本发明属于工业催化技术领域,公开了一种用于萘加氢反应的Pd掺杂与Mo空穴协同调控的碳化钼催化剂及其制备方法和应用。该制备方法包括以下步骤：将钼前驱体、钯前驱体和溶剂进行充分混合,得到混合溶液；将混合溶液进行沉积沉淀过程直至水分蒸干,再进行干燥处理,之后在空气中焙烧得到Pd-MoO-(x)前驱体；将Pd-MoO-(x)前驱体在甲烷氢气气氛下进行碳化处理,得到碳化钼催化剂。本发明制备方法简单,原料来源广泛,且造价低廉,金属掺杂量低,可以大幅度降低催化剂成本；将本发明的催化剂应用于萘深度加氢反应中,其萘深度加氢催化性能优异,具有很好的应用前景。