本发明公开了一种驱动电机堵转控制方法、系统及存储介质,其方法包括:获取电机电流值和电机转速;当预设时间内电机电流值均大于等于堵转电流值、且电机转速均小于预设堵转转速时,判定电机进入堵转工况,进行堵转保护,获取绕组初始温度和进入堵转时间;若电机电流值大于电机持续堵转电流值,则根据绕组初始温度、进入堵转时间及映射表获取堵转最大时间和电机定子温度估算值;获取电机允许最大温度;当电机定子温度估算值大于等于电机允许最大温度或进入堵转时间大于等于堵转最大时间时,退出堵转保护,降低电机输出扭矩。本发明在不增加硬件成本的方式,通过一路定子温度采样,快速离线估算可以堵转的最长时间,发挥电机最大性能。