本发明公开了一种从扇贝内脏脱脂残渣中提取功能糖肽的方法,包括如下过程：以扇贝内脏脱脂残渣为原料,绞碎后加入去离子水,置于30-45℃恒温水浴中保持30-60min,后调节pH值至8-10,然后同时加入中性蛋白酶和胰蛋白酶进行微波加热酶解,酶解温度为30-45℃,酶解反应2-3小时,后将酶解液置于100℃沸水浴中灭活10-20min,然后在2-6℃下离心8-12min,收集上清液,冷冻干燥即得功能糖肽。本发明以扇贝内脏脱脂残渣废弃物为原料,利用复合酶解生物技术提取功能糖肽的方法,提取效率高,操作简便且绿色环保,提取的糖肽产物兼具抗氧化和免疫调节活性多种功能,对于扇贝下脚料全资源综合利用具有重要意义。