具体实施方式

本披露涉及在具有低水平金黄色葡萄球菌定殖的患者中预防金黄色葡萄球菌感染的方法、和鉴定定殖有金黄色葡萄球菌并将受益于α毒素抗体的患者的方法。

I.定义

除非本文另外指示或与上下文明显矛盾，否则在描述本发明的上下文中(尤其是在所附权利要求的上下文中)，术语“一个/种(a和an)”和“该”和“至少一个”以及类似指示物的使用应解释为包括单数和复数二者。

除非本文另外指示或与上下文明显矛盾，否则术语“至少一个”之后是一个或多个项目的列表的使用(例如，“A和B中的至少一个”)应理解为是指从所列项目(A或B)中选择的一个项目或所列项目(A和B)中两个或更多个的任意组合。

除非另外说明，否则术语“包含”、“具有”、“包括”和“含有”应被解释为开放式术语(即，意指“包括但不限于”)。

如本文所用，术语“α毒素”或“AT”是指细菌α毒素多肽，这些多肽包括但不限于天然α毒素多肽和α毒素多肽的同种型。“α毒素”涵盖全长、未加工的α毒素多肽以及细胞内加工产生的α毒素多肽形式。如本文所用，术语“金黄色葡萄球菌α毒素”是指包含adsdiniktgttdigsnttvktgdlvtydkengmhkkvfysfiddknhnkkllvirtkgtiagqyrvyseeganksglawpsafkvqlqlpdnevaqisdyyprnsidtkeymstltygfngnvtgddtgkiggliganvsightlkyvqpdfktilesptdkkvgwkvifnnmvnqnwgpydrdswnpvygnqlfmktrngsmkaadnfldpnkassllssgfspdfatvitmdrkaskqqtnidviyervrddyqlhwtstnwkgtntkdkwtdrsserykidwekeemtn(SEQ ID NO：12)的氨基酸序列的多肽。

金黄色葡萄球菌α毒素H35L突变体具有序列adsdiniktgttdigsnttvktgdlvtydkengmlkkvfysfiddknhnkkllvirtkgtiagqyrvyseeganksglawpsafkvqlqlpdnevaqisdyyprnsidtkeymstltygfngnvtgddtgkiggliganvsightlkyvqpdfktilesptdkkvgwkvifnnmvnqnwgpydrdswnpvygnqlfmktrngsmkaadnfldpnkassllssgfspdfatvitmdrkaskqqtnidviyervrddyqlhwtstnwkgthtkdkwtdrsserykidwekeemtn(SEQ ID NO：13)。

“α毒素多核苷酸”、“α毒素核苷酸”或“α毒素核酸”是指编码α毒素的多核苷酸。

术语“抗体”意指通过免疫球蛋白分子的可变区内的至少一个抗原识别位点识别并特异性结合靶标(例如蛋白质、多肽、肽、碳水化合物、多核苷酸、脂质或前述的组合)的免疫球蛋白分子。如本文所用，术语“抗体”涵盖完整多克隆抗体、完整单克隆抗体、嵌合抗体、人源化抗体、人抗体、包含抗体的融合蛋白、以及任何其他经修饰的免疫球蛋白分子，只要这些抗体展现出所需的生物活性即可。抗体可以是以下五种主要类别的免疫球蛋白中的任一种：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，或其亚类(同种型)(例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2)，基于它们的重链恒定结构域的特性，分别称为α、δ、ε、γ和μ。不同类别的免疫球蛋白具有不同的和熟知的亚基结构和三维构型。抗体可以是裸的或缀合至其他分子如毒素、放射性同位素等。

如本文所用，术语“单克隆抗体”是指由B细胞的单个克隆产生并与相同表位结合的抗体。相比之下，术语“多克隆抗体”是指由不同的B细胞产生并与相同抗原的不同表位结合的抗体群体。

术语“抗体片段”是指完整抗体的一部分。“抗原结合片段”、“抗原结合结构域”或“抗原结合区”是指与抗原结合的完整抗体的一部分。抗原结合片段可以含有完整抗体的抗原决定区(例如，互补决定区(CDR))。抗体的抗原结合片段的实例包括但不限于Fab、Fab′、F(ab′)2和Fv片段、线性抗体和单链抗体。抗体的抗原结合片段可以源自任何动物物种，例如啮齿动物(例如，小鼠、大鼠或仓鼠)和人，或者可以人工产生。

完整抗体通常由四个多肽组成：重(H)链多肽的两个相同拷贝和轻(L)链多肽的两个相同拷贝。每条重链含有一个N-末端可变(VH)区和三个C-末端恒定(CHI、CH2和CH3)区，并且每条轻链含有一个N-末端可变(VL)区和一个C-末端恒定(CL)区。每对轻链和重链的可变区形成抗体的抗原结合位点。VH和VL区具有相同的一般结构，其中每个区包含四个框架区，这些框架区的序列是相对保守的。如本文所用，术语“框架区”是指可变区内的相对保守的氨基酸序列，这些氨基酸序列位于高变区或互补决定区(CDR)之间。每个可变结构域中有四个框架区，这些框架区被命名为FR1、FR2、FR3、和FR4。框架区形成提供可变区的结构性框架的β折叠(参见，例如，C.A.Janeway等人(编辑)，Immunobiology[免疫生物学]，第5版，Garland Publishing[加兰出版社]，New York，NY[纽约州纽约市](2001))。三个CDR(称为CDR1、CDR2和CDR3)形成抗体的“高变区”，该高变区负责抗原结合。

术语“VL”和“VL结构域”可互换用于指抗体的轻链可变区。

术语“VH”和“VH结构域”可互换用于指抗体的重链可变区。

术语“卡巴特(Kabat)编号”和类似术语在本领域中是公认的并且是指对抗体或其抗原结合片段的重链和轻链可变区中的氨基酸残基进行编号的系统。在某些方面，可以根据卡巴特编号系统来确定CDR(参见例如Kabat EA和Wu TT(1971)Ann NY Acad Sci[纽约科学院年鉴]190：382-391以及Kabat EA等人，(1991)Sequences ofProteinsofImmunological Interest[具有免疫学意义的蛋白质序列]，第五版，U.S.Department ofHealth and Human Services[美国卫生与公共服务部]，NIH公开号91-3242)。使用卡巴特编号系统，抗体重链分子内的CDR典型地存在于氨基酸位置31至35(任选地可包括35位之后的一个或两个另外的氨基酸(在卡巴特编号方案中称为35A和35B))(CDR1)、氨基酸位置50至65(CDR2)和氨基酸位置95至102(CDR3)。使用卡巴特编号系统，抗体轻链分子内的CDR典型地存在于氨基酸位置24至34(CDR1)、氨基酸位置50至56(CDR2)和氨基酸位置89至97(CDR3)。在一个具体实施例中，已根据卡巴特编号方案确定本文所述的抗体的CDR。

相反，乔西亚(Chothia)是指结构环的位置(Chothia和Lesk，J.Mol.Biol.[分子生物学杂志]196：901-917(1987))。乔西亚CDR-H1环的末端在使用卡巴特编号惯例编号时在H32与H34之间变化，这取决于环的长度(这是因为卡巴特编号方案将插入放在H35A和H35B；如果35A和35B都不存在，那么环端点在32；如果只存在35A，那么环端点在33；如果35A和35B都存在，那么环端点在34)。AbM高变区表示卡巴特CDR和乔西亚结构环之间的折衷，并且被牛津分子(Oxford Molecular)的AbM抗体建模软件使用。

如本文所用，术语“恒定区”或“恒定结构域”是可互换的并且具有其在本领域中常见的含义。恒定区是抗体的一部分，例如轻链和/或重链的羧基末端部分，该部分不直接涉及抗体与抗原的结合，但是可以展现出各种效应子功能，如与Fc受体的相互作用。相对于免疫球蛋白可变结构域，免疫球蛋白分子的恒定区通常具有更保守的氨基酸序列。

如本文所用，术语“重链”在用于指抗体时，基于恒定结构域的氨基酸序列可以指任何不同类型，例如，α、δ、ε、γ及μ，其分别产生抗体的IgA、IgD、IgE、IgG及IgM类别，包含IgG的亚类，例如，IgG₁、IgG₂、IgG₃、以及IgG₄。重链氨基酸序列是本领域熟知的。在具体实施例中，重链是人重链。

如本文所用，术语“轻链”在用于指抗体时，基于恒定结构域的氨基酸序列可以指任何不同的类型，例如，κ或λ。轻链氨基酸序列是本领域熟知的。在具体实施例中，轻链是人轻链。

“嵌合”抗体是指包含人区和非人区两者的抗体或其片段。“人源化”抗体是包含人抗体支架和获得自或源自非人抗体的至少一个CDR的抗体。非人抗体包括从任何非人动物(例如啮齿动物(例如，小鼠或大鼠))中分离出的抗体。人源化抗体可以包含获得自或源自非人抗体的一个、两个或三个CDR。完全人抗体不含有获得自或源自非人动物的任何氨基酸残基。应理解的是，与小鼠抗体或嵌合抗体相比，完全人抗体和人源化抗体在人中诱导免疫反应的风险更低(参见，例如，Harding等人，mAbs[单克隆抗体]，2(3)：256-26(2010))。

如本文所用，“表位”是本领域中的术语并且是指抗原中抗体或其抗原结合片段可以特异性结合的局部区。表位可以是例如多肽的连续氨基酸(线性或连续表位)，或者表位可以例如一起来自一个或多个多肽的两个或更多个非连续区(构象性、非线性、不连续或非连续的表位)。在某些实施例中，抗体或其抗原结合片段结合的表位可以通过例如NMR光谱法、X射线衍射晶体学研究、ELISA测定、氢/氘交换联合质谱法(例如，液相色谱-电喷雾质谱法)、基于阵列的寡肽扫描测定和/或诱变作图(例如，定点诱变作图)来确定。对于X射线晶体学，可以使用本领域中任何已知的方法来完成结晶(例如，Giegé R等人，(1994)ActaCrystallogr D Biol Crystallogr[晶体学报D辑：生物晶体学]50(Pt 4)：339-350；McPherson A(1990)Eur J Biochem[欧洲生物化学杂志]189∶1-23；Chayen NE(1997)Structure[结构]5：1269-1274；McPherson A(1976)J Biol Chem[生物化学杂志]251：6300-6303)。抗体/其抗原结合片段：抗原晶体可使用为人熟知的X射线衍射技术进行研究并且可使用计算机软件精细化，例如X-PLOR(耶鲁大学(Yale University)，1992，由分子模拟公司(Molecular Simulations，Inc.)分销；参见，例如，Meth Enzymol[酶学方法](1985)第114和115卷，编辑Wyckoff HW等人；U.S.2004/0014194)、以及BUSTER(Bricogne G(1993)Acta Crystallogr D Biol Crystallogr[晶体学报D辑：生物晶体学]49(Pt 1)：37-60；Bricogne G(1997)Meth Enzymol[酶学方法]276A：361-423，编辑Carter CW；Roversi P等人，(2000)Acta Crystallogr D Biol Crystallogr[晶体学报D辑：生物晶体学]56(Pt10)：1316-1323)。可以使用本领域技术人员已知的任何方法来完成诱变作图研究。对于诱变技术(包括丙氨酸扫描诱变技术)的描述，参见例如，Champe M等人，(1995)J Biol Chem[生物化学杂志]270：1388-1394以及Cunningham BC和Wells JA(1989)Science[科学]244：1081-1085。

与参考抗体“结合相同表位”的抗体是指与参考抗体结合相同氨基酸残基的抗体。抗体与参考抗体结合相同表位的能力可以通过氢/氘交换测定(参见，Coales等人，RapidCommun.Mass Spectrom.[质谱学快报]2009；23：639-647)或x射线晶体学来确定。

如本文所用，术语“免疫特异性结合”、“免疫特异性识别”、“特异性结合”和“特异性识别”在抗体或其抗原结合片段的上下文中是类似术语。这些术语指示抗体或其抗原结合片段经由其抗原结合结构域与表位结合并且指示结合需要抗原结合结构域与表位之间有某种互补性。因此，例如，与第一金黄色葡萄球菌白细胞毒素“特异性结合”的抗体也可以与其他金黄色葡萄球菌白细胞毒素结合，但与不相关的、非白细胞毒素蛋白的结合程度小于抗体与第一金黄色葡萄球菌白细胞毒素结合程度的约10％(如例如通过放射免疫测定(RIA)、酶联免疫吸附测定(ELISA)、BiaCore或八隅体(octet)结合测定所测量的)。

如果抗体优先与给定表位或重叠表位结合，其程度为在某种程度上阻断参考抗体与表位的结合，则该抗体被认为“竞争性抑制”参考抗体与该表位的结合。竞争性抑制可以通过本领域已知的任何方法确定，例如竞争性ELISA测定。抗体可被认为将参考抗体与给定表位的结合竞争性抑制至少90％、至少80％、至少70％、至少60％或至少50％。

术语“核酸序列”旨在涵盖DNA或RNA的聚合物(即，多核苷酸)，该聚合物可以是单链或双链的并且可以含有非天然的或改变的核苷酸。如本文所用，术语“核酸”和“多核苷酸”是指任何长度的核苷酸(核糖核苷酸(RNA)或脱氧核糖核苷酸(DNA))的聚合形式。这些术语是指分子的一级结构，并因此包括双链和单链DNA，以及双链和单链RNA。这些术语包括由核苷酸类似物和修饰的多核苷酸(如但不限于甲基化的多核苷酸和/或加帽的多核苷酸)制成的RNA或DNA类似物作为等同物。核酸典型地经由磷酸键连接以形成核酸序列或多核苷酸，尽管许多其他的连接(如硫代磷酸酯、硼代磷酸酯等)是本领域已知的。

如本文所用，“转染”、“转化”或“转导”是指通过使用物理或化学方法将一个或多个外源性多核苷酸引入宿主细胞中。许多转染技术是本领域已知的，并且包括例如，磷酸钙DNA共沉淀(参见，例如，Murray E.J.(编辑)，Methods in Molecular Biology[分子生物学方法]，第7卷，Gene Transfer and Expression Protocols[基因转移和表达协议]，HumanaPress[胡玛纳出版社](1991))；DEAE-葡聚糖；电穿孔；阳离子脂质体介导的转染；钨粒子促进的微粒轰击(Johnston，Nature[自然]，346：776-777(1990))；以及磷酸锶DNA共沉淀(Brash等人，Mol.Cell Biol.[分子细胞生物学]，7：2031-2034(1987))。感染性粒子在合适的包装细胞(其中许多包装细胞是可商购获得的)中生长后，可以将噬菌体或病毒载体引入宿主细胞中。

如本文所用，术语“治疗(treatment、treating)”等是指治愈、减缓、减轻被诊断的病理病症或障碍的症状和/或中止其进展的措施(例如，向受试者施用本文所提供的抗体或其抗原结合片段)。因此，需要治疗的那些包括已经诊断患有或怀疑患有该障碍的那些。“治疗有效量”是指在必要的剂量和时间段下有效达到所需的治疗性结果(例如，金黄色葡萄球菌感染的治疗)的量。

预防性(Prophylactic或preventative)措施是指预防和/或减缓目标病理病症或障碍的发展的措施(例如，向受试者施用本文所提供的抗体或其抗原结合片段)。因此，需要预防性措施的那些包括具有患障碍的倾向的那些患者和障碍有待预防的那些患者。“预防有效量”是指在必要的剂量和时间段下有效达到所需的预防结果(例如，金黄色葡萄球菌感染或疾病发作的预防)的量。

定殖有金黄色葡萄球菌的受试者是指在体内或体表存在金黄色葡萄球菌的受试者。可以例如通过检测获得自受试者的样品中的金黄色葡萄球菌来确定定殖。可以例如通过培养或通过聚合酶链式反应(PCR)来检测金黄色葡萄球菌。由受试者体内或体表存在金黄色葡萄球菌引起或伴随其存在的感染显示细菌的放射学和/或临床体征。金黄色葡萄球菌感染可以例如作为皮肤或软组织感染(SSTI)或菌血症而发生。金黄色葡萄球菌细菌可以通过血流传播并感染体内位点，从而导致肺炎、ICU肺炎、骨骼或关节感染、器械感染、伤口感染、手术位点感染或骨髓炎。放射学体征包括例如显示浸润的X射线。临床体征包括例如，异常体温、异常白细胞计数、咳嗽、脓痰、支气管呼吸音、呼吸困难、呼吸急促(呼吸率>30次呼吸/分钟)、和/或低氧血症。

如本文所用，术语“施用(administer、administering、administration)”等是指可用于使得能够将药物(例如，抗金黄色葡萄球菌抗体或其抗原结合片段的组合)递送(例如，静脉内施用)至所需的生物作用位点的方法。可以与本文所述的药剂和方法一起使用的施用技术可参见例如Goodman和Gilman，The Pharmacological Basis of Therapeutics[治疗学的药理学基础]，现行版本，Pergamon；以及Remington’s，PharmaceuticalSciences[雷明顿药物科学]，现行版本，Mack Publishing Co.，Easton，Pa.[宾夕法尼亚州伊斯顿麦克出版公司]。

与一种或多种另外的治疗剂“组合”施用包括以任何顺序同时(并行)或连续施用。

除非明确声明或从上下文显而易见，如本文所用，术语“或”被理解为包括在内。如本文在短语如“A和/或B”中使用的术语“和/或”旨在包括“A和B”、“A或B”、“A”和“B”。同样，如在短语如“A、B和/或C”中使用的术语“和/或”旨在涵盖以下实施例中的每一个：A、B和C；A、B或C；A或C；A或B；B或C；A和C；A和B；B和C；A(单独)；B(单独)；和C(单独)。

II.抗金黄色葡萄球菌α毒素抗体

如本文所提供的，与金黄色葡萄球菌α毒素结合的抗体和其抗原结合片段(例如，单克隆抗体和片段)可以用于避免定殖有低水平的金黄色葡萄球菌的受试者的金黄色葡萄球菌感染。

α毒素(AT)是包括肺炎、皮肤和软组织感染(SSTI)以及菌血症在内的几种金黄色葡萄球菌疾病中的关键毒力因子(Bubeck Wardenburg，J.和O.Schneewind，J.Exp.Med.[实验医学杂志]，205：287-294(2008)；Inoshima等人，J.Invest.Dermatol.[皮肤病学研究杂志]，132：1513-1516(2012)；和Foletti等人，同上)。用抗AT单克隆抗体被动免疫在肺炎和皮肤坏死模型中减轻了疾病严重程度(Hua等人，Antimicrob.Agents Chemother.[抗微生物药剂与化学疗法]，58：1108-1117(2014)；Tkaczyk等人，Clin.Vaccine Immunol.[临床免疫学与疫苗]，19：377-385(2012)；以及Ragle，B.E和J.Wardenburg Bubeck，Infect.Immun.[感染与免疫]，77：2712-2718(2009))，并且用含有H35L突变的AT类毒素(ATH35L)接种在小鼠致命性菌血症和肺炎模型中防止死亡(Bubeck Wardenburg，同上，Foletti等人，同上，Hua等人，同上，Ragle，同上，Menzies，B.E和D.S Kernodle，Infect.Immun.[感染与免疫]，77：2712-2718(2009)；以及Adhikari等人，PLoS One[公共科学图书馆·综合]，7：e38567(2012))。AT在菌血症和败血症期间促进金黄色葡萄球菌发病机理的多个方面，包括刺激败血症特有的高炎症反应，以及激活ADAM10介导的内皮紧密连接的裂解，从而导致血管完整性的丧失(Powers等人，J Infect.Dis.[感染性疾病杂志]，206：352-356(2012)；Wilke，G.A.和J.Bubeck Wardenburg，Proc.Natl.Acad. Sci.USA[美国国家科学院院刊]，107：13473-13478(2010)；和Becker等人，JInnate Immun.[先天免疫杂志]，6∶619-631(2014))。AT也已被证明靶向血小板，其通过血小板-嗜中性粒细胞聚集体形成防止受损内皮屏障的修复并促进器官功能障碍(Powers等人，CellHost Microbe[细胞宿主与微生物]，17：775-787(2015))。α毒素结构和功能详细地描述于例如Bhakdi，S.和J.Tranum-Jensen，Microbiol.Mol.Biol.Rev.[微生物学与分子生物学综述]，55(4)：733-751(1991)中。

结合AT的单克隆和多克隆抗体是本领域中已知的(参见，例如，Hua等人，Antimicrob.Agents Chemother.[抗微生物药剂与化学疗法]，58(2)：1108-1117(2014)；和Oganesyan等人，J.Biol.Chem.[生物化学杂志]，289：29874-29880(2014))并且是可从例如西格玛奥德里奇公司(Sigma Aldrich)(密苏里州圣路易斯(St.Louis，MO))和艾博抗公司(AbCam)(马萨诸塞州坎布里奇(Cambridge，MA))等来源商业获得的。结合AT的示例性抗体披露于例如WO 2012/109285和WO 2014/074540中(这两者均通过引用以其全文并入本文)。

在一个例子中，与金黄色葡萄球菌α毒素(AT)特异性结合的抗体或抗原结合片段(例如，单克隆抗体或片段)包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：(i)重链多肽；和(ii)轻链多肽，该重链多肽包含SEQ ID NO：1的CDR1氨基酸序列、SEQ ID NO：2的CDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO：3的CDR3氨基酸序列，该轻链多肽包含SEQ ID NO：4的CDR1氨基酸序列、SEQ ID NO：5的CDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO：6的CDR3氨基酸序列。在另一个例子中，与金黄色葡萄球菌AT特异性结合的抗体或抗原结合片段(例如，单克隆抗体或片段)的重链多肽包含SEQ ID NO：7的可变区氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成。在另一个例子中，与金黄色葡萄球菌AT特异性结合的抗体或抗原结合片段(例如，单克隆抗体或片段)的轻链多肽包含SEQ ID NO：8的可变区氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成。在另一个例子中，与金黄色葡萄球菌AT特异性结合的抗体或抗原结合片段(例如，单克隆抗体或片段)包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：可变重链和轻链可变区，该可变重链包含SEQ ID NO：7的氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成，该轻链可变区包含SEQ ID NO：8的氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成。在另一个例子中，与金黄色葡萄球菌AT特异性结合的抗体或抗原结合片段(例如，单克隆抗体或片段)包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：重链和/或轻链可变区，该重链包含SEQ ID NO：9的氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成，该轻链可变区包含SEQ ID NO：10的氨基酸序列、基本上由其组成、或由其组成。

下文提供了示例性抗AT抗体的序列。另外的抗AT抗体提供于例如美国专利号9,527,905中，该专利通过引用以其全文并入本文。在某些例子中，本文所述的抗体或其抗原结合片段与AT结合，并包含以下两个表中列出的抗体的六个CDR(即，第一个表中列出的抗体的三个VH CDR和第二个表中列出的相同抗体的三个VL CDR)。

抗AT抗体MEDI4893(又称为苏托舒单抗)是一种半衰期延长的人单克隆抗体，其以高亲和力结合AT并有效地阻断靶细胞膜中AT孔的形成。半衰期延长是通过在Fc结构域中引入三个氨基酸取代(M252Y/S254T/T256E；称为YTE)以增加与新生儿Fc受体(FcRn)的结合并因此增加血清半衰期来实现的。因为YTE突变降低小鼠中的抗体半衰期和暴露，所以被称为MEDI4893*或“LC10”的MEDI4893的相同版本(除了YTE修饰外)已被用于证明在临床前模型中的功效，如先前在国际专利申请公开WO 2012/109285和WO 2014/074540(两者均通过引用以其全文并入本文)中所述的。MEDI4893(或苏托舒单抗)含有具有SEQ ID NO：9所示的氨基酸序列的重链和具有SEQ ID NO：10所示的氨基酸序列的轻链。下表中提供了MEDI4893(苏托舒单抗)和MEDI4893*的相同CDR、VH和VL序列。

VH CDR氨基酸序列

VL CDR氨基酸序列

在某些例子中，本文所述的抗体或其抗原结合片段与AT结合并且包含在下表中列出的抗体的VH，例如与VL组合。

可变重链(VH)氨基酸序列

在某些例子中，本文所述的抗体或其抗原结合片段与AT结合并且包含在下表中列出的抗体的VL，例如与VH(任选地上表中列出的相同抗体的VH)组合。

可变轻链(VL)氨基酸序列

在某些例子中，本文所述的抗体或其抗原结合片段与AT结合并且包含在下表中列出的抗体的重链，例如与轻链组合。

全长重链氨基酸序列

在某些例子中，本文所述的抗体或其抗原结合片段与AT结合并且包含在下表中列出的抗体的轻链，例如与重链(任选地上表中列出的相同抗体的重链)组合。

全长轻链氨基酸序列

在某些方面，可以根据乔西亚编号方案确定抗体或其抗原结合片段的CDR，乔西亚编号方案是指免疫球蛋白结构环的位置(参见，例如，Chothia C和Lesk AM，(1987)，J MolBiol[分子生物学杂志]196：901-917；Al-Lazikani B等人，(1997)J Mol Biol[分子生物学杂志]273：927-948；Chothia C等人，(1992)J Mol Biol[分子生物学杂志]227：799-817；Tramontano A等人，(1990)J Mol Biol[分子生物学杂志]215(1)：175-82；以及美国专利号7,709，226)。典型地，当使用卡巴特编号惯例时，乔西亚CDR-H1环存在于重链氨基酸26至32、33或34处，乔西亚CDR-H2环存在于重链氨基酸52至56处，并且乔西亚CDR-H3环存在于重链氨基酸95至102处，而乔西亚CDR-L1环存在于轻链氨基酸24至34处，乔西亚CDR-L2环存在于轻链氨基酸50至56处，并且乔西亚CDR-L3环存在于轻链氨基酸89至97处。乔西亚CDR-H1环的末端在使用卡巴特编号惯例编号时在H32与H34之间变化，这取决于环的长度(这是因为卡巴特编号方案将插入放在H35A和H35B；如果35A和35B都不存在，那么环端点在32；如果只存在35A，那么环端点在33；如果35A和35B都存在，那么环端点在34)。

在某些方面，本文提供了包含MEDI4893抗体的乔西亚VH和VL CDR的抗体和其抗原结合片段的组合。在某些实施例中，抗体或其抗原结合片段包含一个或多个CDR，其中乔西亚和卡巴特CDR具有相同的氨基酸序列。在某些实施例中，本文提供了包含卡巴特CDR和乔西亚CDR的组合的抗体和其抗原结合片段。

在某些方面，可以根据如Lefranc M-P，(1999)The Immunologist[免疫学家]7：132-136和Lefranc M-P等人，(1999)Nucleic Acids Res[核酸研究]27：209-212中所述的IMGT编号系统来确定抗体或其抗原结合片段的CDR。根据IMGT编号方案，VH-CDR1处于位置26至35，VH-CDR2处于位置51至57，VH-CDR3处于位置93至102，VL-CDR1处于位置27至32，VL-CDR2处于位置50至52，并且VL-CDR3处于位置89至97。在特定实施例中，本文提供了包含MEDI4893的IMGT VH和VL CDR的抗体和其抗原结合片段的组合，例如，如在Lefranc M-P(1999)同上和Lefranc M-P等人，(1999)同上中所述。

在某些方面，可以根据MacCallum RM等人，(1996)J Mol Biol[分子生物学杂志]262：732-745确定抗体或其抗原结合片段的CDR。另请参见例如Martin A.“ProteinSequence and Structure Analvsis of Antibody Variable Domains[抗体可变结构域的蛋白质序列和结构分析]，”在Antibody Engineerlng[抗体工程]中，Kontermann和Dübel编辑，第31章，第422-439页，Springer-Verlag，Berlin[柏林斯普林格出版社](2001)。在特定实施例中，本文提供了包含通过MacCallum RM等人的方法确定的MEDI4893抗体的VH和VLCDR的抗体或其抗原结合片段的组合。

在某些方面，可以根据AbM编号方案确定抗体或其抗原结合片段的CDR，AbM编号方案是指表示卡巴特CDR和乔西亚结构环之间折衷的AbM高变区，并且被牛津分子的AbM抗体建模软件(牛津分子集团有限公司(Oxford Molecular Group，Inc.))使用。在特定实施例中，本文提供了包含如通过AbM编号方案确定的MEDI4893抗体的VH和VL CDR的抗体或其抗原结合片段的组合。

在另一个方面，本文所述的抗体或其抗原结合片段(例如，单克隆抗体或片段)可以包含任何合适类别(例如，IgG、IgA、IgD、IgM、和IgE)的恒定区(Fc)，该恒定区已经被修饰以便改善该抗体或抗原结合片段(例如，单克隆抗体或片段)的半衰期。例如，本文所述的抗体或其抗原结合片段(例如，单克隆抗体或片段)可以包含如下Fc，该Fc包含突变，该突变使相对于不具有该突变的相同抗体半衰期得以延长。

Fc区工程化在本领域中被广泛用于延长治疗性抗体的半衰期并避免体内降解。在一些实施例中，可以修饰IgG抗体或抗原结合片段的Fc区，以便增加IgG分子对新生儿Fc受体(FcRn)的亲和力，从而介导IgG分解代谢并避免IgG分子降解。合适的Fc区氨基酸取代或修饰是本领域已知的并且包括例如三元取代M252Y/S254T/T256E(称为“YTE”)(参见例如，美国专利7,658,921；美国专利申请公开2014/0302058；和Yu等人，Antimicrob.AgentsChemother.[抗微生物药剂与化学疗法]，61(1)：e01020-16(2017))。在某些方面，与金黄色葡萄球菌AT结合的抗体或抗原结合结合片段(例如，单克隆抗体或片段)包含含有YTE突变的Fc区。

本文所述的抗体或抗原结合片段(例如，单克隆抗体或片段)可以是或可以获得自人抗体、人源化抗体、非人抗体或嵌合抗体。在一个方面，本文所述的抗体或其抗原结合片段是全人抗体。

可以通过任何方式获得人抗体、非人抗体、嵌合抗体或人源化抗体，包括经由体外来源(例如，杂交瘤或重组地产生抗体的细胞系)和体内来源(例如，啮齿动物、人扁桃体)获得。用于产生抗体的方法是本领域已知的并且描述于例如和Milstein，Eur.J.Immunol.[欧洲免疫学杂志]，5：511-519(1976)；Harlow和Lane(编辑)，Antibodies：ALaboratory Manual[抗体：实验室手册]，CSH Press[CSH出版社](1988)；以及Janeway等人(编辑)，Immunobiology[免疫生物学]，第5版，Garland Publishing[加兰出版社]，NewYork，N.Y.[纽约州纽约市](2001)中。在某些实施例中，可以使用转基因动物(例如，小鼠)来产生人抗体或嵌合抗体，其中一个或多个内源性免疫球蛋白基因被一个或多个人免疫球蛋白基因替换。其中内源性抗体基因被人抗体基因有效替换的转基因小鼠的实例包括但不限于美达瑞公司(Medarex)HUMAB-MOUSE^TM、麒麟集团(Kirin)TC MOUSE^TM和协和发酵麒麟集团(Kyowa Kirin)KM-MOUSE^TM(参见例如，Lonberg，Nat.Biotechnol.[自然生物技术]，23(9)：1117-25(2005)，和Lonberg，Handb.Handb.Exp.Pharmacol.[实验药理学手册]，181：69-97(2008))。可以使用本领域中已知的任何合适的方法来产生人源化抗体(参见，例如，An，Z.(编辑)，Therapeutic Monoclonal Antibodies：From Bench to Clinic [治疗性单克隆抗体：从实验室到临床]，John Wiley&Sons，Inc.[约翰·威利父子公司]，Hoboken，N.J.[新泽西州霍博肯](2009))，包括例如将非人CDR移植到人抗体支架上(参见，例如，Kashmiri等人，Methods[方法]，36(1)：25-34(2005)；和Hou等人，J.Biochem.[生物化学杂志]，144(1)：115-120(2008))。在一个实施例中，可以使用描述于例如美国专利申请公开2011/0287485 A1中的方法来产生人源化抗体。

III.核酸、载体以及宿主细胞

本文还提供了一种或多种分离的核酸序列，该一种或多种分离的核酸序列编码与AT结合的抗体或其抗原结合片段(任选地其中该抗体或抗原结合片段是单克隆抗体或片段)。

本披露进一步提供了一种或多种载体，该一种或多种载体包含一种或多种编码与AT结合的抗体或其抗原结合片段的核酸序列(任选地其中该抗体或抗原结合片段是单克隆抗体或片段)。载体可以是例如质粒、附加体、粘粒、病毒载体(例如，逆转录病毒载体或腺病毒载体)或噬菌体。

可以将包含编码与AT结合的抗体或其抗原结合片段(任选地其中所述抗体或抗原结合片段是单克隆抗体或片段)的一种或多种核酸的一种或多种载体引入能够表达由其编码的多肽的宿主细胞，包括任何合适的原核或真核细胞。因此，本披露提供了包含载体的分离的细胞。可以使用的宿主细胞包括如下那些宿主细胞：这些宿主细胞可容易且可靠地生长、具有相当快的生长速率、具有良好表征的表达系统、并且可以容易且高效地转化或转染。

可以通过转染、转化或转导将编码本文所述的任一种抗体或抗原结合片段(任选地单克隆抗体或片段)中的氨基酸的核酸序列引入到细胞中。

IV.药物组合物和施用抗AT抗体的方法

本披露提供了一种组合物，该组合物包含有效量的本文所述的抗AT抗体或其抗原结合片段中的任一种以及药学上可接受的运载体。该量可以有效地降低定殖有金黄色葡萄球菌的受试者的感染风险。

在另一个方面，该组合物可以包含编码AT结合抗体或抗原结合片段的核酸序列。核酸序列可以存在于载体或载体组合中。

在一个方面，该组合物是药学上可接受的(例如，生理上可接受的)组合物，其包含运载体(如药学上可接受的(例如，生理上可接受的)运载体)和一种或多种AT结合抗体或抗原结合片段核酸序列、或一种或多种载体。

在本披露的上下文内可以使用任何合适的运载体，并且此类运载体是本领域熟知的。运载体的选择将部分地由可施用组合物的特定位点以及用于施用该组合物的特定方法来确定。该组合物任选地可以是无菌的。可以将该组合物冷冻或冻干以便储存并在使用前在合适的无菌运载体中复原。可以根据如下常规技术来产生组合物，这些常规技术描述于例如，Remington：The Science and Practice of Pharmacy[雷明顿：制药科学与实践]，第21版，Lippincott Williams&Wilkins[利平科特·威廉斯·威尔金斯出版公司]，Philadelphia，PA[宾夕法尼亚州费城](2001)中。

该组合物理想地按以下量包含AT结合抗体或抗原结合片段，该量可有效地降低定殖有金黄色葡萄球菌的患者的金黄色葡萄球菌感染的风险。为此，所披露的方法包括施用治疗有效量或预防有效量的AT结合抗体或其抗原结合片段或前述抗体或片段(包括单克隆抗体或片段)的组合物。

对于几天或更长时间的重复施用，取决于病症，可以重复进行治疗直至出现疾病症状的所希望的遏制。然而，其他剂量方案可能是有用的并且在本披露的范围内。所需剂量可以通过组合物的单次推注施用、通过组合物的多次推注施用、或通过组合物的持续输注施用来递送。

可以使用标准施用技术(包括静脉内、腹膜内、皮下、和肌肉内施用途径)将有效量的抗AT抗体或其抗原结合片段施用给受试者(如人)。抗AT抗体或其抗原结合片段可以适合于肠胃外施用。如本文所用，术语“肠胃外”包括静脉内、肌肉内、皮下和腹膜内施用。在一些实施例中，使用外周全身递送通过静脉内、腹膜内或皮下注射来向受试者施用抗AT抗体或其抗原结合片段。

AT结合抗体或抗原结合片段或包含其的组合物可以单独地施用或与常规地用于治疗金黄色葡萄球菌感染的其他药物(例如，作为佐剂)组合施用。包含AT结合抗体或抗原结合片段的组合物可以与例如一种或多种抗生素(如耐青霉素酶的β-内酰胺抗生素(例如，苯唑西林(oxacillin)或氟氯西林(flucloxacillin)))组合使用。庆大霉素(Gentamicin)可用于治疗严重感染，如心内膜炎。然而，如今大多数金黄色葡萄球菌菌株是耐青霉素的，并且100个人中有两个携带耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌菌株(MRSA)。典型地用万古霉素(vancomycin)治疗MRSA感染，并且可以用三联抗生素软膏治疗轻微的皮肤感染。

包含AT结合抗体或抗原结合片段的组合物可与例如一种或多种抗金黄色葡萄球菌抗体组合使用。

V.鉴定将受益于抗AT抗体的患者的方法

如本文所证明的，向定殖有低水平的金黄色葡萄球菌(例如，不超过金黄色葡萄球菌的阈值水平的金黄色葡萄球菌水平)的受试者施用抗AT抗体或其抗原结合片段可以降低受试者中存在金黄色葡萄球菌所伴随的感染的发生率。

可以基于获得自受试者的样品中金黄色葡萄球菌的量来确定受试者体内金黄色葡萄球菌的量。样品可以是例如皮肤或软组织样品。样品可以获得自例如受试者的下呼吸道。样品可以是例如气管内吸出物、气管样品或支气管样品。

在某些方面，将抗AT抗体或其抗原结合片段施用给受试者，其中获得自受试者的样品具有的金黄色葡萄球菌的浓度不超过估计为3.2log 10CFU/ml(约1600-1700CFU/ml)的某一阈值。

可以使用聚合酶链式反应(PCR)对获得自受试者的样品中金黄色葡萄球菌的量进行定量。例如，获得自受试者的样品中的金黄色葡萄球菌的量可以是可基于达到阈值信号所需的PCR循环数(在本文称为“循环阈值”或“Ct值”)来定量的数量。高Ct值(即，达到阈值信号所需的大量PCR循环)指示低水平的金黄色葡萄球菌，而低Ct值(即，达到阈值信号所需的少量PCR循环)指示高水平的金黄色葡萄球菌。

PCR是定量样品中金黄色葡萄球菌的量的特别有利的方法，因为它可以快速且一致地进行。例如，PCR可以在2小时或更短时间内检测出样品中金黄色葡萄球菌的量。尽管实验室对细菌培养的方法有很大的不同，但是它们将使用相同类型的仪器进行PCR测试，使得PCR输出在不同的实验室之间一致。

基于单个金黄色葡萄球菌基因或金黄色葡萄球菌基因组合的扩增，PCR可用于确定样品中金黄色葡萄球菌的量。例如，PCR可用于检测金黄色葡萄球菌蛋白A基因。金黄色葡萄球菌蛋白A的检测对所有金黄色葡萄球菌均进行检测，不管它们对甲氧西林的敏感性如何。然而，PCR还可用于确定金黄色葡萄球菌是否是耐抗生素的，例如耐甲氧西林的。例如，PCR可用于检测甲氧西林耐药性决定簇(mecA)和葡萄球菌染色体盒(SCCmec)的存在。对mecA和SCCmec的检测指示出金黄色葡萄球菌是耐甲氧西林的。

在某些方面，将抗AT抗体或其抗原结合片段施用给受试者，其中获得自该受试者的样品具有的金黄色葡萄球菌的水平不超过与PCR Ct值相关的金黄色葡萄球菌的最大水平。在某些方面，将抗AT抗体或其抗原结合片段施用给受试者，其中获得自该受试者的样品具有的金黄色葡萄球菌的水平不超过与约29的PCR Ct值相关的金黄色葡萄球菌的水平。在某些方面，将抗AT抗体或其抗原结合片段施用给受试者，其中获得自该受试者的样品具有的金黄色葡萄球菌的水平不超过与介于29与36之间的PCR Ct值相关的金黄色葡萄球菌的水平。

在某些方面，将抗AT抗体或其抗原结合片段施用给受试者，其中获得自该受试者的样品具有的金黄色葡萄球菌的水平为与PCR Ct值相关的金黄色葡萄球菌的至少最低水平。在某些方面，将抗AT抗体或其抗原结合片段施用给受试者，其中获得自该受试者的样品具有与约3至约29的PCR Ct值相关的金黄色葡萄球菌的水平。在某些方面，将抗AT抗体或其抗原结合片段施用给受试者，其中获得自该受试者的样品具有与3至29的PCR Ct值相关的金黄色葡萄球菌的水平。

据估计，29的PCR Ct值与约1600至1700个菌落形成单位(CFU)/ml的金黄色葡萄球菌的浓度相对应。

本文所提供的用于鉴定将受益于接受抗AT抗体或其抗原结合片段的受试者的方法可特别用于机械通气的受试者。因此，受试者可以是机械通气的受试者。虽然整体发病率相对较低(约1％-2％)，但在金黄色葡萄球菌定殖的患者中金黄色葡萄球菌肺炎的发生率要高得多(20％以上)。在机械通气的受试者中，金黄色葡萄球菌肺炎是通常在通气开始后的第一周内发生的早期事件，因此较早施用抗AT抗体或其抗原结合片段可能是避免肺炎的关键。用于评估患者的金黄色葡萄球菌水平的基于PCR的技术可以在约2小时内完成，而培养技术则要慢得多(并且还缺乏基于PCR的技术的精确定量性质)。

基于PCR的技术在用于检测金黄色葡萄球菌定殖方面也比基于培养的技术更有利，因为基于PCR的技术在检测金黄色葡萄球菌的存在方面可以是更灵敏的，特别是在服用抗生素的受试者中。因此，受试者可以正在服用抗生素。另外，在本文所提供的方法的某些方面，获得自受试者的样品的PCR分析指示出，受试者将受益于接受抗AT抗体或其抗原结合片段，而样品不含有将会在用于确定金黄色葡萄球菌的存在的培养测定中生长的细菌。

以下实例进一步说明了本发明，但当然不应解释为以任何方式限制其范围。

实例1

金黄色葡萄球菌(S.aureus)肺炎是通常在通气后的第一周内发生的机械通气患者的早期事件。因此，快速鉴定处于发展这种感染的风险中的患者可以是挽救生命的。虽然整体发病率相对较低(约1％-2％)，但在定殖有金黄色葡萄球菌的患者中发生率要高得多(20％以上)。

在重症监护病房(ICU)中机械通气患者的2期临床试验中，作为用于鉴定在其下呼吸道(LRT)中定殖有金黄色葡萄球菌的处于风险中的患者的测定进行分析快速聚合酶链式反应(PCR)。按照产品协议使用了MRSA/SA SSTI测定(加利福尼亚州森尼维耳市赛沛公司(Cepheid，Sunnyvale，CA))以进行PCR。该测定是一种快速的、自动化的DNA测试，该DNA测试用于同时检测直接来自皮肤和软组织样本的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)和金黄色葡萄球菌(SA)。将样本采集在双拭子上，将其放置在含有洗脱试剂的管中。在短暂的涡旋后，将洗脱物质和与测定一起提供的两种一次性使用的试剂(试剂1和试剂2)转移到一次性流体盒(Xpert MRSA/SA盒)的不同的、独特标记的室中。将该盒放置到DX系统仪器平台中，该平台进行不干涉实时多重PCR以便检测DNA。在该平台中，另外的样品制备、扩增和实时检测都是全自动化的且完全集成的。

Xpert MRSA/SA测定中的引物和探针检测金黄色葡萄球菌蛋白A(spa)、MecA介导的苯唑西林耐药性基因(mecA)和插入SA染色体attB位点中的葡萄球菌盒染色体(SCCmec)的核酸序列。测试包括样品处理控制，以控制靶细菌的适当处理并监测PCR测定中抑制剂的存在。探针检查控制(Probe Check Control)对试剂再水合、盒中的PCR管填充、探针完整性和染料稳定性进行验证。

测定描绘于图1中：从患者获得气管内吸出物(ETA)样品，并将样品的拭子插入到洗脱试剂中。对混合物进行涡旋并分配到盒中。然后将该盒插入到PCR仪器中以启动测试。测试的总操作时间小于2分钟，并且整个测试在75分钟内完成。

PCR测试产生循环阈值(Ct)值，该值表示达到阈值信号所需的PCR循环数。Ct值与细菌载量呈负相关：样品中较高数量的金黄色葡萄球菌需要较少的循环来达到阈值水平并且因此具有低Ct值，而样品中较低数量的金黄色葡萄球菌需要较多的循环来达到阈值水平并且因此具有较高的Ct值。

实例2

实例1中讨论的快速PCR测试用于检测存在或不存在金黄色葡萄球菌，并用于通过观察三个分子靶标来确定金黄色葡萄球菌是否是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)。第一靶标是金黄色葡萄球菌蛋白A(SPA)，其检测所有的金黄色葡萄球菌，不管它们的甲氧西林敏感性状态如何。第二和第三靶标是用于检测MRSA的甲氧西林耐药性决定簇(mecA)和葡萄球菌染色体盒(SCCmec)。

在2期临床试验筛选时，对720名患者进行了快速PCR测试。在这些患者中，299名(41.5％)定殖有金黄色葡萄球菌。该数高于普通公众的金黄色葡萄球菌定殖率(25％-30％)，但对于ICU中机械通气的患者而言是合理的数。在299名定殖有金黄色葡萄球菌的患者中，277名(92.6％)携带甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌(MSSA)，并且22名(7.4％)携带MRSA。

图2显示了299名定殖有金黄色葡萄球菌的患者中295名的Ct值。(具有等于零的Ct值或该值缺失的4名PCR+患者未显示。)这些患者的平均Ct值为25.7，并且在筛选时大量患者具有低Ct值(高细菌载量)。

筛选发生在开始机械通气后的不同时间。因此，将Ct值与机械通气天数进行比较。如图3所示的结果证明，无论机械通气天数如何，Ct值都具有宽分布。因此，机械通气的天数不能用来预测金黄色葡萄球菌定殖或Ct值。

实例3

该实例证明，快速PCR在检测金黄色葡萄球菌定殖方面比培养测定更灵敏。培养测定在不同实验室之间显著不同，通常涉及将未稀释的样品或连续稀释的样品在含有琼脂的琼脂板上接种或划线。在将板孵育24-48小时后，对金黄色葡萄球菌分散的菌落进行计数(定量培养方法)或对金黄色葡萄球菌生长象限数量和生长密度进行评估(半定量培养方法)。定性培养不提供定量，并且仅评估存在或不存在金黄色葡萄球菌。(参见图4。)因此，对于不同的培养方法，培养的状态(金黄色葡萄球菌感染呈阳性或阴性)可能是不同的，并且如果不准确，则可能对治疗方案产生负偏差。

对299名患者的随机亚组(N＝209)进行培养。在这209名患者中，仅162名(77.5％)产生了阳性培养结果，而47名(22.5％)产生了阴性培养结果。因此，培养测定将缺失22.5％的定殖有金黄色葡萄球菌的受试者。换言之，快速PCR与培养测定之间有77.5％的一致率，以及22.5％的不一致率。所有不一致性的原因是通过快速PCR测试呈阳性和通过培养测试呈阴性的样品。(参见图6。)

结果的进一步综述证明，与样品通过PCR和通过培养测试呈阳性的患者相比，样品通过PCR测试呈阳性而通过培养测试呈阴性的明显更高百分比的患者同时使用抗生素。(参见图7。)这些数据表明，抗生素的使用对培养结果有负面影响。然而，历史抗生素使用对培养结果无影响。(参见图8。)

另外，由于接种的差异(例如，样品稀释度、接种体积和板数量)，培养测定的灵敏度在不同的实验室中有所不同。对实验室的调查汇总于下表中。

在这九个实验室中，检测限在3.3与10⁵CFU/ml之间变化。因此，一些实验室中的低培养灵敏度也导致了PCR与培养测定之间的不一致性。

对相对于培养是否被归类为轻度、中度还是重度的Ct截止值进行了检查。被归类为重度的大多数培养低于29的PCR Ct值。然而，被归类为中度的相当一部分的培养也低于29的PCR Ct值。事实上，被归类为轻度的一些培养也低于29的PCR Ct值。因此，这些培养的评价是不一致的。(参见图5。)

使用快速PCR或培养测定，甲氧西林敏感性测定是一致的。在通过PCR和培养测试的162个样品中，无论使用哪种方法，9个(5.6％)被鉴别为MRSA，并且153个(94.4％)被鉴别为MSSA。

这些结果证明，培养测定和PCR测定在检测甲氧西林敏感性方面同样有效，但PCR测定在检测金黄色葡萄球菌定殖方面更灵敏。

实例4

在培养阳性样品和培养阴性样品中分析了Ct值。培养阳性样品和培养阴性样品的Ct分布显示于图9中，并且结果也汇总于下表中。

基于这些结果，29的Ct值最佳地区分了培养阳性样品和培养阴性样品。

Ct值还与金黄色葡萄球菌浓度相关。图10所示的结果证明，Ct值与CFU/ml计数之间存在统计上显著的负线性相关。Ct值大于29的大多数样品具有低金黄色葡萄球菌载量(≤10³CFU/ml)，并且Ct值小于29的大多数样品具有高金黄色葡萄球菌载量(＞10⁴CFU/ml)。29的Ct值与约3.2log10 CFU/ml(约1600-1700CFU/ml)相对应。

在支气管培养物和气管培养物中检测到Ct值与金黄色葡萄球菌浓度之间的类似相关性。(参见图11。)

还检测了Ct值和金黄色葡萄球菌浓度之间的类似相关性，无论是否观察到非葡萄球菌生长。(参见图12。)

这些结果证明，PCR是对金黄色葡萄球菌定殖进行定量的稳健方式，并且29的Ct截止值有效地区分了低金黄色葡萄球菌定殖和高金黄色葡萄球菌定殖。

实例5

在具有低水平的金黄色葡萄球菌定殖和高水平的金黄色葡萄球菌定殖(使用29的Ct截止值)的患者中，比较了抗金黄色葡萄球菌抗体MEDI4893在机械通气的ICU患者中预防金黄色葡萄球菌肺炎的功效。

当在如下情况下时认为受试者是机械通气的：(i)通过气管内或鼻气管插管来插管并接受正压通气支持时，或(ii)未通过气管内或鼻气管插管来插管，但在过去24小时内需要至少8小时的正压通气(例如，具有气管造口术、持续气道正压通气[CPAP]等的患者)。

金黄色葡萄球菌肺炎是在诊断时进行机械通气的患者中诊断出来的，这时这些患者满足以下放射学、临床和微生物学标准，而这些标准不是由于任何明显的非感染性原因。

放射学标准：在事件的24小时内获得的胸部X射线上与肺炎一致的新的或恶化的浸润(由合格的放射科医生诊断)以及

临床标准：至少2个以下轻微或1个主要新发呼吸体征或症状：

·次要标准

о全身感染体征(以下中的一个或多个)：异常体温(口腔温度或鼓室温度＞38℃或核心体温≥38.3℃或体温过低，定义为核心体温＜35℃)和/或异常的白细胞(WBC)(WBC计数>10,000个细胞/mm3、WBC计数＜4500个细胞/mm3或＞15％带状嗜中性粒细胞)；

о化脓性气管内分泌物的产生

о与肺炎/肺实变(pulmonary)一致的体检结果(例如，啰音、干啰音、支气管呼吸音)或叩诊浊音

·主要标准

о在通气支持系统中进行的急性变化以增强氧合，如通过以下确定的：

·PaO2/FiO2比率＜240mmHg维持至少4小时，或

·PaO2/FiO2降低≥50mmHg，维持至少4小时

以及

微生物学确认：以下至少一项(在事件发作的24小时内获得)：

·呼吸样本培养呈金黄色葡萄球菌阳性。包括在插管受试者中通过气管内吸出或通过支气管镜检以及支气管肺泡灌洗(BAL)或保护性样本刷(PSB)取样获得的呼吸分泌物样本。在未插管但符合机械通气协议定义的受试者中，咳出的痰样本是可接受的

·金黄色葡萄球菌呈阳性的血液培养物(并且肺外没有明显的主要感染源)

·在肺炎发作期间金黄色葡萄球菌呈阳性的胸膜液吸出物或肺组织培养物

结果显示于下表中。

相对风险降低(MEDI4893 5000mg相对于安慰剂)；90％置信区间(CI)；以及基于具有稳健方差的泊松回归的p值。

还观察到仅金黄色葡萄球菌肺炎的82.6％相对风险降低(90％CI：-1.0％，97.0％)、全因肺炎的30.6％相对风险降低(90％CI：-4.9％，54.0％)和全因肺炎或死亡的23.1％相对风险降低(90％CI：23.1％-4.9％，43.6％)。

相互作用p值获得自具有稳健方差的泊松回归，包括治疗组、被测试的亚组和通过亚组相互作用的治疗项。相对风险降低(MEDI48935000mg相对于安慰剂)和90％置信区间(CI)是基于比例的比率的无条件置信区间。

Ct值为至少29(低金黄色葡萄球菌)的患者具有33.3％罹患率并且MEDI4893产生了约67％的统计学上显著的相对风险降低(RRR)。相比之下，总体群体具有26％罹患率，并且MEDI4893产生了在统计学上不显著的32％的RRR。Ct值小于29(高金黄色葡萄球菌)的那些具有22.2％罹患率，并且RRR为约2.5％，这在统计学上是不显著的。

这些结果证明，利用抗α毒素抗体MEDI4893的免疫预防在有低金黄色葡萄球菌定殖的患者中显示出增加的功效。

实例6

还分析了抗金黄色葡萄球菌抗体MEDI4893对卫生资源利用节约的影响。关键结果汇总在下表中。

这些结果证明，MEDI4893缩短了住院的持续时间、住ICU的持续时间和机械通气的持续时间。

本文引用的所有参考文献(包括出版物、专利申请和专利)特此均通过引用并入本文，其程度如同每个参考文献被单独地且具体地指示为通过引用并入并在本文以其全文阐述。

除非本文另外指示，否则本文数值范围的列举仅旨在用作分别指代落入该范围内的每个单独值的速记方法，并且每个单独值都被并入说明书中，就如同其在本文中被单独叙述一样。本文所述的所有方法可以按任何合适的顺序进行，除非本文另外指示或与上下文明显矛盾。本文所提供的任何和所有实例或示例性语言(例如，“如”)的使用仅旨在更好地说明本发明，而不对本发明的范围做出限制，除非另外要求。说明书中的语言不应当被解释为指示任何未要求保护的要素是实践本发明所必需的。

本文描述了本发明的优选实施例，包括发明人已知的用于实施本发明的最佳方式。在阅读前述说明之后，那些优选实施例的变型对于本领域普通技术人员而言将变得显而易见。发明人期望熟练的技术人员适当地采用此类变型，并且诸位发明人打算以不同于本文具体描述的方式来实践本发明。因此，本发明包括适用法律所允许的所附权利要求中叙述的主题的所有修改和等同物。此外，除非本文另外指示或与上下文明显矛盾，否则本发明涵盖上述要素在其所有可能的变型中的任意组合。