本发明公开了一种发动机运行中应急补充润滑油的方法、发动机控制器及存储介质,本发明通过采集发动机油底壳油压,发动机控制器将低油压信号转化为数字量输出；可编程逻辑控制器(PLC)对信号进行滤波处理,控制油泵运行补油；补油后再检测油底壳油压,油压仍然在报警值以下,经过一定时间间隔再次启动油泵补油；连续三次补油后油底壳油压仍然在报警值以下,则强制发动机停机并发出报警信息。本发明能够保护发动机运行过程中由于油压过低而造成的气缸、轴瓦等磨损,避免出现缸体拉伤、发动机报废等重大损失。