义”是指核酸包含与基因、初级转录物或加工的mRNA的全部或部分充分互补以干扰内源基因(例如，BRG1和/或BRM)的表达的多核苷酸。“互补的”多核苷酸是能够根据标准沃森-克里克(Watson-Crick)互补性规则进行碱基配对的那些。具体地说，嘌呤将与嘧啶碱基配对，以形成与胞嘧啶配对的鸟嘌呤(G:C)和与胸腺嘧啶配对的腺嘌呤(A:T)(在DNA的情况下)或与尿嘧啶配对的腺嘌呤(A:U)(在RNA的情况下)的组合。应当理解，即使两个多核苷酸彼此不完全互补，它们也可彼此杂交，只要每个多核苷酸具有至少一个彼此基本上互补的区域即可。
术语“反义核酸”包括可被转录以产生反义RNA的单链RNA以及双链DNA表达盒。“活性”反义核酸是能够与编码多肽的初级转录物或mRNA选择性地杂交的反义RNA分子，所述多肽与所靶向的多肽序列(例如，BRG1和/或BRM多肽序列)具有至少80％序列同一性(例如，80％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％同一性或更高同一性)。反义核酸可与整个编码链互补，或与其仅一部分互补。在一些实施方案中，反义核酸分子与核苷酸序列的编码链的“编码区”反义。术语“编码区”是指核苷酸序列的包含被翻译成氨基酸残基的密码子的区域。在一些实施方案中，反义核酸分子与核苷酸序列的编码链的“非编码区”反义。术语“非编码区”是指位于编码区侧翼的未翻译成氨基酸的5'和3'序列(即，也称为5'和3'非翻译区)。反义核酸分子可与mRNA的整个编码区互补，或者可与mRNA的编码或非编码区的仅一部分反义。例如，反义寡核苷酸可与翻译起始位点周围的区域互补。反义寡核苷酸的长度可以是例如约5、10、15、20、25、30、35、40、45或50个核苷酸。
相对于参考多核苷酸或多肽序列的“序列同一性百分比(％)”被定义为在比对序列并且在必要时引入空位以实现最大序列同一性百分比之后，候选序列中与参考多核苷酸或多肽序列中的核酸或氨基酸相同的核酸或氨基酸的百分比。用于确定核酸或氨基酸序列同一性百分比的比对可以以在本领域技术人员能力范围内的各种方式实现，例如，使用可公开获得的计算机软件，诸如BLAST、BLAST-2或Megalign软件。本领域的技术人员可确定用于比对序列的适当参数，包括在正在比较的序列全长上实现最大比对所需的任何算法。例如，可使用序列比较计算机程序BLAST生成序列同一性百分比值。作为说明，给定核酸或氨基酸序列A对于、与或针对给定核酸或氨基酸序列B的序列同一性百分比(其可以可选地措词为给定核酸或氨基酸序列A具有对于、与或针对给定核酸或氨基酸序列B的某一序列同一性百分比)计算如下：
100乘以(分数X/Y)
其中X是通过序列比对程序(例如，BLAST)在所述程序的A和B的比对中评分为相同匹配的核苷酸或氨基酸的数目，并且其中Y为B中的核酸的总数。应当理解，当核酸或氨基酸序列A的长度不等于核酸或氨基酸序列B的长度时，A与B的序列同一性百分比将不等于B与A的序列同一性百分比。
如本文所用，术语“药物组合物”表示含有与药学上可接受的赋形剂一起配制的本文所述的化合物并作为用于治疗哺乳动物疾病的治疗方案的一部分，在政府监管机构的批准下制造或销售的组合物。可将药物组合物配制例如用于以单位剂型(例如，片剂、胶囊、囊片、软胶囊或糖浆剂)口服施用；用于局部施用(例如，呈乳膏、凝胶、洗剂或软膏形式)；用于静脉内施用(例如，呈无微粒栓的无菌溶液形式并在适合静脉内使用的溶剂系统中)；或以任何其他药学上可接受的配制品。
如本文所用，“药学上可接受的赋形剂”是指除了本文所述的化合物以外的任何成分(例如，能够悬浮或溶解活性化合物的媒介物)并且在患者中具有基本上无毒和非炎症性的特性。赋形剂可包括例如：抗粘剂、抗氧化剂、粘合剂、包衣、压缩助剂、崩解剂、染料(颜料)、软化剂、乳化剂、填充剂(稀释剂)、成膜剂或包衣、调味剂、香料、助流剂(流动增强剂)、润滑剂、防腐剂、印刷油墨、吸附剂、悬浮剂或分散剂、甜味剂以及水合作用的水。示例性赋形剂包括但不限于：丁羟甲苯(BHT)、碳酸钙、磷酸钙(二碱的)、硬脂酸钙、交联羧甲纤维素、交联聚乙烯吡咯烷酮、柠檬酸、交聚维酮、半胱氨酸、乙基纤维素、明胶、羟丙基纤维素、羟丙基甲基纤维素、乳糖、硬脂酸镁、麦芽糖醇、甘露醇、甲硫氨酸、甲基纤维素、对羟基苯甲酸甲酯、微晶纤维素、聚乙二醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚维酮、预胶凝淀粉、对羟基苯甲酸丙酯、棕榈酸视黄酯、虫胶、二氧化硅、羧甲基纤维素钠、柠檬酸钠、淀粉羟基乙酸钠、山梨糖醇、淀粉(玉米)、硬脂酸、蔗糖、滑石、二氧化钛、维生素A、维生素E、维生素C以及木糖醇。
如本文所用，术语“药学上可接受的盐”是指本文所述的任何化合物的任何药学上可接受的盐。例如，本文所述的任何化合物的药学上可接受的盐包括在合理医学判断范围内适合用于与人和动物的组织接触而没有过度的毒性、激性、过敏性反应并且与合理的利益/风险比相称的那些盐。药学上可接受的盐是本领域众所周知的。例如，药学上可接受的盐描述于：Berge等人,J.Pharmaceutical Sciences 66:1-19,1977和PharmaceuticalSalts:Properties,Selection,and Use,(P.H.Stahl和C.G.Wermuth编辑),Wiley-VCH,2008中。盐可在本文所述化合物的最终分离和纯化过程中原位制备，或通过使游离碱基团与合适的有机酸反应而单独地制备。
本文所述的化合物可具有可电离的基团，以便能够制备为药学上可接受的盐。这些盐可以是涉及无机或有机酸的酸加成盐，或者在酸性形式的本文所述的化合物的情况下，所述盐可由无机或有机碱制备。通常，将化合物制备为药学上可接受的盐或用作制备为药学上可接受的酸或碱的加成产物的药学上可接受的盐。合适的药学上可接受的酸和碱以及用于制备适当的盐的方法是本领域众所周知的。盐可由药学上可接受的无毒酸和碱，包括无机和有机酸和碱制备。代表性酸加成盐包括乙酸盐、己二酸盐、海藻酸盐、抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯磺酸盐、苯甲酸盐、硫酸氢盐、硼酸盐、丁酸盐、樟脑酸盐、樟脑磺酸盐、柠檬酸盐、环戊烷丙酸盐、二葡萄糖酸盐、十二烷基硫酸盐、乙磺酸盐、富马酸盐、葡庚糖酸盐、甘油磷酸盐、半硫酸盐、庚酸盐、己酸盐、氢溴酸盐、盐酸盐、氢碘酸盐、2-羟基-乙磺酸盐、乳糖酸盐、乳酸盐、月桂酸盐、月桂基硫酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、甲磺酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、硝酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、果胶酸盐、过硫酸盐、3-苯基丙酸盐、磷酸盐、苦味酸盐、新戊酸盐、丙酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、硫氰酸盐、甲苯磺酸盐、十一酸盐和戊酸盐。代表性碱金属盐或碱土金属盐包括钠、锂、钾、钙和镁，以及无毒的铵、季铵和胺阳离子，包括但不限于铵、四甲铵、四乙铵、甲胺、二甲胺、三甲胺、三乙胺和乙胺。
“参考”是指用于比较蛋白质或mRNA水平的任何有用的参考。参考可以是用于比较目的的任何样品、标准品、标准曲线或水平。参考可以是正常参考样品或参考标准或水平。“参考样品”可以是例如对照，例如预先确定的阴性对照值，如“正常对照”或取自同一受试者的先前样品；来自正常健康受试者的样品，如正常细胞或正常组织；来自未患疾病的受试者的样品(例如，细胞或组织)；来自被诊断患有疾病、但尚未用本文所述的化合物治疗的受试者的样品；来自已通过本文所述的化合物治疗的受试者的样品；或已知正常浓度下的纯化蛋白(例如，本文所述的任一种)的样品。“参考标准或水平”是指衍生自参考样品的值或数字。“正常对照值”是指示非疾病状态的预先确定的值，例如，在健康对照受试者中预期的值。通常，正常对照值被表示为范围(“介于X与Y之间”)、高阈值(“不高于X”)或低阈值(“不低于X”)。对于特定生物标志物，具有在正常对照值内的测量值的受试者通常被称为对于所述生物标志物“在正常限值内”。正常参考标准或水平可以是衍生自未患疾病或病症(例如，癌症)的正常受试者；已经用本文所述的化合物治疗的受试者的值或数字。在优选的实施方案中，参考样品、标准或水平通过以下标准中的至少一者与样品受试者样品匹配：年龄、体重、性别、疾病阶段和总体健康。在正常参考范围内的纯化的蛋白质(例如，本文所述的任一种)的水平的标准曲线也可用作参考。
如本文所用，术语“受试者”是指可例如出于实验、诊断、预防和/或治疗目的向其施用根据本发明的组合物的任何生物体。典型的受试者包括任何动物(例如，哺乳动物，诸如小鼠、大鼠、兔、非人灵长类动物和人)。受试者可寻求或需要治疗，要求治疗，正在接受治疗，将接受治疗、或者是针对特定疾病或病状在受过训练的专业人员护理下的人或动物。
如本文所用，术语“治疗(treat、treated或treating)”意指治疗性治疗和预防性(prophylactic)或预防性(preventative)措施，其中目的是预防或减缓(减轻)不期望的生理病状、病症或疾病，或获得有益或期望的临床结果。有益或期望的临床结果包括但不限于症状的减轻；病状、病症或疾病的程度减小；病状、病症或疾病的状态稳定(即，没有恶化)；病状、病症或疾病进展的发作延迟或减缓；病状、病症或疾病状态的改善或缓解(无论是部分还是全部)；至少一个可测量的物理参数的改善，不一定是患者可辨别的；或病状、病症或疾病的增强或改善。治疗包括引发临床上显著的反应而没有过度水平的副作用。治疗还包括与不接受治疗情况下的预期存活期相比存活期延长。
如本文所用，术语“变体”和“衍生物”可互换使用，并且是指本文所述的化合物、肽、蛋白质或其他物质的天然存在的、合成的和半合成的类似物。本文所述的化合物、肽、蛋白质或其他物质的变体或衍生物可保留或改善原始材料的生物活性。
本发明的一个或多个实施方案的细节在以下说明中给出。本发明的其他特征、目的和优点将是从说明书和权利要求书清楚的。
附图说明
图1是说明BRG1/BRM抑制剂(化合物17)对几种癌细胞系的细胞增殖的抑制的图。
图2A是说明BRG1/BRM抑制剂(化合物17)、MEK抑制剂(司美替尼)和PKC抑制剂(LXS196)对葡萄膜黑素瘤细胞系92-1的细胞增殖的抑制的图。
图2B是说明BRG1/BRM抑制剂(化合物17)、MEK抑制剂(司美替尼)和PKC抑制剂(LXS196)对葡萄膜黑素瘤细胞系MP41的细胞增殖的抑制的图。
图3是说明BRG1/BRM抑制剂(化合物18)对几种癌细胞系的细胞增殖的抑制的图。
图4是说明由用BRG1/BRM抑制剂处理的癌细胞系的剂量-反应曲线计算出的曲线下面积(AUC)的图。
图5是说明BRG1/BRM抑制剂(化合物18)对葡萄膜黑素瘤和非小细胞肺癌细胞系的细胞增殖的抑制的图。
图6A是说明BRG1/BRM抑制剂(化合物18)、MEK抑制剂(司美替尼)和PKC抑制剂(LXS196)对葡萄膜黑素瘤细胞系92-1的细胞增殖的抑制的图。
图6B是说明BRG1/BRM抑制剂(化合物18)、MEK抑制剂(司美替尼)和PKC抑制剂(LXS196)对葡萄膜黑素瘤细胞系MP41的细胞增殖的抑制的图。
图7A是说明PKC抑制剂(LXS196)对亲本和PKC抑制剂难治性葡萄膜黑素瘤细胞系的细胞增殖的抑制的图。
图7B是说明BRG1/BRM抑制剂(化合物18)对亲本和PKC抑制剂难治性葡萄膜黑素瘤细胞系的细胞增殖的抑制的图。
图8A是说明BRG1/BRM抑制剂(化合物19)对移植葡萄膜黑素瘤细胞系的小鼠中的肿瘤生长的抑制的图。
图8B是来自移植葡萄膜黑素瘤细胞系并给予BRG1/BRM抑制剂(化合物19)的小鼠中的肿瘤大小的说明。
图8C是说明移植葡萄膜黑素瘤细胞系并给予BRG1/BRM抑制剂(化合物19)的小鼠的体重变化的图。
具体实施方式
本发明人发现葡萄膜黑素瘤、前列腺癌或血液学癌症细胞中的BRG1和/或BRM的耗竭导致癌细胞的增殖减少。
因此，本发明的特征是可用于抑制BRG1和/或BRM的活性，例如用于治疗癌症，如葡萄膜黑素瘤、前列腺癌或血液学癌症的方法和组合物。本发明的特征进一步是用于抑制BRG1和/或BRM蛋白的活性，例如用于治疗例如有需要的受试者的癌症，如葡萄膜黑素瘤、前列腺癌或血液学癌症的方法和组合物。本文描述了示例性方法。
降低BRG1和/或BRM的剂
本文所述的降低细胞中的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂可以是抗体、蛋白质(如酶)、多核苷酸或小分子化合物。所述剂降低与BRG1和/或BRM有关的活性的水平或相关的下游效应，或降低细胞或受试者中的BRG1和/或BRM的水平。
在一些实施方案中，所述降低细胞中的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂是酶、多核苷酸或小分子化合物，如小分子BRG1和/或BRM抑制剂。
抗体
所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂可以是抗体或其抗原结合片段。例如，本文所述的降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂是通过与BRG1和/或BRM结合而降低或阻断BRG1和/或BRM的活性和/或功能的抗体。
制备和使用针对靶抗原(例如BRG1和/或BRM)的治疗性抗体是本领域已知的。参见例如上文引用的参考文献，以及Zhiqiang An(编辑),Therapeutic MonoclonalAntibodies:From Bench to Clinic.第1版.Wiley 2009，以及Greenfield(编辑),Antibodies:A Laboratory Manual.(第二版)Cold Spring Harbor Laboratory Press2013，针对重组抗体的制备方法，包括抗体工程化；简并寡核苷酸、5'-RACE、噬菌体展示和诱变的使用；抗体测试和表征；抗体药代动力学和药效学；抗体纯化和储存；以及筛选和标记技术。
多核苷酸
在一些实施方案中，所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂是多核苷酸。在一些实施方案中，所述多核苷酸是抑制性RNA分子，例如，其通过RNA干扰(RNAi)途径起作用。抑制性RNA分子可以降低BRG1和/或BRM的表达水平(例如，蛋白质水平或mRNA水平)。例如，抑制性RNA分子包括短干扰RNA(siRNA)、短发夹RNA(shRNA)和/或靶向全长BRG1和/或BRM的微小RNA(miRNA)。siRNA是双链RNA分子，通常具有约19-25个碱基对的长度。shRNA是包含发夹弯的RNA分子，其可通过RNAi降低靶基因的表达。微小RNA是通常长度为约22个核苷酸的非编码RNA分子。miRNA与mRNA分子上的靶位点结合并使mRNA沉默，例如通过引起mRNA裂解、mRNA不稳定化或mRNA翻译的抑制。降解是由酶促的RNA诱导的沉默复合物(RISC)引起的。
在一些实施方案中，所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂是反义核酸。反义核酸包括反义RNA(asRNA)和反义DNA(asDNA)分子，通常长度为约10至30个核苷酸，它们通过与靶序列(例如BRG1和/或BRM)的核苷酸碱基的氢键合相互作用识别多核苷酸靶序列或序列部分。靶序列可以是单链或双链RNA，或者单链或双链DNA。
在一些实施方案中，所述多核苷酸降低负向功能调控因子或正向功能调控因子的水平和/或活性。在其他实施方案中，所述多核苷酸降低正向功能调控因子抑制剂的水平和/或活性。
可以修饰本发明的多核苷酸，例如以包含修饰的核苷酸，例如2'-氟、2'-o-甲基、2'-脱氧、非锁核酸、2'-羟基、硫代磷酸酯、2'-硫代尿苷、4'-硫代尿苷、2'-脱氧尿苷。不受理论的束缚，据信某些修饰可以增加核酸酶抗性和/或血清稳定性，或降低免疫原性。以上提到的多核苷酸也可以特化形式如脂质体、微球提供，或者可以应用于基因疗法，或者可以与附接的部分组合提供。此类附接的部分包括聚阳离子，如充当磷酸骨架的电荷中和剂的聚赖氨酸，或疏水性部分，如增强与细胞膜的相互作用或增加核酸吸收的脂质(例如，磷脂、胆固醇等)。这些部分可以附接至核酸的3'或5'端，并且也可以通过碱基、糖或分子内核苷键附接。其他部分可以是特异性地位于核酸的3'或5'端的封端基团，以防止核酸酶如核酸外切酶、RNA酶等降解。此类封端基团包括本领域已知的羟基保护基，包括乙二醇，如聚乙二醇和四乙二醇。可以使用本发明的基于细胞系或动物的基因表达系统在体内和体外检查多核苷酸的抑制作用。在一些实施方案中，所述多核苷酸降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性或功能。在实施方案中，所述多核苷酸抑制BRG1和/或BRM的表达。在其他实施方案中，所述多核苷酸增加BRG1和/或BRM的降解和/或降低BRG1和/或BRM的稳定性(即半衰期)。所述多核苷酸可以化学合成或在体外转录。
抑制性多核苷酸可以通过本领域众所周知的方法来设计。可以使用本领域已知的程序设计具有足以提供唯一性降解任何RNA所需的序列特异性的同源性的siRNA、miRNA、shRNA和asRNA分子，包括但不限于在Thermo Fisher Scientific、German CancerResearch Center和The Ohio State University Wexner Medical Center的网站上维护的那些程序。本领域技术人员可以常规地进行几种设计用于优化抑制性多核苷酸序列的种类的系统测试。设计干扰多核苷酸时的考虑因素包括但不限于生物物理学、热力学和结构考虑，正义链中特定位置的碱基偏好，以及同源性。基于非编码RNA(如核酶、RNA酶P、siRNA和miRNA)的抑制性治疗剂的制备和使用在本领域中也是已知的，例如，如以下中所述：Sioud,RNA Therapeutics:Function,Design,and Delivery(Methods in MolecularBiology).Humana Press 2010。下表1中提供了用于本发明方法中的示例性抑制性多核苷酸。在一些实施方案中，所述抑制性多核苷酸与表1中的抑制性多核苷酸的核酸序列具有至少50％(例如，至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％)序列同一性。在一些实施方案中，所述抑制性多核苷酸具有与表1中的抑制性多核苷酸的核酸序列有至少70％序列同一性(例如，70％、75％、80％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％同一性或更高的同一性)的核酸序列。
构建用以表达用于本发明中的多核苷酸的载体可以使用不需要向本领域普通技术人员详细解释的常规技术来完成。为了产生有效的表达载体，必须具有控制多核苷酸表达的调控序列。这些调控序列包括启动子和增强子序列，并受与这些序列相互作用的特定细胞因子的影响，并且在本领域中是众所周知的。
基因编辑
在一些实施方案中，所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂是基因编辑系统的组成部分。例如，所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂在BRG1和/或BRM中引入了改变(例如，插入、缺失(例如，敲除)、易位、倒位、单点突变或其他突变)。在一些实施方案中，所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂是核酸酶。示例性的基因编辑系统包括锌指核酸酶(ZFN)、基于转录活化因子样效应物的核酸酶(TALEN)以及成簇规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)系统。基于ZFN、TALEN和CRISPR的方法描述于例如Gaj等人,TrendsBiotechnol.31(7):397-405(2013)。
CRISPR是指一组成簇规律间隔的短回文重复序列(或包括一组成簇规律间隔的短回文重复序列的系统)。CRISPR系统是指衍生自CRISPR和Cas(CRISPR相关蛋白)或其他核酸酶的系统，其可用以使本文所述的基因沉默或突变。CRISPR系统是在细菌和古细菌基因组中发现的天然存在的系统。CRISPR基因座由交替的重复序列和间隔子序列构成。在天然存在的CRISPR系统中，间隔子通常是对于细菌而言外来的序列(例如，质粒或噬菌体序列)。CRISPR系统已经过修饰，以用于基因编辑(例如，使某些基因变化、沉默和/或增强)。参见例如，Wiedenheft等人,Nature 482(7385):331-338(2012)。例如，对所述系统的这种修饰包括将含有专门设计的CRISPR和一种或多种适当的Cas蛋白的质粒引入真核细胞中。CRISPR基因座被转录成RNA，并被Cas蛋白加工成小的RNA，这些小的RNA包含侧接间隔子的重复序列。所述RNA充当指导Cas蛋白沉默特定序列DNA/RNA序列的向导，取决于间隔子序列。参见例如，Horvath等人,Science 327(5962):167-170(2010)；Makarova等人,Biology Direct1:7(2006)；Pennisi,Science 341(6148):833-836(2013)。在一些实例中，所述CRISPR系统包含Cas9蛋白，一种切割DNA的两条链的核酸酶。参见例如，Id。
在一些实施方案中，在本文描述的用于例如根据本文描述的一种或多种方法使用的CRISPR系统中，CRISPR的间隔子衍生自靶基因序列，例如，衍生自BRG1和/或BRM序列。在一些实施方案中，在本文描述使用的CRISPR系统中，例如，根据本文描述的一种或多种方法，CRISPR的间隔子衍生自靶基因序列，例如，衍生自BRG1序列。在一些实施方案中，在本文描述使用的CRISPR系统中，例如，根据本文描述的一种或多种方法，CRISPR的间隔子衍生自靶基因序列，例如，衍生自BRM序列。
在一些实施方案中，所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂包含用以在用于基因编辑的CRISPR系统中使用的向导RNA(gRNA)。下表1中提供了用于本发明方法中的示例性gRNA。在实施方案中，所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂包含ZFN或编码ZFN的mRNA，所述TALEN靶向(例如切割)BRG1和/或BRM的核酸序列(例如DNA序列)。在实施方案中，所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂包含TALEN或编码TALEN的mRNA，所述TALEN靶向(例如切割)BRG1和/或BRM的核酸序列(例如DNA序列)。在实施方案中，所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂包含TALEN或编码TALEN的mRNA，所述TALEN靶向(例如切割)BRG1的核酸序列(例如DNA序列)。在实施方案中，所述降低BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂包含TALEN或编码TALEN的mRNA，所述TALEN靶向(例如切割)BRM的核酸序列(例如DNA序列)。
例如，可以在CRISPR系统中使用gRNA来工程化基因(例如BRG1和/或BRM)中的改变。在其他实例中，ZFN和/或TALEN可用于工程化基因(例如BRG1和/或BRM)中的改变。示例性的改变包括插入、缺失(例如敲除)、易位、倒位、单点突变或其他突变。可以例如体外、离体或体内将所述改变引入细胞中的基因中。在一些实施方案中，所述改变降低BRG1和/或BRM(例如，敲低或敲除)的水平和/或活性，例如，所述改变是负向功能调控因子。在又另一实例中，所述改变校正BRG1和/或BRM中的缺陷(例如，引起缺陷的突变)。在又另一实例中，所述改变校正BRG1中的缺陷(例如，引起缺陷的突变)。在又另一实例中，所述改变校正BRM中的缺陷(例如，引起缺陷的突变)。
在某些实施方案中，所述CRISPR系统用于编辑(例如，添加或缺失碱基对)靶基因，例如BRG1和/或BRM。在其他实施方案中，所述CRISPR系统用于引入过早终止密码子，例如，从而降低靶基因的表达。在又其他实施方案中，所述CRISPR系统用于以可逆方式关闭靶基因，例如类似于RNA干扰。在实施方案中，所述CRISPR系统用于将Cas指导至靶基因例如BRG1和/或BRM的启动子，从而在空间上阻断RNA聚合酶。在实施方案中，所述CRISPR系统用于将Cas指导至靶基因例如BRG1的启动子，从而在空间上阻断RNA聚合酶。在实施方案中，所述CRISPR系统用于将Cas指导至靶基因例如BRM的启动子，从而在空间上阻断RNA聚合酶。
在一些实施方案中，可使用以下中描述的技术产生用以编辑BRG1和/或BRM的CRISPR系统，例如美国公布号20140068797；Cong等人,Science 339(6121):819-823(2013)；Tsai,Nature Biotechnol.,32(6):569-576(2014)；以及美国专利号：8,871,445；8,865,406；8,795,965；8,771,945；和8,697,359。
在一些实施方案中，所述CRISPR干扰(CRISPRi)技术可以用于特定基因，例如编码BRG1和/或BRM的基因的转录抑制。在CRISPRi中，工程化的Cas9蛋白(例如，无核酸酶的dCas9或dCas9融合蛋白，例如dCas9-KRAB或dCas9-SID4X融合蛋白)可以与序列特异性向导RNA(sgRNA)配对。Cas9-gRNA复合物可以阻断RNA聚合酶，从而干扰转录延长。所述复合物还可以通过干扰转录因子结合来阻断转录起始。CRISPRi方法特别地具有最小的脱靶效应，并且具多重性，例如可以同时抑制多于一个基因(例如，使用多个gRNA)。此外，CRISPRi方法允许可逆性基因抑制。
在一些实施方案中，CRISPR介导的基因活化(CRISPRa)可以用于例如本文所述的一个或多个基因(例如，抑制BRG1和/或BRM的基因)的转录活化。在CRISPRa技术中，dCas9融合蛋白募集转录活化因子。例如，dCas9可用于募集多肽(例如，活化结构域)，如VP64或p65活化结构域(p65D)，并与sgRNA(例如，单个sgRNA或多个sgRNA)一起使用，以活化一个或多个基因，例如，内源基因。可以通过使用多个sgRNA来募集多种活化因子——这样可以提高活化效率。可以使用各种各样的活化结构域和单个或多个活化结构域。除了将dCas9工程化以募集活化因子外，还可以将sgRNA工程化以募集活化因子。例如，可以将RNA适体掺入到sgRNA中以募集蛋白质(例如，活化结构域)，如VP64。在一些实例中，协同活化介导因子(SAM)系统可用于转录活化。在SAM中，将MS2适体添加到sgRNA中。MS2募集与p65AD和热休克因子1(HSF1)融合的MS2外壳蛋白(MCP)。CRISPRi和CRISPRa技术在例如Dominguez等人,Nat.Rev.Mol.Cell Biol.17(1):5-15(2016)中更详细地描述，该文献以引用的方式并入本文。
小分子化合物
在本发明的一些实施方案中，所述降低细胞中的BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂是小分子化合物。在一些实施方案中，所述小分子化合物是式I-III的结构。
在一些实施方案中，所述小分子BRG1和/或BRM抑制剂是具有式I结构的化合物或其药学上可接受的盐：
其中m是0、1、2、3或4；
X1是N或CH；并且
每个R1独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、巯基或任选取代的氨基。
在一些实施方案中，所述小分子BRG1和/或BRM抑制剂是具有式II结构的化合物或其药学上可接受的盐：
其中R2是苯基，所述苯基被羟基取代并且任选地被一个或多个独立地选自下组的基团取代，该组由以下组成：卤基、氰基、三氟甲基、三氟甲氧基、C1-3烷基和C1-3烷氧基；
R3选自下组，该组由以下组成：-Ra、-O-Ra、-N(Ra)2、-S(O)2Ra和-C(O)-N(Ra)2；
每个Ra独立地选自下组，该组由以下组成：氢、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、3-15元碳环基和3-15元杂环基，其中每个C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、3-15元碳环基和3-15元杂环基任选地被一个或多个独立地选自下组的基团取代，该组由以下组成：Rb、氧代、卤基、-NO2、-N(Rb)2、-CN、-C(O)-N(Rb)2、-S(O)-N(Rb)2、-S(O)2-N(Rb)2、-O-Rb、-S-Rb、
-O-C(O)-Rb、-C(O)-Rb、-C(O)-ORb、-S(O)-Rb、-S(O)2-Rb、-N(Rb)-C(O)-Rb、-N(Rb)-S(O)-Rb、-N(Rb)-C(O)-N(Rb)2和-N(Rb)-S(O)2-Rb；
每个Rb独立地选自下组，该组由以下组成：氢、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6烷氧基、3-15元碳环基和3-15元杂环基，其中每个C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6烷氧基、3-15元碳环基和3-15元杂环基任选被一个或多个独立选自Rc的基团取代；或两个Rb
与它们所附接的氮一起形成杂环基，所述杂环基任选地被一个或多个独立地选自下组的基团取代，该组由以下组成：氧代、卤基和任选地被一个或多个独立地选自由氧代和卤基组成的组的基团取代的C1-3烷基；
每个Rc独立地选自下组，该组由以下组成：氧代、卤基、-NO2、-N(Rd)2、-CN、
-C(O)-N(Rd)2、-S(O)-N(Rd)2、-S(O)2-N(Rd)2、-S-Rd、-O-C(O)-Rd、-C(O)-Rd、-C(O)-ORd、-S(O)-Rd、-S(O)2-Rd、
-N(Rd)-C(O)-Rd、-N(Rd)-S(O)-Rd、-N(Rd)-C(O)-N(Rd)2、-N(Rd)-S(O)2-Rd、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、3-15元碳环基和3-15元杂环基，其中任何C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、3-15元碳环基和3-15元杂环基任选地被一个或多个独立地选自下组的基团取代，该组由以下组成：Rd、氧代、卤基、
-NO2、-N(Rd)2、-CN、-C(O)-N(Rd)2、-S(O)-N(Rd)2、-S(O)2-N(Rd)2、-O-Rd、-S-Rd、-O-C(O)-Rd、-C(O)-Rd、-C(O)-Rd、-S(O)-Rd、-S(O)2-Rd、-N(Rd)-C(O)-Rd、-N(Rd)-S(O)-Rd、-N(Rd)-C(O)-N(Rd)2和-N(Rd)-S(O)2-Rd；
每个Rd独立地选自下组，该组由以下组成：氢、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、碳环基和碳环基(C1-3烷基)-；
R4是H、C1-6烷基或-C(＝O)-C1-6烷基；并且
R5是H或C1-6烷基。
式II的化合物可以通过本领域已知的方法合成，例如美国专利公布号2018/0086720中所述的那些方法，其中的合成方法以引用的方式并入本文。
在一些实施方案中，所述小分子BRG1和/或BRM抑制剂是具有式III结构的化合物或其药学上可接受的盐：
其中R6是卤基，例如氟或氯；
R7是氢、任选取代的氨基或任选取代的C1-6烷基；并且
R8是任选取代的C6-10芳基或任选取代的C2-9杂芳基。
在一些实施方案中，所述小分子BRG1和/或BRM抑制剂是具有化合物1-16中任一项的结构的化合物或其药学上可接受的盐：
在一些实施方案中，所述小分子化合物或其药学上可接受的盐是降解剂。在一些实施方案中，所述降解剂具有式IV的结构：
A-L-B
式IV
其中A是BRG1和/或BRM结合部分；L是接头；并且B是降解部分，或是其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，所述降解部分是泛素连接酶部分。在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括Cereblon配体、IAP(细胞凋亡的抑制剂)配体、小鼠双微体2同源物(MDM2)、疏水性标签或希佩尔-林道配体、或其衍生物或类似物。
在一些实施方案中，A是BRG1结合部分。在一些实施方案中，A是BRM结合部分。在一些实施方案中，A包括式I-III中任一项或化合物1-16中任一项的结构。
在一些实施方案中，所述疏水性标签包括二苯甲烷、金刚烷或三-Boc精氨酸，即，所述疏水性标签包括以下结构：
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括式A的结构：
和R4独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基，m是0、1、2、3或4；并且每个R2独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、巯基或任选取代的氨基，
或是其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括以下结构：
或是其衍生物或类似物，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括式B的结构：
其中每个R4、R4’和R7独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；R5是任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C1-C6烷基C3-C10碳环基或任选取代的C1-C6烷基C6-C10芳基；R6是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C1-C6烷基C3-C10碳环基或任选取代的C1-C6烷基C6-C10芳基；n是0、1、2、3或4；每个R8独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、巯基或任选取代的氨基；并且每个R9和R10独立地是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基，其中R4’或R5包括与接头的键，或是其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括以下结构：
或是其衍生物或类似物，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括式C的结构：
其中每个R11、R13和R15独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；R12是任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C1-C6烷基C3-C10碳环基或任选取代的C1-C6烷基C6-C10芳基；R14是任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C1-C6烷基C3-C10碳环基或任选取代的C1-C6烷基C6-C10芳基；p是0、1、2、3或4；每个R16独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、巯基或任选取代的氨基；q是0、1、2、3或4；并且每个R17独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、巯基或任选取代的氨基，或是其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括以下结构：
或是其衍生物或类似物，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括式D的结构：
其中每个R18和R19独立地是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C1-C6烷基C3-C10碳环基或任选取代的C1-C6烷基C6-C10芳基；r1是0、1、2、3或4；每个R20独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、巯基或任选取代的氨基；r2是0、1、2、3或4；并且每个R21独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、巯基或任选取代的氨基，或是其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括以下结构：
或是其衍生物或类似物，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述接头具有式V的结构：
A1-(B1)f-(C1)g-(B2)h-(D)-(B3)i-(C2)j-(B4)k-A2
式V
其中A1是接头和A之间的键；A2是B和接头之间的键；B1、B2、B3和B4各自独立地选自任选取代的C1-C2烷基、任选取代的C1-C3杂烷基、O、S、S(O)2和NRN；RN是氢、任选取代的C1-4烷基、任选取代的C2-4烯基、任选取代的C2-4炔基、任选取代的C2-6杂环基、任选取代的C6-12芳基或任选取代的C1-7杂烷基；C1和C2各自独立地选自羰基、硫代羰基、磺酰基或磷酰基；f、g、h、I、j和k各自独立地是0或1；并且D是任选取代的C1-10烷基、任选取代的C2-10烯基、任选取代的C2-10炔基、任选取代的C2-6杂环基、任选取代的C6-12芳基、任选取代的C2-C10聚乙二醇或任选取代的C1-10杂烷基或连接A1-(B1)f-(C1)g-(B2)h-与-(B3)i-(C2)j-(B4)k-A2的化学键。
在一些实施方案中，D是任选取代的C2-C10聚乙二醇。在一些实施方案中，C1和C2各自独立地是羰基或磺酰基。在一些实施方案中，B1、B2、B3和B4各自独立地选自任选取代的C1-C2烷基、任选取代的C1-C3杂烷基、O、S、S(O)2和NRN；RN是氢或任选取代的C1-4烷基。在一些实施方案中，B1、B2、B3和B4各自独立地选自任选取代的C1-C2烷基或任选取代的C1-C3杂烷基。在一些实施方案中，j是0。在一些实施方案中，k是0。在一些实施方案中，j和k各自独立地是0。在一些实施方案中，f、g、h和i各自独立地是1。
在一些实施方案中，式V的接头具有式Va的结构：
其中A1是接头和A之间的键，并且A2是B和接头之间的键。
在一些实施方案中，D是任选取代的C1-10烷基。在一些实施方案中，C1和C2各自独立地是羰基。在一些实施方案中，B1、B2、B3和B4各自独立地选自任选取代的C1-C2烷基、任选取代的C1-C3杂烷基、O、S、S(O)2和NRN，其中RN是氢或任选取代的C1-4烷基。在一些实施方案中，B1、B2、B3和B4各自独立地选自任选取代的C1-C2烷基、O、S、S(O)2和NRN，其中RN是氢或任选取代的C1-4烷基。在一些实施方案中，B1和B4各自独立地是任选取代的C1-C2烷基。在一些实施方案中，B1和B4各自独立地是C1烷基。在一些实施方案中，B2和B4各自独立地是NRN，其中RN是氢或任选取代的C1-4烷基。在一些实施方案中，B2和B4各自独立地是NH。在一些实施方案中，f、g、h、I、j和k各自独立地是1。
在一些实施方案中，式V的接头具有式Vb的结构：
其中A1是接头和A之间的键，并且A2是B和接头之间的键。
药物用途
本文所述的化合物可用于本发明的方法中，并且尽管不受理论的束缚，但据信可通过它们调节BAF复合物的水平、状态和/或活性的能力，例如通过抑制哺乳动物中的BAF复合物内细胞中的BRG1和/或BRM蛋白的活性或水平而发挥它们的所需作用。
本发明的一个方面涉及治疗有需要的受试者的与BRG1和/或BRM蛋白有关的病症(如癌症)的方法。在一些实施方案中，以有效产生以下中的一者或多者(例如，两者或更多者、三者或更多者、四者或更多者)的量和时间施用化合物：(a)减小肿瘤大小，(b)降低肿瘤生长的速率，(c)肿瘤细胞死亡增加，(d)肿瘤进展减少，(e)转移数量减少，(f)转移率降低，(g)肿瘤复发减少，(h)受试者存活期增加，以及(i)受试者的无进展存活期增加。
治疗癌症可使得肿瘤的大小或体积减小。例如，在治疗之后，相对于治疗前的大小，肿瘤大小减小5％或更大(例如，10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更大)。肿瘤大小可通过任何可重复的测量手段来测量。例如，可将肿瘤的大小测量为肿瘤的直径。
治疗癌症可进一步使得肿瘤数量减少。例如，在治疗之后，相对于治疗前的数量，肿瘤数量减少5％或更多(例如，10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多)。可通过任何可重复的测量手段来测量肿瘤的数量，例如，可通过对肉眼或在指定放大倍数(例如，2x、3x、4x、5x、10x或50x)下可见的肿瘤进行计数来测量肿瘤的数量。
治疗癌症可使得远离原生肿瘤位点(例如，在肝脏中)的其他组织或器官中的转移性结节的数量减少。例如，在治疗后，相对于治疗前的数量，转移性结节的数量减少5％或更多(例如，10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多)。转移性结节的数量可通过任何可重复的测量手段进行测量。例如，可通过对肉眼或在指定的放大倍数(例如，2x、10x或50x)下可见的转移性结节进行计数来测量转移性结节的数量。
治疗癌症可导致抑制或减缓癌症的转移进程。例如，可以向患者施用一定量的降低BRG1和/或BRM的活性或水平的剂，所述剂有效于抑制癌症转移到身体其他部位(例如，葡萄膜黑素瘤已转移(例如，转移到肝脏)的患者)。剂可以在辅助设定或新辅助设定下，如在外科手术切除癌症之前或之后施用，并且导致癌症转移的发生率降低。
与未治疗的受试者群体相比，治疗癌症可使得根据本发明治疗的受试者群体的平均存活时间增加。例如，平均存活时间增加超过30天(超过60天、90天或120天)。群体的平均存活时间的增加可通过任何可重复的手段来测量。群体的平均存活时间的增加可例如通过在开始用本文所述的化合物治疗之后计算群体的平均存活长度来测量。群体的平均存活时间的增加也可例如通过在用本文所述的化合物的药学上可接受的盐治疗第一轮完成后计算群体的平均存活长度来测量。
与未治疗的群体相比，治疗癌症还可使得接受治疗的受试者群体的死亡率降低。例如，死亡率降低超过2％(例如，超过5％、10％或25％)。可通过任何可重复的手段来测量接受治疗的受试者群体的死亡率的降低，例如，通过在开始用本文所述的化合物的药学上可接受的盐治疗后计算每单位时间内群体的疾病相关死亡的平均数量来测量。群体的死亡率的降低也可例如通过在用本文所述的化合物的药学上可接受的盐治疗第一轮完成后计算每单位时间内群体的疾病相关死亡的平均数量来测量。
组合疗法
本发明的方法可单独或与另外的治疗剂(例如，治疗癌症或与癌症相关的症状的其他剂)组合或与其他类型的疗法组合使用以治疗癌症。在组合治疗中，一种或多种治疗性化合物的剂量可从单独施用时的标准剂量减少。例如，剂量可根据药物组合和排列经验性地确定，或者可通过等效线图解分析推导(例如，Black等人,Neurology 65:S3-S6,(2005))。在这种情况下，在组合时化合物的剂量应提供治疗作用。
在一些实施方案中，第二治疗剂是化学治疗剂(例如，可用于治疗癌症的细胞毒性剂或其他化合物)。这些包括烷化剂、抗代谢药、叶酸类似物、嘧啶类似物、嘌呤类似物和相关的抑制剂、长春花生物碱、表鬼臼毒素、抗生素、L-天冬酰胺酶、拓扑异构酶抑制剂、干扰素、铂配位络合物、蒽二酮取代的脲、甲基肼衍生物、肾上腺皮质抑制剂、肾上腺皮质类固醇、孕激素、雌激素、抗雌激素、雄激素、抗雄激素以及促性腺激素释放激素类似物。还包括5-氟尿嘧啶(5-FU)、亚叶酸(LV)、伊立替康、奥沙利铂、卡培他滨、紫杉醇和多西他赛。化学治疗剂的非限制性实例包括烷化剂，如噻替派和环磷酰胺；烷基磺酸酯，如白消安、英丙舒凡和哌泊舒凡；氮杂环丙烷，如苯佐多巴(benzodopa)、卡波醌、米特多巴和尤利多巴；乙烯亚胺和甲基蜜胺，包括六甲蜜胺、三亚乙基蜜胺、三亚乙基磷酰胺、三亚乙基硫代磷酰胺和三羟甲基蜜胺；多聚乙酰(尤其是布拉他辛和布拉他辛酮)；喜树碱(包括合成类似物托泊替康)；苔藓抑素；海绵他汀；CC-1065(包括其阿多来新、卡折来新和比折来新合成类似物)；念珠藻素(特别是念珠藻素1和念珠藻素8)；尾海兔素；倍癌霉素(包括合成类似物、KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；水鬼蕉碱；匍枝珊瑚醇；海绵抑素(spongistatin)；氮芥，如苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、氮芥、氮芥氧化物盐酸盐、美法仑、新恩比兴、苯芥胆甾醇、泼尼莫司汀、曲磷胺和尿嘧啶氮芥；亚硝基脲，如卡莫司汀、氯脲霉素、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀和雷莫司汀；抗生素，如烯二炔抗生素(例如，卡奇霉素，尤其卡奇霉素γII和卡奇霉素ωII(参见例如，Agnew,Chem.Intl.Ed Engl.33:183-186(1994))；达内霉素，包括达内霉素A；二膦酸盐，如氯膦酸盐；埃斯培拉霉素；以及新制癌菌素生色团和相关色蛋白烯二炔抗生素生色团)、阿克拉霉素、放线菌素、安曲霉素、重氮丝氨酸、博莱霉素、放线菌素、卡柔比星、洋红霉素、嗜癌菌素、色霉素、更生霉素、道诺霉素、地托比星、6-重氮基-5-氧代-L-正亮氨酸、(多柔比星，包括吗啉代-多柔比星、氰基吗啉代-多柔比星、2-吡咯啉并-多柔比星和去氧多柔比星)、表柔比星、依索比星、伊达比星、麻西罗霉素、丝裂霉素(如丝裂霉素C)、霉酚酸、诺拉霉素、橄榄霉素、培洛霉素、泊非霉素、嘌呤霉素、三铁多柔比星、罗多比星、链黑菌素、链佐星、杀结核菌素、乌苯美司、净司他丁、佐柔比星；抗代谢药，如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，如二甲叶酸、氨甲蝶呤、蝶罗呤、三甲曲沙；嘌呤类似物，如氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，如安西他滨、阿扎胞苷、6-氮杂尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、双去氧尿苷、去氧氟尿苷、依诺他滨、氟尿苷；雄激素，如卡普睾酮、屈他雄酮丙酸酯、环硫雄醇、美雄烷、睾内酯；抗肾上腺素药，如氨鲁米特、米托坦、曲洛斯坦；叶酸补充剂，如亚叶酸；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷；氨基乙酰丙酸；恩尿嘧啶；安吖啶；倍曲布西；比生群；依达曲沙；德福法明；秋水仙胺；地吖醌；依氟鸟氨酸；依利醋铵；埃博霉素；依托格鲁；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖；氯尼达明；美登木素生物碱，如美登素和安丝菌素；米托胍腙；米托蒽醌；莫哌达醇；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁；蛋氨氮芥；吡柔比星；洛索蒽醌；鬼臼酸；2-乙基酰肼；丙卡巴肼；多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,OR)；雷佐生；根霉素(rhizoxin)；西佐喃；锗螺胺；细交链孢菌酮酸；三亚胺醌；2,2',2"-三氯三乙胺；单端孢霉烯族毒素(特别是T-2毒素、疣孢菌素A、杆孢菌素A和蛇形菌素)；乌拉坦；长春地辛；达卡巴嗪；甘露莫司汀；二溴甘露醇；二溴卫矛醇；哌泊溴烷；加西托星(gacytosine)；阿糖胞苷(“Ara-C”)；环磷酰胺；噻替派；紫杉烷类，例如紫杉醇(Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,NJ)、无克列莫佛的白蛋白工程化紫杉醇纳米颗粒配制品(American Pharmaceutical Partners,Schaumberg,IL)和多西他赛(Rhone-Poulenc Rorer,Antony,France)；苯丁酸氮芥；吉西他滨；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；氨甲蝶呤；铂配位络合物，如顺铂、奥沙利铂和卡铂；长春花碱；铂；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌；长春新碱；长春瑞滨；诺安托；替尼泊苷；依达曲沙；道诺霉素；氨蝶呤；希罗达；伊班膦酸盐；伊立替康(例如，CPT-11)；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄醇，如视黄酸；卡培他滨；以及上述任一者的药学上可接受的盐、酸或衍生物。可在混合物中使用两种或更多种化学治疗剂，以与本文所述的第一治疗剂组合施用。组合化学疗法的合适的给药方案是本领域已知的，并且描述于例如Saltz等人,Proc.Am.Soc.Clin.Oncol.18:233a(1999)和Douillard等人,Lancet 355(9209):1041-1047(2000)中。
在一些实施方案中，第二治疗剂是治疗剂，其是用于癌症治疗的生物制剂，如细胞因子(例如，干扰素或白介素(例如，IL-2))。在一些实施方案中，生物制剂是抗血管生成剂，如抗VEGF剂，例如贝伐单抗在一些实施方案中，生物制剂是基于免疫球蛋白的生物制剂，例如单克隆抗体(例如，人源化抗体、完全人抗体、Fc融合蛋白或其功能片段)，所述单克隆抗体激动靶标以刺激抗癌反应或拮抗对癌症而言重要的抗原。此类剂包括(利妥昔单抗)；(达克珠单抗)；(巴利昔单抗)；(帕利珠单抗)；(英夫利昔单抗)；(曲妥珠单抗)；(吉妥珠单抗奥佐米星)；(阿仑单抗)；(替伊莫单抗)；(阿达木单抗)；(奥马珠单抗)；(托西莫单抗-I-131)；(依法利珠单抗)；(西妥昔单抗)；(贝伐单抗)；(那他珠单抗)；(托珠单抗)；(帕尼单抗)；(兰尼单抗)；(依库珠单抗)；(培化赛妥珠单抗)；(戈利木单抗)；(康纳单抗)；(优特克单抗)；(奥法木单抗)；(地诺单抗)；(莫维珠单抗)；(雷西巴单抗)；(贝利木单抗)；(伊匹单抗)；(本妥西单抗维多汀)；(帕妥珠单抗)；(阿多-曲妥珠单抗恩他新)；以及(奥比妥珠单抗)。还包括抗体-药物缀合物。
在一些实施方案中，所述第二剂是达卡巴嗪、替莫唑胺、顺铂、曲奥舒凡、福莫司汀、IMCgp100、CTLA-4抑制剂(例如，伊匹单抗)、PD-1抑制剂(例如，纳武单抗或派姆单抗)、PD-L1抑制剂(例如，阿特珠单抗、阿维鲁单抗或德瓦鲁单抗)、有丝分裂原活化蛋白激酶(MEK)抑制剂(例如，司美替尼、比美替尼或曲美替尼)和/或蛋白激酶C(PKC)抑制剂(例如，索曲妥林(sotrastaurin)或LXS196)。
在一些实施方案中，所述第二剂是有丝分裂原活化蛋白激酶(MEK)抑制剂(例如，司美替尼、比美替尼或曲美替尼)和/或蛋白激酶C(PKC)抑制剂(例如，索曲妥林或LXS196)。
第二剂可以是非药物治疗的治疗剂。例如，第二治疗剂是放射疗法、热疗法、光凝、冷冻疗法、高温热疗和/或肿瘤的手术切除。
第二剂可以是检查点抑制剂。在一个实施方案中，所述检查点抑制剂是抑制性抗体(例如，单特异性抗体，如单克隆抗体)。所述抗体可以是例如人源化或完全人源的。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是融合蛋白，例如Fc-受体融合蛋白。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是与检查点蛋白相互作用的剂，例如抗体。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是与检查点蛋白的配体相互作用的剂，如抗体。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是CTLA-4的抑制剂(例如，抑制性抗体或小分子抑制剂)(例如，抗CTLA4抗体或融合蛋白，如伊匹单抗/或曲美木单抗)。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是PD-1的抑制剂(例如，抑制性抗体或小分子抑制剂)(例如，纳武单抗/派姆单抗/匹地利珠单抗/CT-011)。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是PDL1的抑制剂(例如，抑制性抗体或小分子抑制剂)(例如，阿特珠单抗、阿维鲁单抗、德瓦鲁单抗、MPDL3280A/RG7446；MEDI4736；MSB0010718C；BMS 936559)。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是PDL2的抑制剂(例如，抑制性抗体或Fc融合体或小分子抑制剂)(例如，PDL2/Ig融合蛋白，如AMP 224)。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是B7-H3(例如，MGA271)、B7-H4、BTLA、HVEM、TIM3、GAL9、LAG3、VISTA、KIR、2B4、CD160、CGEN-15049、CHK 1、CHK2、A2aR、B-7家族配体或其组合的抑制剂(例如，抑制性抗体或小分子抑制剂)。
在一些实施方案中，所述抗癌疗法是T细胞过继性转移(ACT)疗法。在一些实施方案中，所述T细胞是活化的T细胞。可修饰T细胞以表达嵌合抗原受体(CAR)。CAR修饰的T(CAR-T)细胞可通过本领域已知的任何方法产生。例如，可通过将编码CAR的合适的表达载体引入T细胞来产生CAR-T细胞。在T细胞进行扩增和遗传修饰之前，从受试者获得T细胞的来源。T细胞可从多种来源获得，所述来源包括外周血单核细胞、骨髓、淋巴结组织、脐带血、胸腺组织、来自感染位点的组织、腹水、胸腔积液、脾组织以及肿瘤。在本发明的某些实施方案中，可使用本领域可获得的任意数量的T细胞系。在一些实施方案中，所述T细胞是自体细胞。无论在表达所希望的蛋白质(例如，CAR)的T细胞的遗传修饰之前或之后，T细胞可通常使用如在以下中描述的方法进行活化和扩增：例如，美国专利6,352,694；6,534,055；6,905,680；6,692,964；5,858,358；6,887,466；6,905,681；7,144,575；7,067,318；7,172,869；7,232,566；7,175,843；5,883,223；6,905,874；6,797,514；6,867,041；以及美国专利申请公布号20060121005。
在本文所述的任何组合实施方案中，第一治疗剂和第二治疗剂以任一顺序同时或顺序施用。第一治疗剂可在第二治疗剂之前或之后立即、至多1小时、至多2小时、至多3小时、至多4小时、至多5小时、至多6小时、至多7小时、至多8小时、至多到9小时、至多10小时、至多11小时、至多12小时、至多13小时、14小时、至多16小时、至多17小时、至多18小时、至多19小时、至多20小时、至多21小时、至多22小时、至多23小时、至多24小时或至多1-7、1-14、1-21或1-30天施用。
抗BRG1和/或BRM剂的递送
有多种方法可用于向受试者递送抗BRG1和/或BRM剂，包括病毒和非病毒方法。
病毒递送方法
在一些实施方案中，所述降低BRM和/或BRG1的水平和/或活性的剂由病毒载体(例如表达抗BRG1和/或BRM剂的病毒载体)递送。病毒基因组提供可以用于将外源基因有效递送到哺乳动物细胞中的丰富载体源。病毒基因组是尤其可用于基因递送的载体，因为此类基因组内包含的多核苷酸通常通过一般化或特殊化转导掺入哺乳动物细胞的核基因组中。这些过程作为天然病毒复制周期的一部分发生，并且不需要添加蛋白质或试剂来诱导基因整合。病毒载体的实例包括逆转录病毒(例如，逆转录病毒科病毒载体)、腺病毒(例如，Ad5、Ad26、Ad34、Ad35和Ad48)、细小病毒(例如，腺相关病毒)、冠状病毒、负链RNA病毒诸如正粘病毒(例如，流感病毒)、棒状病毒(例如，狂犬病毒和水疱性口炎病毒)、副粘病毒(例如麻疹病毒和仙台病毒)、正链RNA病毒(诸如细小核糖核酸病毒和甲病毒)以及双链DNA病毒，包括腺病毒、疱疹病毒(例如，1型和2型单纯疱疹病毒、EB病毒、巨细胞病毒、复制缺陷型疱疹病毒)和痘病毒(例如，牛痘、改良安卡拉痘苗(modified vaccinia Ankara，MVA)、鸡痘和金丝雀痘)。其他病毒包括例如诺沃克(Norwalk)病毒、囊膜病毒、黄病毒、呼肠孤病毒、乳多空病毒、嗜肝DNA病毒、人乳头瘤病毒、人泡沫病毒和肝炎病毒。反转录病毒的实例包括：禽白血病-肉瘤、禽C型病毒、哺乳动物C型、B型病毒、D型病毒、致癌逆转录病毒(oncoretroviruses)、HTLV-BLV组、慢病毒、α逆转录病毒、γ逆转录病毒、泡沫病毒(Coffin,J.M.,Retroviridae:The viruses and their replication,Virology(第三版)Lippincott-Raven,Philadelphia,1996)。其他实例包括鼠白血病病毒、鼠肉瘤病毒、小鼠乳腺肿瘤病毒、牛白血病病毒、猫白血病病毒、猫肉瘤病毒、禽白血病病毒、人T细胞白血病病毒、狒狒内源病毒、长臂猿白血病病毒、梅森-辉瑞(Mason Pfizer)猴病毒、猿猴免疫缺陷病毒、猿猴肉瘤病毒、劳斯肉瘤病毒和慢病毒。载体的其他实例描述于例如美国专利号5,801,030中，该专利的教导内容以引用的方式并入本文。
示例性的病毒载体包括慢病毒载体、AAV和逆转录病毒载体。慢病毒载体和AAV可以整合到基因组中而无细胞分裂，并且已在临床前动物研究中对两种类型都进行了测试。用于制备AAV的方法在本领域中有描述，例如在US 5,677,158、US 6,309,634和US 6,683,058(各自以引用的方式并入本文)中描述。慢病毒的制备和体内施用的方法描述在US20020037281(以引用的方式并入本文)中。优选地，慢病毒载体是复制缺陷型慢病毒颗粒。可以从包含5'慢病毒LTR、tRNA结合位点、包装信号、可操作地连接至编码融合蛋白的多核苷酸信号的启动子、第二链DNA合成起点和3'慢病毒LTR的慢病毒载体生产这种慢病毒颗粒。
逆转录病毒最常用于人类临床试验中，因为它们携带7-8kb，并且具有感染细胞的能力且其遗传物质能高效地稳定整合到宿主细胞中(参见例如WO 95/30761；WO 95/24929，其各自以引用的方式并入本文)。优选地，逆转录病毒载体是复制缺陷型。这防止了靶组织中进一步产生感染性逆转录病毒颗粒。因此，复制缺陷型病毒在掺入靶细胞基因组中时变为“圈养”转基因稳定的。这通常是通过缺失gag、env和pol基因(连同病毒基因组的其余大部分)来实现的。插入异源核酸代替缺失的病毒基因。异源基因可以在内源异源启动子(在靶细胞中有活性的另一种异源启动子)或逆转录病毒5'LTR(病毒LTR在多种组织中有活性)的控制下。
通过附接例如糖、糖脂或蛋白质(例如，针对靶细胞受体的抗体)，可以使本文所述的这些递送载体成为靶特异性的。
也可以使用可逆的递送表达系统。Cre-loxP或FLP/FRT系统和其他类似系统可用于一种或多种上述核酸的可逆递送-表达。参见WO2005/112620、WO2005/039643、US20050130919、US20030022375、US20020022018、US20030027335和US20040216178。特别地，在US20100284990中描述的可逆递送-表达系统可用于提供选择性或紧急关闭。
非病毒递送方法
存在几种用于递送抗BRG1和/或BRM剂的非病毒方法，包括本领域已知的聚合的、可生物降解的微粒或微胶囊递送装置。例如，胶体分散系统可用于靶向递送本文所述的抗BRG1和/或BRM剂。胶体分散系统包括大分子复合物、纳米胶囊、微球、珠和基于脂质的系统(包括水包油乳剂、胶束、混合胶束和脂质体)。脂质体是人工膜囊泡，可用作体外和体内递送媒介物。已经显示，尺寸范围为0.2-4.0μm的大单层囊泡(LUV)可以包封相当大百分比的包含大分子的水性缓冲液。
脂质体的组成通常是磷脂的组合，通常是与类固醇尤其胆固醇的组合。也可以使用其他磷脂或其他脂质。脂质体的物理特性取决于pH、离子强度和二价阳离子的存在。
可用于脂质体生产的脂质包括磷脂酰化合物，如磷脂酰甘油、磷脂酰胆碱、磷脂酰丝氨酸、磷脂酰乙醇胺、鞘脂、脑苷脂和神经节苷脂。示例性的磷脂包括卵磷脂酰胆碱、二棕榈酰磷脂酰胆碱和二硬脂酰磷脂酰胆碱。基于例如器官特异性、细胞特异性和细胞器特异性，脂质体的靶向也是可能的，并且是本领域已知的。在脂质体靶向递送系统的情况下，可以将脂质基团掺入脂质体的脂质双层中，以保持靶向配体与脂质体双层稳定缔合。可使用各种连接基团将脂质链连接至靶向配体。另外的方法在本领域中是已知的，并且在例如美国专利申请公布号20060058255中进行了描述。
药物组合物
优选将本文所述的药物组合物配制成以适于体内施用的生物相容性形式向人受试者施用的药物组合物。
本文所述的化合物可以游离碱的形式、以盐、溶剂合物的形式以及以前药形式使用。所有形式均在本文所述的方法之内。如本领域技术人员所理解的，根据本发明的方法，所描述的化合物或其盐、溶剂合物或前药可根据所选择的施用途径以多种形式施用至患者。本文所述的化合物可例如通过口服、胃肠外、经颊、舌下、经鼻、直肠、贴剂、泵、肿瘤内或透皮施用来施用，并且相应地配制药物组合物。胃肠外施用包括静脉内、腹膜内、皮下、肌内、经上皮、经鼻、肺内、鞘内、直肠和局部施用方式。胃肠外施用可通过在选定的时间段内连续输注来进行。
本文所述的化合物可例如与惰性稀释剂或与可吸收的可食用载体一起口服施用，或者其可被包封在硬壳或软壳明胶胶囊中，或者其可被压制成片剂，或者其可直接与饮食的食物一起并入。对于口服治疗性施用，本文所述的化合物可与赋形剂混合并以可摄入片剂、口含片剂、锭剂、胶囊、酏剂、混悬剂、糖浆和糯米纸囊剂的形式使用。本文所述的化合物也可胃肠外施用。本文所述的化合物的溶液可在合适地与诸如羟丙基纤维素的表面活性剂混合的水中制备。还可在甘油、液体聚乙二醇、DMSO及其有或无醇的混合物中以及在油中制备分散液。在正常储存和使用条件下，这些制剂可含有防腐剂以防止微生物生长。用于选择和制备合适配制品的常规程序和成分描述于例如Remington’s Pharmaceutical Sciences(2012,第22版)和2018年出版的The United States Pharmacopeia:The NationalFormulary(USP 41NF36)中。适于可注射用途的药物形式包括无菌水溶液或分散液和用于临时制备无菌可注射溶液或分散液的无菌粉末。在所有情况下，所述形式都必须是无菌的，并且必须是流体性的达到可经由注射器容易注射的程度。用于经鼻施用的组合物可方便地配制成气雾剂、滴剂、凝胶剂和粉末。气雾剂配制品通常包括活性物质在生理上可接受的水性或非水性溶剂中的溶液或精细悬浮液，并且通常以无菌形式以单剂量或多剂量形式存在于密封容器中，所述容器可采取药筒或重新装填的形式用于雾化装置。可选地，密封的容器可以是一体的分配装置，如单剂量鼻吸入器或配备有意图在使用后丢弃的计量阀的气雾剂分配器。当剂型包括气雾剂分配器时，它将含有推进剂，所述推进剂可以是压缩气体(如压缩空气)或有机推进剂(如氟氯烃)。气雾剂剂型也可采用泵雾化器的形式。适于经颊或舌下施用的组合物包括片剂、锭剂和软锭剂，其中将活性成分与载体诸如糖、阿拉伯胶、黄芪胶、明胶和甘油一起配制。用于直肠施用的组合物方便地呈含有常规栓剂基质如可可脂的栓剂形式。本文所述的化合物可肿瘤内施用，例如以肿瘤内注射的形式。肿瘤内注射是直接注射到肿瘤脉管系统中，并且特别考虑用于离散的、实体的、可及的肿瘤。局部、区域或全身性施用也可以是适当的。本文所述的化合物可有利地通过向肿瘤施用例如以大约1cm间隔隔开的注射或多次注射而接触。在外科手术的情况下，本发明可在术前使用，例如使不能手术的肿瘤经受切除。在适当的情况下，也可应用连续施用，例如，通过将导管植入肿瘤或肿瘤脉管系统中。
如本文所述，本文所述的化合物可单独或与药学上可接受的载体组合施用至动物(例如人)，其比例由化合物的溶解度和化学性质、所选择的施用途径以及标准药学实践确定。
剂量
本文所述的化合物和/或包含本文所述的化合物的组合物的剂量可根据许多因素而变化，所述因素如化合物的药效学性质；施用方式；接受者的年龄、健康状况和体重；症状的性质和程度；治疗的频率和同时治疗的类型(如果有的话)；以及化合物在待治疗动物中的清除率。本领域技术人员可基于上述因素确定合适的剂量。本文所述的化合物可最初以适合的剂量施用，所述剂量可根据临床反应根据需要进行调整。一般来说，当将本文所述的化合物以例如介于0.05mg与3000mg之间的每日剂量(以固体形式测量)施用至人时，可获得令人满意的结果。剂量范围包括例如介于10-1000mg(例如，50-800mg)之间。在一些实施方案中，施用50、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950或1000mg的化合物。
可选地，可使用患者的体重来计算剂量的量。例如，向患者施用的化合物或其药物组合物的剂量可在0.1-50mg/kg(例如，0.25-25mg/kg)的范围内。在示例性非限制性实施方案中，剂量可在0.5-5.0mg/kg(例如，0.5、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5或5.0mg/kg)或5.0-20mg/kg(例如，5.5、6.0、6.5、7.0、7.5、8.0、8.5、9.0、9.5、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20mg/kg)的范围内。
试剂盒
本发明还特征是试剂盒，所述试剂盒包含(a)药物组合物，所述药物组合物包含降低本文所述的细胞或受试者中BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂，和(b)包装插页，所述包装插页带有执行本文所述的任何方法的说明书。在一些实施方案中，所述试剂盒包含(a)药物组合物，所述药物组合物包含降低本文所述的细胞或受试者中BRG1和/或BRM的水平和/或活性的剂，(b)另外的治疗剂(例如，抗癌剂)；以及(c)包装插页，所述包装插页具有执行本文所述的任何方法的说明书。
实例
实例1.化合物17
化合物17的合成：BRG1/BRM抑制剂化合物17具有以下结构：
如以下方案1中所示合成化合物17。
方案1.化合物17的合成
步骤1：2-溴-1-(3-溴苯基)乙烯酮(中间体B)的制备
在N2(g)下，在20℃下向1-(3-溴苯基)乙酮(132.45mL，1.00mol)于CHCl3(250mL)中的溶液以逐滴的方式添加Br2(77.70mL，1.51mol)。随后将反应混合物在80℃下搅拌。在1h后，将混合物冷却至室温并浓缩，得到呈黄色油状物的中间体B(279.27g)，其直接用于下一步骤。
步骤2：4-(3-溴苯基)噻唑-2-胺(中间体C)的制备
向硫脲(229.23g，3.01mol)于EtOH(1.5L)中的溶液添加中间体B(279g，1.00mol)。将反应混合物在85℃下搅拌。在2小时后，将混合物冷却至室温并在真空下浓缩，得到油状物。将油状物小心地倒入饱和NaHCO3水溶液(2L)中。将所得碱性(pH约8)溶液用乙酸乙酯(3x2L)萃取。将合并的有机层用盐水(4L)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤，并浓缩，得到油状物。将油状物通过柱色谱法(SiO2.PE:EA＝5:1)纯化，得到呈黄色固体的中间体C(130.00g，494.40mmol，49.25％产率)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝257.0.1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ7.98(m,1H),7.79(d,J＝8.0Hz,1H),7.44-7.42(m,1H),7.33-7.29(m,1H),7.14(s,1H),7.09(s,2H)。
步骤3：4-[3-(4-吡啶基)苯基]噻唑-2-胺(中间体E)的制备
将中间体C(20.00g，78.40mmol)、4-吡啶硼酸(28.9g，239.18mmol)、二氯[1,1'-双(二-叔丁基膦基)二茂铁]钯(II)(2.56g，3.92mmol)和K3PO4(66.56g，313.56mmol)在1,4-二噁烷(240mL)和水(24mL)中稀释。将混合物用N2(g)吹扫三次，然后在80℃下搅拌。在7h后，将反应混合物冷却至室温并添加水(800mL)。用EtOAc(3x800mL)萃取混合物。将合并的有机层用盐水洗涤，经无水Na2SO4干燥，过滤，并在真空下浓缩。将所得油状物在二氯甲烷(30mL)和MTBE(100mL)的混合物上搅拌。在搅拌5min后，将沉淀物过滤并用MTBE(10mL)洗涤，得到呈黄色固体的中间体E(16.20g，61.17mmol，78.03％产率)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝254.0。
步骤4:(S)-4-(甲硫基)-1-氧代-1-((4-(3-(吡啶-4-基)苯基)噻唑-2-基)氨基)丁烷-2-氯化铵(中间体G)的制备
向中间体E(12.60g，49.74mmol)和(2S)-2-(叔丁氧基羰基氨基)-4-甲基硫烷基-丁酸(18.60g，74.61mmol)于二氯甲烷(900mL)中的混合物添加EEDQ(24.60g，99.48mmol)。在室温下搅拌2h后，将反应混合物在真空下浓缩。将残余物用二氯甲烷(100mL)、随后MeOH(200mL)研磨，得到呈白色固体的中间体G(11.70g，23.73mmol，47.71％产率，ee％＝99.44％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝485.1.1H NMR(400MHz,DMSO)δ12.39(s,1H),8.68-8.66(m,2H),8.30(s,1H),8.02-7.99(m,1H),7.83(s,1H),7.76-7.74(m,3H),7.61-7.57(m,1H),7.28(d,J＝7.6Hz,1H),4.31-4.30(m,1H),2.65-2.44(m,2H),2.06(s,3H)2.01-1.85(m,2H),1.38(s,9H)。
步骤5:(S)-4-(甲硫基)-1-氧代-1-((4-(3-(吡啶-4-基)苯基)噻唑-2-基)氨基)丁烷-2-氯化铵(中间体H)的制备
向中间体G(11.50g，23.73mmol)在MeOH(50mL)中的混合物添加4M HCl在1,4-二噁烷(100mL)中的溶液。在室温下搅拌1h后，将混合物倒入MTBE(1000mL)中。将所得沉淀物过滤，得到呈黄色固体的中间体H(9.99g，23.73mmol，100.00％产率，HCl盐)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝385.0
步骤6：4-氨基-N-[(1S)-3-甲基硫烷基-1-[[4-[3-(4-吡啶基)苯基]噻唑-2-基]氨基甲酰基]丙基]苯甲酰胺(化合物17)的制备
向中间体H(4.00g，9.50mmol)和4-氨基苯甲酸(1.30g，9.50mmol)于DMF(40mL)中的混合物依次添加N,N-二异丙基乙胺(6.62mL，38.01mmol)、EDCI(2.73g，14.25mmol)和HOBt(1.93g，14.25mmol)。将溶液在25℃下搅拌14h，随后倒入水(200mL)中。通过过滤收集所得沉淀物。将固体在MeOH(200mL)中研磨并过滤。将固体通过柱色谱法(SiO2，DCM:MeOH＝80:1-20:1)进一步纯化，得到呈白色固体的化合物17(2.13g，4.19mmol，44.11％产率，ee％＝99.28％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝504.0.1H NMR(400MHz,DMSO)δ12.40(s,1H),8.68-8.66(m,2H),8.31-8.30(m,1H),8.22(d,J＝7.2Hz,1H),8.02-7.99(m,1H),7.82(s,1H),7.76-7.74(m,3H),7.67-7.63(m,2H),7.61-7.57(m,1H),6.58-6.54(m,2H),5.67(s,2H),4.72-4.67(m,1H),2.65-2.54(m,2H),2.12-2.06(m,5H)。
化合物17的ATP酶活性：使用ADP-GloTM(Promega，V9102)通过体外生物化学测定来测量在化合物17的存在下BRM或BRG-1的ATP酶催化活性。一旦反应完成，就在两个步骤中进行ADP-GloTM激酶测定。第一步骤是耗尽反应中任何未消耗的ATP。第二步骤是将反应产物ADP转换为ATP，其将被萤光素酶利用来产生发光，并通过发光阅读器(如Envision)进行检测。
测定反应混合物(10μL)在ATP酶测定缓冲液中含有30nM的BRM或BRG1、20nM鲑鱼精子DNA(来自Invitrogen，UltraPureTM鲑鱼精子DNA溶液，目录号15632011)和400μM ATP，所述ATP酶测定缓冲液由20mM Tris(pH 8)、20mM MgCl2、50mM NaCl、0.1％Tween-20和1mM新鲜DTT(PierceTM DTT(二硫苏糖醇)，目录号20290)组成。通过在小体积白色Proxiplate-384plus板(PerkinElmer，目录号6008280)上将2.5μL ATP酶溶液添加至2.5μL ATP/DNA溶液中来起始反应，并在室温下孵育1小时。然后，在添加试剂盒中提供的5μL ADP-GloTM试剂后，将反应物在室温下孵育40分钟。然后添加试剂盒中提供的10μL激酶检测试剂以将ADP转化为ATP，并将反应物在室温下孵育60分钟。最后，使用读板式光度计(如Envision)收集发光测量值。
BRM和BRG1是从high five昆虫细胞系以大于90％的纯度合成的。在测定中，发现化合物17对BRM的IP50为10.4nM，且对BRG1的为19.3nM。
实例2.BRG1/BRM ATP酶抑制对葡萄膜黑素瘤和血液学癌细胞系生长的影响
程序：将葡萄膜黑素瘤细胞系(92-1、MP41、MP38、MP46)、前列腺癌细胞系(LNCAP)、肺癌细胞系(NCIH1299)和永生化胚肾系(HEK293T)涂铺到具有生长培养基的96孔板中(参见表1)。将BRG1/BRM ATP酶抑制剂(化合物17)溶解于DMSO中，并在涂铺时以0至10微摩尔的浓度梯度添加至细胞中。将细胞在37℃下孵育3天。在处理3天后，从细胞中除去培养基，并向细胞中添加30微升的TrypLE(Gibco)，保持10分钟。使细胞与板脱离，并通过添加170微升生长培养基重悬。对来自两个DMSO处理的对照孔的细胞进行计数，并将在实验开始时涂铺的初始数量的细胞重新涂铺到含有新鲜化合物的板中，在37℃下再进行四天。在第7天，如上所述收获细胞。
在第3天和第7天，通过添加Cell-titer glo(Promega)测量相对细胞生长，并在Envision读板仪(Perkin Elmer)上测量发光。使用Graphpad Prism计算每种细胞系的生长被抑制50％(GI50)时的化合物17浓度，并绘制在图1中。
对于多发性骨髓瘤细胞系(OPM2、MM1S、LP1)、ALL细胞系(TALL1、JURKAT、RS411)、DLBCL细胞系(SUDHL6、SUDHL4、DB、WSUDLCL2、PFEIFFER)、AML细胞系(OCIAML5)、MDS细胞系(SKM1)、卵巢癌细胞系(OV7、TYKNU)、食道癌细胞系(KYSE150)、横纹肌样瘤细胞系(RD、G402、G401、HS729、A204)、肝癌细胞系(HLF、HLE、PLCRPF5)和肺癌细胞系(SW1573、NCIH2444)，对上述方法进行了以下修改：将细胞涂铺在96孔板中，并在第二天，将BRG1/BRMATP酶抑制剂(化合物17)溶解于DMSO中并以0至10微摩尔的浓度梯度添加至细胞中。在第3天和第7天细胞分裂时，将细胞分到新的96孔板中，并在重新涂铺后四小时添加新鲜化合物。
表1列出所测试的细胞系和所用的生长培养基。
表1.细胞系和生长培养基
细胞系
来源
生长培养基
92-1
SIGMA
RPMI1640+20％FBS
A204
ATCC
McCoy′s 5A+10％FBS
DB
ATCC
RPMI1640+10％FBS
G401
ATCC
McCoy′s 5A+10％FBS
G402
ATCC
McCoy′s 5A+10％FBS
HEK293T
ATCC
DMEM+10％FBS
HLE
JCRB
DMEM+10％FBS
HLF
JCRB
DMEM+10％FBS
HS729
ATCC
DMEM+10％FBS
JURKAT
ATCC
RPMI1640+10％FBS
KYSE150
DSMZ
RPMI1640/Ham′s F12+10％FBS
LNCAP
ATCC
RPMI1640+10％FBS
LP1
DSMZ
IMDM+20％FBS
MM1S
ATCC
RPMI1640+10％FBS
MP38
ATCC
RPMI1640+20％FBS
MP41
ATCC
RPMI1640+20％FBS
MP46
ATCC
RPMI1640+20％FBS
NCIH1299
ATCC
RPMI1640+10％FBS
NCIH2444
ATCC
RPMI1640+20％FBS
OCIAML5
DSMZ
α-MEM+20％FBS+10ng/ml GM-CSF
OPM2
DSMZ
RPMI1640+10％FBS
OV7
ECACC
DMEM/Ham′s F12(1∶1)+2mM谷氨酰胺+10％FBS+0.5ug/ml氢化可的松+10ug/ml胰岛素
PFEIFFER
ATCC
RPMI1640+10％FBS
PLCPRF5
ATCC
EMEM+10％FBS
RD
ATCC
DMEM+10％FBS
RS411
ATCC
RPMI1640+10％FBS
SKM1
JCRB
RPMI1640+10％FBS
SUDHL4
DSMZ
RPMI1640+10％FBS
SUDHL6
ATCC
RPMI1640+20％FBS
SW1573
ATCC
DMEM+10％FBS
TALL1
JCRB
RPMI1640+10％FBS
TYKNU
JCRB
EMEM+20％FBS
WSUDLCL2
DSMZ
RPMI1640+10％FBS
结果：如图1所示，与其他测试的细胞系相比，葡萄膜黑素瘤和血液学癌细胞系对BRG1/BRM抑制更敏感。对葡萄膜黑素瘤和血液学癌细胞系的抑制持续到第7天。
实例3.葡萄膜黑素瘤细胞系中BRG1/BRM抑制剂与临床PKC和MEK抑制剂的比较
程序：在生长培养基存在下，将葡萄膜黑素瘤细胞系92-1或MP41涂铺在96孔板中(参见表1)。将BAF ATP酶抑制剂(化合物17)、PKC抑制剂(LXS196；MedChemExpress)和MEK抑制剂(司美替尼；Selleck Chemicals)溶解于DMSO中，并在涂铺时以0至10微摩尔的浓度梯度添加至细胞中。将细胞在37℃下孵育3天。在处理3天后，用Cell-titer glow(Promega)测量细胞生长，并在Envision读板仪(Perkin Elmer)上读取发光。
结果：如图2A和图2B所示，化合物17显示出与临床PKC和MEK抑制剂相当的葡萄膜黑素瘤细胞生长抑制。此外，发现与临床PKC和MEK抑制剂相比，化合物17导致更快启动抑制。
实例4.化合物18的合成
BRG1/BRM抑制剂化合物18具有以下结构：
如以下方案2中所示合成化合物18。
方案2.化合物18的合成
步骤1：(S)-1-(甲基磺酰基)-N-(4-(甲硫基)-1-氧代-1-((4-(3-(吡啶-4-基)苯基)噻唑-2-基)氨基)丁-2-基)-1H-吡咯-3-甲酰胺(化合物18)的制备
向(S)-4-(甲硫基)-1-氧代-1-((4-(3-(吡啶-4-基)苯基)噻唑-2-基)氨基)丁烷-2-氯化铵(2.00g，4.75mmol)和1-甲基磺酰基吡咯-3-甲酸(0.899g，4.75mmol)在DMF(20mL)中的混合物添加EDCI(1.37g，7.13mmol)、HOBt(0.963g，7.13mmol)和N,N-二异丙基乙胺(3.31mL，19.00mmol)。在搅拌3h后，将混合物倒入水(100mL)中，并将所得沉淀物过滤。将固体在MeOH(20mL)中研磨，并通过过滤收集沉淀物。将固体重新溶解于DMSO(10mL)中，并倒入MeOH(50mL)中。将沉淀物过滤并冻干，得到呈白色固体的化合物18(2.05g，3.66mmol，77.01％产率)。LCMS(ESI)m/z[M+H]+＝555.9.1H NMR(400MHz,DMSO)δ12.49(s,1H),8.68-8.66(m,2H),8.46(d,J＝7.2Hz,1H),8.31-8.30(m,1H),8.02-8.00(m,1H),7.94-7.96(m,1H),7.83(s,1H),7.73-7.74(m,3H),7.61-7.57(m,1H),7.31-7.29(m,1H),6.79-6.77(m,1H),4.74-4.69(m,1H),3.57(s,3H),2.67-2.53(m,2H),2.13-2.01(m,5H)。SFC：AS-3-MeOH(DEA)-40-3mL-35T.lcm，t＝0.932分钟，ee％＝100％。
实例5.BRG1/BRM ATP酶抑制对葡萄膜黑素瘤、血液学癌症、前列腺癌、乳腺癌和尤文氏肉瘤细胞系生长的影响
程序：也用化合物18如上所述对上文在实例2中描述的所有细胞系进行了测试。另外，还如下测试了以下细胞系。简言之，对于尤文氏肉瘤细胞系(CADOES1、RDES、SKES1)、成视网膜细胞瘤细胞系(WERIRB1)、ALL细胞系(REH)、AML细胞系(KASUMI1)、前列腺癌细胞系(PC3、DU145、22RV1)、黑素瘤细胞系(SH4、SKMEL28、WM115、COLO829、SKMEL3、A375)、乳腺癌细胞系(MDAMB415、CAMA1、MCF7、BT474、HCC1419、DU4475、BT549)、B-ALL细胞系(SUPB15)、CML细胞系(K562、MEG01)、伯基特氏淋巴瘤细胞系(RAMOS2G64C10、DAUDI)、套细胞淋巴瘤细胞系(JEKO1、REC1)、膀胱癌细胞系(HT1197)和肺癌细胞系(SBC5)，对上述方法进行了以下修改：将细胞涂铺在96孔板中，并且在第二天，将BRG1/BRMATP酶抑制剂(化合物18)溶解于DMSO中，并以0至10微摩尔的浓度梯度添加至细胞中。在第3天和第7天细胞分裂时，将细胞分到新的96孔板中，并在重新涂铺后四小时添加新鲜化合物。
表2列出所测试的细胞系和所用的生长培养基。
表2.细胞系和生长培养基
细胞系
来源
生长培养基
22RV1
ATCC
RPMI1640+10％FBS
A375
ATCC
DMEM+10％FBS
BT474
ATCC
Hybricare培养基+1.5g/L碳酸氢钠+10％FBS
BT549
ATCC
RPMI1640+0.023IU/ml胰岛素+10％FBS
CADOES1
DSMZ
RPMI1640+10％FBS
CAMA1
ATCC
EMEM+10％FBS
COLO829
ATCC
RPMI1640+10％FBS
DAUDI
ATCC
RPMI1640+10％FBS
DU145
ATCC
EMEM+10％FBS
DU4475
ATCC
RPMI1640+10％FBS
HCC1419
ATCC
RPMI1640+10％FBS
HT1197
ATCC
EMEM+10％FBS
JEKO1
ATCC
RPMI1640+20％FBS
K562
ATCC
IMDM+10％FBS
KASUMI1
ATCC
RPMI1640+10％FBS
MCF7
ATCC
EMEM+0.01mg/ml牛胰岛素+10％FBS
MDAMB415
ATCC
Leibovitz′s L-15+2mM L-谷氨酰胺+10mcg/ml胰岛素+10mcg/ml谷胱甘肽+15％FBS
MEG01
ATCC
RPM11640+10％FBS
PC3
ATCC
F-12K+10％FBS
RAMOS2G64C10
ATCC
RPMI1640+10％FBS
RDES
ATCC
RPMl1640+15％FBS
REC1
ATCC
RPMI1640+10％FBS
REH
ATCC
RPMI1640+10％FBS
SBC5
JCRB
EMEM+10％FBS
SH4
ATCC
DMEM+10％FBS
SKES1
ATCC
McCoy′s SA+15％FBS
SKMEL28
ATCC
EMEM+10％FBS
SKMEL3
ATCC
McCoy′s 5A+15％FBS
SUPB15
ATCC
IMDM+4mM L-谷氨酰胺+1.5g/L碳酸氢钠+0.05mM 2-巯基乙醇+20％FBS
WERIRB1
ATCC
RPMI1640+10％FBS
WM115
ATCC
EMEM+10％FBS
结果：如图3所示，与其他测试的细胞系相比，葡萄膜黑素瘤、血液学癌症、前列腺癌、乳腺癌和尤文氏肉瘤细胞系对BRG1/BRM抑制更敏感。对葡萄膜黑素瘤、血液学癌症、前列腺癌、乳腺癌和尤文氏肉瘤细胞系的抑制持续到第7天。
实例6.BRG1/BRM ATP酶抑制对癌细胞系生长的影响。
程序：如先前所述(“High-throughput identification of genotype-specificcancer vulnerabilities in mixtures of barcoded tumor cell lines”,Yu等人,Nature Biotechnology 34,419-423,2016)，进行以下修改来使用PRISM(混合物中同时相对抑制曲线分析(Profiling Relative Inhibition Simultaneously in Mixtures))进行合并细胞活力测定。细胞系是从CCLE(癌细胞系百科全书(Cancer Cell LineEncyclopedia))获得，并使其适应无酚红的、补充有10％热灭活的胎牛血清(FBS)的RPMI-1640培养基，以便将独特的感染和合并方案应用于这样的细胞系大全。使用杀稻瘟菌素作为选择标记物，执行慢病毒脊椎感染(spin-infection)方案以在每个细胞系中引入24个核苷酸的条形码，所有细胞系的估计感染复数(MOI)为1。然后根据25个细胞系的池的倍增时间，将超过750个稳定条形码化的PRISM癌细胞系合并在一起。为了执行筛选，并非如前所述(Yu等人)在每个孔中涂铺25个细胞系的池，而是分别使用T25烧瓶(100,000个细胞/烧瓶)或6孔板(50,000个细胞/孔)将所有贴壁细胞系池或所有悬浮细胞系池一起涂铺。从最高浓度10μM开始，以8点3倍剂量反应一式三份地用DMSO或化合物处理细胞。作为测定稳健性的对照，分别使用最高浓度2.5μM和0.039μM，用两种先前验证过的化合物pan-Raf抑制剂AZ-628和蛋白酶体抑制剂硼替佐米平行处理细胞。
用化合物处理3天后，裂解细胞，提取基因组DNA，通过PCR扩增条形码，并用二代测序进行检测。通过比较处理样品中细胞系特异性条形码的计数与DMSO对照和第0天对照中的情况来确定细胞活力。针对每种细胞系进行剂量-反应曲线拟合，并计算相应的曲线下面积(AUC)且将其与所有细胞系的中位AUC进行比较(图4)。AUC小于中位数的细胞系被认为是最敏感的。
实例7.BRG1/BRM ATP酶抑制剂对葡萄膜黑素瘤细胞系生长的影响。
程序：将葡萄膜黑素瘤细胞系(92-1、MP41、MP38、MP46)和非小细胞肺癌细胞(NCI-H1299)涂铺到具有生长培养基的96孔板中(参见表1)。将BRG1/BRM ATP酶抑制剂(化合物18)溶解于DMSO中，并在涂铺时以0至10微摩尔的浓度梯度添加至细胞中。将细胞在37℃下孵育3天。在处理三天后，用Cell-titer glow(Promega)测量细胞生长，并在Envision读板仪(Perkin Elmer)上读取发光。
结果：如图5所示，化合物18在葡萄膜黑素瘤细胞系中导致强效的生长抑制。
实例8.葡萄膜黑素瘤细胞系中BRG1/BRM抑制剂与临床PKC和MEK抑制剂的比较
程序：在生长培养基存在下，将葡萄膜黑素瘤细胞系92-1或MP41涂铺在96孔板中(参见表1)。将BAF ATP酶抑制剂(化合物18)、PKC抑制剂(LXS196；MedChemExpress)和MEK抑制剂(司美替尼；Selleck Chemicals)溶解于DMSO中，并在涂铺时以0至10微摩尔的浓度梯度添加至细胞中。将细胞在37℃下孵育3天。在处理三天后，用Cell-titer glow(Promega)测量细胞生长，并在Envision读板仪(Perkin Elmer)上读取发光。
结果：如图6A和图6B所示，化合物18显示出与临床PKC和MEK抑制剂相比更强效的对葡萄膜黑素瘤细胞生长抑制的影响。此外，发现与临床PKC和MEK抑制剂相比，化合物18导致更快启动生长抑制。
实例9.BRG1/BRM ATP酶抑制剂有效于抑制PKC抑制剂抗性细胞的生长。
程序：通过在含有渐增浓度(至多1微摩尔)的化合物的生长培养基(参见表1)中进行长期培养，使MP41葡萄膜黑素瘤细胞对PKC抑制剂(LXS196；MedChemExpress)产生抗性。在3个月后，如上文实例2中所述，在7天的生长抑制测定中测试了亲本MP41细胞和PKC抑制剂(PKCi)抗性细胞对PKC抑制剂(LXS196)或BRG1/BRM ATP酶抑制剂(化合物18)的敏感度。
结果：尽管相比亲本MP41细胞系，PKCi抗性细胞可以耐受在更高浓度的LXS196下生长(图7A)，BRG1/BRM ATP酶抑制剂(化合物18)仍然导致对PKCi抗性细胞系和亲本细胞系两者的强烈的生长抑制(图7B)。相比亲本MP41细胞，PKCi抗性细胞对化合物18更敏感(图7B)。
实例10.化合物19的合成
BRG1/BRM抑制剂化合物19具有以下结构：
如以下方案3中所示合成化合物19。
方案3.化合物19的合成
步骤1：6-氟吡啶-2-羰基氯(中间体L)的制备
向6-氟吡啶-2-甲酸(50.00g，354.36mmol)在二氯甲烷(500mL)和N,N-二甲基甲酰胺(0.26mL，3.54mmol)中的冷却(0℃)溶液添加草酰氯(155.10mL，1.77mol)。在完成草酰氯的添加之后，将反应混合物温热至室温，并再搅拌0.5h。随后将混合物在真空下浓缩，得到呈白色固体的中间体L(56.50g)，其不经进一步纯化即用于下一步骤。
步骤2：2-氯-1-(6-氟-2-吡啶基)乙酮(中间体M)的制备
以逐滴的方式向中间体L(56.00g，351.00mmol)在1,4-二噁烷(800mL)中的冷却(0℃)混合物添加2M三甲基甲硅烷基重氮甲烷在己烷(351mL)中的溶液。将所得反应混合物在25℃下搅拌10h。随后将反应混合物用4M HCl在1,4-二噁烷(500mL)中的溶液淬灭。在搅拌2h后，将反应溶液在真空下浓缩，得到油状物。将残余物用饱和NaHCO3水溶液(500mL)稀释并用EtOAc(3x200mL)萃取。将合并的有机层用盐水(2x300mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤，并在减压下浓缩，得到呈白色固体的中间体M(35.50g)，其直接用于下一步骤。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝173.8。
步骤3：4-(6-氟-2-吡啶基)噻唑-2-胺(中间体O)的制备
在室温下向中间体M(35.50g，204.53mmol)和硫脲(14.01g，184.07mmol)在MeOH(250mL)和水(250mL)的混合物中的溶液添加NaF(3.56g，84.82mmol)。在搅拌30min后，将反应混合物在真空下部分地浓缩以除去MeOH。将所得溶液用2M HCl水溶液酸化至pH约3，并用EtOAc(3×200mL)萃取。丢弃合并的有机层，并将水相用饱和NaHCO3(500mL)水溶液碱化。在搅拌30min后，用EtOAc(3x325mL)萃取水相。将合并的有机层用盐水(3x225mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩。将固体用石油醚(300mL)研磨，在25℃下搅拌10min，并过滤。将固体在真空下干燥，得到呈白色固体的中间体O(28.00g，143.43mmol，70.13％产率，100％纯度)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝195.8.；1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ8.00-7.96(m,1H),7.72(d,J＝7.2Hz,1H),7.24(s,1H),7.16(s,2H),7.02(d,J＝8.0Hz,1H)。
步骤4：N-[2-[[4-(6-氟-2-吡啶基)噻唑-2-基]氨基]-2-氧代-乙基]氨基甲酸叔丁酯(中间体P)的制备
向N-Boc-甘氨酸(5.92g，33.81mmol)、HATU(12.86g，33.81mmol)和N,N-二异丙基乙胺(21.41mL，122.94mmol)在二氯甲烷(100mL)中的溶液添加中间体O(6.00g，30.74mmol)。在搅拌2h之后，浓缩反应混合物。将所得油状物用水(100mL)稀释，并且随后用EtOAc(4x60mL)萃取。将合并的有机层用盐水(2x100mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤，并在减压下浓缩，得到固体。将固体用石油醚和MeOH的1:1混合物(40mL)研磨。在25℃下搅拌20分钟后，将悬浮液过滤，并将滤饼用MTBE(20mL)洗涤。将固体在真空下干燥，得到呈白色固体的中间体P(7.70g，21.63mmol，70.4％产率，99.0％纯度)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝353.1。
步骤5：2-((4-(6-氟吡啶-2-基)噻唑-2-基)氨基)-2-氧代乙烷-1-氯化铵(中间体Q)的制备
将中间体P(5.40g，15.32mmol)在1,4-二噁烷中4M HCl(35mL)中的溶液在25℃下搅拌1.5h。随后将反应混合物在真空下浓缩，得到呈白色固体的中间体Q(4.42g)，其不经进一步纯化直接用于下一步骤。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝252.9。
步骤6：1-叔丁基-N-[2-[[4-(6-氟-2-吡啶基)噻唑-2-基]氨基]-2-氧代-乙基]吡咯-3-甲酰胺(中间体S)的制备
向中间体Q(3.00g，10.39mmol)、1-叔丁基吡咯-3-甲酸(1.74g，10.39mmol)和N,N-二异丙基乙胺(9.05mL，51.95mmol)在二氯甲烷(40mL)中的溶液依次添加HOBt(1.68g，12.47mmol)和EDCI(2.39g，12.47mmol)。在搅拌4h之后，在真空下浓缩混合物。用水(250mL)稀释残余物并且用EtOAc(3x200mL)萃取。将合并的有机层用盐水(3x300mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩。将所得固体用MTBE/EtOAc的1:1混合物(400mL)研磨，并在搅拌30min后，过滤悬浮液。将固体用MTBE(3×85mL)洗涤，并在真空下干燥，得到呈白色固体的中间体S(3.10g，7.64mmol，73.6％产率，99.0％纯度)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝402.3.；1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ12.40(s,1H),8.18-8.15(m,1H),8.09-8.08(m,1H),7.87-7.83(m,2H),7.52(s,1H),7.11(d,J＝8.0Hz,1H),6.97(m,1H),6.47(s,1H),4.10(d,J＝5.6Hz,2H),1.49(s,9H)。
步骤7：1-(叔丁基)-N-(2-((4-(6-(顺式-2,6-二甲基吗啉代)吡啶-2-基)噻唑-2-基)氨基)-2-氧代乙基)-1H-吡咯-3-甲酰胺(化合物19)的制备
向中间体S(0.100g，0.249mmol)在DMSO(1mL)中的溶液添加N,N-二异丙基乙胺(0.130mL，0.747mmol)和顺式-2,6-二甲基吗啉(0.057g，0.498mmol)。将所得反应混合物在120℃下搅拌。在12h后，将溶液冷却至室温，用MeOH(3mL)稀释，并且随后在真空下浓缩。将所得油状物通过制备型HPLC(0.1％TFA；柱：Luna C18 150*255u；流动相：[水(0.075％TFA)-ACN]；B％：30％-60％，2min)进行纯化。收集适当的级分并将其冻干，得到呈白色固体的化合物19(0.079g，0.129mmol，51.94％产率，100％纯度)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝497.5.；1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ12.27(s,1H),8.17-8.14(m,1H),7.75(s,1H),7.63-7.59(m,1H),7.51(s,1H),7.25(d,J＝7.2Hz,1H),6.96(s,1H),6.79(d,J＝8.8Hz,1H),6.47(s,1H),4.24(d,J＝12.4Hz,2H),4.08(d,J＝5.6Hz,2H),3.64-3.61(m,2H),2.44-2.38(m,2H),1.49(s,9H),1.18(d,J＝5.6Hz,6H)。
实例11.BRG1/BRM ATP酶抑制剂引起葡萄膜黑素瘤体内肿瘤生长抑制。
程序：将裸鼠(Envigo)在腋窝区域皮下植入50％基质胶中的5x106个92-1葡萄膜黑素瘤细胞。肿瘤生长到平均约200mm3，此时将小鼠分组并开始给药。对小鼠每天一次通过口服管饲给予媒介物(20％2-羟丙基-β-环糊精)或渐增剂量的化合物19。在3周的过程中测量肿瘤体积和体重，并根据体重调整剂量以达到适当的剂量(依照mg/kg)。此时，处死动物，解剖肿瘤并成像。
结果：用化合物19治疗导致肿瘤生长受到剂量依赖性抑制，其中在最高(50mg/kg)剂量下观察到肿瘤消退。(图8A和图8B)。基于观察到的％体重变化，所有治疗的耐受性均良好(图8C)。
其他实施方案
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其他实施方案在权利要求中。