本发明涉及一种含粘膜微粒的肠溶、结肠溶胶囊及其制备方法。本发明特征是：以天然阳离子多糖壳聚糖为原料,采用离子交联法以三聚磷酸钠为交联剂制备包载治疗药物的壳聚糖粘膜微粒,将所得的载药粘膜微粒进行冷冻干燥后研磨成干粉,填充肠溶、结肠溶胶囊。所制药物的粘膜微粒粒度均匀、分散性好,同时具有较高的载药量与包封率,且制备方法操作简单。包载在粘膜微粒中的药物可凭借壳聚糖的生物粘附性增加体内滞留含量,提高药物的而生物利用度。