从浮游生物生成3,5-二羟基-4-甲氧基苄醇的生成方法
阅读说明:本技术 从浮游生物生成3,5-二羟基-4-甲氧基苄醇的生成方法 (Method for producing 3,5-dihydroxy-4-methoxy benzyl alcohol from plankton ) 是由 渡边贡 于 2019-07-25 设计创作,主要内容包括:[课题]本发明的目的在于提供一种收集含有浮游生物的海水并从该海水含有的浮游生物中生成抗氧化物质DHMBA的生成方法。[解决方法]使用过滤器过滤所收集的含有浮游生物的海水,从残留在前述过滤器上的浮游生物中提取出细胞内容物,然后将提取出的细胞内容物加热,并从该经加热的加热物质生成3,5-二羟基-4-甲氧基苄醇(3,5-dihydroxy-4-methoxybenzyl alcohol),前述浮游生物是硅藻。([ problem ] to provide a method for collecting seawater containing plankton and producing DHMBA as an antioxidant substance from the plankton contained in the seawater. [ MEANS FOR solving PROBLEMS ] sea water containing plankton collected is filtered by means of a filter, cell contents are extracted from plankton remaining on the filter, the extracted cell contents are heated, and 3,5-dihydroxy-4-methoxybenzyl alcohol (3,5-dihydroxy-4-methoxybenzyl alcohol) is produced from the heated substance, and the plankton is diatom algae.)
技术领域
本发明涉及从浮游生物生成抗氧化物质3,5-二羟基-4-甲氧基苄醇(3,5-dihydroxy-4-methoxybenzyl alcohol)的3,5-二羟基-4-甲氧基苄醇(3,5-dihydroxy-4-methoxybenzyl alcohol)的生成方法。
背景技术
本发明的发明人已经从经加热的牡蛎肉中发现新型抗氧化物质3,5-二羟基-4-甲氧基苄醇:3,5-dihydroxy-4-methoxybenzyl alcohol(以下称为DHMBA),并成功实现其合成和鉴定。另外,未在生牡蛎肉中检测到DHMBA。
在此,通常所知的牡蛎的生态特征为会吸入大量海水,并从吸入的大量海水中摄取浮游生物作为饲料。
现有技术文献
专利文献
专利文献1:日本特开2016-42825号公报
发明内容
发明所要解决的课题
因此,本发明的发明人在本发明中假设浮游生物中包含DHMBA。
由此,收集并过滤浮游生物,在测量浮游生物中的DHMBA时,未检测到DHMBA。接下来,收集浮游生物,并过滤和加热时,检测到DHMBA。另外,当收集浮游生物,并过滤和加压时,检测到DHMBA。
因此,本发明的发明人认为前述DHMBA是衍生自浮游生物的有用物质,并提出了从浮游生物生成DHMBA的生成方法。
用于解决课题的手段
本发明的特征在于,
使用过滤器过滤所收集的含有浮游生物的海水,从残留在前述过滤器上的浮游生物中提取出细胞内容物,然后将提取出的细胞内容物加热,并从该经加热的加热物质生成3,5-二羟基-4-甲氧基苄醇(3,5-dihydroxy-4-methoxybenzyl alcohol),
前述浮游生物是硅藻,
或者,其特征在于,
使用过滤器过滤所收集的含有浮游生物的海水,从残留在前述过滤器上的浮游生物中提取出细胞内容物,然后将提取出的细胞内容物加热,并从该经加热的加热物质生成3,5-二羟基-4-甲氧基苄醇(3,5-dihydroxy-4-methoxybenzyl alcohol),
前述浮游生物是硅藻门、硅藻亚门、硅藻纲、硅藻亚纲所属的硅藻,或者是硅藻门、硅藻亚门、硅藻纲、硅藻亚纲、双菱藻(Surirellales)目、内茧藻(Entomoneidaceae)科、内茧藻(Entomoneis)属的硅藻,
或者,其特征在于,
使用过滤器过滤所收集的含有浮游生物的海水,向残留在过滤器上的浮游生物添加提取液进行破碎,从前述浮游生物提取细胞内容物后,进行加热,并从该经加热的加热物质生成3,5-二羟基-4-甲氧基苄醇(3,5-dihydroxy-4-methoxybenzyl alcohol),
前述浮游生物是硅藻门、硅藻亚门、硅藻纲、硅藻亚纲所属的硅藻,或者是硅藻门、硅藻亚门、硅藻纲、硅藻亚纲、双菱藻目(Surirellales)、内茧藻(Entomoneidaceae)科、内茧藻(Entomoneis)属的硅藻,
或者,其特征在于,
前述加热时间为至少1小时以上,
或者,其特征在于,
使用过滤器过滤所收集的含有浮游生物的海水,从残留在过滤器上的浮游生物中提取细胞内容物,然后对提取出的细胞内容物进行加压,并从该经加压的加压物质生成3,5-二羟基-4-甲氧基苄醇(3,5-dihydroxy-4-methoxybenzyl alcohol),
前述浮游生物是硅藻,
或者,其特征在于,
使用过滤器过滤所收集的含有浮游生物的海水,从残留在过滤器上的浮游生物中提取细胞内容物,然后对提取出的细胞内容物进行加压,并从该经加压的加压物质生成3,5-二羟基-4-甲氧基苄醇(3,5-dihydroxy-4-methoxybenzyl alcohol),
前述浮游生物是硅藻门、硅藻亚门、硅藻纲、硅藻亚纲所属的硅藻,或者是硅藻门、硅藻亚门、硅藻纲、硅藻亚纲、双菱藻(Surirellales)目、内茧藻(Entomoneidaceae)科、内茧藻(Entomoneis)属的硅藻,
或者,其特征在于,
使用过滤器过滤所收集的含有浮游生物的海水,向残留在过滤器上的浮游生物添加提取液进行破碎,从前述浮游生物提取细胞内容物后,进行加压,并从该经加压的加压物质生成3,5-二羟基-4-甲氧基苄醇(3,5-dihydroxy-4-methoxybenzyl alcohol),
前述浮游生物是硅藻门、硅藻亚门、硅藻纲、硅藻亚纲所属的硅藻,或者是硅藻门、硅藻亚门、硅藻纲、硅藻亚纲、双菱藻(Surirellales)目、内茧藻(Entomoneidaceae)科、内茧藻(Entomoneis)属的硅藻,
或者,其特征在于,
前述压力为至少2个大气压以上,
或者,其特征在于,
前述加压时间为至少1小时以上。
发明的效果
本发明发挥了以下优异效果:提供了收集含浮游生物的海水,并从该海水中包含的浮游生物生成抗氧化物质DHMBA的方法。
附图说明
图1是过滤收集的海水的说明图。
图2是超声处理残留在过滤器上的浮游生物,然后加热提取DHMBA的说明图。
图3是超声处理残留在过滤器上的浮游生物,然后加热提取DHMBA的说明图。
图4是说明在广岛的预定海域中在预定时间收集的海水中存在的浮游生物被加热时是否生成DHMBA的说明图(1)。
图5是说明在广岛的预定海域中在预定时间收集的海水中存在的浮游生物被加热时是否生成DHMBA的说明图(2)。
图6是说明在宫城的预定海域中在预定时间收集的海水中存在的浮游生物被加热时是否生成DHMBA的说明图。
图7是说明在宫城的预定海域中在预定时间收集的海水中存在的浮游生物被加压时是否生成DHMBA的说明图。
图8是说明将检索条件设为对除环境衍生的序列之外的全体进行检索的结果的说明图(1)。
图9是说明将检索条件设为对除环境衍生的序列之外的全体进行检索的结果的说明图(2)。
图10是说明将检索条件限定为类型衍生的序列进行检索的结果的说明图(1)。
图11是说明将检索条件限定为类型衍生的序列进行检索的结果的说明图(2)。
图12是说明将检索条件设为对除环境衍生的序列之外的全体进行检索的结果的说明图(3)。
图13是说明将检索条件设为对除环境衍生的序列之外的全体进行检索的结果的说明图(4)。
图14是说明将检索条件设为对除环境衍生的序列之外的全体进行检索的结果的说明图(5)。
图15是说明将检索条件限定为类型衍生的序列进行检索的结果的说明图(3)。
图16是说明将检索条件限定为类型衍生的序列进行检索的结果的说明图(4)。
图17是说明将检索条件限定为类型衍生的序列进行检索的结果的说明图(5)。
图18是说明将检索条件设为对除环境衍生的序列之外的全体进行检索的结果的说明图(6)。
图19是说明将检索条件设为对除环境衍生的序列之外的全体进行检索的结果的说明图(7)。
图20是说明将检索条件设为对除环境衍生的序列之外的全体进行检索的结果的说明图(8)。
图21是说明将检索条件限定为类型衍生的序列进行检索的结果的说明图(6)。
图22是说明将检索条件限定为类型衍生的序列进行检索的结果的说明图(7)。
图23是说明将检索条件限定为类型衍生的序列进行检索的结果的说明图(8)。
图24是说明将检索条件设为对除环境衍生的序列之外的全体进行检索的结果的说明图(9)。
图25是说明将检索条件设为对除环境衍生的序列之外的全体进行检索的结果的说明图(10)。
图26是说明将检索条件设为对除环境衍生的序列之外的全体进行检索的结果的说明图(11)。
图27是说明将检索条件限定为类型衍生的序列进行检索的结果的说明图(9)。
图28是说明将检索条件限定为类型衍生的序列进行检索的结果的说明图(10)。
图29是说明将检索条件限定为类型衍生的序列进行检索的结果的说明图(11)。
具体实施方式
首先,在主要养殖牡蛎的海域(例如广岛/宫城海域)中,在预定时间收集海水,将收集的海水过滤,并将残留在用于过滤的过滤器上的浮游生物1取出,对其进行加热或加压后,研究并分析是否检测到DHMBA(ディーバ;注:此为英文DHMBA的日语发音,以下不再标注)。
首先,将描述通过加热获得的DHMBA的检测。
收集在牡蛎养殖的现场海域(例如广岛/宫城海域)的海水。
(含浮游生物的海水的收集)
用泵抽出牡蛎养殖海域(例如,广岛、宫城海域)中预定时间的海水,即广岛县海域中9月和3月的含浮游生物的海水和宫城县海域中5月的含浮游生物的海水。
在该实施例中,收集了广岛和宫城海域的海水,但不仅限于广岛和宫城的海水。
此外,时间不限于9月或3月的海水。
(含浮游生物的海水的过滤)
在收集了含浮游生物1的海水之后,用由无纺布等构成的例如GF/C过滤器4对该海水进行过滤(参见图1)。
在此,对要过滤的海水的量没有任何限制,这次,在广岛或宫城的海域中收集约3100升海水,并对其进行过滤。
在通过上述方法过滤的过滤器上附着有大量的浮游生物1,并且附着有浮游生物1的过滤器可以冷冻保存直到进行提取工作。
(超声波处理)
接下来,例如,将附着有浮游生物1的过滤器冷冻保存,将冷冻保存的过滤器放置在离心管等容器5中,并且例如,将超纯水添加到容器5中,进一步对浮游生物1通过例如超声或球磨机用超声波破坏细胞壁约1小时,使得更易于提取DHMBA等。
(提取)
在前述的例如用超声等方法破坏浮游生物1的细胞后,对细胞进行加热,取出该细胞中的内容物。即,通过在约100℃下的沸水提取前述的浮游生物等(参见图2)。
在此,由于通过沸水提取进行加热,因此不会直接加热前述容器5内的浮游生物1。即,将加热的热水储存在烧杯等中,并将容器5放入热水中以进行所谓的间接加热。这具有可以进行稳定的加热提取的优点,例如能够在恒定温度下加热。
(取样)
然后,对于沸水提取,每小时取样1次,持续5小时。
(有用物质分析)
通过LC-MS/MS测量取样出的浮游生物1的DHMBA浓度。
(广岛海域取样的提取实验结果)
然后,关于前述的2016年9月和2017年3月的广岛海域取样,在9月和3月的样本中,加热前的浮游生物中未检测到DHMBA。
但是,关于9月的广岛海域样本,可以确认,在加热后,即沸水提取后的1小时后,检测到的DHMBA提取量为0.303(ng/L)。另外,可以确认,在沸水提取后的2小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.297(ng/L),在沸水提取后的3小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.279(ng/L)。此外,可以确认,在沸水提取后的4小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.274(ng/L),在沸水提取后的5小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.217(ng/L)。
关于3月的广岛海域样本,可以确认,加热后,即沸水提取后的1小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.906(ng/L)。此外,可以确认,在沸水提取后的2小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.66(ng/L),在沸水提取后的3小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.686(ng/L)。此外,可以确认,在沸水提取后的4小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.517(ng/L),在沸水提取后的5小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.794(ng/L)(参见图4和5)。
(宫城海域取样的提取实验结果)
图6示出了2016年5月在宫城海域取样中DHMBA的检测结果。
图6示出了DHMBA的提取量随时间的变化。与广岛海域样本一样,加热前样本中未在浮游生物中检测到DHMBA。但是,可以确认,加热后,即沸水提取后的1小时后,检测出的DHMBA的提取量为0.108(ng/L)。此外,可以确认,在沸水提取后的2小时后,检测到的DHMBA提取量为0.113(ng/L),在沸水提取后的3小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.156(ng/L)。此外,可以确认,在沸水提取后的4小时后,检测到的DHMBA提取量为0.125(ng/L),在沸水提取后的5小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.134(ng/L)(参见图6)。
另外,加热时间不限于经过1小时后的时间。DHMBA有可能在不到1小时的加热时间内被检测到。
在任何情况下,当不加热浮游生物时,都不会从浮游生物中检测到DHMBA,但是可清楚地表明,当加热浮游生物时,可以从快速加热的浮游生物中检测到DHMBA。
接下来,将描述通过加压获得的DHMBA的检测。
首先,收集牡蛎养殖的现场海域(例如宫城海域)的海水。
(含浮游生物的海水的收集)
用泵抽出在牡蛎养殖海域(例如,宫城海域)中预定时间的海水,即在宫城县海域中2016年5月的含浮游生物的海水。
另外,在该实施例中,收集了宫城海域中的海水,但不限于宫城海中的海水。另外,时间不限于5月的海水。
(含浮游生物的海水的过滤)
在收集含浮游生物1的海水之后,用由无纺布等构成的例如GF/C过滤器4对该海水进行过滤(参见图1)。
在这里,对要过滤的海水的量没有任何限制,这次,在宫城海域收集了约3100升海水,并对其进行过滤。
在通过上述方法过滤的过滤器上附着有大量的浮游生物1,并且附着有浮游生物1的过滤器可以冷冻保存直到进行提取工作。
(超声波处理)
接下来,例如,将附着有浮游生物1的过滤器冷冻保存,将冷冻保存的过滤器放置在离心管等容器5中,并且例如,将超纯水添加到容器5中,进一步对浮游生物1通过例如超声或球磨机用超声波破坏细胞壁约1小时,使得更易于提取DHMBA等。
(提取)
然后,在前述的用例如超声等方法破坏浮游生物1的细胞后,对细胞进行加压,取出该细胞的内容物。即,对前述的浮游生物等加压至约2个大气压以进行提取(参见图3)。
在此,对加压方法没有任何限制。可以使用作为通常方法的加压釜来进行加压。此外,可以通过其他方法进行加压。
(采样)
然后,关于前述加压提取,每小时取样1次,持续5小时。
(有用物质分析)
通过LC-MS/MS测量前述的取样的浮游生物1的DHMBA浓度。
(宫城海域取样的提取实验结果)
图7示出了宫城海域取样中DHMBA的检测结果。
图7示出了DHMBA的提取量随时间的变化。加压前的浮游生物中未检测到DHMBA。可以确认,在2个大气压下加压后,即在2个大气压下加压1小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.05(ng/L)。此外,可以确认,在2个大气压下加压2小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.29(ng/L),在2个大气压下加压3小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.49(ng/L)。此外,可以确认,在2个大气压下加压4小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.58(ng/L),在2个大气压下加压5小时后,检测到的DHMBA的提取量为0.67(ng/L)(参见图7)。
在任何情况下,当不对浮游生物加压时,都不会从浮游生物中检测到DHMBA,但是可以清楚地表明,当对浮游生物进行加压时,从快速加压的浮游生物中检测到DHMBA。
(能够检测出DHMBA的浮游生物1的鉴定)
海水中有多种类型的浮游生物1,尚不清楚检测到DHMBA的是哪种类型的浮游生物1。因此,本发明的发明人进行了对检测到DHMBA的浮游生物1的鉴定。
本发明的发明人如上所述收集海水并在其中获得浮游生物1。
从获得的大量浮游生物1中选择约200种,并分别培养这些约200种浮游生物1。
然后,分别对培养的约200种浮游生物进行前述的DHMBA提取处理。即,进行前述超声波处理和前述通过加热或加压的提取处理等。
结果,检测到DHMBA的浮游生物1为4种微藻菌株。然后,详细观察这4种微藻菌株的形态,鉴定出它们为硅藻。
另外,在浮游植物中硅藻最多,存在很多种类。
然而,当本发明的发明人用显微镜详细观察检测到DHMBA的4种微藻菌株的形态时,4种菌株都是硅藻。这里所用的显微镜的放大倍数为1000倍(目镜:10倍,物镜:100倍)。
前述4种微藻菌株,即硅藻,是一组广泛分布在海湾海水中的海洋硅藻,已知为产生大量不饱和脂肪酸的硅藻。它也被称为超浮游硅藻。
接下来,本发明的发明人对四种微藻菌株,即硅藻进行了DNA分析,并试图进一步具体地鉴定硅藻。
DNA分析是对硅藻所属的类别进行分析,所述类别被分类为“门”、“亚门”、“纲”、“亚纲”、“目”、“科”、“属”、“种”。并且随着从“门”到“种”,更具体地进行鉴定。
该DNA分析的过程将在下面进行说明。
检测到DHMBA的硅藻(H-7-09株)的鉴定
其被认为是硅藻亚纲的硅藻。但是,无法达到“目”以下水平的鉴定。
(方法)
进行在Genbank(NCBI,NHI)中的megablast检索
检索条件(1)对除环境衍生的序列之外的全体进行检索(图8和图9)
→根据此结果进行考察。
检索条件(2)对仅限于类型衍生的序列进行检索(图10和图11)
→由于要比对的序列数据的信息量不足,因此不会根据此结果进行考察。
位点
序列名
分析用碱基序列的长度
序列的装配
Blast分析结果
18S
H7-09-18S
1223bp
进行
图8
28S
H7-09-28S-D2R2
474bp
未进行
图9
(megaBlast检索结果)
·18S
示出与一种喜湿藻(Humidophila Schmassmannii)分离株HYU-D030菌株的序列具有约96.2%的同一性。
→同一性低至约96%。
但是,考虑到第二个以后命中的序列,推定其是硅藻纲硅藻亚纲的硅藻。
·28S D2R2的序列
示出与多纹拟菱形藻菌株(Pseudo-nitzschia multistriata strain)HAB-132菌株的序列具有约96.1%的同一性。
→同一性低至约96%。另外,序列短,分值和覆盖率也低,并且与18S的结果相比,鉴定结果的可靠性低。
但是,它与根据18S的结果推定的是硅藻纲的硅藻的可能性并不矛盾。
(鉴定结果)
被认为是硅藻门、硅藻亚门、硅藻纲、硅藻亚纲的硅藻。
但是,无法鉴定出“目”以下的水平。
检测到DHMBA的硅藻(H-9-05菌株)的鉴定
被认为是硅藻门、硅藻亚门、硅藻纲、硅藻亚纲、双菱藻(Surirellales)目、内茧藻(Entomoneidaceae)科、内茧藻(Entomoneis)属的硅藻。
但是,无法鉴定出“种”级别。
(方法)
进行在Genbank(NCBI,NHI)中的megablast检索
检索条件(1)对除环境衍生的序列之外的全体进行检索(图12、图13、图14)
→根据此结果进行考察。
检索条件(2)对仅限于类型衍生的序列进行检索(图15、图16、图17)
→由于要比对的序列数据的信息量不足,因此不会根据此结果进行考察。
位点
序列名
分析用碱基序列的长度
序列的装配
Blast分析结果
18S
H9-05-18S
1204bp
进行
图12
28S
H9-05-28S-D2C2
480bp
未进行
图13
28S
H9-05-28S-D2R2
458bp
未进行
图14
(megaBlast检索结果)
·18S
示出与沼地内茧藻(Entomoneis paludosa)L431菌株的序列具有98%的同一性。
→同一性低至98%,但考虑到第二个以后命中Entomoneis属,推定为硅藻门、硅藻亚门、硅藻纲、硅藻亚纲、双菱藻(Surirellales)目、内茧藻(Entomoneidaceae)科、内茧藻(Entomoneis)属的硅藻。
·28S D2C2的序列
示出与华丽内茧藻(Entomoneis ornata)27D菌株的序列具有92%的同一性。
→同一性非常低,仅为92%,无法作为参考。另外,序列短,分值和覆盖率低,并且与18S的结果相比,鉴定结果的可靠性相当低。
但是,它与根据18S的结果推定的是内茧藻(Entomoneis)属硅藻的可能性并不矛盾。
·28S D2R2的序列
示出与多纹拟菱形藻菌株(Pseudo-nitzschia multistriata strain)HAB-132菌株的序列具有96%的同一性。
→同一性低至96%,无法作为参考。另外,序列短,分值和覆盖率低于D2C2,并且鉴定结果的可靠性相当低。
但是,它与根据18S的结果推定的是硅藻亚纲的硅藻的可能性并不矛盾。
(鉴定结果)
被认为是硅藻门、硅藻亚门、硅藻纲、硅藻亚纲、双菱藻(Surirellales)目、内茧藻(Entomoneidaceae)科、内茧藻(Entomoneis)属的硅藻。
但是,无法鉴定出“种”的水平。
检测到DHMBA的硅藻(H-9-06菌株)的鉴定
被认为是硅藻门、硅藻亚门、硅藻纲、硅藻亚纲、双菱藻(Surirellales)目、内茧藻(Entomoneidaceae)科、内茧藻(Entomoneis)属的硅藻。
但是,无法鉴定出“种”的水平。
(方法)进行在Genbank(NCBI,NHI)中的megablast检索
检索条件(1)对除环境衍生的序列之外的全体进行检索(图18、图19、图20)
→根据此结果进行考察。
检索条件(2)对仅限于类型衍生的序列进行检索(图21、图22、图23)
→由于要比对的序列数据的信息量不足,因此不会根据此结果进行考察。
位点
序列名
分析用碱基序列的长度
序列的装配
Blast分析结果
18S
H9-06-18S
1204bp
进行
图18
28S
H9-06-28S-D2C2
440bp
未进行
图19
28S
H9-06-28S-D2R2
609bp
未进行
图20
(megaBlast检索结果)
·18S
示出与沼地内茧藻(Entomoneis paludosa)L431菌株的序列具有99%的同一性。
→同一性低至99%,但考虑到第二个以后命中Entomoneis属,推定为硅藻门、硅藻亚门、硅藻纲、硅藻亚纲、双菱藻(Surirellales)目、内茧藻(Entomoneidaceae)科、内茧藻(Entomoneis)属的硅藻。
·28S D2C2的序列
示出与华丽内茧藻(Entomoneis ornata)27D菌株的序列具有91%的同一性。
→同一性非常低,仅为91%,无法作为参考。另外,序列短,分值和覆盖率低,并且与18S的结果相比,鉴定结果的可靠性相当低。
但是,它与根据18S的结果推定的是内茧藻(Entomoneis)属硅藻的可能性并不矛盾。
·28S D2R2的序列
示出与单性蒲变虫(Vannella septentrionalis)(阿米巴)具有88%的同一性。
→同一性不到90%。另外,序列短,分值和覆盖率低于D2C2,并且鉴定结果的可靠性相当低。
因此,从这次的鉴定考察中排除。
(鉴定结果)
被认为是硅藻门、硅藻亚门、硅藻纲、硅藻亚纲、双菱藻(Surirellales)目、内茧藻(Entomoneidaceae)科、内茧藻(Entomoneis)属的硅藻。
H-9-09菌株鉴定
未知
(方法)进行在Genbank(NCBI,NHI)中的megablast检索
检索条件(1)对除环境衍生的序列之外的全体进行检索(图24、图25、图26)
→根据此结果进行考察。
检索条件(2)对仅限于类型衍生的序列进行检索(图27、图28、图29)
→由于要比对的序列数据的信息量不足,因此不会根据此结果进行考察。
位点
序列名
分析用碱基序列的长度
序列的装配
Blast分析结果
18S
H9-09-18S
1228bp
进行
图24
28S
H9-09-28S-D2C2
511bp
未进行
图25
28S
H9-09-28S-D2R2
441bp
未进行
图26
(megaBlast检索结果)
·18S
示出与一种鞭毛虫(Caecitellus paraparvulus)HFCC320菌株(Bicosoeca,杯鞭虫属)的序列具有97%同一性。
示出第二个以后均与同属的硅藻具有97%的同一性。
→同一性低至97%,但不能否认杯鞭虫属的序列已被扩增的可能性。
然而,通过先前的显微镜检查已经确认样品显示出硅藻形状。
·28S D2C2的序列
示出与一种鞭毛虫(Caecitellus paraparvulus)HFCC71菌株(Bicosoeca,杯鞭虫属)的序列具有88%同一性。
→同一性小于90%。另外,序列短,分值和覆盖率低,并且与18S的结果相比,鉴定结果的可靠性相当低。
因此,从这次的鉴定考察中排除。
但是,这与18S的结果(是杯鞭虫属)并不矛盾。
·28S D2R2的序列
与多纹拟菱形藻(Pseudo-nitzschia multistriata)HAB-132菌株(硅藻亚纲)的序列具有92%的同一性。
→同一性低至92%。另外,序列短,分值和覆盖率低,并且与18S的结果相比,鉴定结果的可靠性低。
但是,这与先前的形态学观察结果(是硅藻)并不矛盾。
(鉴定结果)
未知
附图标记说明
1 浮游生物
4 GF/C过滤器
5 容器。
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