本发明公开了一种多层并联反馈的航天器控制系统及方法,该系统包括原子任务管理模块、并行任务管理模块、序列任务管理模块、总任务管理模块和智能人机接口模块；其中,以自主管理为核心,采用多层开放式结构,以接受从指定动作到指定目标,再到自选目标等各级别作战指令；基于并联反馈,建立层间联系,实现面向任务的更大回路的闭环控制。本发明不仅能够实现简单卫星的姿态和轨道控制能力,且能够实现在轨智能自主感知与信息处理、智能自主目标识别和自主决策打击能力。