癌症检测套组

文档序号：527207 发布日期：2021-06-01 浏览：1次 >En<

阅读说明：本技术 癌症检测套组 (Cancer detection kit ) 是由陈智豪李孟儒巫佳霖刘育玮于 2015-09-16 设计创作，主要内容包括：本发明提供一种引物组及含有所述引物组或探针的套组,前述套组是用以供分析个体的MLH1的DNA序列、MLH1的mRNA序列、及/或cDNA序列(其是衍生自前述MLH1的mRNA),以标定MLH1编码的蛋白质的V384突变。(The present invention provides a primer set and a kit containing the primer set or the probe, wherein the kit is used for analyzing the DNA sequence of MLH1, the mRNA sequence of MLH1 and/or the cDNA sequence (derived from the mRNA of MLH1) of an individual so as to calibrate the V384 mutation of the protein encoded by MLH 1.)

癌症检测套组

本发明是申请日为2015年9月16日、申请号为201580050068.3(国际申请号：PCT/CN2015/089729)、发明名称为“癌症检测套组”的分案申请，通过引用将其全部内容结合到本发明。

技术领域

本发明关于一种用于癌症检测的套组；更明确地，是关于一种具有引物组或探针以标定V384D突变的套组。

背景技术

在人类的历史上，癌症很长一段时间被列为主要死亡原因。已有无数的研究聚焦于癌症的检测与治疗。可惜的是，绝大多数现今于临床上使用的癌症治疗方法仍不足以消除癌症的威胁。尽管如此，研究及临床上的经验已显示越早期治疗，越可提高癌症患者的存活率。这些证据支持了癌症检测的重要性，尤其是在癌变的早期阶段。

一般来说，癌变的检测是藉由测定特定存在于癌症患者体内的生物标志(biomarker)。该些生物标记物可能是特定由癌细胞释出的物质、特定由癌细胞表达的细胞表面标志(cell surface marker)、特定于癌细胞中沉默或过度表达的基因、或特定存在于癌细胞中的基因突变。

在最近的报导中提到，DNA错配修复基因(hMLH1)的错义突变于多种癌症中可作为生物标志。hMLH1的V384D错义突变最早是在大肠直肠癌中被观察到，且经比对德国患者与华人患者，该错义突变是特定出现于华人患者(Yaping Wang,et al,1997)。后续的研究已证实前述发现，而由张等人于公元2004年进行的研究中更明确指出hMLH1的V384D错义突变发生于四种癌症，包括大肠直肠癌、胃癌、乳癌、及食道癌。另一个由Xianzhe Shi等人于2003年的研究则显示V384D错义突变发生于肺癌。

前述研究指出hMLH1的V384D错义突变有潜力成为癌症检测的候选标的。此外，本发明团队所做研究亦进一步证实hMLH1的V384D错义突变与肺癌的EGFR-TKIs疗法的抗药性相关(该实验数据记载于后续段落)。

有鉴于此，经完善设计以供标定前述V384D突变的检测工具对于医药产业及临床上使用而言将有很大的帮助与价值。虽然目前已有部分研究揭露一些用于前揭目的的引物及探针，本发明的目标是提供专一性及敏感度更胜常规技术的引物组及/或探针。

发明内容

于是，本发明的一个目的为提供一种癌症检测套组，其使用可信赖的生物标志。

本发明的另一个目的是提供一种套组，其用于评估EGFR-TKIs疗法的效果及/或个体经该疗法后的无恶化期存活率(progression-free survival)，从而可于进行EGFR-TKIs疗法后尽早规画后续的治疗。

为了达到上述目的，本发明提供一种用于检测个体的MLH1基因编码蛋白质的V384突变的套组，其包含：

第一引物，其包含SEQ ID NO 06所示序列；及第二引物，其包含SEQ ID NO 07所示序列；及/或

第一引物，其包含SEQ ID NO 08所示序列；及第二引物，其包含SEQ ID NO 09所示序列。

较佳地，前述套组进一步包含第三引物，其中前述第三引物包含SEQ ID NO 05所示序列。

较佳地，权利要求1的前述套组，进一步包含DNA聚合酶。

较佳地，前述套组进一步包含双链DNA结合染剂。

较佳地，前述双链DNA结合染剂为Green I、Green II、Gold、Oxazole Yellow、Thiazole Orange、PicoGreen、，其组合。

本发明又提供一种用于检测个体的MLH1基因编码蛋白质的V384突变的套组，其包含：第一引物，其包含SEQ ID NO 08所示序列；及第二引物，其包含SEQ ID NO 09所示序列。

本发明另提供一种用于检测个体的MLH1基因编码蛋白质的V384突变的套组，其包含：至少一突变探针，其包含CAGATGGATC序列(SEQ ID NO 10)；其中该探针与一荧光体共轭；及/或至少一野生型探针，其包含CAGATGGTTC序列(SEQ ID NO 11)；其中该探针与一荧光体共轭。

较佳地，前述至少一突变探针及/或前述至少一野生型探针系进一步与一淬灭体

(quencher)共轭。较佳地，前述荧光体共轭于前述探针的5’端，且前述淬灭体共轭于前述探针的3’端。较佳地，前述至少一突变探针包含SEQ ID NO 17所示序列。较佳地，前述至少一野生型探针包含SEQ ID NO 16所示序列。

较佳地，前述至少一突变探针及/或前述至少一野生型探针中的至少一个核苷酸是经修饰的以于其2’位置的氧原子及4’位置的碳原子之间形成桥接。较佳地，前述突变探针包含SEQ ID NO 19所示序列：

5’-CACCAGATGGATCGTACA-3’。

较佳地，前述突变探针自5’端数至3’端的第5、第8、第11、及第14个核苷酸是经修饰的以于其2’位置的氧原子及4’位置的碳原子之间形成桥接。

较佳地，前述野生型探针包含SEQ ID NO 18所示序列：5’-CACCAGATGGTTCGTACA-3’。

较佳地，前述野生型探针自5’端数至3’端的第5、第8、第11、及第14个核苷酸是经修饰的以于其2’位置的氧原子及4’位置的碳原子之间形成桥接。

较佳地，前述套组进一步包含锚探针，其中该锚探针与一荧光体供体共轭。较佳地，前述至少一突变探针包含SEQ ID NO 21所示序列，且与一荧光体受体共轭。较佳地，前述至少一野生型探针包含SEQ ID NO 20所示序列，且与一荧光体受体共轭。较佳地，前述锚探针包含SEQ ID NO 22所示序列。

较佳地，前述套组进一步包含引物组，其中前述引物组用于放大前述MLH1基因的至少一部分以取得复制体；其中前述复制体包含相应于前述V384突变的位置。

较佳地，前述引物组为：

顺向引物，其包含SEQ ID NO 12所示序列，及逆向引物，其包含SEQ ID NO 13所示序列；及/或

顺向引物，其包含SEQ ID NO 14所示序列，及逆向引物，其包含SEQ ID NO 15所示序列。

较佳地，前述套组进一步包含DNA聚合酶。

总结来说，本发明提供一种新颖的引物组或探针，以供检测MLH1基因的V384突变。本发明亦提供包含该引物组或探针的套组。透过使用本发明的套组，对于V384突变的检测可以较常规技术更具专一性及敏感度。

附图说明

图1显示实施例一的即时同步聚合酶链式反应的实验结果(n＝2)；其中SEQ ID NO07/SEQ ID NO 05引物组的实验结果标示为曲线(1)，SEQ ID NO 07/SEQ ID NO06引物组的实验结果标示为曲线(2)，及阴性对照组的实验结果系标示为曲线(3)。(A)不具有V384D突变的个体的基因组DNA。(B)具有V384D突变的个体的基因组DNA(异型合子)。(C)人造质粒，其经建立有野生型MLH1基因的部分序列(同型合子)。(D)人造质粒，其经建立有带T1151A突变的MLH1基因的部分序列(同型合子)。

图2显示实施例二的HRM试验法的实验结果(n＝2)。(A)标准阶段；(B)熔离曲线阶段。曲线1：人造质粒，其经建立有野生型MLH1基因的部分序列(同型合子)。曲线2：人造质粒，其经建立有带T1151A突变的MLH1基因的部分序列(同型合子)。

图3显示实施例三的TaqMan试验法的实验结果(n＝2)。(A)人造质粒，其经建立有野生型MLH1基因的部分序列(同型合子)。(B)人造质粒，其经建立有带T1151A突变的MLH1基因的部分序列(同型合子)。曲线(1)：野生型探针(负探针，ML-TP-Wt，SEQ ID NO 16)；曲线(2)：突变探针(正探针，ML-TP-Mt，SEQ ID NO 17)；曲线(3)：对照组(未添加模板)。

图4显示实施例四的LNA试验法的实验结果(n＝3)。(A)：人造质粒，其经建立有野生型MLH1基因的部分序列(同型合子)。(B)人造质粒，其经建立有带T1151A突变的MLH1基因的部分序列(同型合子)。曲线(1)：野生型探针(负探针，ML-TP-Wt，SEQ ID NO 18)；曲线(2)：突变探针(正探针，ML-TP-Mt，SEQ ID NO 19)；曲线(3)：对照组(未添加模板)。

图5显示实施例五的FRET试验法的实验结果(n＝2)。(A)(B)：使用ML-sensor-Wt(SEQ ID NO 20)探针及ML-anchor(SEQ ID NO 22)探针。(C)(D)：使用ML-sensor-Mt(SEQID NO 21)探针及ML-anchor(SEQ ID NO 22)探针。曲线(1)：人造质粒，其经建立有野生型MLH1基因的部分序列(同型合子)。曲线(2)：人造质粒，其经建立有带T1151A突变的MLH1基因的部分序列(同型合子)。曲线(3)：对照组(未添加模板)。曲线(4)：VP13_0052(异型合子)。曲线(5)：VP13_0055

(野生型；同型合子)。

具体实施方式

本研究提供合适于分析MLH1的DNA序列、MLH1的mRNA序列、及/或MLH1的cDNA序列(其是衍生自前述MLH1的mRNA序列)的引物组及/或探针，以测定个体的MLH1基因编码的蛋白质是否带有V384突变。

前述突变的测定可以提供可信的该经检测的个体已患有癌症的可能性，如大肠直肠癌、胃癌、乳癌、食道癌、肺癌、或其组合。此外，在肺癌的治疗中，于个体中测定出前述突变可提供资讯以供评估EGFR-TKIs疗法的效果及/或评估该个体经EGFR-TKIs疗法治疗后的无恶化期存活率。

本文中所述“EGFR-TKI疗法”是指一种标靶治疗，其是基于许多非小细胞肺癌患者的肿瘤细胞的表皮生长因子受体的酪氨酸激酶结构域皆带有一体突变。更明确的说，“EGFR-TKI疗法”是藉由使用EGFR酪氨酸激酶抑制剂以标靶于肿瘤细胞的表皮生长因子受体的酪氨酸激酶结构域的体突变来进行。

本文中所述“EGFR-TKI疗法的效果”是指EGFR-TKI疗法对于肿瘤的恶化的影响。如果在EGFR-TKI疗法开始后的3个月内肿瘤仍持续恶化，该疗法则被视为在临床上是没有效果的。反过来说，如果该肿瘤至少在尺寸上有30％的缩小，该疗法则被认定对于该个体有效果。

本文中所述“无恶化期存活率”是指从治疗的起始日起算至观察中的肿瘤又开始恶化的时间点之间的时期。换句话说，该名词是指肿瘤没有恶化或尺寸缩小的该时期的历时长度。

本文中所述“分析”是指以至少一技术手段评估或检视个体的性质。所述技术手段包括但不限于聚合酶链式反应、南方墨点法(Southern blot)、或西方墨点法(Westernblot)。

本文中所述“MLH1基因编码的蛋白质的V384突变”是指，存在于MLH1基因序列中的突变，其导致MLH1基因编码的蛋白质的V384位置氨基酸产生突变。在本发明的一个可行实施态样中，前述V384突变是指MLH1基因编码的蛋白质的V384D突变。在一可行实施态样中，前述V384D突变可被辨识于前述MLH1基因的cDNA的T1151A突变或前述MLH1基因的mRNA的T1349A突变。本文中所述“野生型”为相对性的词汇，意指没有前述突变的基因及/或蛋白质。

本文中所述“V384”是指MLH1蛋白质(即，MLH1基因编码的蛋白质)的氨基酸序列中的第384个氨基酸；其中“V”是缬氨酸(Valine；Val)的缩写。本文中所述“V384突变”是指该位于第384个氨基酸的缬胺酸经改变为另一个非缬胺酸的氨基酸。本文中所述“V384D突变”是指该位于第384个氨基酸的缬胺酸经改变为天门冬胺酸；其中“D”是天门冬胺酸(Aspartic acid；Asp)的缩写。请参考SEQ ID NO01所示具有前述突变的氨基酸序列，以及SEQ ID NO 02所示具有前述突变的DNA序列。

本文中所述“U1349”是指编码为MLH1蛋白质的mRNA的核苷酸序列的第1349个核苷酸；其中“U”是尿嘧啶的缩写。本文中所述“U1349突变”是指该位于第1349个核苷酸的尿嘧啶突变为另一个非尿嘧啶的核苷酸。本文中所述“U1349A突变”是指该位于第1349个核苷酸的尿嘧啶突变为腺嘌呤；其中“A”是腺嘌呤的缩写。请参考SEQ ID NO 03所示具有前述突变的mRNA序列。

本文中所述“T1151”是指编码为cDNA的核苷酸序列的第1151个核苷酸；其中该cDNA是源自前述MLH1基因的mRNA；“T”是胸腺嘧啶的缩写。本文中所述“T1151突变”是指该位于第1151个核苷酸的胸腺嘧啶突变为另一个非胸腺嘧啶的核苷酸。本文中所述“T1151A突变”是指该位于第1151个核苷酸的胸腺嘧啶突变为腺嘌呤；其中“A”是腺嘌呤的缩写。请参考SEQ ID NO 04所示具有前述突变的cDNA序列。

引物组、探针、及使用该引物组、探针的套组

第一面向

在本发明的第一个面向中，使用引物组检测MLH1基因编码的蛋白质的V384突变。前述“MLH1基因编码的蛋白质的V384突变”如前述段落中所定义。较佳地，前述检测是藉由使用前述引物组的即时同步聚合酶链式反应(real-time PCR)来进行。

在本发明的第一个面向中，提供用于测定MLH1基因编码的蛋白质的V384突变的套组。前述套组包含引物组，而前述引物组是经设计以供分析MLH1的DNA序列、MLH1的mRNA序列、及/或MLH1的cDNA序列(其是衍生自前述MLH1的mRNA序列)，以测定个体的MLH1基因编码的蛋白质是否带有V384突变。

在一较佳实施态样中，前述引物组包含第一引物及第二引物。前述第一引物是经设计以包含一序列，该序列可与带有前述V384突变的MLH1基因于V384位置杂合。前述第二引物是经设计以包含一序列，该序列可与MLH1基因的序列保留区域(conserved region)杂合。若检测到前述第一引物与前述第二引物的聚合酶链式反应产物的存在，即代表存在前述V384突变。

本文中所述“可与带有前述V384突变的MLH1基因于V384位置杂合”意指前述序列可与前述MLH1基因中编码为前述V384突变的密码子的至少一个核苷酸形成碱基配对(base-pairing)。领域中公知密码子包含三个核苷酸。在一较佳实施态样中，前述序列可与前述MLH1基因中编码为前述V384突变的密码子的至少两个核苷酸形成碱基配对。

本文中所述“MLH1基因的序列保留区域”意指前述MLH1基因的一段序列，其于野生型MLH1基因与带有前述V384突变的MLH1基因之间保留或没有改变。本文中所述“野生型”为相对性的词汇，意指没有前述突变的基因及/或蛋白质。

在一可行实施态样中，前述套组进一步包含第三引物。前述第三引物是经设计以包含一序列，该序列可与野生型MLH1基因于V384位置杂合。所述“可与…杂合”如前述段落中所定义。

在一较佳实施态样中，前述套组包含如SEQ ID NO 06所示的第一引物，如SEQ IDNO 07所示的第二引物，以及如SEQ ID NO 05所示的第三引物。此实施态样是供SYBR-green试验法使用。检测到前述第一引物及前述第二引物的聚合酶链式反应产物的存在即表示存在前述V384突变，而在这个实施态样中，前述第三引物与前述第二引物的产物为对照组。

在另一实际的实施态样中，前述套组包含如SEQ ID NO 08所示的第一引物，以及如SEQ ID NO 09所示的第二引物。此实施态样是供高解析熔离试验法(High ResolutionMelting；HRM)使用。在HRM试验法中，当处于标准阶段时，所使用的DNA结合染剂会结合至所取得的聚合酶链式反应产物，从而侦测到荧光。当处于熔离曲线阶段，该聚合酶链式反应产物将被熔离(melted)从而可侦测到该DNA结合染剂的荧光的衰退。藉由比较野生型对照组或突变型对照组的样本的衰退型态，即可辨识出该V384突变。

在一较佳实施态样中，前述套组进一步包含DNA聚合酶及/或DNA结合染剂。较佳地，前述DNA聚合酶为，但不限于，Pfu DNA聚合酶、Taq DNA聚合酶、或其组合。较佳地，前述DNA结合染剂为，但不限于，Green I、Green II、Gold、OxazoleYellow、Thiazole Orange、PicoGreen、、或其组合。

第二面向

在本发明的第二面向中，使用探针检测MLH1基因编码的蛋白质的V384突变。前述“MLH1基因编码的蛋白质的V384突变”如前述段落中所定义。

在本发明的第二个面向中，提供用于测定MLH1基因编码的蛋白质的V384突变的套组。

在一较佳实施态样中，前述套组包含探针，其是经设计以供分析MLH1的DNA序列、MLH1的mRNA序列、及/或MLH1的cDNA序列(其是衍生自前述MLH1的mRNA序列)，以正向测定或负向测定个体的MLH1基因编码的蛋白质是否带有V384突变。

在以正向测定的情况下测定V384突变时，前述探针(即，突变探针)是经设计以杂合于前述MLH1基因的基因组DNA、mRNA、及/或cDNA的片段；其中前述片段含有相应于MLH1基因编码的蛋白质的前述V384突变的序列。举例来说，前述片段可含有前述mRNA的T1349A突变，或前述cDNA的T1151A突变。透过检视杂合的结果，可测定前述V384突变的存在。在此正向测定的情况中，检测到前述探针与该标的位置的杂合讯号即表示存在V384突变。在一较佳实施态样中，前述突变探针包含CAGATGGATC序列(SEQ ID NO 10)。

在以负向测定的情况下测定V384突变时，前述探针(即，野生型探针)是经设计以杂合于野生型MLH1基因的基因组DNA、mRNA、及/或cDNA的片段。在此负向测定的情况下，无法检测到前述探针与该标的位置的杂合讯号即表示不存在野生型MLH1基因，即表示可能存在V384突变。在一较佳实施态样中，前述野生型探针包含CAGATGGTTC序列(SEQ ID NO 11)。

尽管如此，该所属领域技术人员可理解受测个体可能带有异型合子的MLH1基因型。也就是说该个体的MLH1基因的其中一个对偶基因(allele)为野生型，而另一对偶基因则具有V384突变。在这样的情况下，最好是使用突变探针，或一并使用突变探针及野生型探针以进行检测。

较佳地，前述探针(突变探针或野生型探针)是经修饰的以达成前述标的前述MLH1基因的V384突变的目的。在本发明的一个实施态样中，前述探针是与一荧光体及/或一同位素共轭。在一较佳实施态样中，前述探针是与一荧光体及一淬灭体共轭(TaqMan方法)。在一较佳实施态样中，前述探针是进一步经修饰以于其2’位置的氧原子及4’位置的碳原子之间形成桥接(此法为LNA方法)。在一较佳实施态样中，前述套组包含突变探针及/或野生型探针，及锚探针(anchor探针)(此法为FRET方法)。

较佳地，前述荧光体共轭于前述探针的5’端，且前述淬灭体共轭于前述探针的3’端。前述荧光体包括但不限于：6-羧基荧光体、四氯荧光体(tetrachlorofluorescein)、FAM、VIC、LC640、或其组合。前述淬灭体包括但不限于：四甲基罗丹明(tetramethylrhodamine)、BHQ1、或其组合。

在本发明的一个较佳实施态样中，前述套组是经设计以供用于以聚合酶链式反应技术为基础的TaqMan试验法。前述套组包含突变探针，其包含SEQ ID NO.17所示序列，及/或野生型探针，其包含SEQ ID NO.16所示序列。前述两种探针分别皆于其两端与一荧光体及一淬灭体共轭。

在一较佳实施态样中，前述套组是经设计以供用于以聚合酶链式反应技术为基础的LNA(locked nucleic acid)试验法。前述套组包含突变探针，其包含SEQ ID NO.19所示序列，及/或野生型探针，其包含SEQ ID NO.18所示序列。前述两种探针皆于其两端分别与一荧光体及一淬灭体共轭。

较佳地，包含SEQ ID NO.19或SEQ ID NO.18所示序列的前述探针具有至少一核苷酸是经修饰的以于其2’位置的氧原子及4’位置的碳原子之间形成桥接，从而形成闭锁核酸(locked nucleic acid)。举例来说，前述探针的第5、8、11、及14个核苷酸(从5’端起算至3’端)是经修饰的以于其2’位置的氧原子及4’位置的碳原子之间形成桥接。

在一较佳实施态样中，前述套组是经设计以供用于以聚合酶链式反应技术为基础的FRET(Fluorescence resonance energy transfer)试验法。在一实际的实施态样中，前述套组包含突变探针及/或野生型探针，及锚探针(anchor探针)。前述突变探针或野生型探针与第一荧光体共轭以作为受体，且前述锚探针与第二荧光体共轭以作为供体。较佳地，前述突变探针包含SEQ ID NO.21所示序列，前述野生型探针包含SEQ ID NO.20所示序列，且前述锚探针包含SEQ ID NO.22所示序列。在一较佳实施态样中，前述套组包含前述突变探针、前述野生型探针、及前述锚探针。

在一较佳实施态样中，前述第一荧光体是FAM、HEX、LC Red 640、Cy5、或其组合。在一较佳实施态样中，前述第二荧光体是荧光素(fluorescein)。

在一可行实施态样中，前述套组进一步包含DNA聚合酶。较佳地，前述DNA聚合酶具有核酸外切酶的活性。

在一较佳实施态样中，前述套组进一步包含引物组以供放大前述MLH1基因的至少一部分，从而取得复制体(amplicon)；其中前述复制体包含相应于前述V384的位置。前述引物组可为：

-顺向引物，其包含SEQ ID NO 12所示序列，及逆向引物，其包含SEQ ID NO 13所示序列；及/或

-顺向引物，其包含SEQ ID NO 14所示序列，及逆向引物，其包含SEQ ID NO 15所示序列。

下表1列出前述揭段落中所提到的本发明的引物组及探针，并一并列出其所应用的技术。

表1：对应列出本发明之引物组及探针与其应用的技术。

实施例一：验证本发明所设计的引物组(SYBR Green试验法)。

在此实施例中，使用引物SB-MT-sF3(SEQ ID NO 06)、SB-sR3(SEQ ID NO 07)、及SB-WT-sF3(SEQ ID NO 05)进行即时同步聚合酶链式反应，以验证前述引物用于标定V384D突变的能力。

这些实验中使用了4种模板(template)，包括：纯化自不带有V384D突变的个体的总DNA、纯化自带有V384D突变的个体的总DNA(异型合子)、一种人造质粒其经建立有野生型MLH1基因的部分序列(同型合子)、及一种人造质粒其经建立有带T1151A突变的MLH1基因的部分序列(同型合子)。本实施例中所用模板及引物组列于下表2中。

表2

这些实验是参考EZtime^TM Real Time PCR premix(Yeastern Biotech Co.,Ltd.)的产品说明书来进行。实验中所准备的聚合酶链式反应反应混合物包含：1.0μl的模板(若使用总DNA作为模板，则添加2.5μg/μl的浓度；若使用质粒模板，则添加1μg/μl的浓度)、12.5μl的2X EZtime Real-time PCR Premix、1.0μl的顺向引物(5μM)、1.0μl的逆向引物(5μM)、及9.5μl的ddH₂O。反应条件为：95℃下变性10分钟、95℃下变性20秒、66℃下黏合/延伸1分钟、并重复40个循环；接着，在熔离曲线阶段：95℃下15秒、60℃下1分钟、95℃下30秒、60℃下15秒。本实验中所使用的即时同步聚合酶链式反应设备为7500Fast(AppliedBiosystem)，并搭载Open 7500Software v2.0.6。

实验结果显示于图1(A)至(D)；其中引物组SEQ ID NO 05/SEQ ID NO 07的实验结果标示为曲线(1)、引物组SEQ ID NO 06/SEQ ID NO 07的实验结果是示为曲线(2)、阴性对照组的实验结果标示为曲线(3)。

根据该些实验结果，该野生型引物组(SEQ ID NO 05/SEQ ID NO 07)仅能放大野生型MLH1的序列(图1A、1B、及1C)，而该突变型引物组(SEQ ID NO 06/SEQ ID NO 07)仅能放大带有V384D突变的MLH1的序列(图1B及1D)。图1A中所示放大图谱仅有显示曲线(1)，代表实验中的样本确实为同型合子的野生型样本。另一方面，图1B中所示放大图谱显示有曲线(1)及曲线(2)，代表实验中的样本确实为异型合子。使用人造质粒的图1C及1D则分别仅有显示曲线(1)及曲线(2)，表示该二图式的实验中的样本确实为同型合子。

这些实验数据显示本发明的突变型引物组可以专一地标定MLH1基因的V384D突变，且本发明的野生型可以专一地标定不带有V384D突变的MLH1基因。这样的结果证实本发明的引物组可清楚地标定出样本的V384D突变，并具有优异的专一性及敏感度。

实施例二：验证本发明所设计的引物组(HRM试验法)。

在此实施例中，使用引物HR-1-F(SEQ ID NO 08)及HR-1-R(SEQ ID NO 09)进行即时同步聚合酶链式反应，以验证前述引物用于标定V384D突变的能力。

这些实验中使用了2种模板，包括：一种人造质粒其经建立有野生型MLH1基因的部分序列(同型合子)、及一种人造质粒其经建立有带T1151A突变的MLH1基因的部分序列(同型合子)。

该些实验是参考产品说明书来进行。简单地说，实验中所准备的聚合酶链式反应反应混合物包含：20ng的模板、Brilliant HRM Ultra-Fast Loci Master Mix、0.5μM的顺向引物(HR-1-F)、0.5μM的逆向引物(HR-1-R)。反应条件为：95℃下预反应3分钟、95℃下变性5秒钟60℃下黏合/延伸10秒钟、并重复40个循环；接着，在熔离曲线阶段：95℃下30秒、65℃下30秒、95℃下30秒。本实验中所使用的即时同步聚合酶链式反应设备为AgilentMx3000p(Applied Biosystem)，搭载Open Applied Biosystem Software，并依据前述所记载的条件设定各项参数。

图2显示本实施例的HRM试验法的实验结果。值得注意的是引物组(HR-1-F/HR-1-R)能放大野生型MLH1基因序列及带有V384D突变的MLH1基因(图2(A))。在熔离阶段，由于突变型具有核苷酸的错误配对，因此其具有不同于野生型的分离曲线(dissociated curve)。曲线(2)的讯号的衰退型态显示突变的存在(图2(B))，这样的结果证实了本发明的引物组的确可以辨识出V384突变。

实施例三：验证本发明所设计的探针(TaqMan试验法)。

在此实施例中，使用引物TP-2-F(SEQ ID NO 12)及TP-1-R(SEQ ID NO 13)进行即时同步聚合酶链式反应。并且，使用突变探针(ML-TP-Mt；SEQ ID NO 17；经VIC及TAMRA标签)及野生型探针(ML-TP-Wt；SEQ ID NO 16；经FAM及TAMRA标签)以验证其辨识该V384D突变的能力。

该些实验是参考产品说明书来进行。简单地说，实验中所准备的聚合酶链式反应反应混合物包含：2.0μl(25ng/μl)的模板、10μl的2X Brilliant III Ultra-Fast QPCRMaster Mix(其含有Low ROX)、1.0μl的顺向引物(10μM)、1.0μl的逆向引物(10μM)、0.5μl的ML-TP-Wt(10μM)、0.5μl的ML-TP-Mt(10μM)、5.0μl的ddH₂O。反应条件为：95℃下变性3分钟、95℃下变性12秒、55℃下黏合30秒、72℃下延伸1分钟，并重复40个循环。本实验中所使用的即时同步聚合酶链式反应设备为7500Fast(Applied Biosystem)，搭载Open 7500Softwarev2.0.6，并依据前述所记载的条件设定各项参数。

实验结果显示于图3。ML-TP-Wt探针可专一地检测出野生型MLH1基因序列(图3(A))，而ML-TP-Mt探针可专一地检测出突变型MLH1基因序列(图3(B))。这些实验结果验证了本发明的探针于侦测该V384突变上具有优异的专一性。

实施例四：验证本发明所设计的探针(LNA试验法)。

在此实施例中，使用引物TP-2-F(SEQ ID NO 12)及TP-2-R(SEQ ID NO 13)进行即时同步聚合酶链式反应。并且，使用突变探针(ML-LNA-Mt；SEQ ID NO 19；经VIC及BHQ1标签)及野生型探针(ML-LNS-Wt；SEQ ID NO 18；经FAM及BHQ1标签)以验证其辨识该V384D突变的能力。

该些实验是参考产品说明书来进行。简单地说，实验中所准备的聚合酶链式反应反应混合物包含：5.0μl(2.5ng/μl)的模板或做为对照组的质粒DNA、12.5μl的2X EZtimeReal-time PCR Premix、1.0μl的顺向引物(10μM)、1.0μl的逆向引物(10μM)、0.5μl的ML-LNA-Wt(10μM)、0.5μl的ML-LNA-Mt(10μM)、4.5μl的ddH₂O。反应条件为：95℃下变性10分钟、95℃下变性15秒、50℃下黏合、72℃下延伸1分钟，并重复40个循环；且于熔离曲线阶段下：95℃下15秒、60℃下1分钟、95℃下30秒、60℃下15秒。本实验中所使用的即时同步聚合酶链式反应设备为7500Fast(Applied Biosystem)，搭载Open 7500Software v2.0.6，并依据前述所记载的条件设定各项参数。

实验结果系显示于图4。ML-LNA-Wt探针可专一地检测出野生型MLH1基因序列(图4(A))，而ML-LNA-Mt探针可专一地检测出突变型MLH1基因序列(图4(B))。这些实验结果验证了本发明的探针于侦测该V384突变上具有优异的专一性。

实施例五：验证本发明所设计的探针(FRET试验法)。

在此实施例中，使用引物FR-1-F(SEQ ID NO 14)及FR-1-R(SEQ ID NO 15)进行即时同步聚合酶链式反应。并且，使用突变探针(ML-sensor-Mt；SEQ ID NO 21；经LC640标签)、野生型探针(ML-sensor-Wt；SEQ ID NO 20；经LC640标签)、及锚探针(ML-anchor；SEQID NO 22；经荧光素标签)以验证其辨识该V384D突变的能力。

这些实验中使用了2种模板，包括：一种人造质粒其经建立有野生型MLH1基因的部分序列(同型合子)、及一种人造质粒其经建立有带T1151A突变的MLH1基因的部分序列(同型合子)。此外，于本实验中并使用两个临床采集的样本(VP13_0055及VP13_0052)。VP13_0055是野生型的同型合子，而VP13_0052是突变的异型合子(此是经本研究先前采用次世代定序法(Ion PGM System)的实验验证，但此数据并未揭露于此)。

这些实验是参考产品说明书来进行。简单地说，实验中所准备的聚合酶链式反应反应混合物包含：5.0μl(2.5ng/μl)的模板、2.0μl的10X LightCycler FastStart DNAMaster Hyb探针、1.0μl的顺向引物(10μM；SEQ ID NO 14)、1.0μl的逆向引物(10μM；SEQ IDNO 15)、0.4μl的ML-sensor-Wt(10μM)、0.4μl的ML-sensor-Mt(10μM)、0.4μl的ML-anchor(10μM)、8.6μl的ddH₂O。反应条件为：95℃下变性10分钟、95℃下变性10秒、55℃下黏合10秒、72℃下延伸30秒，并重复45个循环；且于熔离曲线阶段下：95℃下1分钟、40℃下2分钟、95℃下1分钟。本实验中所使用的即时同步聚合酶链式反应设备为LightCycler 480Real-Time PCR System(Roche)，搭载Open LightCycler 480software 1.5，并依据前述所记载的条件设定各项参数。

实验结果显示于图5。ML-sensor-Wt探针及ML-anchor探针可专一地检测出野生型MLH1基因序列，而ML-sensor-Mt探针及ML-anchor探针可专一地检测出突变型MLH1基因序列。当使用ML-sensor-Wt探针及ML-anchor探针时，可观察到野生型质粒(曲线1)及VP13_0055(曲线5)皆表现出熔离曲线(图5(A)及(B))。当使用ML-sensor-Mt探针及ML-anchor探针时，可观察到突变型质粒(曲线2)表现出熔离曲线(图5(C)及(D))。此外，VP13_0052(曲线4)由于是异型合子，所以不论使用ML-sensor-Wt探针及ML-anchor探针、或ML-sensor-Mt探针及ML-anchor探针，皆表现出融离曲线(图5(A)及(C))。这些实验结果验证了本发明的探针于侦测该V384突变上具有优异的专一性。

序列表

<110> 得利富（厦门）生物科技有限公司

<120> 癌症检测套组

<130> WPI15TW0430-CN-1

<160> 22

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 756

<212> PRT

<213> 智人

<400> 1

Met Ser Phe Val Ala Gly Val Ile Arg Arg Leu Asp Glu Thr Val Val

1 5 10 15

Asn Arg Ile Ala Ala Gly Glu Val Ile Gln Arg Pro Ala Asn Ala Ile

20 25 30

Lys Glu Met Ile Glu Asn Cys Leu Asp Ala Lys Ser Thr Ser Ile Gln

35 40 45

Val Ile Val Lys Glu Gly Gly Leu Lys Leu Ile Gln Ile Gln Asp Asn

50 55 60

Gly Thr Gly Ile Arg Lys Glu Asp Leu Asp Ile Val Cys Glu Arg Phe

65 70 75 80

Thr Thr Ser Lys Leu Gln Ser Phe Glu Asp Leu Ala Ser Ile Ser Thr

85 90 95

Tyr Gly Phe Arg Gly Glu Ala Leu Ala Ser Ile Ser His Val Ala His

100 105 110

Val Thr Ile Thr Thr Lys Thr Ala Asp Gly Lys Cys Ala Tyr Arg Ala

115 120 125

Ser Tyr Ser Asp Gly Lys Leu Lys Ala Pro Pro Lys Pro Cys Ala Gly

130 135 140

Asn Gln Gly Thr Gln Ile Thr Val Glu Asp Leu Phe Tyr Asn Ile Ala

145 150 155 160

Thr Arg Arg Lys Ala Leu Lys Asn Pro Ser Glu Glu Tyr Gly Lys Ile

165 170 175

Leu Glu Val Val Gly Arg Tyr Ser Val His Asn Ala Gly Ile Ser Phe

180 185 190

Ser Val Lys Lys Gln Gly Glu Thr Val Ala Asp Val Arg Thr Leu Pro

195 200 205

Asn Ala Ser Thr Val Asp Asn Ile Arg Ser Ile Phe Gly Asn Ala Val

210 215 220

Ser Arg Glu Leu Ile Glu Ile Gly Cys Glu Asp Lys Thr Leu Ala Phe

225 230 235 240

Lys Met Asn Gly Tyr Ile Ser Asn Ala Asn Tyr Ser Val Lys Lys Cys

245 250 255

Ile Phe Leu Leu Phe Ile Asn His Arg Leu Val Glu Ser Thr Ser Leu

260 265 270

Arg Lys Ala Ile Glu Thr Val Tyr Ala Ala Tyr Leu Pro Lys Asn Thr

275 280 285

His Pro Phe Leu Tyr Leu Ser Leu Glu Ile Ser Pro Gln Asn Val Asp

290 295 300

Val Asn Val His Pro Thr Lys His Glu Val His Phe Leu His Glu Glu

305 310 315 320

Ser Ile Leu Glu Arg Val Gln Gln His Ile Glu Ser Lys Leu Leu Gly

325 330 335

Ser Asn Ser Ser Arg Met Tyr Phe Thr Gln Thr Leu Leu Pro Gly Leu

340 345 350

Ala Gly Pro Ser Gly Glu Met Val Lys Ser Thr Thr Ser Leu Thr Ser

355 360 365

Ser Ser Thr Ser Gly Ser Ser Asp Lys Val Tyr Ala His Gln Met Asp

370 375 380

Arg Thr Asp Ser Arg Glu Gln Lys Leu Asp Ala Phe Leu Gln Pro Leu

385 390 395 400

Ser Lys Pro Leu Ser Ser Gln Pro Gln Ala Ile Val Thr Glu Asp Lys

405 410 415

Thr Asp Ile Ser Ser Gly Arg Ala Arg Gln Gln Asp Glu Glu Met Leu

420 425 430

Glu Leu Pro Ala Pro Ala Glu Val Ala Ala Lys Asn Gln Ser Leu Glu

435 440 445

Gly Asp Thr Thr Lys Gly Thr Ser Glu Met Ser Glu Lys Arg Gly Pro

450 455 460

Thr Ser Ser Asn Pro Arg Lys Arg His Arg Glu Asp Ser Asp Val Glu

465 470 475 480

Met Val Glu Asp Asp Ser Arg Lys Glu Met Thr Ala Ala Cys Thr Pro

485 490 495

Arg Arg Arg Ile Ile Asn Leu Thr Ser Val Leu Ser Leu Gln Glu Glu

500 505 510

Ile Asn Glu Gln Gly His Glu Val Leu Arg Glu Met Leu His Asn His

515 520 525

Ser Phe Val Gly Cys Val Asn Pro Gln Trp Ala Leu Ala Gln His Gln

530 535 540

Thr Lys Leu Tyr Leu Leu Asn Thr Thr Lys Leu Ser Glu Glu Leu Phe

545 550 555 560

Tyr Gln Ile Leu Ile Tyr Asp Phe Ala Asn Phe Gly Val Leu Arg Leu

565 570 575

Ser Glu Pro Ala Pro Leu Phe Asp Leu Ala Met Leu Ala Leu Asp Ser

580 585 590

Pro Glu Ser Gly Trp Thr Glu Glu Asp Gly Pro Lys Glu Gly Leu Ala

595 600 605

Glu Tyr Ile Val Glu Phe Leu Lys Lys Lys Ala Glu Met Leu Ala Asp

610 615 620

Tyr Phe Ser Leu Glu Ile Asp Glu Glu Gly Asn Leu Ile Gly Leu Pro

625 630 635 640

Leu Leu Ile Asp Asn Tyr Val Pro Pro Leu Glu Gly Leu Pro Ile Phe

645 650 655

Ile Leu Arg Leu Ala Thr Glu Val Asn Trp Asp Glu Glu Lys Glu Cys

660 665 670

Phe Glu Ser Leu Ser Lys Glu Cys Ala Met Phe Tyr Ser Ile Arg Lys

675 680 685

Gln Tyr Ile Ser Glu Glu Ser Thr Leu Ser Gly Gln Gln Ser Glu Val

690 695 700

Pro Gly Ser Ile Pro Asn Ser Trp Lys Trp Thr Val Glu His Ile Val

705 710 715 720

Tyr Lys Ala Leu Arg Ser His Ile Leu Pro Pro Lys His Phe Thr Glu

725 730 735

Asp Gly Asn Ile Leu Gln Leu Ala Asn Leu Pro Asp Leu Tyr Lys Val

740 745 750

Phe Glu Arg Cys

755

<210> 2

<211> 57497

<212> DNA

<213> 智人

<400> 2

gaagagaccc agcaacccac agagttgaga aatttgactg gcattcaagc tgtccaatca 60

atagctgccg ctgaagggtg gggctggatg gcgtaagcta cagctgaagg aagaacgtga 120

gcacgaggca ctgaggtgat tggctgaagg cacttccgtt gagcatctag acgtttcctt 180

ggctcttctg gcgccaaaat gtcgttcgtg gcaggggtta ttcggcggct ggacgagaca 240

gtggtgaacc gcatcgcggc gggggaagtt atccagcggc cagctaatgc tatcaaagag 300

atgattgaga actggtacgg agggagtcga gccgggctca cttaagggct acgacttaac 360

gggccgcgtc actcaatggc gcggacacgc ctctttgccc gggcagaggc atgtacagcg 420

catgcccaca acggcggagg ccgccgggtt ccctgacgtg ccagtcaggc cttctccttt 480

tccgcagacc gtgtgtttct ttaccgctct cccccgagac cttttaaggg ttgtttggag 540

tgtaagtgga ggaatatacg tagtgttgtc ttaatggtac cgttaactaa gtaaggaagc 600

cacttaattt aaaattatgt atgcagaaca tgcgaagtta aaagatgtat aaaagcttaa 660

gatggggaga aaaacctttt ttcagagggt actgtgttac tgttttcttg cttttcattc 720

attccagaaa tcatctgttc acatccaaag gcacaattca ttttgagttt ctttcaaaac 780

aaatcgtttg tagttttagg acaggctgat gcactttggg cttgacttct gattacccta 840

ttgttaaatt agtgacccct cttagtgttt tcctgtcctt tatttcggag gacgcacttc 900

gaagatacca gattttatgg gtcatccttg gattttgaag cttataactg tgacaaaaaa 960

tgtgaaggga agagatttga aacatgtgga aggaaaagtg agtgcagact ataaacttcc 1020

aaaaagacaa gcccaaaata cacctaaacg ttatgtcaga ttattttgtt aaaatcagtt 1080

gttagtgacg tccgtacgtt aatagaaaaa agaatgcttc agtttggagt ggtaggtttc 1140

tagagggatt tattgtgaaa gtataaacta ttcagggcaa tgggactgag agaacagtgg 1200

gtagaaagga ccactgaagg aaaggaagag aattggaagg tagatgaaag aaggagcaag 1260

aacctgggga tgttttttcc ttttcacttg taatagtagt aacagaagca atggcagact 1320

ggcttttgtt tctactgtgt tagaatgaat tgacaggaca actgggccta ttattgtact 1380

gtgccagaat actgtaaaac aaaactaaac atactagctt ggtggcttgt aattaattac 1440

ttaagtggag atttttattt tttttttatt ttttttttag acggagtctc actttgtcac 1500

ccaggctgga gtgcagtggc gcgatctcag ctgactgcaa cctcctcctc acaggttcaa 1560

gggagattct cctgcctcag cctcccgagt agctaggact ataggcatgt gccaccacac 1620

ctggctaatt ttgtattttt agtagagatg ggatttctcc atgttggtca ggctggtgtc 1680

aaaactctcg atctcaggtg aaccgcctgc ctcagccttc caaagtgctg ggattacagg 1740

cgtgagccac cgcgccctgc agttttttgt atttttaata gagacagggt ttcaccatgt 1800

tagccaggat ggtctcgatt tcctgacctc aggtgatctg cccgctttgg cctcccaaag 1860

tgctgggatt acaagcatga gccaccgcgc ccggctcaag tggagatttt tatatggagt 1920

ccagttatac tctttttaat atataagttg agatgactaa tacaacttca atacaggggc 1980

tcatgagaaa tgtctgtaat atttaagtaa cttattgtct tctttctttt ttttttaaga 2040

tgaagtctta ctctgttgcc caggcggaag tgcagtggcg tgatcttggc tcagggcaac 2100

ctctgcctcc tggtttcaag cgatcttcct gcctcagcct cccgagtagc tgggagtaca 2160

ggcgtgcatg accacacccg gctaattttt ttatttttag tagagacggg gtttctccat 2220

gttggccggg ctggtcttga actcctgacc tcaggtgatc cgcccacctc agcctcccca 2280

agtgttggga ttacaggtgt gagcccccgt gcccagccta ttatcttatt tctgaataaa 2340

gaattgtctg tgtggggaat agataactct ttctcatgca gcccctgcta gaaaatttgt 2400

tttctctagc agttggtctg tgcttatagg ctactctttg aaagcacaaa aaatttattg 2460

acttcttttt tttgggtttt tttttttttt tgagacagag ttttgccctt gttgcccagg 2520

ttggagtgca atggcgcgat ctcagctcac cgcaacctcc acctcctggg ttcaagtgat 2580

tctcctgcct tagcctcctg agtagctggg attacaggca tgcgtcacca tgcctggcta 2640

attttgtatt tttagtacaa atggggtttc tccatgttgg tcaggctggt ctcaaactcc 2700

tgacctcagg tgatccaccc gccttggcct cccaaagtgc tgggattatg ggtgtgagcc 2760

attgcgcctg gccagaaaat tcattgactt cctaaagatt tattaacttt ctgcattact 2820

tttttttttc ccctccatcg taaatataaa agggaatagt agagaaaatc attcagaatt 2880

ttatttttta gtgacattat ttagtgacat tttattagag tcacttagga acctgaggct 2940

gaataaagtt caggtaaaag taaaattagt tgagaagaga catctgccaa aagaaatcta 3000

tttttaactt cacttgctgt ctttcctaga ggaacagaaa tagtgctgaa tgtcctatta 3060

gaaatgatgg ttgctctgcc cgtctcttcc ctctctctca cacaatatgt aaactcatac 3120

agtgtatgag cctgtaagac aaaggaaaaa cacgttaatg aggcactatt gtttgtattt 3180

ggagtttgtt atcattgctt ggctcatatt aaaatatgta cattagagta gttgcagact 3240

gataaattat tttctgtttg atttgccagt ttagatgcaa aatccacaag tattcaagtg 3300

attgttaaag agggaggcct gaagttgatt cagatccaag acaatggcac cgggatcagg 3360

gtaagtaaaa cctcaaagta gcaggatgtt tgtgcgcttc atggaagagt caggaccttt 3420

ctctgttctg gaaactaggc ttttgcagat gggatttttt cactgaaaaa ttcaacacca 3480

acaataaata tttattgagt acctattatt tgctgggcac tgttcagggg atgtgtcagt 3540

gaataaaata gattaaaatc tattctcttc tgatgcttac attatagtgg tgggagacaa 3600

aatgggtata ataaatatta tattagatag cattaagtgc tgtggagaaa actaaagcag 3660

ggaggaagat aggagtgtgc aagccagaaa ggttgcaatt aaattgagta gttcaggaag 3720

gcttcaatat ggatgtgata tttgagagac cggtggaagt caaggagcaa gttgtgaggc 3780

tatttaaagg tattcttggc ttacagaaca atatacgcaa agactattaa atggaagcat 3840

acctgacatg ttaaaggact atcaaggagg ccagtttgtc tagaggctga aaaggaaaga 3900

gtaataggag atgaggtctg agtgaaaaca cgtaaatcct tgtgggccaa ggtaaaatct 3960

ttagcttttt ttctgaatat ggtgggatac tgttagaggg ttttaagcag aggttacgtg 4020

gtgtggtgag tttttttttt ttaatccttt gtctttctgt gtggaaaata gcaggacagg 4080

gcagaagcag tctgtcctgc agactgcttg gtcgcagtag agatgtaaga agcagtgaga 4140

ttctgggtta attatggagg caaagttctc agaatttgct gatatagggt atgagagaaa 4200

gaggaatcag gaatgatttc aaggttttgg tctgctaaat ggaaggagtt gccatttact 4260

aagatgggaa agactatgaa agaagcagat tttcagagag atcagaagtt cattttgggg 4320

catgttcaat ttaagatgcc tgttagttgg atgtttatgt gagtttggaa tgcagggtag 4380

agatttaggg atgaatattt ggtagttgtc tgcattttaa tggtattaaa agccacgaga 4440

aggatgggca tggtggctca cacctgtaat cccagcactt tgggaggcca aggcgggcag 4500

atcacctgag gtcgggagtt cgagaccagc ctgaccaaca tggagaaacc ccatctctac 4560

taaaaatata taattagccg ggcgtggtgg cacatgcctg taatcccagc tactcgggag 4620

gctgaggcag gagaatcgct tgaacctggg aggtggaggt tgcgatgagc cgagatcgca 4680

ccgttgcact ccagcttggg caacaagagc aaaactccat caaaaaaaaa aaaaaaaaaa 4740

aaaaaaagcc ttgagactca cctgaaaaga tgctcaacat tattggtcat taggaaaatg 4800

aatgaaaacc acaatgagat accacttcac acctattagg atggctatta tcaaaaacaa 4860

aaacaagtgt ttgcaaggat gtagagattg gaattcttgt gtattgctag agggaatgta 4920

aaatagtgca gggtgctgtg gaaaatgctg tggtgattcc tcaaaaaatt aaacataatt 4980

atataatcca gtaattccac ttctgagtta ttcccaaaag aagggatgca agcagatatt 5040

tgtacactca tattcatggc agcattattt acagtagcca aaaggtgaaa gcaacctaag 5100

tgtccgtcag tggatgaatg gataaacaaa atggaataat ttcagcctta aatagaaata 5160

aaatgttgac acatgttgca acatatacga accttgaaga catcatgtta agttaaataa 5220

gttggtcact aaaggacaaa tattgtatga ttccccttat gaggttccta gagtagtcac 5280

attcatagag acagtagagt ggtggttgcc cagggccggg gggagcgagg agaatggaaa 5340

ttattgttta ttgggtacag agtttctgtt tggggaagat gaaaaaattc tggagatgga 5400

tcatgatgat agttaacaca gcagtgtgaa tatagttaat ggcacagaac tgtacattta 5460

aaaatggtta agatggaaaa ttttctgtta catatatttt actgcaattt ttttaaattt 5520

tattattata ctttaagttt tagggtacat gtgcacaaca tgcaggtttg ttacatatgt 5580

atacatgtgc catgttggtg tgctgcaccc attaagtcat catttagcat taggtatatc 5640

tcctaatgct atccctcccc cctcccccac cccacaacag tccccagtgt gtgatgttcc 5700

cctttctgtg tccatgtgtt ctcattgttc aattcccacc tatgagtgag cacatgcagt 5760

gtttggtttt ttgtccttgt gatagtttgc tgagaatgat ggtttccagc ttcatccatg 5820

tccctgcaaa ggacatgaac tcatcatttt ttgtggctgc atagtattcc atggtgtata 5880

tgtgccacct tttcttaatc cagtctatca ttgttggaca tttgggttgg ttccaagtct 5940

ttgctgttgc gaatagtgct gcagtaaaca tacgtgtgca tgtgtcttta tagcagcatg 6000

atttataatc ctttgggtat atacccagta atgggatggc tgggtcaaat ggtatttcta 6060

gttctagatc cctgaggaat tgccacactg acttccacaa tggttgaact agtttacagt 6120

cccaccaaca gtgtaaaagt gttcctattt ctccacatcc tctccagcac ctgttgtttc 6180

ctgacttttt aagatcgcca ttctaactgg tgtgagatgg tatctcattg tggttttgat 6240

ttgcatttct ctgatggcca gtgatgatga gcatttcttc atgtgttttt tggctgcata 6300

aatgtcttct ttcgagaagt gtctgttcat atccttcact cactttttga tggggttgtt 6360

tgtttttttc ttgtaaattt gagttcattg aaaaattaga attttttttt ttttcccttt 6420

tttagaggca aggtctcact ctgtcgccca cactggagtg cagtagtgta agcatagctc 6480

actgtaacct tgaactcctg ggctcaagca attctgtcat ctcagccagc tgaagtagta 6540

actgtaggtt cacaccacca tgcctatttt tgtttttgta gaaatagggc cttgctttgt 6600

tgccaaggct ggtcttgaac tcctgacctc aagcagtcct cctgtctcag cctcccaaag 6660

tgctgggatt ataggtgtga gccactgcac ccagccttgg agatttttaa taaagaagct 6720

tgtcaattaa acaaacaaca aaaagccctg agactgaatg agataatcaa gagagtatgt 6780

gtagatagag aagaggtcca aggaaggagt cttgggtgac tctgatgtca agtgaggaca 6840

tgaggcagaa acagcagtga ctgagaagga gccacctagt aagaaaggag gaacaccagg 6900

acagtgtggt attctggatt ccaaacaagg aagttactgc taattttaaa gctcttctca 6960

ggctgggcat ggtggctcac acctgtagtc ccagcacttc gggaggctga ggtaggtaaa 7020

tcacttgagc tcatgtgttt gagaccagct tgggcaacat ggtgaaacct catctctact 7080

aaaaatataa gaaattaagg ccaggtgtgg tagttcatgc ctgtaatccc agtgctttgg 7140

gaggtcaagg cagccagatc atttgagatc aggagttcga gaccagcatg gccagcatag 7200

tgaagcccca tctctactaa aaatacaaga aaaaattaac caagcatggt ggcgcatacc 7260

tgtaatccca gccactctgg aggctgagac atgaaaattg cttgaacccg ggaggcggag 7320

gttgcagtga gctgagatct cgccactgca cttcagcctg ggtgacagag caagactctg 7380

tctcaaagga ggttgcagtg agctgagatc tcgccactgc acttcagcct gggtgacaga 7440

gcaagactct gtctcaaaaa aaaaaaaaac aaaaaccaag aaaagaaaaa aaaactcttc 7500

taagaggatt tttttttcct ggattaaatc aagaaaatgg gaattcaaag agatttggaa 7560

aaatgagtaa catgattatt tactcatctt tttggtatct aacagaaaga agatctggat 7620

attgtatgtg aaaggttcac tactagtaaa ctgcagtcct ttgaggattt agccagtatt 7680

tctacctatg gctttcgagg tgaggtaagc taaagattca agaaatgtgt aaaatatcct 7740

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tttcttgatg gaagtaccca gtaccaccta tgaagttttc ttgtcaaaaa atcaaatgtg 7980

aatctgatca ttacttagat ctaagtacca atatatgaaa aatataggag acaaggaagc 8040

atggtaaatg atactgagat tgggagacta catggaaaaa gacttgttcc cttcaacaga 8100

tagacagcag ggaaaaaaga atagagaaag gagtaaagaa cctgtagatt aaaagacatt 8160

taagggacat atgaaccagg tccagtgtat agatcttacc taaatcctga tggagcaaac 8220

tataaaaaaa tttttttgag acaaatgttt gaatacaggt tgactatttg atggcattaa 8280

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ttacctgtta agatacatac taaaatattt gtgggtaaaa ttatatgacg tataggagta 8400

tatgatttag aaaacggatt aaaatataaa aggataaaat aggatcttat attttgtgac 8460

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attttttcct gtttaacgtt ctgttttttt ttttgttttt tttttttttt gagacagtct 8640

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ggtacactgt gtttcgttta attatttcct taggataaat ttatagaaat aacattcctt 9000

ggtaaaagaa tacatatttt aaaaactgta ttagtttcct gttgctgtca aaaaatttcc 9060

agaaacttag tggcattaaa caatacaaat taattattct acagttctgg agatcagaag 9120

atacgggtct tactaggcct cactaggcta aaatcaaggt tttggcaggg ctgtgttcct 9180

ctatggaggt tccaagggac cagagaaact actttacagt agttatttta agggaatgaa 9240

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gtttgaattt ttttatcata tacatgtatt actttaattt ttaaaaagta aaaagcagct 9360

gtgattcagt ctctgtaatt tagatcaatt tacatcaaac tagggtggtc tcatgtgttg 9420

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tagctgtagg ttatctttgt ggctattatt tcactgtaat tatacaggaa gatttattga 9660

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atctgctgtg ccgtgtgtag tggtactcta tcttcctggt gtgatgttgt gttctacttt 9960

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cctgtaatcc cagcactttg ggaggccgag gcaggcgtat ccaggagttc gagactagcc 13260

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aaactccgtc tcaaaaaaaa aaaaaatcca attcaaatga ttatggaagt agtggagaaa 13500

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gttgatatga ttttctcttt tccccttggg attagtatct atctctctac tggatattaa 13620

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accatgtgct ggcaatcaag ggacccagat cacggtaaga atggtacatg ggagagtaaa 13740

ttgttgaagc tttgtttgta taaatattgg aataaaaaat aaaattgctt ctaagttttc 13800

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agataaatga ctattggctt ttgtggcatg gcagcctgcc acgtccttgt cttttttaag 13920

ggctaggaga ttctttattg ggatggcaaa agtcaatggc agggtagttg tcattgaaag 13980

aagattaagc ttgaccccag aaggcatggg ttagagccca gccttgtcac tcaatggttg 14040

tatgtccaga ggcaagtcac ttaacatccc ttaaccccag ttttctcatc tgtcaaatga 14100

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cgtcaccatg cccggctaat ttttgtattt ttagtagaga cagggtttca ccatgttggc 15000

caggctggtc tcgaactcct gacctcaggt gacccaccca ccttggcctc ccaaagttct 15060

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ctgttaatgc tgtcttatcc ctggccccag tcagtgctta gaactgtgct gttggtaaat 15360

ataattggat tcactatctt aagacctcgc ttttgccagg acatcttggg ttttattttc 15420

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acagaaaaac atgaacactt gtgagaatag catctgccta aaaaatagga catcaccatc 40440

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tgattactat tctaaatttt gggattatta tttccttttt ttattatagt gttttaatta 40560

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ttataaaagt agaattacac tgtaagttta atttttctgt aatttatata tagctacaca 40680

tatattccta agattcatcc atcttgttac atatagctct ggtttacctt ttctgtataa 40740

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ggcgcctgta atcccagcta ctcaggaggc taaggcagga gaatcatttg aacccaggag 49440

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attccctcaa aaaaataaat atctactgac acttaatact tggaaaggga taaaaataaa 49560

cattgtctaa agccgtggtc caaacacaac ccctgccaac aattttagtc catttcttcc 49620

aagacttttt tttttctatg ccttttgtga aaactgtcaa aaactttttc aatgctgaat 49680

tttagttctg agttaaaaat catactacct gtttatatgg tttcatatcc acttttttca 49740

tgtgatatac tctacaaaaa gcctgctgag attttgattg ggattatgtt gaatctagat 49800

caatttaggg tgaaaaactt ttgttagata aatcccttag tatttcacat ttttaaatgc 49860

taaatggcat ttttcaaaaa ttttcttttt tcttttcttt tttgagacag agtcttgctc 49920

tgttgcccag gctggagtgc aatggcaaaa tcttggttca ctgcaacctc cgcctcctgg 49980

gttcaagcga ttctcaaact gcctcagcct cccaagtagc tgggattaca ggcatgtgcc 50040

accatgcccg gctaattttt taaactattt atagtagaga gggggtttca ccatgttggc 50100

caggctggtc ttgaactcct gacctcaggt gatctgccca ccttggcttc ccaaagtgct 50160

gggattacag gtgtgagcca ctgcacctgg cctcaaattt tttttttttt tttttttaag 50220

agacaggggt ctcactcttg cctaggctgg agtgcagtgg cgtgatcata ggtcactgaa 50280

gctttgaact cctaggctca agtagctagg aatacaagtg tgtaccacta cacctggcta 50340

atttttttaa aaaaattttt ttcgtagaaa cgggagtctt gtgttaccaa ggctaatctc 50400

aaactcatgg cctcaagtga tactcttgcc tcagcctccc agagtgctag gattgtaggc 50460

atgagttact tcacccagcc aaaaaacttc aatttcctat tgtttatttg ctagtatata 50520

gaaatacata tagttttgta ccttgatgct gtatcttgca accttgttaa actcacttac 50580

tagttctagt atattttttg tagattctat cagattttct atatatgtat catgtcttct 50640

gagaataaag aaacttttac ttcttgctgt gcaaactgaa caccttttct ttctttcttt 50700

ctttttttaa gacggagttt tgctcttgtc acccaggctg gagtgcagtg gctggatctc 50760

ggcttactgc aacctccacc tcctgggttc aggcaattct cctgcctcag cctcctgagt 50820

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atggggtttc accatgtggc cgagctggtc ttgaactcct gacctcaggt aatctgcttg 50940

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tttctttctc ttgactgact gcactggcta gagcctccaa tacaatgttg aatagaagtg 51060

gtaagaatgg gccaggcatg gtggctcatg cctctaatcc tagcactttg ggagagtatg 51120

gtgggcaggt tacttgaggc caggagtttg agatcagcct ggcgaacatg gtgaaactct 51180

gtctctatta aaaatacaaa atatagttgg gtgtggcagt tcacgtctgt aatcccagct 51240

acttgggtgg ctgaggcatg agaatcactt gaacccagga ggcggaggtt gcagtgagcc 51300

aagaatgcac cactgcactc cagcctgggc aacacacaca cacacgaaaa acgaagtggt 51360

aaggatggaa atccttctct tcttcctgat ctaaggggga aaggggaaag ttacaaaaca 51420

ttcagtatgc tgttagccat ataggttttt ttgtagatgc ccattatgag gttgaggaag 51480

ttccctctgt tccttatttg ctacagattt tatttaggat tggatgttga atttttttca 51540

aatgcttttt ttgcatctac tgagataatc atatgatttt tcttttatag tttgttaata 51600

tagtgaatta cattgatttt cttatgttaa accaatcttt gcattcctgg gatgaactct 51660

gcttggttat aatatataat cctttttatt tattatggga tttgatttgc taaaattttt 51720

attataatta ttttatctgt gctcatgatt gttactagtt tatagttttc ttttagtctt 51780

tggtttttgt atcagggtaa tgctggcctc atagaatgag ttggtaagta tcccctcctt 51840

ttccattttc tgaaagagtt ttgtgtagaa ttgatgttaa aattattgct taatgtttgg 51900

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tgcaaattct atttctttaa tagtatagag ctattcaggt tatctgtttc ttcttaggta 52020

agctttggta ttttgtttct ttgaagaaat ttgtcgcatt taatctaaat ttttaaattt 52080

actgacataa agttatttat aatatttctt attcttttat tatctatgga tctcttggtg 52140

acataacctc tctcattcct aatattggta atttcaggct tttcttttta acttggtcag 52200

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gatttttcta ttttctattt cattgatatc tgctctgact tttaatcttt cttataccta 52320

ttttggttta atttgtcttc tgtttcacat ttcttttttt tttttttttt ttttttttga 52380

gacagagtct tgctctgtcg cccaggctgg agtgcagtac agtggtgcga tcttggctca 52440

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gaagctgagg tcacggattt gagacctttc ttcttttcta atacaggtgt taagtgctac 52740

aaatatccct taagcactgc ttcaacagca tcccacaaat tttgatagtt tgttttcatt 52800

ttcattcagt tcaaaatacc ttctaatttc ccttttgatt tcgtctttga cctacaggtt 52860

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gatttctaat ttatttccat ctcagtcaaa gaacatactt gccttttttt atacatttat 52980

tgaaactttt tttatggccc agaatatggt ctgtgttggt aaatgttcca tgtgtacttg 53040

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gatgcccaag tctcctgtat ctttactgat tttctgcctg ttctgttatt gagaaagggg 53160

tattgaaact tccaactata attatgattt gtctgttctc tttgcagttc tcttagtttt 53220

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ggagtcttgc tctgttgccc aggctggagt gcagtggtgt gatcttggct cactgcaagc 53340

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taatatactg tgggtttata acatatgtaa aagtatgagt aacatattat cagaagggga 53700

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gtctcaaaaa aaaaaaaaaa gaacgttcca aggtcaggac taggcctccc ctcagaagca 54720

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ttcccttgtc ctttttcctg caagcaggaa gggaacctga ttggattacc ccttctgatt 55200

gacaactatg tgcccccttt ggagggactg cctatcttca ttcttcgact agccactgag 55260

gtcagtgatc aagcagatac taagcatttc ggtacatgca tgtgtgctgg agggaaaggg 55320

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tgctctcatc cccactaata ttcattccca gcaatattca gcagtcccat ttacagtttt 55440

aacgcctaaa gtatcacatt tcgtttttta gctttaagta gtctgtgatc tccgtttaga 55500

atgagaatgt ttaaattcgt acctattttg aggtattgaa tttctttgga ccaggtgaat 55560

tgggacgaag aaaaggaatg ttttgaaagc ctcagtaaag aatgcgctat gttctattcc 55620

atccggaagc agtacatatc tgaggagtcg accctctcag gccagcaggt acagtggtga 55680

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ttaaatatgg ttatttatgc actgtgggat gtgttcttct ttctctgtat tccgatacaa 57360

agtgttgtat caaagtgtga tatacaaagt gtaccaacat aagtgttggt agcacttaag 57420

acttatactt gccttctgat agtattcctt tatacacagt ggattgatta taaataaata 57480

gatgtgtctt aacataa 57497

<210> 3

<211> 2662

<212> RNA

<213> 智人

<400> 3

gaagagaccc agcaacccac agaguugaga aauuugacug gcauucaagc uguccaauca 60

auagcugccg cugaagggug gggcuggaug gcguaagcua cagcugaagg aagaacguga 120

gcacgaggca cugaggugau uggcugaagg cacuuccguu gagcaucuag acguuuccuu 180

ggcucuucug gcgccaaaau gucguucgug gcagggguua uucggcggcu ggacgagaca 240

guggugaacc gcaucgcggc gggggaaguu auccagcggc cagcuaaugc uaucaaagag 300

augauugaga acuguuuaga ugcaaaaucc acaaguauuc aagugauugu uaaagaggga 360

ggccugaagu ugauucagau ccaagacaau ggcaccggga ucaggaaaga agaucuggau 420

auuguaugug aaagguucac uacuaguaaa cugcaguccu uugaggauuu agccaguauu 480

ucuaccuaug gcuuucgagg ugaggcuuug gccagcauaa gccauguggc ucauguuacu 540

auuacaacga aaacagcuga uggaaagugu gcauacagag caaguuacuc agauggaaaa 600

cugaaagccc cuccuaaacc augugcuggc aaucaaggga cccagaucac gguggaggac 660

cuuuuuuaca acauagccac gaggagaaaa gcuuuaaaaa auccaaguga agaauauggg 720

aaaauuuugg aaguuguugg cagguauuca guacacaaug caggcauuag uuucucaguu 780

aaaaaacaag gagagacagu agcugauguu aggacacuac ccaaugccuc aaccguggac 840

aauauucgcu ccaucuuugg aaaugcuguu agucgagaac ugauagaaau uggaugugag 900

gauaaaaccc uagccuucaa aaugaauggu uacauaucca augcaaacua cucagugaag 960

aagugcaucu ucuuacucuu caucaaccau cgucugguag aaucaacuuc cuugagaaaa 1020

gccauagaaa caguguaugc agccuauuug cccaaaaaca cacacccauu ccuguaccuc 1080

aguuuagaaa ucagucccca gaauguggau guuaaugugc accccacaaa gcaugaaguu 1140

cacuuccugc acgaggagag cauccuggag cgggugcagc agcacaucga gagcaagcuc 1200

cugggcucca auuccuccag gauguacuuc acccagacuu ugcuaccagg acuugcuggc 1260

cccucugggg agaugguuaa auccacaaca agucugaccu cgucuucuac uucuggaagu 1320

agugauaagg ucuaugccca ccagauggau cguacagauu cccgggaaca gaagcuugau 1380

gcauuucugc agccucugag caaaccccug uccagucagc cccaggccau ugucacagag 1440

gauaagacag auauuucuag uggcagggcu aggcagcaag augaggagau gcuugaacuc 1500

ccagccccug cugaaguggc ugccaaaaau cagagcuugg agggggauac aacaaagggg 1560

acuucagaaa ugucagagaa gagaggaccu acuuccagca accccagaaa gagacaucgg 1620

gaagauucug auguggaaau gguggaagau gauucccgaa aggaaaugac ugcagcuugu 1680

accccccgga gaaggaucau uaaccucacu aguguuuuga gucuccagga agaaauuaau 1740

gagcagggac augagguucu ccgggagaug uugcauaacc acuccuucgu gggcugugug 1800

aauccucagu gggccuuggc acagcaucaa accaaguuau accuucucaa caccaccaag 1860

cuuagugaag aacuguucua ccagauacuc auuuaugauu uugccaauuu ugguguucuc 1920

agguuaucgg agccagcacc gcucuuugac cuugccaugc uugccuuaga uaguccagag 1980

aguggcugga cagaggaaga uggucccaaa gaaggacuug cugaauacau uguugaguuu 2040

cugaagaaga aggcugagau gcuugcagac uauuucucuu uggaaauuga ugaggaaggg 2100

aaccugauug gauuaccccu ucugauugac aacuaugugc ccccuuugga gggacugccu 2160

aucuucauuc uucgacuagc cacugaggug aauugggacg aagaaaagga auguuuugaa 2220

agccucagua aagaaugcgc uauguucuau uccauccgga agcaguacau aucugaggag 2280

ucgacccucu caggccagca gagugaagug ccuggcucca uuccaaacuc cuggaagugg 2340

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acagaagaug gaaauauccu gcagcuugcu aaccugccug aucuauacaa agucuuugag 2460

agguguuaaa uaugguuauu uaugcacugu gggauguguu cuucuuucuc uguauuccga 2520

uacaaagugu uguaucaaag ugugauauac aaaguguacc aacauaagug uugguagcac 2580

uuaagacuua uacuugccuu cugauaguau uccuuuauac acaguggauu gauuauaaau 2640

aaauagaugu gucuuaacau aa 2662

<210> 4

<211> 2271

<212> DNA

<213> 智人

<400> 4

atgtcgttcg tggcaggggt tattcggcgg ctggacgaga cagtggtgaa ccgcatcgcg 60

gcgggggaag ttatccagcg gccagctaat gctatcaaag agatgattga gaactgttta 120

gatgcaaaat ccacaagtat tcaagtgatt gttaaagagg gaggcctgaa gttgattcag 180

atccaagaca atggcaccgg gatcaggaaa gaagatctgg atattgtatg tgaaaggttc 240

actactagta aactgcagtc ctttgaggat ttagccagta tttctaccta tggctttcga 300

ggtgaggctt tggccagcat aagccatgtg gctcatgtta ctattacaac gaaaacagct 360

gatggaaagt gtgcatacag agcaagttac tcagatggaa aactgaaagc ccctcctaaa 420

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gcagcctatt tgcccaaaaa cacacaccca ttcctgtacc tcagtttaga aatcagtccc 900

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aggatgtact tcacccagac tttgctacca ggacttgctg gcccctctgg ggagatggtt 1080

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caccagatgg atcgtacaga ttcccgggaa cagaagcttg atgcatttct gcagcctctg 1200

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agtggcaggg ctaggcagca agatgaggag atgcttgaac tcccagcccc tgctgaagtg 1320

gctgccaaaa atcagagctt ggagggggat acaacaaagg ggacttcaga aatgtcagag 1380

aagagaggac ctacttccag caaccccaga aagagacatc gggaagattc tgatgtggaa 1440

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ctccgggaga tgttgcataa ccactccttc gtgggctgtg tgaatcctca gtgggccttg 1620

gcacagcatc aaaccaagtt ataccttctc aacaccacca agcttagtga agaactgttc 1680

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cttctgattg acaactatgt gccccctttg gagggactgc ctatcttcat tcttcgacta 1980

gccactgagg tgaattggga cgaagaaaag gaatgttttg aaagcctcag taaagaatgc 2040

gctatgttct attccatccg gaagcagtac atatctgagg agtcgaccct ctcaggccag 2100

cagagtgaag tgcctggctc cattccaaac tcctggaagt ggactgtgga acacattgtc 2160

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ctgcagcttg ctaacctgcc tgatctatac aaagtctttg agaggtgtta a 2271

<210> 5

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物

<400> 5

ggtctatgcc caccagattg t 21

<210> 6

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物

<400> 6

ggtctatgcc caccagattg a 21

<210> 7

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物

<400> 7

gttcaagcat ctcctcatct g 21

<210> 8

<211> 28

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物

<400> 8

ttctggaagt agtgataagg tctatgcc 28

<210> 9

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物

<400> 9

ggtttgctca gaggctgca 19

<210> 10

<211> 10

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物

<400> 10

cagatggatc 10

<210> 11

<211> 10

<212> DNA

<213> 人工序列

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<223> 引物

<400> 11

cagatggttc 10

<210> 12

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物

<400> 12

ggaagtagtg ataaggtcta 20

<210> 13

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物

<400> 13

ctgtcttatc ctctgtga 18

<210> 14

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物

<400> 14

taaatccaca acaagtct 18

<210> 15

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物

<400> 15

tagaaatatc tgtcttatcc t 21

<210> 16

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 探针

<400> 16

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<210> 17

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 探针

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<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 探针

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<210> 19

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<212> DNA

<213> 人工序列

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<223> 探针

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<212> DNA

<213> 人工序列

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<223> 探针

<400> 20

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<212> DNA

<213> 人工序列

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<223> 探针

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<210> 22

<211> 29

<212> DNA

<213> 人工序列

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<223> 探针

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