Irak4介导的疾患和病症的诊断和治疗方法
阅读说明：本技术 Irak4介导的疾患和病症的诊断和治疗方法 (Methods of diagnosis and treatment of IRAK 4-mediated conditions and disorders ) 是由 J·哈克尼 A·F·塞蒂亚迪 M·汤森德 A·A·扎林 于 2018-06-15 设计创作，主要内容包括：本发明提供了用于治疗患有白介素-1受体相关激酶4(IRAK4)介导的疾患或病症,如免疫疾患(例如系统性红斑狼疮(SLE))或炎性疾患(例如哮喘)的患者的诊断性和治疗性方法和组合物。本发明提供了监测患有IRAK4介导的疾患或病症的患者对包括IRAK4通路抑制剂的治疗的反应的诊断方法、鉴定可从包括IRAK4通路抑制剂的治疗受益的患有IRAK4介导的疾患或病症的患者的方法、以及基于一个或多个IRAK4生物标志物(例如,表1中列出的一个或多个基因)的表达水平为患有IRAK4介导的疾患或病症的患者选择疗法的方法。还提供了相关的治疗方法和组合物(例如诊断试剂盒)。(The present invention provides diagnostic and therapeutic methods and compositions for treating patients having interleukin-1 receptor associated kinase 4(IRAK4) mediated disorders or conditions, such as immune disorders (e.g., Systemic Lupus Erythematosus (SLE)) or inflammatory disorders (e.g., asthma). The present invention provides diagnostic methods for monitoring the response of patients having IRAK4 mediated disorders or conditions to treatment comprising an IRAK4 pathway inhibitor, methods of identifying patients having IRAK4 mediated disorders or conditions that may benefit from treatment comprising an IRAK4 pathway inhibitor, and methods of selecting a therapy for patients having IRAK4 mediated disorders or conditions based on or more IRAK4 biomarkers (e.g., or more genes listed in Table 1). related therapeutic methods and compositions are also provided (e.g., diagnostic kits).)
相关申请的交叉引用
本申请要求于2017年6月16日提交的美国临时申请No.62/521,299的权益，其通过引用整体并入本文。
序列表
本申请包含序列表，该序列表以ASCII格式电子提交，并通过引用整体并入本文。所述ASCII副本创建于2018年6月14日，名称为50474-170WO2_Sequence_Listing_6.14.18_ST25，大小为142,784字节。
技术领域
本发明涉及使用IRAK4通路抑制剂(例如IRAK4小分子抑制剂)用于治疗白介素-1受体相关激酶4(IRAK4)介导的疾患或病症(例如，免疫疾患(例如，系统性红斑狼疮(SLE))或炎性疾患(例如，哮喘))的诊断和治疗方法。还提供相关组合物(例如诊断试剂盒)。
背景技术
白介素-1受体相关激酶(IRAK)家族由四个家族成员IRAK1、IRAK2、IRAK3(也称为IRAK-M)和IRAK4组成。这些蛋白质的特征在于典型的N末端死亡结构域和位于中心的激酶结构域，该死亡结构域介导与MyD88家族适体蛋白的相互作用。IRAK1和IRAK4具有激酶活性，而IRAK2和IRAK3无催化活性。当其上游同源受体激活后，认为IRAK4使IRAK1磷酸化，从而导致IRAK1的激活和自磷酸化，以及下游底物的随后磷酸化。IRAK1的过度磷酸化指导其从受体复合物中解离、以及其最终泛素化和蛋白酶体降解。下游底物(如Pellino-2)的磷酸化最终导致MAPK(如p38、c-Jun N末端激酶(JNK)和NF-kB)激活，随后产生促炎性细胞因子、趋化因子和破坏性酶。
IRAK4的作用，特别是其在先天免疫以及自身免疫和炎性疾患的发病机理中的作用被逐渐认识。参见，例如，Li等人PNAS.99(8):5567-5572,2002和Flannery等人Biochem.Pharm.80(12):1981-1991,2010。IRAK4不稳定或无效突变的患者表现出Toll样受体(TLR)信号传导和促炎性细胞因子(如IL-1和TNF)以及抗病毒细胞因子(如IFNα和IFNβ)产生的缺陷。这些患者表现出对***感染的易感性增加，尽管其通常对革兰氏阴性细菌、病毒和真菌感染具有抵抗力，类似地，IRAK4缺陷型小鼠在TLR和IL-1介导的细胞因子产生中具有缺陷，并且对感染表现出增加的易感性。毫不奇怪，IRAK4通路被认为参与多种疾患和病症，包括与IRAK介导的信号转导相关的炎性、免疫相关和细胞增殖性疾患和病症，对此仍存在开发改善的诊断方法的未满足的需求，以确定最适合治疗，包括IRAK4通路抑制剂(例如IRAK4小分子抑制剂)治疗的患者群。
发明内容
本发明提供了用于治疗IRAK4介导的疾患或病症(例如，免疫疾患和炎性疾患)的诊断方法、治疗方法和试剂盒。
在第一方面，本发明的特征在于监测患有白介素-1受体相关激酶4(IRAK4)介导的疾患或病症的患者对包含IRAK4通路抑制剂治疗的反应的方法，所述方法包括：(a)在施用第一剂量IRAK4通路抑制剂后的时间点从患者获得的样品中，测定表1中列出的一个或多个基因(即CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3、BCL2A1、CXCL10、CCL8、GPR84、C15orf48、DRAM1、CXCL11、TNFAIP6、CSRNP1、PLSCR1、CLEC4E、SAMSN1和ACSL1)的表达水平，和(b)比较样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平与参考表达水平，从而监测患者对包含IRAK4通路抑制剂的治疗的反应。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3和BCL2A1中的一个或多个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN和PFKFB3中的一个或多个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3和SOCS1中的一个或多个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3和SOCS1中的所有9个。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN和PFKFB3中的所有11个。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3和BCL2A1中的所有12个。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因是表1中列出的所有24个基因。
在一些实施方案中，从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低至少约0.5倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低至少约1倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低至少约2倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低至少约3倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低至少约4倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低至少约5倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低至少约10倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平降低表明患者对IRAK4通路抑制剂反应。在一些实施方案中，该方法进一步包括向表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低的患者施用至少第二剂量的IRAK4通路抑制剂。
在第二方面，本发明的特征在于一种用IRAK4通路抑制剂治疗患有IRAK4介导的疾患或病症的患者的方法，该方法包括：(a)在施用第一剂量IRAK4通路抑制剂后的时间点从患者获得的样品中，测定表1中列出的一个或多个基因(即CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3、BCL2A1、CXCL10、CCL8、GPR84、C15orf48、DRAM1、CXCL11、TNFAIP6、CSRNP1、PLSCR1、CLEC4E、SAMSN1和ACSL1)的表达水平，(b)比较样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平与参考表达水平，和(c)基于表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平的降低，向患者施用至少第二剂量的IRAK4通路抑制剂。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3和BCL2A1中的一个或多个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN和PFKFB3中的一个或多个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3和SOCS1中的一个或多个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3和SOCS1中的所有9个。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN和PFKFB3中的所有11个。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3和BCL2A1的所有12个。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因是表1中列出的所有24个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低至少约0.5倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低至少约1倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低至少约2倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低至少约3倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低至少约4倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低至少约5倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低至少约10倍。
在前述方面中任一项的一些实施方案中，参考表达水平是：(i)在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂之前获得的患者样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平；(ii)表1中列出的一个或多个基因在参考群中的表达水平；(iii)表1中列出的一个或多个基因的预先指定的表达水平；(iv)在先前时间点从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平，其中先前时间点在施用第一剂量IRAK4通路抑制剂之后；或(v)在随后的时间点从患者获得的样品中表1列出的一个或多个基因的表达水平。
在第三方面，本发明的特征在于鉴定可从包含IRAK4通路抑制剂的治疗中受益的患有IRAK4介导的疾患或病症的患者的方法，该方法包括测定从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平(即CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3、BCL2A1、CXCL10、CCL8、GPR84、C15orf48、DRAM1、CXCL11、TNFAIP6、CSRNP1、PLSCR1、CLEC4E、SAMSN1和ACSL1)，其中与参考表达水平相比，样品中表1列出的一个或多个基因的表达水平增加，鉴定该患者为可从包含IRAK4通路抑制剂的治疗中受益的患者。
在第四方面，本发明的特征在于一种为患有IRAK4介导的疾患或病症的患者选择疗法的方法，该方法包括测定从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平(即CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3、BCL2A1、CXCL10、CCL8、GPR84、C15orf48、DRAM1、CXCL11、TNFAIP6、CSRNP1、PLSCR1、CLEC4E、SAMSN1和ACSL1)，其中与参考表达水平相比，样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平增加，鉴定该患者为可从包含IRAK4通路抑制剂的治疗中受益的患者。
在第三或第四方面的一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3和BCL2A1中的一个或多个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN和PFKFB3中的一个或多个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3和SOCS1中的一个或多个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3和SOCS1中的所有9个。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN和PFKFB3中的所有11个。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3和BCL2A1中的所有12个。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因是表1中列出的所有24个基因。在一些实施方案中，在从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加至少约0.5倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加至少约1倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加至少约2倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加至少约3倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加至少约4倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加至少约5倍。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加至少约10倍。在一些实施方案中，患者具有相对于参考表达水平增加的表1中列出的一个或多个基因的表达水平，并且该方法进一步包括向患者施用IRAK4通路抑制剂。
在第五方面，本发明的特征在于一种治疗患有IRAK4介导的疾患或病症的患者的方法，该方法包括向该患者施用IRAK4通路抑制剂，其中在治疗之前已经确定从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平(即CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3、BCL2A1、CXCL10、CCL8、GPR84、C15orf48、DRAM1、CXCL11、TNFAIP6、CSRNP1、PLSCR1、CLEC4E、SAMSN1、和ACSL1)相对于参考表达水平增加。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3和BCL2A1中的一个或多个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN和PFKFB3中的一个或多个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3和SOCS1中的一个或多个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3和SOCS1中的所有9个。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN和PFKFB3中的所有11个。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3和BCL2A1中的所有12个。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因是表1中列出的所有24个基因。在一些实施方案中，已经确定表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加至少约0.5倍。在一些实施方案中，已经确定表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加至少约1倍。在一些实施方案中，已经确定表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加至少约2倍。在一些实施方案中，已经确定表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加至少约3倍。在一些实施方案中，已经确定表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加至少约4倍。在一些实施方案中，已经确定表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加至少约5倍。在一些实施方案中，已经确定表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加至少约10倍。
在第三、第四和第五方面中任一项的一些实施方案中，参考表达水平是：(i)在参考群中表1中列出的一个或多个基因的表达水平；或(ii)表1中列出的一个或多个基因的预先指定的表达水平。
在前述方面中任一项的一些实施方案中，在参考群中表1中列出的一个或多个基因的表达水平是在参考群中表1中列出的一个或多个基因的中位表达水平。
在前述方面中任一项的一些实施方案中，从患者获得的样品是组织样品、全血样品、血浆样品或血清样品。在一些实施方案中，从患者获得的样品是血液样品(例如，全血样品)。
在前述方面中任一项的一些实施方案中，表达水平是mRNA表达水平。在一些实施方案中，通过RNA-Seq、qPCR、微阵列分析、基因表达谱、基因表达的系列分析或全基因组测序来测定mRNA表达水平。在一些实施方案中，通过qPCR测定mRNA表达水平。在前述方面中任一项的其他实施方案中，表达水平是蛋白质表达水平。
在前述方面中任一项的一些实施方案中，IRAK4介导的疾患或病症选自免疫疾患、炎性疾患、纤维化疾患、嗜酸性细胞疾患、感染、疼痛、中枢神经系统疾患、急性肾脏损伤、慢性肾脏疾患、子宫内膜异位、非酒精性脂肪肝疾病、代谢综合征和肥胖症。在一些实施方案中，免疫疾患是狼疮、哮喘、特应性皮炎、类风湿性关节炎、炎性肠疾病(IBD)、克罗恩氏病或溃疡性结肠炎。在一些实施方案中，炎性疾患是狼疮、哮喘、特应性皮炎、类风湿性关节炎、炎性肠疾病(IBD)、克罗恩氏病或溃疡性结肠炎。在一些实施方案中，狼疮是系统性红斑狼疮(SLE)。在一些实施方案中，狼疮是狼疮肾炎。
在前述方面中任一项的一些实施方案中，IRAK4通路抑制剂是IRAK4抑制剂、IRAK1抑制剂、toll样受体(TLR)抑制剂、白介素-1受体(IL-1R)抑制剂、白介素-33受体(IL-33R)抑制剂、或髓样分化主要反应基因88(MyD88)抑制剂。在一些实施方案中，IRAK4通路抑制剂是IRAK4抑制剂。在一些实施方案中，IRAK4通路抑制剂是TLR抑制剂。在一些实施方案中，TLR抑制剂是TLR7抑制剂、TLR8抑制剂、TLR9抑制剂、TLR1抑制剂、TLR2抑制剂、TLR4抑制剂、TLR5抑制剂、TLR6抑制剂或TLR10抑制剂。在一些实施方案中，TLR抑制剂是TLR7抑制剂、TLR8抑制剂或TLR7和TLR8两者的抑制剂。在一些实施方案中，TLR抑制剂是TLR9抑制剂。在一些实施方案中，IRAK4通路抑制剂是小分子抑制剂。
在前述方面中任一项的一些实施方案中，该方法进一步包括向患者施用其他治疗剂。在一些实施方案中，其他治疗剂是皮质类固醇、非类固醇抗炎药(NSAID)、氯喹、羟基氯喹
在另一方面，本发明的特征在于一种试剂盒，其用于鉴定可以从包含IRAK4通路抑制剂的治疗中受益的患有IRAK4介导的疾患或病症的患者，所述试剂盒包含：(a)能够测定表1中列出的一个或多个基因表达水平的多肽或多核苷酸(即CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3、BCL2A1、CXCL10、CCL8、GPR84、C15orf48、DRAM1、CXCL11、TNFAIP6、CSRNP1、PLSCR1、CLEC4E、SAMSN1和ACSL1)；和(b)使用所述多肽或多核苷酸鉴定可以从包含IRAK4通路抑制剂的治疗中受益的患有IRAK4介导的疾患或病症的患者的说明书。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3和BCL2A1中的一个或多个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN和PFKFB3中的一个或多个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3和SOCS1中的一个或多个基因。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3和SOCS1中的所有9个。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN和PFKFB3中的所有11个。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因包含CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3和BCL2A1中的所有12个。在一些实施方案中，表1中列出的一个或多个基因是表1中列出的所有24个基因。
附图说明
图1A是热图，其显示与健康患者对照相比，IRAK4缺陷患者全血中TLR7/8刺激剂R848(瑞喹莫德)对来自GEO登录号GSE25742的微阵列数据集的285个基因(Alsina等人Nat.Immunol.15:1134-42,2014)的诱导显著降低(伪发现率(FDR)<0.05；倍数变化(FC)>1.25)。
图1B显示与R848治疗的健康患者对照相比，IRAK4-/-和MyD88-/-患者中R848(瑞喹莫德)对285个显示诱导显著较低的基因的相对标签得分。
图2是热图，其显示与健康患者相比，IRAK4-/-患者对R848的反应中未能上调I型IFN和其他TLR调节的基因。
图3是一系列图，其显示与相应组的健康患者相比，来自两个肾外组(密歇根大学组和ROSE II期研究组)的系统性红斑狼疮(SLE)患者中已鉴定为差异上调的44个基因中的三个基因(IL1RN、CLEC4E和SMSN1)。p<0.05；FC>1.2。
图4是一系列图，其显示与IRAK4野生型小鼠相比，IRAK4激酶缺失(IRAK4 kinase-dead)(KD)小鼠的骨髓源巨噬细胞(BMDM)中展示通过R848诱导显著受损的IRAK4通路生物标志物基因(显示CXCL10和CD38)。
图5显示与IRAK4野生型小鼠巨噬细胞相比，IRAK4 KD小鼠中R848诱导的IFNβ1表达(extend)显著降低(p＝0.02)。
图6是表格，其显示分别与健康和野生型对照相比，人IRAK4-/-全血(左列)和IRAK4KD小鼠巨噬细胞(中列)中R848诱导后的所有24个鉴定的IRAK4通路生物标志物基因及其各自的表达水平。右列显示相对于健康患者对照，SLE患者中每种IRAK4生物标志物的相对表达水平。
图7A显示与IRAK4野生型小鼠相比，IRAK4 KD小鼠中R848对IFN调节的基因OAS1A的表达水平的诱导趋向于降低(p＜0.15)。
图7B显示与IRAK4野生型小鼠相比，IRAK4 KD小鼠中R848对IFN调节的基因OAS2的表达水平的诱导趋向于降低(p＜0.15)。
图7C显示与IRAK4野生型小鼠相比，IRAK4 KD小鼠中R848对IFN调节的基因IFIT1的表达水平的诱导趋向于降低(p＜0.15)。
图7D显示与IRAK4野生型小鼠相比，IRAK4 KD小鼠中R848对IFN调节的基因IFNA5的表达水平的诱导趋向于降低(p＜0.15)。
图7E显示与IRAK4野生型小鼠相比，IRAK4 KD小鼠中R848对IFN调节的基因MX1的表达水平的诱导趋向于降低(p＜0.15)。
图8是表，其显示在人全血样品中使用两种不同的IRAK4小分子抑制剂G03074387(G-4387)(BMS)和G03081557(G-1557)(Pfizer)、用或不用R848刺激的剂量递增的实验结果。在三个测试的人供体样品的至少两个中，将这样的IRAK4生物标志物基因鉴定为“Y”，所述基因显示通过测试IRAK4小分子抑制剂的剂量依赖性下调。
图9是一系列图，其显示前9个IRAK4生物标志物基因表达的降低百分比，这些生物标志物基因被两个IRAK4小分子抑制剂G-4387和G-1557剂量依赖性下调。还显示了相应的p值。
图10A是热图，其显示表示的12个IRAK4生物标志物基因的相关系数，如从本文所述的ROSE II期研究组的SLE患者血液样品(全血样品)中所测定的。
图10B是热图，其显示表示的12个IRAK4生物标志物基因的相关系数，如从本文所述的密歇根大学组的SLE患者血液样品(PBMC样品)中所测定的。
具体实施方式
I.引言
本发明提供了用于治疗白介素-1受体相关激酶4(IRAK4)介导的疾患或病症(例如，免疫疾患(例如，系统性红斑狼疮)或炎性疾患(例如，哮喘)的诊断方法、治疗方法和组合物。本发明至少部分基于以下发现：特定IRAK4通路基因(例如，CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3、BCL2A1、CXCL10、CCL8、GPR84、C15orf48、DRAM1、CXCL11、TNFAIP6、CSRNP1、PLSCR1、CLEC4E、SAMSN1和ACSL1)的表达水平可用作生物标志物(例如，预后生物标志物和/或预测生物标志物)，用于监测患有IRAK4介导的疾患或病症的患者对包括IRAK4通路抑制剂的治疗的反应的诊断方法、用于鉴定可从包括IRAK4通路抑制剂的治疗中受益的患有IRAK4介导的疾患的患者的方法、以及用于基于一种或多种IRAK4通路基因的表达水平为患有IRAK4介导的疾患或病症的患者选择疗法的方法。还提供了相关的治疗方法和诊断试剂盒。
II定义
应当理解，本文描述的本发明的方面和实施方案包括“包含方面和实施方案”、“由方面和实施方案组成”和“基本上由方面和实施方案组成”。如本文所用，除非另外指出，否则单数形式“一种(a)”、“一种(an)”和“该”包括复数指代。
如本文所用，术语“约”是指本技术领域的技术人员容易知道的各个值的通常误差范围。本文中涉及的“约”某值或参数包括(并描述)针对该值或参数本身的实施方案。例如，涉及“约X”的描述包括“X”的描述。
术语“IRAK4通路抑制剂”是指在IRAK4在其中发挥功能的整个通路中降低、阻断、抑制、消除或干扰信号转导的分子。在一些实施方案中，IRAK4通路抑制剂可以抑制参与IRAK4信号传导激活的一种或多种蛋白的活性。在一些实施方案中，IRAK4信号传导抑制剂可以激活参与IRAK4信号传导抑制的一种或多种蛋白的活性。IRAK4通路抑制剂包括但不限于IRAK4抑制剂、IRAK1抑制剂、toll样受体(TLR)抑制剂、白介素-1受体(IL-1R)抑制剂、白介素-33受体(IL-33R)抑制剂、或髓样分化主要反应基因88(MyD88)抑制剂。
术语“IRAK4抑制剂”或“IRAK4拮抗剂”是指降低、阻断、抑制、消除或干扰IRAK4激活或功能的分子。在一个具体的实施方案中，IRAK4抑制剂对IRAK4的结合亲和力(解离常数)为约1,000nM或更小。在另一个实施方案中，IRAK4抑制剂对IRAK4的结合亲和力为约100nM或更小。在另一个实施方案中，IRAK4抑制剂对IRAK4的结合亲和力为约50nM或更小。在另一个实施方案中，IRAK4抑制剂对IRAK4的结合亲和力为约10nM或更小。在另一个实施方案中，IRAK4抑制剂对IRAK4的结合亲和力为约1nM或更小。在一个特定的实施方案中，IRAK4抑制剂以1000nM或更小的IC50抑制IRAK4信号传导。在另一个实施方案中，IRAK4抑制剂以500nM或更小的IC50抑制IRAK4信号传导。在另一个实施方案中，IRAK4抑制剂以50nM或更小的IC50抑制IRAK4信号传导。在另一个实施方案中，IRAK4抑制剂以10nM或更小的IC50抑制IRAK4信号传导。在另一个实施方案中，IRAK4抑制剂以1nM或更小的IC50抑制IRAK4信号传导。在一些实施方案中，IRAK4抑制剂是IRAK4的小分子抑制剂。
术语“IRAK1抑制剂”或“IRAK1拮抗剂”是指降低、阻断、抑制、消除或干扰IRAK1激活或功能的分子。在一个特定的实施方案中，IRAK1抑制剂对IRAK1的结合亲和力(解离常数)为约1,000nM或更小。在另一个实施方案中，IRAK1抑制剂对IRAK1的结合亲和力为约100nM或更小。在另一个实施方案中，IRAK1抑制剂对IRAK1的结合亲和力为约50nM或更小。在另一个实施方案中，IRAK1抑制剂对IRAK1的结合亲和力为约10nM或更小。在另一个实施方案中，IRAK1抑制剂对IRAK1的结合亲和力为约1nM或更小。在一个特定的实施方案中，IRAK1抑制剂以1000nM或更小的IC50抑制IRAK1信号传导。在另一个实施方案中，IRAK1抑制剂以500nM或更小的IC50抑制IRAK1信号传导。在另一个实施方案中，IRAK1抑制剂以50nM或更小的IC50抑制IRAK1信号传导。在另一个实施方案中，IRAK1抑制剂以10nM或更小的IC50抑制IRAK1信号传导。在另一个实施方案中，IRAK1抑制剂以1nM或更小的IC50抑制IRAK1信号传导。在一些实施方案中，IRAK1抑制剂是IRAK1的小分子抑制剂。
术语“toll样受体抑制剂”、“toll样受体拮抗剂”、“TLR抑制剂”或“TLR拮抗剂”是指降低、阻断、抑制、消除或干扰TLR(例如，TLR7、TLR8、TLR9、TLR1、TLR2、TLR4、TLR5、TLR6和/或TLR10)激活或功能的分子。在一个特定的实施方案中，TLR抑制剂对TLR的结合亲和力(解离常数)为约1,000nM或更小。在另一个实施方案中，TLR抑制剂对TLR的结合亲和力为约100nM或更小。在另一个实施方案中，TLR抑制剂对TLR的结合亲和力为约50nM或更小。在另一个实施方案中，TLR抑制剂对TLR的结合亲和力为约10nM或更小。在另一个实施方案中，TLR抑制剂对TLR的结合亲和力为约1nM或更小。在一个特定的实施方案中，TLR抑制剂以1,000nM或更小的IC50抑制TLR信号传导。在另一个实施方案中，TLR抑制剂以500nM或更小的IC50抑制TLR信号传导。在另一个实施方案中，TLR抑制剂以50nM或更小的IC50抑制TLR信号传导。在另一个实施方案中，TLR抑制剂以10nM或更小的IC50抑制TLR信号传导。在另一个实施方案中，TLR抑制剂以1nM或更小的IC50抑制TLR信号传导。在一些实施方案中，TLR抑制剂是一种或多种TLR的小分子抑制剂。
术语“白介素-1受体抑制剂”、“白介素-1受体拮抗剂”、“IL-1R抑制剂”或“IL-1R拮抗剂”是指降低、阻断、抑制、消除或干扰IL-1R激活或功能的分子。在一个特定的实施方案中，IL-1R抑制剂对IL-1R的结合亲和力(解离常数)为约1,000nM或更小。在另一个实施方案中，IL-1R抑制剂对IL-1R的结合亲和力为约100nM或更小。在另一个实施方案中，IL-1R抑制剂对IL-1R的结合亲和力为约50nM或更小。在另一个实施方案中，IL-1R抑制剂对IL-1R的结合亲和力为约10nM或更小。在另一个实施方案中，IL-1R抑制剂对IL-1R的结合亲和力为约1nM或更小。在一个特定的实施方案中，IL-1R抑制剂以1,000nM或更小的IC50抑制IL-1R信号传导。在另一个实施方案中，IL-1R抑制剂以500nM或更小的IC50抑制IL-1R信号传导。在另一个实施方案中，IL-1R抑制剂以50nM或更小的IC50抑制IL-1R信号传导。在另一个实施方案中，IL-1R抑制剂以10nM或更小的IC50抑制IL-1R信号传导。在另一个实施方案中，IL-1R抑制剂以1nM或更小的IC50抑制IL-1R信号传导。在一些实施方案中，IL-1R抑制剂是IL-1R的小分子抑制剂。
术语“白介素-33受体抑制剂”、“白介素-33受体拮抗剂”、“IL-33R抑制剂”或“IL-33R拮抗剂”是指降低、阻断、抑制、消除或干扰IL-33R激活或功能的分子。在一个特定的实施方案中，IL-33R抑制剂对IL-33R的结合亲和力(解离常数)为约1000nM或更小。在另一个实施方案中，IL-33R抑制剂对IL-33R的结合亲和力为约100nM或更小。在另一个实施方案中，IL-33R抑制剂对IL-33R的结合亲和力为约50nM或更小。在另一个实施方案中，IL-33R抑制剂对IL-33R的结合亲和力为约10nM或更小。在另一个实施方案中，IL-33R抑制剂对IL-33R的结合亲和力为约1nM或更小。在一个特定的实施方案中，IL-33R抑制剂以1,000nM或更小的IC50抑制IL-33R信号传导。在另一个实施方案中，IL-33R抑制剂以500nM或更小的IC50抑制IL-33R信号传导。在另一个实施方案中，IL-33R抑制剂以50nM或更小的IC50抑制IL-33R信号传导。在另一个实施方案中，IL-33R抑制剂以10nM或更小的IC50抑制IL-33R信号传导。在另一个实施方案中，IL-33R抑制剂以1nM或更小的IC50抑制IL-33R信号传导。在一些实施方案中，IL-33R抑制剂是IL-33R的小分子抑制剂。
术语“髓样分化主要反应基因88抑制剂”、“髓样分化主要反应基因88拮抗剂”、“MyD88抑制剂”或“MyD88拮抗剂”是指降低、阻断、抑制、消除或干扰MyD88激活或功能的分子。在一个特定的实施方案中，MyD88抑制剂对MyD88的结合亲和力(解离常数)为约1,000nM或更小。在另一个实施方案中，MyD88抑制剂对MyD88的结合亲和力为约100nM或更小。在另一个实施方案中，MyD88抑制剂对MyD88的结合亲和力为约50nM或更小。在另一个实施方案中，MyD88抑制剂对MyD88的结合亲和力为约10nM或更小。在另一个实施方案中，MyD88抑制剂对MyD88的结合亲和力为约1nM或更小。在一个特定的实施方案中，MyD88抑制剂以1000nM或更小的IC50抑制MyD88信号传导。在另一个实施方案中，MyD88抑制剂以500nM或更小的IC50抑制MyD88信号传导。在另一个实施方案中，MyD88抑制剂以50nM或更小的IC50抑制MyD88信号传导。在另一个实施方案中，MyD88抑制剂以10nM或更小的IC50抑制MyD88信号传导。在另一个实施方案中，MyD88抑制剂以1nM或更小的IC50抑制MyD88信号传导。在一些实施方案中，MyD88抑制剂是MyD88的小分子抑制剂。
术语“CD38”是指分化簇38，并且包括其同源物、突变和同种型。CD38在本领域中也称为ADPRC1。该术语包括未加工的全长CD38，以及在细胞中加工产生的任何形式的CD38。该术语包括CD38的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人CD38的CD38基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：1；GenBank登录号NM_001775.3)和人CD38的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：2；UniProtKB登录号P28907)以及来自任何其他脊椎动物来源的CD38 DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“SOCS3”是指细胞因子信号传导3的抑制剂，并且包括其同源物、突变和同种型。SOCS3在本领域中也称为细胞因子诱导的SH2蛋白3(CIS3)、STAT诱导的STAT抑制剂3(SSI3)和ATOD4。该术语包括未加工的全长SOCS3，以及在细胞中加工产生的任何形式的SOCS3。该术语包括SOCS3的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人SOCS3的SOCS3基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：3；GenBank登录号NM_003955.4)和人SOCS3的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：4；UniProtKB登录号O14543)以及来自任何其他脊椎动物来源的SOCS3 DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“AQP9”是指水通道蛋白9，并且包括其同源物、突变和同种型。在本领域中，AQP9也称为水甘油通道蛋白9、HsT17287、T17287和小溶质通道1(SSC1)。该术语包括未加工的全长AQP9，以及在细胞中加工产生的任何形式的AQP9。该术语包括AQP9的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人AQP9的AQP9基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：5；GenBank登录号NM_020980.4)和人AQP9的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：6；UniProtKB登录号O43315)以及来自任何其他脊椎动物来源的AQP9 DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“CDKN1A”是指细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1A，并且包括其同源物、突变和同种型。CDKN1A在本领域中也称为CDK相互作用蛋白1(CIP1)、黑素瘤分化相关蛋白6(MDA-6)或野生型P53激活片段1(WAF-1)。该术语包括未加工的全长CDKN1A，以及在细胞中加工产生的任何形式的CDKN1A。该术语包括CDKN1A的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人CDKN1A的CDKN1A基因、mRNA序列(例如SEQ ID NO：7；GenBank登录号NM_000389)和人CDKN1A的氨基酸序列(例如SEQ ID NO：8；UniProtKB登录号P38936)以及来自任何其他脊椎动物来源的CDKN1A DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。
术语“GADD45B”是指生长停滞和DNA损伤诱导型Beta，并且包括其同源物、突变及其同种型。GADD45B在本领域中也称为髓样分化初级反应蛋白MyD118(MYD118)。该术语包括未加工的全长GADD45B，以及在细胞中加工产生的任何形式的GADD45B。该术语包括GADD45B的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人GADD45B的GADD45B基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：9；GenBank登录号NM_015675)和人GADD45B的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：10；和UniProtKB登录号O75293)以及来自任何其他脊椎动物来源的GADD45B DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“B4GALT5”是指β-1,4-半乳糖基转移酶5，并包括其同源物、突变和同种型。B4GALT5在本领域中也称为UDP-半乳糖：β-N-乙酰基葡糖胺。该术语包括未加工的全长B4GALT5，以及在细胞中加工产生的任何形式的B4GALT5。该术语包括B4GALT5的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人B4GALT5的B4GALT5基因、mRNA序列(例如SEQ ID NO：11；GenBank登录号NM_004776)，以及人B4GALT5的氨基酸序列(例如SEQID NO：12；UniProtKB登录号O43286)以及来自任何其他脊椎动物来源的B4GALT5 DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。
术语“IL15RA”是指白介素-15受体亚基α，并且包括其同源物、突变和同种型。IL15RA在本领域中也称为CD215。该术语包括未加工的全长IL15RA，以及在细胞中加工产生的任何形式的IL15RA。该术语包括IL15RA的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人IL15RA的IL15RA基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：13；GenBank登录号NM_008358)和人IL15RA的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：14；UniProtKB登录号Q13261)以及来自任何其他脊椎动物来源的IL15RA DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“TNFAIP3”是指TNFα诱导的蛋白3，并且包括其同源物、突变和同种型。TNFAIP3在本领域中也称为A20、OTUD7C或AISBL。该术语包括未加工的全长TNFAIP3，以及在细胞中加工产生的任何形式的TNFAIP3。该术语包括TNFAIP3的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人TNFAIP3的TNFAIP3基因、mRNA序列(例如，SEQ IDNO：15；GenBank登录号NM_001270508)和人TNFAIP3的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：16；UniProtKB登录号P21580)以及来自任何其他脊椎动物来源的TNFAIP3 DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“SOCS1”是指细胞因子信号传导1的抑制剂，并且包括其同源物、突变和同种型。SOCS1在本领域中也称为STAT诱导的STAT抑制剂1(SSI1)、Tec相互作用蛋白3(TIP3)、细胞因子诱导的SH2蛋白1(CISH1)或JAK结合蛋白。该术语包括未加工的全长SOCS1以及在细胞中加工产生的任何形式的SOCS1。该术语包括SOCS1的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人SOCS1的SOCS1基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：17；GenBank登录号NM_003745)和人SOCS1的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：18；UniProtKB登录号O15524)以及来自任何其他脊椎动物来源的SOCS1DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“IL1RN”是指白介素1受体拮抗剂，并且包括其同源物、突变和同种型。IL1RN在本领域中也称为Anakinra、IRAP、DIRA或MVCD4。该术语包括未加工的全长IL1RN，以及在细胞中加工产生的任何形式的IL1RN。该术语包括IL1RN的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人IL1RN的IL1RN基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：19；GenBank登录号NM_173842)和人IL1RN的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：20；UniProtKB登录号P18510)以及来自任何其他脊椎动物来源的IL1RN DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“PFKFB3”是指6-磷酸果糖-2-激酶/果糖-2,6-二磷酸酶3，并且包括其同源物、突变和同种型。PFKFB3在本领域中也称为IPFK2、PFK2或iPFK-2。该术语包括未加工的全长PFKFB3，以及在细胞中加工产生的任何形式的PFKFB3。该术语包括PFKFB3的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人PFKFB3的PFKFB3基因、mRNA序列(例如SEQ ID NO：21；GenBank登录号NM_004566)和人PFKFB3的氨基酸序列(例如SEQ IDNO：22；UniProtKB登录号Q16875)以及来自任何其他脊椎动物来源的PFKFB3 DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。
术语“BCL2A1”是指BCL2相关蛋白A1，并且包括其同源物、突变和同种型。BCL2A1在本领域中也称为GRS、ACC1、ACC2、BFL1、ACC-1、ACC-2、HBPA1或BCL2L5。该术语包括未加工的全长BCL2A1，以及在细胞中加工产生的任何形式的BCL2A1。该术语包括BCL2A1的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人BCL2A1的BCL2A1基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：23；GenBank登录号NM_004049)以及人BCL2A1的氨基酸序列(例如，SEQID NO：24；UniProtKB登录号Q16548)以及来自任何其他脊椎动物来源的BCL2A1 DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“CXCL10”是指C-X-C基序趋化因子配体10，并且包括其同源物、突变和同种型。CXCL10在本领域中也称为C7、IFI10、INP10、IP-10、crg-2、mob-1、SCYB10或glP-10。该术语包括未加工的全长CXCL10，以及在细胞中加工产生的任何形式的CXCL10。该术语包括CXCL10的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如，人CXCL10的CXCL10基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：25；GenBank登录号NM_001565)和人CXCL10的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：26；UniProtKB登录号P02778)以及来自任何其他脊椎动物来源的CXCL10 DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。
术语“CCL8”是指C-C基序趋化因子配体8，并且包括其同源物、突变和同种型。CCL8在本领域中也称为HC14、MCP2、MCP-2、SCYA8或SCYA10。该术语包括未加工的全长CCL8，以及在细胞中加工产生的任何形式的CCL8。该术语包括CCL8的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人CCL8的CCL8基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：27；GenBank登录号NM_005623)和人CCL8的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：28；UniProtKB登录号P80075)以及来自任何其他脊椎动物来源的CCL8 DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“GPR84”是指G蛋白偶联受体84，并且包括其同源物、突变和同种型。GPR84在本领域中也称为EX33或GPCR4。该术语包括未加工的全长GPR84，以及在细胞中加工产生的任何形式的GPR84。该术语包括GPR84的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人GPR84的GPR84基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：29；GenBank登录号NM_020370)，以及人GPR84的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：30；UniProtKB登录号Q9NQS5)以及来自任何其他脊椎动物来源的GPR84 DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“C15orf48”是指15号染色体开放阅读框48，并且包括其同源物、突变和同种型。C15orf48在本领域中也称为NMES1或FOAP-11。该术语包括未加工的全长C15orf48，以及在细胞中加工产生的任何形式的C15orf48。该术语包括C15orf48的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人C15orf48的C15orf48基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：31；GenBank登录号NM_197955)和人C15orf48的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：32；UniProtKB登录号Q9C002)以及任何其他脊椎动物来源的C15orf48 DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。
术语“DRAM1”是指DNA损伤调节的自噬调节剂1，并且包括其同源物、突变和同种型。DRAM1在本领域中也称为DRAM。该术语包括未加工的全长DRAM1，以及在细胞中加工产生的任何形式的DRAM1。该术语包括DRAM1的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人DRAM1的DRAM1基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：33；GenBank登录号NM_018370)以及人DRAM1的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：34；UniProtKB登录号Q8N682)以及来自任何其他脊椎动物来源的DRAM1 DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“CXCL11”是指C-X-C基序趋化因子配体11，并且包括其同源物、突变和同种型。CXCL11在本领域中也称为IP9、H174、IP-9、b-R1、I-TAC、SCYB11或SCYB9B。该术语包括未加工的全长CXCL11以及在细胞中加工产生的任何形式的CXCL11。该术语包括CXCL11的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人CXCL11的CXCL11基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：35；GenBank登录号NM_005409)和人CXCL11的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：36；UniProtKB登录号O14625)以及来自任何其他脊椎动物来源的CXCL11DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“TNFAIP6”是指TNFα诱导的蛋白6，并且包括其同源物、突变和同种型。TNFAIP6在本领域中也称为TSG6或TSG-6。该术语包括未加工的全长TNFAIP6，以及在细胞中加工产生的任何形式的TNFAIP6。该术语包括TNFAIP6的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人TNFAIP6的TNFAIP6基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：37；GenBank登录号NM_007115)和人TNFAIP6的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：38；UniProtKB登录号P98066)以及来自任何其他脊椎动物来源的TNFAIP6 DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“CSRNP1”是指富含半胱氨酸和丝氨酸的核蛋白1，并且包括其同源物、突变和同种型。CSRNP1在本领域中也称为AXUD1、URAX1、TAIP-3、CSRNP-1或FAM130B。该术语包括未加工的全长CSRNP1，以及在细胞中加工产生的任何形式的CSRNP1。该术语包括CSRNP1的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人CSRNP1的CSRNP1基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：39；GenBank登录号NM_033027)和人CSRNP1的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：40；UniProtKB登录号Q96S65)以及来自任何其他脊椎动物来源的CSRNP1DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“PLSCR1”是指磷脂加扰酶(scramblase)1，并且包括其同源物、突变和同种型。PLSCR1在本领域中也称为MMTRA1B。该术语包括未加工的全长PLSCR1，以及在细胞中加工导致的任何形式的PLSCR1。该术语包括PLSCR1的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人PLSCR1的PLSCR1基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：41；GenBank登录号NM_021105)和人PLSCR1的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：42；UniProtKB登录号015162)以及来自任何其他脊椎动物来源的PLSCR1 DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“CLEC4E”是指C型凝集素结构域家族4成员E，并且包括其同源物、突变和同种型。CLEC4E在本领域中也称为MINCLE或CLECSF9。该术语包括未加工的全长CLEC4E，以及在细胞中加工产生的任何形式的CLEC4E。该术语包括CLEC4E的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人CLEC4E的CLEC4E基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：43；GenBank登录号NM_014358)和人CLEC4E的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：44；UniProtKB登录号Q9ULY5)以及来自任何其他脊椎动物来源的CLEC4E DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“SAMSN1”是指SAM结构域、SH3结构域和核定位信号1，并且包括其同源物、突变和同种型。SAMSN1在本领域中也称为SLy2、HACS1、NASH1、SASH2或SH3D6B。该术语包括未加工的全长SAMSN1，以及在细胞中加工产生的任何形式的SAMSN1。该术语包括SAMSN1的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人SAMSN1的SAMSN1基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：45；GenBank登录号NM_022136)和人SAMSN1的氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：46；UniProtKB登录号Q9NSI8)以及来自任何其他脊椎动物来源的SAMSN1DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
术语“ACSL1”是指酰基辅酶A合成酶长链家族成员1，并且包括其同源物、突变及其同种型。ACSL1在本领域中也称为Acs、Acas、FACS、Acasl、Facl2或LACS1。该术语包括未加工的全长ACSL1，以及在细胞中加工产生的任何形式的ACSLI。该术语包括ACSL1的天然存在的变体(例如剪接变体或等位基因变体)。该术语包括例如人ACSL1的ACSLI基因、mRNA序列(例如，SEQ ID NO：47；GenBank登录号NM_001286708)和人ACSL1的氨基酸序列(例如，SEQ IDNO：48；UniProtKB登录号P33121)以及来自任何其他脊椎动物来源的ACSL1 DNA、mRNA和氨基酸序列，包括哺乳动物，如灵长动物和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。
如本文所用，术语“患者”、“个体”和“受试者”可互换使用，是指希望治疗的任何单个动物，更优选哺乳动物(包括如非人动物，例如猫、狗、马、兔子、动物园动物、牛、猪、绵羊和非人灵长动物)。在特定的实施方案中，本文的患者是人。该患者可以是患有、怀疑患有、或有风险患有IRAK4介导的疾患或病症(例如，免疫疾患、炎性疾患、纤维化疾患、嗜酸性细胞疾患、感染、疼痛、中枢神经系统疾患、急性肾脏损伤、慢性肾脏疾病、子宫内膜异位症、非酒精性脂肪肝疾病、代谢综合征和肥胖症)。患者可能先前已用IRAK4通路抑制剂、其他药物治疗或之前未进行过治疗。开始治疗时，患者可能对其他使用的药物是“首次用于实验的”，也就是说，患者可能先前在“基线”(即在施用本文治疗方法中的第一剂量的IRAK4通路抑制剂之前的设定时间点，如在治疗开始前筛选受试者的日子)时未接受过除包括“IRAK4通路抑制剂”的疗法以外的其他疗法。通常认为这种“首次用于实验的”患者或受试者是用此类其他药物治疗的候选者。
本文中的术语“抗体”以最广义使用，并且包括各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如，双特异性抗体)和抗体片段，只要它们表现出期望的抗原结合活性。
本文可互换使用的“多核苷酸”或“核酸”是指任何长度的核苷酸的聚合物，包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修饰的核苷酸或碱基和/或其类似物，或可以通过DNA或RNA聚合酶或通过合成反应并入聚合物中的任何底物。因此，例如，本文所定义的多核苷酸包括但不限于单链和双链DNA、包括单链和双链区域的DNA、单链和双链RNA以及包括单链和双链区域的RNA、包含DNA和RNA的杂合分子，其可以是单链的，或更典型地是双链的或包含单链和双链的区域。另外，本文所用的术语“多核苷酸”还指包含RNA或DNA或RNA和DNA两者的三链区域。在这些区域中的链可以来自相同分子或不同分子。该区域可以包括一个或多个分子的全部，但是更典型地仅包括一些分子的区域。三螺旋区的分子之一通常是寡核苷酸。术语“多核苷酸”具体包括cDNA。
多核苷酸可以包含修饰的核苷酸，如甲基化的核苷酸及其类似物。如果存在对核苷酸结构的修饰，其可以在聚合物组装之前或之后进行。核苷酸的序列可以被非核苷酸组分中断。多核苷酸可在合成后被进一步修饰，如通过与标签缀合。其他类型的修饰包括，例如“帽”，用类似物取代一个或多个天然存在的核苷酸、核苷酸间修饰，例如用不带电荷的键(例如，膦酸甲酯、磷酸三酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯等)和带电荷的键(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的那些修饰、含有悬挂部分例如蛋白质(例如，核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚-L-赖氨酸等)的那些修饰、带嵌入剂(如吖啶、补骨脂素等)的那些修饰、含有螯合剂(例如金属、放射性金属、硼、氧化性金属等)的那些修饰、含有烷化剂的那些修饰、具有修饰的键的那些修饰(例如，α异头核酸)以及未修饰形式的多核苷酸。此外，糖中通常存在的任何羟基可以被例如膦酸酯基团、磷酸基团取代，被标准保护基团保护，或者被激活以制备与其他核苷酸的其他键，或者可以与固体或半固体支持物缀合。5'和3'末端OH可以被磷酸化或被胺或1至20个碳原子的有机封端基部分取代。其他羟基也可以被衍生为标准保护基。多核苷酸还可以包含本领域通常已知的核糖或脱氧核糖的类似物形式，包括例如2'-O-甲基-、2'-O-烯丙基-、2'-氟-或2'-叠氮核糖、碳环糖类似物、α-异头糖、差向异构糖，如***糖、木糖或来苏糖、吡喃糖、呋喃糖、景天庚酮糖、无环类似物和无碱基核苷类似物，如甲基核糖苷。一个或多个磷酸二酯键可以被替代的连接基团取代。这些替代的连接基团包括但不限于以下实施方案，其中磷酸酯被P(O)S(“硫代酸酯”)、P(S)S(“二硫代酸酯”)、(O)NR2(“酰胺酸酯”)、P(O)R、P(O)OR'、CO或CH2(“甲缩醛(formacetal)”)取代，其中每个R或R'独立地为H或取代或未取代的烷基(1-20C)，可选地包含醚(-O-)键、芳基、烯基、环烷基、环烯基或芳烷基(araldyl)。并非多核苷酸中的所有键都需要相同。多核苷酸可包含一种或多种不同类型的本文所述的修饰和/或多种相同类型的修饰。先前的描述适用于本文所指的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
如本文所用，“寡核苷酸”通常是指短的单链多核苷酸，其长度(但非必须)小于约250个核苷酸。寡核苷酸可以是合成的。术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”不是互相排斥的。上面对多核苷酸的描述同样且完全适用于寡核苷酸。
术语“引物”是指单链多核苷酸，其能够与核酸杂交并通常通过提供游离的3'-OH基团允许互补核酸聚合。
术语“小分子”是指分子量为约2000道尔顿或更小，优选地为约500道尔顿或更小的任何分子。
术语“检测”包括任何检测手段，包括直接和间接检测。
如本文所用，术语“生物标志物”是指可以在样品中被检测到的指示分子或分子组(例如，预测、诊断和/或预后指示)，包括例如CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3、BCL2A1、CXCL10、CCL8、GPR84、C15orf48、DRAM1、CXCL11、TNFAIP6、CSRNP1、PLSCR1、CLEC4E、SAMSN1和ACSL1。生物标志物可以是预测生物标志物，并用作患有特定疾患或病症(例如IRAK4介导的疾患或病症)的患者对IRAK4通路抑制剂治疗敏感或受益的可能性的指示。生物标志物包括但不限于多核苷酸(例如DNA和/或RNA(例如mRNA))、多核苷酸拷贝数改变(例如DNA拷贝数)、多肽、多肽和多核苷酸修饰(例如翻译后修饰)、碳水化合物和/或基于糖脂分子的标记。在一些实施方案中，生物标志物是基因。
如本文所用，生物标志物的“量”或“水平”是生物样品中可检测的水平。这些可以通过本领域技术人员已知并且在本文中公开的方法来测量。
术语“表达水平”或“表达的水平”通常是指生物样品中生物标志物的量。“表达”通常是指将信息(例如，基因编码和/或外遗传基因信息)转化为细胞中存在并运行的结构的过程。因此，如本文所用，“表达”可以指转录成多核苷酸、翻译成多肽、或者甚至是多核苷酸和/或多肽修饰(例如，多肽的翻译后修饰)。转录的多核苷酸、翻译的多肽或多核苷酸和/或多肽修饰(例如，多肽的翻译后修饰)的片段也应被视为表达，无论它们是源自选择性剪接生成的转录本或降解的转录本、还是源自多肽的翻译后加工(例如，通过蛋白水解)。“表达的基因”包括被转录成mRNA多核苷酸然后被翻译成多肽的那些基因，以及被转录成RNA但未被翻译成多肽的那些基因(例如，转运和核糖体RNA)。
“增加的表达”、“增加的表达水平”、“增加的水平”、“提高的表达”、“提高的表达水平”或“提高的水平”是指相对于对照，个体中生物标志物增加的表达或增加的水平，所述对照如没有疾患或病症(例如IRAK4介导的疾患或病症)的一个或多个个体(例如健康个体)、内部对照(例如管家生物标志物)或来自患者组/群的样品中生物标志物的中位表达水平。
“减小的表达”、“减小的表达水平”、“减小的水平”、“降低的表达”、“降低的表达水平”或“降低的水平”是指相对于对照个体中生物标志物的减小的表达或减小的水平，所述对照如没有疾患或病症(例如IRAK4介导的疾患或病症)的一个或多个个体(例如健康个体)、内部对照(例如管家生物标志物)或来自患者组/群的样品中生物标志物的中位表达水平。在一些实施方案中，降低的表达是几乎没有或没有表达。
术语“管家基因”在本文中是指编码蛋白质的基因或基因组，其活性对于维持细胞功能是必不可少的，并且通常在所有细胞类型中类似地存在。
如本文所用，“扩增”通常是指产生所需序列的多个拷贝的方法。“多个拷贝”是指至少两个拷贝。“拷贝”不一定意味着与模板序列完全序列互补或相同。例如，拷贝可以包括核苷酸类似物，如脱氧肌苷、有意的序列改变(如通过包含可与模板杂交但不互补的序列的引物引入的序列改变)、和/或在扩增过程中发生的序列错误。
如本文所用，“聚合酶链反应”或“PCR”技术通常是指这样的程序，其中微量的核酸、RNA和/或DNA的特定片段如例如美国专利No.4,683,195中所述扩增。通常，需要从感兴趣区域的末端或以外获得序列信息，以便可以设计寡核苷酸引物。这些引物在序列上与待扩增模板的相反链相同或相似。两条引物的5'末端核苷酸可以与扩增材料的末端一致。PCR可用于扩增来自总基因组DNA的特定RNA序列、特定DNA序列、以及从总细胞RNA、噬菌体或质粒序列等转录的cDNA。通常参见Mullis等人,Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.51:263(1987)和Erlich,编辑,PCR Technology,(Stockton Press,NY,1989)。如本文所用，PCR被认为是用于扩增核酸测试样品的核酸聚合酶反应方法中的一种，但不是唯一的实例，所述方法包括使用已知的核酸(DNA或RNA)作为引物并利用核酸聚合酶来扩增或产生特定核酸片段或扩增或产生与特定核酸互补的特定核酸片段。
“定量聚合酶链反应”或“qPCR”是指一种PCR形式，其中在PCR反应的每个步骤中测量PCR产物的量。该技术已经在各种出版物中进行了描述，包括例如Cronin等人,Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004)和Ma等人,Cancer Cell 5:607-616(2004)。
术语“微阵列”是指可杂交的阵列元件，优选多核苷酸探针，在底物上的有序排列。
如本文所用，术语“样品”是指获自或衍生自受试者(例如，感兴趣个体)的组合物，其包含例如基于物理、生化、化学和/或生理特征待表征和/或鉴定的细胞和/或其他分子实体。例如，短语“疾病样品”及其变体是指从感兴趣的受试者获得的任何样品，其预期或已知包含待表征的细胞和/或分子实体。样品包括但不限于组织样品、原代或培养细胞或细胞系、细胞上清液、细胞裂解物、血小板、血清、血浆、玻璃体液、淋巴液、滑液、***、***、羊水、乳、全血、血液来源的细胞、尿液、脑脊液、唾液、痰、泪液、汗液、粘液、肿瘤溶解物和组织培养基、组织提取物(如匀浆组织、肿瘤组织、细胞提取物及其组合)。
“组织样品”或“细胞样品”是指从受试者或个体的组织获得的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是来自新鲜、冷冻和/或保存的器官、组织样品、活检和/或抽吸的实体组织；血液或任何血液成分，如血浆；体液，如脑脊髓液、羊水、腹膜液或间质液；受试者妊娠或发育中任何时期的细胞。组织样品也可以是原代或培养的细胞或细胞系。任选地，组织或细胞样品获自疾病组织/器官。例如，肿瘤样品是从肿瘤或其他癌组织获得的组织样品。
如本文所用，“参考样品”、“参考细胞”、“参考组织”、“对照样品”、“对照细胞”或“对照组织”是指用于比较目的的样品、细胞、组织、标准或水平。在一个实施方案中，参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自相同受试者或个体的身体的健康和/或未患病部位(例如，组织或细胞)。例如，参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织可以是与患病细胞或组织相邻的健康的和/或未患病的细胞或组织。在另一个实施方案中，参考样品获自相同受试者或个体身体的未经处理的组织和/或细胞。在又一个实施方案中，参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自不是受试者或个体的个体的身体的健康和/或未患病的部位(例如，组织或细胞)。在另一个实施方案中，参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自不是受试者或个体的个体的身体的未经处理的组织和/或细胞。
为了本文的目的，组织样品的“部分”是指组织样品的单个部分或片，例如，从组织样品切下的组织或细胞的薄切片。应当理解，可以获取组织样品的多个部分并进行分析，条件是应理解，可以在形态学和分子水平上分析组织样品的相同部分，或者对多肽(例如，通过免疫组织化学)和/或多核苷酸(例如通过原位杂交)进行分析。
“相关联”或“相关的”意味着以任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果进行比较。例如，可以使用第一分析或方案的结果进行第二方案，和/或可以使用第一分析或方案的结果来确定是否应该进行第二分析或方案。关于多肽分析或方案的实施方案，可以使用多肽表达分析或方案的结果来确定是否应进行特定的治疗方案。关于多核苷酸分析或方案的实施方案，可以使用多核苷酸表达分析或方案的结果来确定是否应进行特定的治疗方案。
可以使用表明对个体有益的任何终点来评估“个体反应”或“反应”，包括但不限于(1)在一定程度上抑制IRAK4介导的疾患或病症的进展，包括减慢或完全缓解；(2)在一定程度上缓解与IRAK4介导的疾患或病症相关的一个或多个症状；(6)增加或延长存活，包括总体存活和无进展存活；和/或(7)在治疗后的给定时间点降低死亡率。
术语“存活”是指患者还活着，并且包括总体存活以及无进展存活。
如本文所用，“无进展存活”或“PFS”是指在治疗期间和之后所治疗的疾病(例如IRAK4介导的疾患或病症(例如免疫疾患(例如系统性红斑狼疮(SLE))或炎性疾患(例如哮喘))没有进展或恶化的时间长度。无进展存活可以包括个体经历完全反应或部分反应的时间，以及个体经历稳定疾病的时间。
如本文所用，“总体存活”或“OS”是指在特定时间期间(例如从诊断或治疗时开始的6个月、1年、2年、3年、4年、5年、10年、15年、20年或超过20年)之后一组中可能存活的受试者百分比。
对药物治疗的患者的“有效反应”或患者的“反应性”以及类似措词是指赋予患者的临床或治疗益处，所述患者有风险患有或患有IRAK4介导的疾患或病症，如免疫疾患(例如系统性红斑狼疮(SLE))或炎性疾患(例如哮喘)。在一个实施方案中，表1中列出的一个或多个基因(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)用于鉴定相对于不表达表1中列出的一个或多个基因(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)的患者，预测对药物治疗(例如，包括IRAK4通路抑制剂的治疗)有增加的反应可能性的患者。在一个实施方案中，表1中列出的一个或多个基因(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)用于鉴定相对于不以相同的水平表达表1中列出的一个或多个基因(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)的患者，预测对药物治疗(例如，包括IRAK4通路抑制剂的治疗)有增加的反应可能性的患者。
“疾患”是将从治疗中受益的任何病症，包括但不限于慢性和急性疾患或疾病，包括使哺乳动物易患所讨论的病患的那些病理病症。
术语“药物制剂”是指这样的制剂，其形式允许其中所包含的活性成分的生物活性有效的，并且不包含对施用该制剂的受试者具有不可接受的毒性的其他组分。
“可药用赋形剂”是指药物制剂中除活性成分以外的对受试者无毒的成分。可药用赋形剂包括但不限于缓冲剂、载体、稳定剂或防腐剂。
术语“可药用盐”表示不是生物学上或其他方面不希望的盐。可药用盐包括酸和碱加成盐。短语“可药用”表示该物质或组合物必须与形成制剂的其他成分和/或用其治疗的哺乳动物在化学和/或毒理学上相容。
术语“可药用酸加成盐”是指与无机酸和有机酸形成的那些可药用盐，所述无机酸如盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸、碳酸、磷酸，所述有机酸选自脂族、脂环族、芳族、芳脂族、杂环、羧酸和磺酸类有机酸，如甲酸、乙酸、丙酸、乙醇酸、葡萄糖酸、乳酸、丙酮酸、草酸、苹果酸、马来酸、丙二酸、琥珀酸、富马酸、酒石酸、柠檬酸、天冬氨酸、抗坏血酸、谷氨酸、邻氨基苯甲酸、苯甲酸、肉桂酸、扁桃酸、双羟萘酸、苯乙酸、甲磺酸“甲磺酸酯”、乙磺酸、对甲苯磺酸和水杨酸。
术语“可药用碱加成盐”表示与有机或无机碱形成的那些可药用盐。可接受的无机碱的实例包括钠、钾、铵、钙、镁、铁、锌、铜、锰和铝盐。衍生自可药用有机无毒碱的盐包括伯胺、仲胺和叔胺、取代胺(包括天然存在的取代胺)、环胺的盐和碱性离子交换树脂的盐，如异丙胺、三甲胺、二乙胺、三乙胺、三丙胺、乙醇胺、2-二乙基氨基乙醇、三甲胺、二环己胺、赖氨酸、精氨酸、组氨酸、咖啡因、普鲁卡因、海巴明、胆碱、甜菜碱、乙二胺、葡糖胺、甲基葡糖胺、可可碱、嘌呤、哌嗪、哌啶、N-乙基哌啶和多胺树脂的盐。
如本文所用，“治疗”(及其语法变化，如“治”或“治疗”)是指试图改变被治疗个体的自然病程的临床干预，并且可以用于进行预防或在临床病理过程中进行。理想的治疗效果包括但不限于预防疾病的发生或复发、减轻症状、减低疾患的任何直接或间接病理后果、预防转移、降低疾病进展的速度、缓解或减轻疾病状态、和缓解或预后改善。在一些实施方案中，IRAK4通路抑制剂(例如IRAK4抑制剂、IRAK1抑制剂、toll样受体(TLR)抑制剂、白介素-1受体(IL-1R)抑制剂、白介素-33受体(IL-33R)抑制剂或髓样分化主要反应基因88(MyD88)抑制剂)可用于延迟IRAK4介导的疾患或病症的发展或减缓IRAK4介导的疾患或病症的进展。
如本文所用，“施用”是指给予受试者(例如患者)某一剂量化合物(例如，IRAK4通路抑制剂，如IRAK4抑制剂或拮抗剂)或药物组合物(例如，包含抑制剂或拮抗剂的药物组合物)的方法。可以通过任何合适的方式进行施用，包括肠胃外、肺内和鼻内施用，如果需要用于局部治疗，则可以病灶内施用。肠胃外输注包括例如肌内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。可以通过任何合适的途径进行给药，例如通过注射，如静脉内或皮下注射，部分取决于施用是短暂的还是长期的。本文考虑了各种给药方案，包括但不限于单次或在不同时间点上的多次施用、推注施用和脉冲输注。
本文使用的术语“共同施用”是指两种或更多种治疗剂的施用，其中至少部分施用在时间上重叠。因此，同时施用包括在停止一种或多种其他药剂的施用之后继续一种或多种药剂的施用时的给药方案。
“降低或抑制”是指引起总体下降10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的能力。降低或抑制可以指例如IRAK4通路中蛋白质的活性和/或功能水平(例如，通过IRAK4通路的信号转导水平)的降低或抑制。另外，降低或抑制可以指例如所治疗疾患或病症的症状(例如，IRAK4介导的疾患或病症)的降低或抑制。
术语“包装插页”用于指通常包含在治疗产品的商业包装中的说明书，该说明书包含有关使用此类治疗产品的适应症、用法、剂量、施用、组合治疗、禁忌症和/或警告的信息。
“制品”是任何产品(例如，包装或容器)或试剂盒，其包含至少一种试剂，例如用于治疗疾患或病症(例如，IRAK4介导的疾患或病症)的药物或用于特异性检测本文所述的生物标志物(例如CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3、BCL2A1、CXCL10、CCL8、GPR84、C15orf48、DRAM1、CXCL11、TNFAIP6、CSRNP1、PLSCR1、CLEC4E、SAMSN1和/或ACSL1)的探针。在某些实施方案中，产品或试剂盒作为用于执行本文所述的方法的单元被推广、分配或出售。
本文中使用的短语“基于”是指用于告知诊断决定、治疗决定的关于一种或多种生物标志物的信息、包装插页上提供的信息或营销/推广指南等。
III.方法
A.基于IRAK4通路生物标志物表达水平的诊断方法
本发明提供了诊断方法，其中本文鉴定的IRAK4通路生物标志物用作药效学生物标志物。
因此，本发明的特征在于监测患有白介素-1受体相关激酶4(IRAK4)介导的疾患或病症的患者对包括IRAK4通路抑制剂治疗的反应的诊断方法，该方法包括(a)在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂后的时间点从患者获得的样品中，确定以下表1列出的一个或多个基因的表达水平(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11，12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)，和(b)比较样品中表1列出的一个或多个基因的表达水平与参考表达水平，从而监测患者对包括IRAK4通路抑制剂治疗的反应。
表1.IRAK4通路生物标志物基因
基因
基因
CD38
SOCS3
AQP9
CDKN1A
GADD45B
B4GALT5
IL15RA
TNFAIP3
SOCS1
IL1RN
PFKFB3
BCL2A1
CXCL10
CCL8
GPR84
C15orf48
DRAM1
CXCL11
TNFAIP6
CSRNP1
PLSCR1
CLEC4E
SAMSN1
ACSL1
因此，可以确定在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂后的时间点从患者获得的样品中选自表1列出的基因中的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23个基因的任何组合的表达水平，然后比较该基因组合的表达水平与参考表达水平(例如，参考个体群中相同基因组合的中位表达水平)，从而监测患者对包括IRAK4通路抑制剂治疗的反应。
在某些情况下，方法包括在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂后的时间点从患者获得的样品中确定选自以下的一个或多个基因(例如，一个基因、两个基因、三个基因、四个基因、五个基因、六个基因、七个基因、八个基因、九个基因、十个基因、十一个基因或所有十二个基因)的表达水平：CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3和BCL2A1。例如，在某些情况下，该方法包括在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂后的时间点从患者获得的样品中确定选自以下的一个或多个基因(例如，一个基因、两个基因、三个基因、四个基因、五个基因、六个基因、七个基因、八个基因、九个基因、十个基因或所有十一个基因)的表达水平：CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN和PFKFB3。在特定情况下，该方法包括在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂后的时间点从患者获得的样品中确定选自以下的一个或多个基因(例如，一个基因、两个基因、三个基因、四个基因、五个基因、六个基因、七个基因、八个基因或所有九个基因)的表达水平：CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3和SOCS1。
在一些情况下，相对于参考表达水平，在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂后的时间点从患者获得的样品中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平降低。例如，在某些情况下，相对于参考表达水平(例如，在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂之前从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平)，表1中列出的一个或多个基因的表达水平降低了约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多、或约100％)，例如约1％至约5％、约5％至约10％、约10％至约15％、约15％至约20％、约20％至约25％、约25％至约30％、约30％至约35％、约35％至约40％、约40％至约45％、约45％至约50％、约50％至约55％、约55％至约60％、约60％至约65％、约65％至约70％、约70％至约75％、约75％至约80％、约80％至约85％、约85％至约90％、约90％至约95％、或约95％至约100％。在其他情况下，相对于参考表达水平(例如，在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂之前从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平)，表1中列出的一个或多个基因的表达水平降低了约0.5倍、约0.6倍、约0.7倍、约0.8倍、约0.9倍、约1倍、约1.1倍、约1.2倍、约1.3倍、约1.4倍、约1.5倍、约1.6倍、约1.7倍、约1.8倍、约1.9倍、约2倍、约2.1倍、约2.2倍、约2.3倍、约2.4倍、约2.5倍、约3倍、约3.5倍、约4倍、约4.5倍、约5倍、约5.5倍、约6倍、约6.5倍、约7倍、约7.5倍、约8倍、约8.5倍、约9倍、约9.5倍或约10倍或更大，例如约0.5倍至约0.7倍、约0.7倍至约1倍、约1倍至约1.5倍、约1.5倍至约2倍、约2倍至约3倍、约3倍至约4倍、约4倍至约5、约5倍至约6倍、约6倍至约7倍、约7倍至约8倍、或约9倍至约10倍或更大。
在一些实施方案中，降低或减少的表达是指与参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比，通过如本文所述的标准技术已知的方法检测的生物标志物(例如蛋白质或核酸(例如基因或mRNA))水平总体降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更高中的任意。在某些实施方案中，降低的表达是指样品中生物标志物的表达水平(量)的降低，其中该降低是至少约0.9x、0.8x、0.7x、0.6x、0.5x、0.4x、0.3x、0.2x、0.1x、0.05x或0.01x参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中相应生物标志物的表达水平(量)中的任意。
在任何前述实施方案中，表1列出的一个或多个基因的降低的表达水平可表明患者对IRAK4通路抑制剂反应。因此，在一些情况下，该方法进一步包括向患者至少施用第二剂量(例如，一、二、三、四、五、六、七、八、九或十或更多其他剂量)的IRAK4通路抑制剂，所述患者的表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低。
在任一前述实施方案中，参考表达水平可以是：(i)在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂之前从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平；(ii)在参考群中表1列出的一个或多个基因的表达水平(例如在参考群中表1列出的一个或多个基因的中位表达水平)；(iii)预先指定的表1中列出的一个或多个基因的表达水平；(iv)在先前时间点从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平，其中先前时间点在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂之后；或(v)在随后的时间点从患者获得的样品中表1列出的一个或多个基因的表达水平。
本发明提供了诊断方法，其中本文鉴定的IRAK4通路生物标志物用作预测生物标志物。
因此，本发明的特征在于鉴定可从包含IRAK4通路抑制剂的治疗中受益的患有IRAK4介导的疾患或病症的患者的诊断方法，该方法包括确定从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)的表达水平，其中与参考表达水平相比，样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平增加鉴定该患者为可从包括IRAK4通路抑制剂的治疗受益的患者。
本发明的特征还在于为患有IRAK4介导的疾患或病症的患者选择疗法的诊断方法，该方法包括确定从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)的表达水平，其中与参考表达水平相比，样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平增加鉴定患者为可从包括IRAK4通路抑制剂的治疗受益的患者。
在某些情况下，鉴定患者或为患者选择疗法的方法可以包括确定选自以下的一个或多个基因(例如，一个基因、两个基因、三个基因、四个基因、五个基因、六个基因、七个基因、八个基因、九个基因、十个基因、十一个基因或所有十二个基因)的表达水平：CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3、和BCL2A1。例如，在某些情况下，该方法包括确定选自以下的一个或多个基因(例如，一个基因、两个基因、三个基因、四个基因、五个基因、六个基因、七个基因、八个基因、九个基因、十个基因或所有十一个基因)的表达水平：CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN和PFKFB3。在特定情况下，该方法包括确定选自以下的一个或多个基因(例如，一个基因、两个基因、三个基因、四个基因、五个基因、六个基因、七个基因、八个基因或所有九个基因)的表达水平：CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3和SOCS1。
在某些情况下，相对于参考表达水平，从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17，18、19、20、21、22、23或所有24个基因)的表达水平增加。例如，在某些情况下，相对于参考表达水平(例如，参考群中表1列出的一个或多个基因的表达水平，例如参考群中表1列出的一个或多个基因的中位表达水平)，表1中列出的一个或多个基因的表达水平增加了约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多、或约100％)，例如约1％至约5％、约5％至约10％、约10％至约15％、约15％至约20％、约20％至约25％、约25％至约30％、约30％至约35％、约35％至约40％、约40％至约45％、约45％至约50％、约50％至约55％、约55％至约60％、约60％至约65％、约65％至约70％、约70％至约75％、约75％至约80％、约80％至约85％、约85％至约90％、约90％至约95％、或约95％至约100％。在其他情况下，相对于参考表达水平(例如，参考群中表1列出的一个或多个基因的表达水平，例如参考群中表1列出的一个或多个基因的中位表达水平)，表1中列出的一个或多个基因的表达水平增加约0.5倍、约0.6倍、约0.7倍、约0.8倍、约0.9倍、约1倍、约1.1倍、约1.2倍、约1.3倍、约1.4倍、约1.5倍、约1.6倍、约1.7倍、约1.8倍、约1.9倍、约2倍、约2.1倍、约2.2倍、约2.3倍、约2.4倍、约2.5倍、约3倍、约3.5倍、约4倍、约4.5倍、约5倍、约5.5倍、约6倍、约6.5倍、约7倍、约7.5倍、约8倍、约8.5倍、约9倍、约9.5倍或约10倍或更大，例如，约0.5倍至约0.7倍、约0.7倍至约1倍、约1倍至约1.5倍、约1.5倍至约2倍、约2倍至约3倍、约3倍至约4倍、约4倍至约5倍、约5倍至约6倍、约6倍至约7倍、约7倍至约8倍、或约9倍至约10倍或更大。在一些实施方案中，提高或增加的表达是指与参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比，通过如本文所述的标准本领域已知方法检测到的生物标志物(例如蛋白质或核酸(例如基因或mRNA))水平总体增加约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更高中的任意。
在某些实施方案中，提高或增加的表达是指样品中生物标志物的表达水平(量)的增加，其中该增加是至少约1.5x、1.75x、2x、3x、4x、5x、6x、7x、8x、9x、10x、25x、50x、75x或100x参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中相应生物标志物的表达水平(量)中的任意。在一些实施方案中，提高的表达是指与参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞、对照组织或内部对照(例如，管家基因)相比，总体增加大于约1.5倍、约1.75倍、约2倍、约2.25倍、约2.5倍、约2.75倍、约3.0倍或约3.25倍。在一些情况下，相对于参考表达水平，患者中表1中列出的一个或多个基因的表达水平增加，并且该方法进一步包括向患者施用IRAK4通路抑制剂。
在一些实施方案中，参考表达水平可以是：(i)在参考群中表1中列出的一个或多个基因的表达水平(例如，在参考群中表1中列出的一个或多个基因的中位表达水平)；或(ii)预先指定的表1中列出的一个或多个基因的表达水平。
以上描述的诊断方法提供了方便、有效且潜在地具有成本效益的手段，以获得可用于评估用于治疗患者的适当或有效疗法的数据和信息。例如，从患者获得的样品可以是组织样品、全血样品、血浆样品或血清样品。患者可以在用IRAK4通路抑制剂治疗之前和/或之后取样，并且可以通过各种体外测定法检查样品，以确定患者是否可能从包括IRAK4通路抑制剂(如IRAK4抑制剂、IRAK1抑制剂、toll样受体(TLR)抑制剂、白介素-1受体(IL-1R)抑制剂、白介素-33受体(IL-33R)抑制剂或髓样分化主要反应基因88(MyD88)抑制剂)的治疗中受益。
在另一方面，本发明还提供了用于监测患者对IRAK4通路抑制剂的敏感性的方法。该方法可以以多种测定形式进行，包括检测基因或蛋白质表达水平的测定法和检测适当活性的生化测定法。确定患者样品中表达或存在此类生物标志物可预测患者是否对IRAK4通路抑制剂的生物学效应敏感。相对于参考水平(例如，在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂之前从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平、在测试对IRAK4通路抑制剂敏感性的患者组/群的样品中一个或多个基因的中位表达水平、或者在患有特定的IRAK4介导的疾患或病症的患者组/群的样品中一个或多个基因的中位表达水平)，在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂之后的时间点从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)表达中的差异或改变(即减少)与该患者用IRAK4通路抑制剂的治疗功效相关。
在另一方面，本发明提供了一种优化对患有IRAK4介导的疾患或病症的患者的疗法的治疗功效的方法，包括检测从患者获得的以下样品中表1中列出的一个或多个基因(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)：(i)在向患者施用IRAK4通路抑制剂之前从患者获得的样品；(ii)在向患者施用IRAK4通路信号传导抑制剂之后从患者获得的样品；或(iii)在该治疗之前和之后从患者获得的样品。在向患者施用IRAK4通路抑制剂之前获得的样品中表1中列出的一个或多个基因(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)的表达水平增加，表明该患者可能从包括IRAK4通路抑制剂的治疗中受益，并且可以相应地调整对患有IRAK4介导的疾患或病症的患者的疗法，使其包括IRAK4通路抑制剂。在其他情况下，相对于参考表达水平，在施用IRAK4通路后表1中列出的一个或多个基因(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)的表达水平降低，表明患者对IRAK4通路抑制剂的治疗反应，可以选择继续治疗、相应调整或中止治疗。可以告知患者他们有更高的可能性对包括IRAK4通路抑制剂的治疗反应，和/或为患者提供包括IRAK4通路抑制剂治疗的建议。
在本文所述的任何方法中，可以确定从患者获得的样品中选自表1中列出的基因中的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23个基因的任何组合的表达水平。
在本文所述的诊断方法的一些实施方案中，可以确定表1中列出的两个基因组合的表达水平，如表2中所示的任何示例性组合。
表2 IRAK4生物标志物的示例性两基因组合
在本文所述的诊断方法的一些实施方案中，可以确定表1列出的三个基因组合的表达水平，如表3所示的任何示例性组合。
表3 IRAK4生物标志物的示例性三基因组合
本文描述的诊断方法的一些实施方案中，可以确定表1中列出的四个基因组合的表达水平，如表4中所示的任何示例性组合。
表4 IRAK4生物标志物的示例性四基因组合
在本文描述的诊断方法的一些实施方案中，可以确定表1中列出的五个基因组合的表达水平，如表5中所示的任何示例性组合。
表5 IRAK4生物标志物的示例性五基因组合
在本文描述的诊断方法的一些实施方案中，可以确定表1中列出的六个基因组合的表达水平，如表6中所示的任何示例性组合。
表6 IRAK4生物标志物的示例性六基因组合
在本文描述的诊断方法的一些实施方案中，可以确定表1中列出的七个基因组合的表达水平，如表7中所示的任何示例性组合。
表7 IRAK4生物标志物的示例性七基因组合
在本文描述的诊断方法的一些实施方案中，可以确定表1中列出的八个基因组合的表达水平，如表8中所示的任何示例性组合。
表8 IRAK4生物标志物的示例性八基因组合
可以通过多种方法分析样品中本文所述的IRAK4通路生物标志物的存在和/或表达水平(量)，其中许多方法是本领域已知的并且是技术人员所理解的，包括但不限于，免疫组织化学(“IHC”)、蛋白质印迹分析、免疫沉淀、分子结合测定法、酶联免疫吸附测定法(ELISA)、酶联免疫过滤测定法(ELIFA)、荧光激活的细胞分选(“FACS”)、MassARRAY、蛋白质组学、基于血液的定量测定法(例如血清ELISA)、生化酶活性测定法、原位杂交、荧光原位杂交(FISH)、Southern分析、Northern分析、全基因组测序、聚合酶链反应(PCR)(包括定量PCR)(qPCR))和其他扩增类型检测方法，例如分支的DNA(branched DNA)、SISBA、TMA等)、RNA-Seq、微阵列分析、基因表达谱和/或基因表达的系列分析(“SAGE”)、以及可以通过蛋白质、基因和/或组织阵列分析进行的多种测定法中的任何一种。用于评估基因和基因产物状态的典型方案可见于例如Ausubel等人编辑,1995,Current Protocols In MolecularBiology,第2单元(Northern Blotting)、第4单元(Southern Blotting)、第15单元(免疫印迹)、第18单元(PCR分析)。也可以使用多重免疫测定法，如可从Rules Based Medicine或Meso Scale Discovery(“MSD”)获得的那些免疫测定法。
在任何前述方法中，生物标志物(例如CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3、BCL2A1、CXCL10、CCL8、GPR84、C15orf48、DRAM1、CXCL11、TNFAIP6、CSRNP1、PLSCR1、CLEC4E、SAMSN1和/或ACSL1)的存在和/或表达水平(量)可以是核酸表达水平。在一些情况下，使用qPCR、RT-PCR、RNA-Seq、多重qPCR或RT-qPCR、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术或原位杂交(例如，FISH)来确定核酸表达水平。
在特定情况下，生物标志物(例如CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3、BCL2A1、CXCL10、CCL8、GPR84、C15orf48、DRAM1、CXCL11、TNFAIP6、CSRNP1、PLSCR1、CLEC4E、SAMSN1和/或ACSL1)的表达水平是mRNA表达水平。评估细胞中mRNA的方法是众所周知的，包括例如qPCR、使用二代测序技术的RNA-Seq(例如整个转录组弹枪测序)、使用互补DNA探针的杂交测定法(如使用对一个或多个基因特异的标记的核糖探针的原位杂交、Northern印迹法和相关技术)和各种核酸扩增测定法(如使用对一个或多个基因特异的互补引物的RT-PCR，以及其他扩增型检测方法，例如分支的DNA、SISBA、TMA等)。另外，这样的方法可以包括一个或多个允许测定生物样品中靶mRNA的水平的步骤，例如，通过同时检查“管家”基因(例如肌动蛋白家族成员)的相当的对照mRNA序列的水平。任选地，可以确定扩增的靶cDNA的序列。可选方法包括通过微阵列技术检查或检测组织或细胞样品中的mRNA(如靶mRNA)的方案。使用核酸微阵列测试，将来自测试和对照组织样品的测试和对照mRNA样品逆转录并标记以产生cDNA探针。然后将探针与固定在固体支持物上的核酸阵列杂交。配置阵列，以便使阵列中每个成员的顺序和位置是已知的。例如，可以在固体支持物上排列选择的基因，其表达与增加或降低的包括IRAK4通路抑制剂的治疗的临床益处相关。标记探针与特定阵列成员的杂交表明衍生探针的样品表达该基因。
在任何前述方法中，通过测定生物标志物的蛋白质表达水平来测量生物标志物(例如CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3、BCL2A1、CXCL10、CCL8、GPR84、C15orf48、DRAM1、CXCL11、TNFAIP6、CSRNP1、PLSCR1、CLEC4E、SAMSN1和/或ACSL1)的存在和/或表达水平(量)。在某些情况下，该方法包括在允许结合生物标志物的条件下，使生物样品与特异性结合本文所述的生物标志物的抗体接触，并检测抗体和生物标志物之间是否形成复合物。这样的方法可以是体外或体内方法。可以使用本领域已知的任何测量蛋白质表达水平的方法。例如，在某些情况下，使用选自以下的方法测定生物标志物(例如，CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3、BCL2A1、CXCL10、CCL8、GPR84、C15orf48、DRAM1、CXCL11、TNFAIP6、CSRNP1、PLSCR1、CLEC4E、SAMSN1和/或ACSL1)的蛋白质表达水平：流式细胞术(例如，荧光激活细胞分选(FACSTM))、蛋白印迹、ELISA、ELIFA、免疫沉淀、免疫组织化学(IHC)、免疫荧光、放射免疫测定法、斑点印迹、免疫检测方法、HPLC、表面等离子体共振、光谱、质谱和HPLC。
在某些情况下，参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自相同受试者或个体的单个样品或多个样品的组合，其在一个或多个与获得测试样品不同的时间点上获得。例如，在比获得测试样品更早的时间点从相同受试者或个体获得参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织。如果参考样品在初始诊断IRAK4介导的疾患或病症的过程中获得、而测试样品在后来IRAK4介导的疾患或病症变得更严重时获得，则这些参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织可能是有用的。
在某些实施方案中，参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自不是患者的一个或多个健康个体的多个样品的组合。在某些实施方案中，参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自不是患者或病患的一个或多个患有疾患或病症(例如IRAK4介导的疾患或病症)的个体的多个样品的组合。在某些实施方案中，参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自正常组织的合并RNA样品或来自不是患者的一个或多个个体的合并血浆或血清样品。在某些实施方案中，参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自不是患者的患有IRAK4介导的疾患或病症(例如，炎性疾患或免疫疾患)的一个或多个个体的合并血浆或血清样品的合并RNA样品。在某些实施方案中，参考水平是一组样品中生物标志物表达的中位水平。在某些实施方案中，参考水平是患有特定疾病或病症(例如IRAK4介导的疾患或病症(例如炎性疾患或免疫疾患))的患者群中生物标志物表达的中位水平。
在任何前述诊断方法中，IRAK4介导的疾患或病症选自免疫疾患、炎性疾患、纤维化疾患、嗜酸性细胞疾患、感染、疼痛、中枢神经系统疾患、急性肾脏损伤、慢性肾脏疾患、子宫内膜异位、非酒精性脂肪肝疾病、代谢综合征和肥胖。
在某些情况下，免疫疾患是过敏性气道综合征、过敏性鼻炎、同种异体移植排斥、哮喘、特应性皮炎、接触性皮炎、克罗恩氏病、皮肤狼疮、迟发性超敏反应、糖尿病、痛风、移植物抗宿主病、移植物排斥、炎性肠疾病(IBD)、炎性肌炎(例如，多肌炎、皮肌炎)、狼疮、狼疮肾炎、多发性硬化症、牛皮癣、类风湿性关节炎、硬皮病、败血症、系统性红斑狼疮、全身性硬化或溃疡性结肠炎。
在某些情况下，炎性疾患是急性呼吸窘迫综合征、急性肺损伤、成人斯蒂尔病、过敏性气道综合征、过敏性鼻炎、哮喘、动脉粥样硬化、特应性皮炎、支气管炎、焦磷酸钙沉积病(CPPD)、脑血管意外(例如，中风)、慢性阻塞性肺病(COPD)、接触性皮炎、克罗恩氏病、冷冻蛋白相关的周期性综合征(CAPS)、皮肤狼疮、迟发性超敏反应、痛风、移植物抗宿主病、炎性肠疾病(IBD)、炎性肌炎(例如，多发性肌炎、皮肌炎)、狼疮、狼疮肾炎、类风湿性关节炎、鼻炎、硬皮病、败血症、系统性红斑狼疮、全身发作的幼年特发性关节炎、全身性硬化或溃疡性结肠炎。
在某些情况下，嗜酸性细胞疾患是过敏性鼻炎、哮喘、特应性皮炎、慢性阻塞性肺病(COPD)或接触性皮炎。
在某些情况下，纤维化疾患是动脉粥样硬化、硬皮病或全身性硬化。
在某些情况下，中枢神经系统疾患是脑血管意外(例如中风)、多发性硬化症或神经变性。
在某些情况下，疼痛是神经性疼痛。
在某些情况下，感染是支气管炎或败血症。
在本发明的任何前述诊断方法中，IRAK4通路抑制剂是IRAK4抑制剂、IRAK1抑制剂、toll样受体(TLR)抑制剂、白介素-1受体(IL-1R)抑制剂、白介素-33受体(IL-33R)抑制剂、或髓样分化主要反应基因88(MyD88)抑制剂。在一个实例中，IRAK4通路抑制剂是IRAK4抑制剂。在一些情况下，IRAK4通路抑制剂是TLR抑制剂。在一些情况下，TLR抑制剂是TLR7抑制剂、TLR8抑制剂、TLR9抑制剂、TLR1抑制剂、TLR2抑制剂、TLR4抑制剂、TLR5抑制剂、TLR6抑制剂或TLR10抑制剂。在某些情况下，IRAK4通路抑制剂是TLR7抑制剂、TLR8抑制剂或TLR7和TLR8两者的抑制剂。在某些情况下，IRAK4通路抑制剂是TLR9抑制剂。在任何前述实施方案中，IRAK4通路抑制剂是小分子抑制剂。在其他实施方案中，IRAK4通路抑制剂是蛋白或多蛋白复合物，如抗体。
B.使用IRAK4通路抑制剂的治疗方法
本发明还提供了用于治疗患有IRAK4介导的疾患或病症(例如免疫疾患(例如系统性红斑狼疮(SLE))或炎性疾患(例如哮喘))的患者的方法。因此，在某些情况下，本发明的方法包括向患者施用IRAK4通路抑制剂。以上描述的或本领域已知的任何IRAK4通路抑制剂可以与该方法结合使用。
在一个方面，本发明的特征在于一种使用IRAK4通路抑制剂治疗患有IRAK4介导的疾患或病症的患者的方法，该方法(a)测定在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂后的时间点上从患者获得的样品中，表1中列出的一个或多个基因(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)的表达水平；(b)比较样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平与参考表达水平；和(c)基于相对于参考表达水平表1中列出的一个或多个基因的表达水平降低，向患者至少施用第二剂量的IRAK4通路抑制剂。
在一些情况下，相对于参考表达水平，在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂后的时间点从患者获得的样品中，表1中列出的一个或多个基因的表达水平降低。例如，在某些情况下，相对于参考表达水平(例如，在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂之前从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平)，表1中列出的一个或多个基因的表达水平降低了约1％或更多(例如约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多、或约100％)，例如约1％至约5％、约5％至约10％、约10％至约15％、约15％至约20％、约20％至约25％、约25％至约30％、约30％至约35％、约35％至约40％、约40％至约45％、约45％至约50％、约50％至约55％、约55％至约60％、约60％至约65％、约65％至约70％、约70％至约75％、约75％至约80％、约80％至约85％、约85％至约90％、约90％至约95％、或约95％至约100％。在其他情况下，相对于参考表达水平(例如，在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂之前从患者获得的样品中表1列出的一种或多种基因的表达水平)，表1中列出的一个或多个基因的表达水平降低约0.5倍、约0.6倍、约0.7倍、约0.8倍、约0.9倍、约1倍、约1.1倍、约1.2倍、约1.3倍、约1.4倍、约1.5倍、约1.6倍、约1.7倍、约1.8倍、约1.9倍、约2倍、约2.1倍、约2.2倍、约2.3倍、约2.4倍、约2.5倍、约3倍、约3.5倍、约4倍、约4.5倍、约5倍、约5.5倍、约6倍、约6.5倍、约7倍、约7.5倍、约8倍、约8.5倍、约9倍、约9.5倍或约10倍或更大，例如约0.5倍至约0.7倍、约0.7倍至约1倍、约1倍至约1.5倍、约1.5倍至约2倍、约2倍至约3倍、约3倍至约4倍、约4倍至约5倍、约5倍至约6倍、约6倍至约7倍、约7倍至约8倍、或约9倍至约10倍或更大。
在一些实施方案中，降低或减少的表达是指与参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比，通过如本文所述的标准技术已知方法检测到的生物标志物(例如蛋白质或核酸(例如基因或mRNA))的水平总体降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更高中的任意。在某些实施方案中，降低的表达是指样品中生物标志物的表达水平(量)的降低，其中该降低至少约为0.9x、0.8x、0.7x、0.6x、0.5x、0.4x、0.3x、0.2x、0.1x、0.05x或0.01x参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中相应生物标志物的表达水平(量)中的任意。
在某些情况下，方法包括基于相对于参考表达水平降低的表1中列出的一个或多个基因的表达水平，向已接受第一剂量的IRAK4通路抑制剂的患有IRAK4介导的疾患或病症的患者至少施用第二剂量的IRAK4通路抑制剂。在一些情况下，该方法包括基于相对于参考表达水平降低的选自以下的一个或多个基因(例如，一个基因、两个基因、三个基因、四个基因、五个基因、六个基因、七个基因、八个基因、九个基因、十个基因、十一个基因或所有十二个基因)的表达水平:CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3和BCL2A1，向已接受第一剂量的IRAK4通路抑制剂的患有IRAK4介导的疾患或病症的患者至少施用第二剂量的IRAK4通路抑制剂。在某些情况下，该方法包括基于相对于参考表达水平降低的选自以下的一个或多个基因(例如，一个基因、两个基因、三个基因、四个基因、五个基因、六个基因、七个基因、八个基因、九个基因、十个基因或所有十一个基因)的表达水平:CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN和PFKFB3，向已接受第一剂量的IRAK4通路抑制剂的患有IRAK4介导的疾患或病症的患者至少施用第二剂量的IRAK4通路抑制剂。在其他情况下，该方法包括基于相对于参考表达水平降低的选自以下的一个或多个基因(例如，一个基因、两个基因、三个基因、四个基因、五个基因、六个基因、七个基因、八个基因或所有九个基因)的表达水平:CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3和SOCS1，向已接受第一剂量的IRAK4通路抑制剂的患有IRAK4介导的疾患或病症的患者至少施用第二剂量的IRAK4通路抑制剂。
在任何前述实施方案中，参考表达水平可以是：(i)在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂之前从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平；(ii)在参考群中表1列出的一个或多个基因的表达水平(例如在参考群中表1列出的一个或多个基因的中位表达水平)；(iii)预先指定的表1中列出的一个或多个基因的表达水平；(iv)在先前时间点从患者获得的样品中表1中列出的一个或多个基因的表达水平，其中先前时间点在施用第一剂量的IRAK4通路抑制剂之后；或(v)在随后的时间点从患者获得的样品中表1列出的一个或多个基因的表达水平。
在另一方面，本发明的特征在于治疗患有IRAK4介导的疾患或病症的患者的治疗方法，该方法包括向患者施用IRAK4通路抑制剂，其中在治疗之前已经确定，相对于参考表达水平从患者获得的样品中表1列出的一个或多个基因(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)的表达水平增加。
在某些情况下，已经确定相对于参考表达水平，从患者获得的样品中表1列出的一个或多个基因(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)的表达水平增加。例如，在某些情况下，已确定相对于参考表达水平(例如，参考群中表1中列出的一个或多个基因的表达水平，例如，参考群中表1中列出的一个或多个基因的中位表达水平)，表1中列出的一个或多个基因的表达水平增加了约1％或更多(例如，约2％或更多、约3％或更多、约4％或更多、约5％或更多、约6％或更多、约7％或更多、约8％或更多、约9％或更多、约10％或更多、约11％或更多、约12％或更多、约13％或更多、约14％或更多、约15％或更多、约20％或更多、约25％或更多、约30％或更多、约35％或更多、约40％或更多、约45％或更多、约50％或更多、约55％或更多、约60％或更多、约65％或更多、约70％或更多、约75％或更多、约80％或更多、约85％或更多、约90％或更多、约95％或更多、或约100％)，例如约1％至约5％、约5％至约10％、约10％至约15％、约15％至约20％、约20％至约25％、约25％至约30％、约30％至约35％、约35％至约40％、约40％至约45％、约45％至约50％、约50％至约55％、约55％至约60％、约60％至约65％、约65％至约70％、约70％至约75％、约75％至约80％、约80％至约85％、约85％至约90％、约90％至约95％、或约95％至约100％。在其他情况下，已经确定相对于参考表达水平(例如，参考群中表1中列出的一个或多个基因的表达水平，例如，参考群中表1中列出的一个或多个基因的中位表达水平)，表1中列出的一个或多个基因的表达水平增加约0.5倍、约0.6倍、约0.7倍、约0.8倍、约0.9倍、约1倍、约1.1倍、约1.2倍、约1.3倍、约1.4倍、约1.5倍、约1.6倍、约1.7倍、约1.8倍、约1.9倍、约2倍、约2.1倍、约2.2倍、约2.3倍、约2.4倍、约2.5倍、约3倍、约3.5倍、约4倍、约4.5倍、约5倍、约5.5倍、约6倍、约6.5倍、约7倍、约7.5倍、约8倍、约8.5倍、约9倍、约9.5倍或约10倍或更大，例如，约0.5倍至约0.7倍、约0.7倍至约1倍、约1倍至约1.5倍、约1.5倍至约2倍、约2倍至约3倍、约3倍至约4倍、约4倍至约5倍、约5倍至约6倍、约6倍至约7倍、约7倍至约8倍、或约9倍至约10倍或更大。在一些实施方案中，提高或增加的表达是指与参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比，通过如本文所述的标准技术已知的方法检测到的生物标志物(例如蛋白质或核酸(例如基因或mRNA))水平总体增加约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更高中的任意。
在某些实施方案中，提高或增加的表达是指样品中生物标志物的表达水平(量)的增加，其中该增加是至少约1.5x、1.75x、2x、3x、4x、5x、6x、7x、8x、9x、10x、25x、50x、75x或100x参考水平、参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞或对照组织中相应的生物标志物的表达水平(量)。在一些实施方案中，提高的表达是指与参考样品、参考细胞、参考组织、对照样品、对照细胞、对照组织或内部对照(例如，管家基因)相比，总体增加大于约1.5倍、约1.75倍、约2倍、约2.25倍、约2.5倍、约2.75倍、约3.0倍或约3.25倍。
在某些实施方案中，当相对于参考表达水平表1中列出的一个或多个基因(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)的表达水平增加，将患者鉴定为具有增加的受益于IRAK4通路抑制剂治疗的可能性时，该方法包括向所述患者施用IRAK4通路抑制剂。
在某些情况下，当相对于参考表达水平选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN、PFKFB3和BCL2A1中的一个或多个基因(例如一个基因、两个基因、三个基因、四个基因、五个基因、六个基因、七个基因、八个基因、九个基因、十个基因、十一个基因或所有十二个基因)的表达水平增加，将患者鉴定为具有增加的受益于IRAK4通路抑制剂治疗的可能性时，该方法包括向患有IRAK4介导的疾患或病症的患者施用IRAK4通路抑制剂。在一些情况下，当相对于参考表达水平选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3、SOCS1、IL1RN和PFKFB3中的一个或多个基因(例如一个基因、两个基因、三个基因、四个基因、五个基因、六个基因、七个基因、八个基因、九个基因、十个基因或所有十一个基因)的表达水平增加，将患者鉴定为具有增加的受益于IRAK4通路抑制剂治疗的可能性时，该方法包括向患有IRAK4介导的疾患或病症的患者施用IRAK4通路抑制剂。在一些情况下，当相对于参考表达水平选自CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3和SOCS1中的一个或多个基因(例如一个基因、两个基因、三个基因、四个基因、五个基因、六个基因、七个基因、八个基因或所有九个基因)的表达水平增加，将患者鉴定为具有增加的受益于IRAK4通路抑制剂治疗的可能性时，该方法包括向患有IRAK4介导的疾患或病症的患者施用IRAK4通路抑制剂。
在一些实施方案中，参考表达水平可以是：(i)在参考群中表1中列出的一个或多个基因的表达水平(例如，在参考群中表1中列出的一个或多个基因的中位表达水平)；或(ii)预先指定的表1中列出的一个或多个基因的表达水平。
在上述任何方法中，IRAK4通路抑制剂的施用可具有以下治疗效果(即益处)：由于IRAK4通路抑制剂的治疗、或作为其治疗结果，患者具有细胞或生物学反应、完全反应、部分反应、稳定的疾病(无进展或复发)或后期复发的反应。对于IRAK4介导的特定疾患或病症，根据标准医学实践，通过不同方式评估和评价对IRAK4通路抑制剂治疗的反应性。通常，技术医生将寻求特定疾病体征和症状的减轻。以下是示例。
对于IRAK4介导的狼疮和SLE疾患，SLEDAI评分提供数值量化的疾病活动。SLEDAI是已知与疾病活动相关的24个临床和实验室参数的加权指数，数值范围为0-103。参见Bryan Gescuk&John Davis,“Novel therapeutic agent for systemic lupuserythematosus”in Current Opinion in Rheumatology 2002,14:515-521。据信双链DNA的抗体会引起肾脏损伤(flare)和狼疮的其他表现。可以监测接受抗体治疗的患者的肾脏损伤时间，其指血清肌酐、尿蛋白或尿液中血液的显著可再现增加。替代地或另外，可以监测患者的抗核抗体水平和双链DNA的抗体的水平。
对于IRAK4介导的类风湿关节炎(RA)疾患，治疗进展的测量可能包括肿胀和疼痛的关节数量以及晨僵的长度。通过使用X射线和称为Sharp评分的评分系统，可以检查患者手脚关节的侵蚀程度。另一个评分系统是基于美国风湿病学会评估治疗反应的标准。一种评估RA治疗功效的方法是基于美国风湿病学会(ACR)的标准，除其他之外，该标准测量疼痛和肿胀关节的改善百分比。与未进行抗体治疗(例如治疗前的基线)或使用安慰剂治疗相比，RA患者的评分为例如ACR20(20％改善)。评估抗体治疗功效的其他方法包括X射线评分，如用于对结构损伤(如骨侵蚀和关节间隙变窄)进行评分的Sharp X射线评分。还可以根据在治疗期间或之后的健康评估问卷[HAQ]评分、AIMS评分、SF-36评估对患者的残疾的预防或改善。ACR20标准可包括：疼痛(疼)关节计数和肿胀关节计数改善20％，以及以下5种其他测量中的至少3种改善20％：
1.通过视觉模拟量表(VAS)评估患者的疼痛，
2.患者对疾患活动的整体评估(VAS)，
3.医师对疾患活动的整体评估(VAS)，
4.通过健康评估问卷测量患者自我评估的残疾，和
5.急性期反应物、CRP或ESR。
类似地定义ACR 50和70。优选地，向患者施用一定量的本发明的CD20结合抗体，以有效地获得至少ACR20的评分，优选至少ACR30，更优选至少ACR50，甚至更优选至少ACR70，最优选至少ACR 75及更高。
在一些情况下，与不包含IRAK4通路抑制剂的治疗相比，施用IRAK4通路抑制剂具有将IRAK4介导的疾患或病症的进展降低或延迟1天或更长时间(例如2天、3天、4天、5天、6天、1周、2周、3周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月或1年或以上)的治疗作用。
在任何前述治疗方法中，IRAK4介导的疾患或病症选自免疫疾患、炎性疾患、纤维化疾患、嗜酸性细胞疾患、感染、疼痛、中枢神经系统疾患、急性肾脏损伤、慢性肾脏疾病、子宫内膜异位症、非酒精性脂肪肝疾病、代谢综合征和肥胖。
在某些情况下，免疫疾患是过敏性气道综合征、过敏性鼻炎、同种异体移植排斥、哮喘、特应性皮炎、接触性皮炎、克罗恩氏病、皮肤狼疮、迟发性超敏反应、糖尿病、痛风、移植物抗宿主病、移植物排斥、炎性肠疾病(IBD)、炎性肌炎(例如，多肌炎、皮肌炎)、狼疮、狼疮肾炎、多发性硬化症、牛皮癣、类风湿性关节炎、硬皮病、败血症、系统性红斑狼疮、全身性硬化或溃疡性结肠炎。
在某些情况下，炎性疾患是急性呼吸窘迫综合征、急性肺损伤、成人斯蒂尔病、过敏性气道综合征、过敏性鼻炎、哮喘、动脉粥样硬化、特应性皮炎、支气管炎、焦磷酸钙沉积病(CPPD)、脑血管意外(例如，中风)、慢性阻塞性肺病(COPD)、接触性皮炎、克罗恩氏病、冷冻蛋白相关的周期性综合征(CAPS)、皮肤狼疮、迟发性超敏反应、痛风、移植物抗宿主病、炎性肠疾病(IBD)、炎性肌炎(例如，多发性肌炎、皮肌炎)、狼疮、狼疮肾炎、类风湿性关节炎、鼻炎、硬皮病、败血症、系统性红斑狼疮、全身发作的幼年特发性关节炎、全身性硬化或溃疡性结肠炎。
在某些情况下，嗜酸性细胞疾患是过敏性鼻炎、哮喘、特应性皮炎、慢性阻塞性肺病(COPD)或接触性皮炎。
在某些情况下，纤维化疾患是动脉粥样硬化、硬皮病或全身性硬化。
在某些情况下，中枢神经系统疾患是脑血管意外(例如中风)、多发性硬化症或神经变性。
在某些情况下，疼痛是神经性疼痛。
在某些情况下，感染是支气管炎或败血症。
如上所述，IRAK4通路抑制剂可以是IRAK4抑制剂、IRAK1抑制剂、toll样受体(TLR)抑制剂、白介素-1受体(IL-1R)抑制剂、白介素-33受体(IL-33R)抑制剂、或髓样分化主要反应基因88(MyD88)抑制剂。在一个情况中，IRAK4通路抑制剂是IRAK4抑制剂。在一些情况下，IRAK4通路抑制剂是TLR抑制剂。在一些情况下，TLR抑制剂是TLR7抑制剂、TLR8抑制剂、TLR9抑制剂、TLR1抑制剂、TLR2抑制剂、TLR4抑制剂、TLR5抑制剂、TLR6抑制剂或TLR10抑制剂。在某些情况下，IRAK4通路抑制剂是TLR7抑制剂、TLR8抑制剂或TLR7抑制剂和TLR8抑制剂两者。在某些情况下，IRAK4通路抑制剂是TLR9抑制剂。在任何前述实施方案中，IRAK4通路抑制剂是小分子抑制剂。在其他实施方案中，IRAK4通路抑制剂是蛋白或多蛋白复合物，如抗体。
剂量和施用
一旦鉴定了对IRAK4通路抑制剂治疗反应或敏感的患者，就可以单独或与其他治疗剂组合使用IRAK4通路抑制剂进行治疗。这种治疗可导致，例如，与不包括IRAK4通路抑制剂的治疗相比，降低或延迟IRAK4介导的疾患或病症的进展1天或更长时间(例如2天、3天、4天、5天、6天、1周、2周、3周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月或1年或更长时间)。此外，用IRAK4通路抑制剂和至少一种其他治疗剂的组合进行治疗优选使患者产生附加的、更优选协同的(或大于附加的)治疗益处。优选地，在该组合方法中，至少一次施用IRAK4通路抑制剂和至少一种其他治疗剂之间的时间为约一个月或更短，更优选地为约两周或更短。
本领域技术人员将理解，在诊断患者可能对IRAK4通路抑制剂反应后，将由主治医师决定向其施用治疗有效量的IRAK4通路抑制剂的确切方式。患者对这种IRAK4通路抑制剂的可能反应的诊断以及患者的病症和病史可能影响施用模式，包括剂量、与其他药剂的组合、施用的时机和频率等。因此，即使患有IRAK4介导的疾患或病症(例如，免疫疾患(例如，SLE)或炎性疾患(例如，哮喘))的患者被预测对IRAK4通路抑制剂相对不敏感，但其仍然可能从该IRAK4通路抑制剂治疗中受益，特别是与其他药剂(包括可能改变患者对拮抗剂反应性的药剂)组合使用。
以符合良好医疗规范的方式配制、给药和施用包含IRAK4通路抑制剂的组合物。在此情况下考虑的因素包括所治疗IRAK4介导的疾患或病症的特定类型(例如，免疫疾患、炎性疾患、纤维化疾患、嗜酸性细胞疾患、感染、疼痛、中枢神经系统疾患、急性肾脏损伤、慢性肾脏疾病、子宫内膜异位、非酒精性脂肪肝疾病、代谢综合征和肥胖症)、所治疗的特定哺乳动物(例如人)、个体患者的临床状况、IRAK4介导的疾患或病症的原因、物质递送的部位、可能的副作用、抑制剂的类型、施用方法、施用时间表以及医疗从业人员已知的其他因素。施用的IRAK4通路抑制剂的有效量将由这些考虑因素决定。
具有本领域一般技能的医师可以基于如所使用的IRAK4通路抑制剂的特定类型等因素，容易地确定所需的药物组合物的有效量并开处方。例如，医师可以以低于为获得期望治疗效果所需水平的药物组合物中使用的IRAK4通路抑制剂的剂量开始，并逐渐增加剂量直至获得期望的效果。可以例如通过使用功效的标准测量评估患者的体征和症状来确定抑制剂的给药剂量或治疗方案的有效性。
在某些实例中，IRAK4通路抑制剂可以是施用于受试者的唯一药剂(即，作为单一疗法)。
在某些实例中，用相同的IRAK4通路抑制剂治疗患者至少两次。因此，第一和第二剂量的IRAK4通路抑制剂优选使用相同的IRAK4通路抑制剂(或至少相同种类/类型的IRAK4通路抑制剂，例如，使用相同或不同的IRAK4抑制剂的剂量)，更优选所有剂量的IRAK4通路抑制剂使用相同的IRAK4通路抑制剂，即前两个剂量(优选所有剂量)的治疗均使用一种类/类型的IRAK4通路抑制剂(例如，所有剂量使用相同或不同的IRAK4抑制剂)。
可以根据标准方法使用IRAK4通路抑制剂或其可药用盐进行治疗。
如果提供多个剂量的IRAK4通路抑制剂，则可以使用相同或不同的施用方式来提供每个剂量。在一个实施方案中，通过口服施用每个剂量。在一个实施方案中，通过静脉内施用每个剂量。在另一个实施方案中，通过皮下施用给予每个剂量。在又一个实施方案中，通过静脉内和皮下施用给予所述剂量。
只要医学上指定，就可以继续治疗的持续时间，或者继续治疗的持续时间到获得期望的治疗效果(例如，本文所述的那些)。在某些实施方案中，治疗持续1个月、2个月、4个月、6个月、8个月、10个月、1年、2年、3年、4年、5年、或长达数年时间，直至受试者一生。
但是，如上所述，这些建议的IRAK4通路抑制剂的量经过大量的疗法研判。如上所述，选择合适剂量和时间表的关键因素是获得的结果。在一些实施方案中，在尽可能接近被治疗的IRAK4介导的疾患或病症(例如，免疫疾患、炎性疾患、纤维化疾患、嗜酸性细胞疾患、感染、疼痛、中枢神经系统疾患、急性肾脏损伤、慢性肾脏疾病、子宫内膜异位症、非酒精性脂肪肝疾病、代谢综合征和肥胖症)的首次体征、诊断、表现或发生时施用IRAK4通路抑制剂。
1.施用路径
可以以与良好医疗实践一致的方式配制、给药和施用IRAK4通路抑制剂和任何其他治疗剂。在此情况下考虑的因素包括治疗的特定IRAK4介导的疾患或病症(例如，免疫疾患、炎性疾患、纤维化疾患、嗜酸性细胞疾患、感染、疼痛、中枢神经系统疾患、急性肾脏损伤、慢性肾脏疾病、子宫内膜异位症、非酒精性脂肪肝疾病、代谢综合征和肥胖症)、个体患者的临床状况、疾患原因、物质递送的部位、施用方法、施用时间表以及医疗从业人员已知的其他因素。IRAK4通路抑制剂可选地、但不是必须地、与一种或多种目前用于预防或治疗所治疗的IRAK4介导的疾患或病症(例如免疫疾患、炎性疾患、纤维化疾患、嗜酸性细胞疾患、感染、疼痛、中枢神经系统疾患、急性肾脏损伤、慢性肾脏疾病、子宫内膜异位症、非酒精性脂肪肝疾病、代谢综合征和肥胖症)的药剂一起配制，和/或同时施用。
为了预防或治疗所治疗的IRAK4介导的疾患或病症(例如免疫疾患、炎性疾患、纤维化疾患、嗜酸性细胞疾患、感染、疼痛、中枢神经系统疾患、急性肾脏损伤、慢性肾脏疾病、子宫内膜异位症、非酒精性脂肪肝疾病、代谢综合征和肥胖症)，本文所述的IRAK4通路抑制剂的适当剂量(当单独使用或与一种或多种其他治疗剂组合使用时)将取决于待治疗疾病的类型、疾病的严重程度和病程、IRAK4通路抑制剂是用于预防还是治疗目的施用、既往治疗、患者的临床病史和对IRAK4通路抑制剂的反应、以及主治医师的判断。IRAK4通路抑制剂适合一次或通过一系列治疗施用于患者。对于经过几天或更长时间的重复施用，根据状况，治疗通常持续至出现期望的疾病症状抑制。这样的剂量可以例如每周或每三周间歇地施用(例如，使得患者接受例如约2至约20或例如约6个剂量的IRAK4通路抑制剂)。可以施用较高的初始负荷剂量，然后是一个或多个较低的剂量。然而，其他剂量方案可能是有用的。通过常规技术和测定法很容易监测该疗法的进展。
IRAK4通路抑制剂可以通过任何合适的方式施用，包括口服、肠胃外、局部、皮下、腹膜内、肺内、鼻内和/或病灶内施用。肠胃外输注包括肌内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。还考虑鞘内施用。另外，IRAK4通路抑制剂可以适当地通过脉冲输注施用，例如以递减剂量的IRAK4通路抑制剂施用。
如果提供多个剂量的IRAK4通路抑制剂，则可以使用相同或不同的施用方式来提供每个剂量。在一个实施方案中，通过口服施用每种剂量。例如，可以片剂形式提供一种或多种IRAK4通路抑制剂。例如，可以每天施用两次一种或多种IRAK4通路抑制剂。在另一个实施方案中，每次暴露都是静脉内(i.v.)给予的。在另一个实施方案中，每次暴露通过皮下(s.c.)施用给予。在又一个实施方案中，暴露是通过静脉内和皮下施用二者给予。
2.组合疗法
该方法可以进一步包括将有效量的IRAK4通路抑制剂与其他治疗剂组合施用于患者。在某些情况下，其他治疗剂是另外的IRAK4通路抑制剂。在某些情况下，其他治疗剂是皮质类固醇、非甾体抗炎药(NSAID)、氯喹、羟基氯喹
组合疗法可以提供“协同作用”并证明是“协同的”，即，当活性成分一起使用时所达到的效果大于单独使用化合物所产生的效果之和。当活性成分是以下时可以获得协同作用：(1)在组合的单位剂量制剂中共同配制和施用或同时递送；(2)作为单独的制剂交替或平行递送；或(3)通过其他一些方案。当以交替疗法递送时，当顺序施用或递送化合物时，可获得协同作用。通常，在交替疗法期间，顺序(即，依次)施用有效剂量的每种活性成分，而在组合疗法中，一起施用有效剂量的两种或更多种活性成分。
如上所述，治疗方法可包括施用两种或更多种(例如三种或更多种)IRAK4通路抑制剂的组合。在某些情况下，例如，组合(或者顺序或者伴随地)施用两种IRAK4抑制剂。在一些情况下，例如，组合(或者顺序或者伴随地)施用两种IRAK1抑制剂。在某些情况下，例如，组合(或者顺序或者伴随地)施用两种TLR抑制剂。在某些情况下，例如，组合(或者顺序或者伴随地)施用两种IL-1R抑制剂。在一些情况下，例如，组合(或者顺序或者伴随地)施用两种IL-33R抑制剂。在某些情况下，例如，组合(或者顺序或者伴随地)施用两种MyD88抑制剂。
通常，为了预防或治疗疾病，其他治疗剂的适当剂量将取决于待治疗疾病的类型、抗体类型、疾病的严重程度和病程、IRAK4通路抑制剂和其他药剂(例如皮质类固醇)是用于预防还是治疗目的施用、先前的治疗、患者的临床病史以及对IRAK4通路抑制剂和其他药剂的反应以及主治医师的判断。IRAK4通路抑制剂和其他药剂适当地一次或通过一系列治疗施用于患者。IRAK4通路抑制剂通常如上所述进行施用。根据疾病的类型和严重程度，约20mg/m2至600mg/m2的其他药剂是用于施用于患者的初始候选剂量，例如，无论是通过一次或多次单独施用，或通过连续输注。一种典型的日剂量范围可以为约20mg/m2、85mg/m2、90mg/m2、125mg/m2、200mg/m2、400mg/m2、500mg/m2或更高，这取决于上述因素。对于几天或更长时间的重复施用，根据状况，持续治疗直至出现期望的疾病症状抑制。因此，可以向患者施用约20mg/m2、85mg/m2、90mg/m2、125mg/m2、200mg/m2、400mg/m2、500mg/m2、600mg/m2(或其任何组合)中的一个或多个剂量。这样的剂量可以例如每周或每两周、三周、四周、五或六周间歇地施用(例如，使得患者接受约两个至约二十个剂量，例如约六个剂量的其他药剂)。可以施用较高的初始负荷剂量，然后施用一个或多个较低的剂量。然而，其他剂量方案可能是有用的。通过常规技术和测定法很容易监测该疗法的进展。
在一个实施方案中，患者先前从未施用过任何药物来治疗IRAK4介导的疾患或病症。在另一个实施方案中，患者先前已经施用一种或多种药物来治疗IRAK4介导的疾患或病症。在另一个实施方案中，患者对先前已经施用的治疗IRAK4介导的疾患或病症的一种或多种药物没有反应。受试者可能对其无反应的此类药物包括，例如，皮质类固醇、非类固醇抗炎药(NSAID)、氯喹、羟基氯喹
VI.诊断试剂盒和组合物
本发明进一步提供了诊断试剂盒和组合物，其包含一种或多种试剂(例如，多肽[如抗体或其抗原结合片段]或多核苷酸[如探针或引物])，用于测定患有IRAK4介导的疾患或病症(例如，免疫疾患、炎性疾患、纤维化疾患、嗜酸性细胞疾患、感染、疼痛、中枢神经系统疾患、急性肾脏损伤、慢性肾脏疾病、子宫内膜异位症、非酒精性脂肪肝疾病、代谢综合征和肥胖症)的个体或患者的样品中表1中列出的一个或多个基因(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或所有24个基因)的表达水平。在一些情况下，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平增加，鉴定患有IRAK4介导的疾患或病症的患者可受益于包括IRAK4通路抑制剂的治疗。在其他情况下，表1中列出的一个或多个基因的表达水平相对于参考表达水平降低，鉴定患有IRAK4介导的疾患或病症的患者可受益于包括IRAK4通路抑制剂的治疗。任选地，试剂盒可进一步包括使用该试剂盒来鉴定具有更高的受益于IRAK4通路抑制剂治疗的可能性的患者的说明书。在另一种情况下，如果患者未接受过治疗，并且相对于参考表达水平，表1中列出的一个或多个基因的表达水平增加，试剂盒可进一步包括使用该试剂盒选择用于治疗患有IRAK4介导的疾患或病症的患者的药物的说明书，所述药物例如，包含IRAK4通路抑制剂的药物，所述IRAK4通路抑制剂如IRAK4抑制剂、IRAK1抑制剂、toll样受体(TLR)抑制剂、白介素-1受体(IL-1R)抑制剂、白介素-33受体(IL-33R)抑制剂或髓样分化主要反应基因88(MyD88)抑制剂或其组合。在另一种情况下，如果患者在接受第一剂量的包含IRAK4通路抑制剂的治疗后，相对于参考表达水平，表1中列出的一个或多个基因的表达水平降低，试剂盒可进一步包括使用该试剂盒选择用于治疗患有IRAK4介导的疾患或病症的患者的药物的说明书，所述药物例如包含IRAK4通路抑制剂的药物，如IRAK4抑制剂、IRAK1抑制剂、toll样受体(TLR)抑制剂、白介素-1受体(IL-1R)抑制剂、白介素-33受体(IL-33R)抑制剂或髓样分化主要反应基因88(MyD88)抑制剂或其组合。
本发明的组合物包括能够测定RNASE4和任选地一种或多种其他生物标志物(例如，PSA和/或ANG)的表达水平的多肽(例如，抗体或其抗原结合片段)或多核苷酸(例如，探针和/或引物)。
实施例
提供以下实施例说明但不限制本发明。
实施例1.鉴定IRAK4缺陷患者中对TLR7/8刺激反应受损的基因
为了确定可用作药效和预测生物标志物的候选IRAK4生物标志物基因，首先鉴定了与健康患者相比，携带IRAK4功能丧失突变的患者中，TLR刺激后显示诱导显著降低的基因。为此，进行了GEO登录号GSE25742的微阵列数据集(Alsina等人Nat.Immunol.15:1134-42,2014)的分析，该数据集为来自患有Toll样受体(TLR)和白介素-1受体(IL-1R)(即Toll/IL-1受体(TIR)通路)信号传导缺陷的患者的全血的全基因组微阵列表达谱的研究。对微阵列数据集的分析确定了285个基因，这些基因显示与健康患者对照相比，来自IRAK4缺陷患者的全血中TLR7/8刺激剂R848(瑞喹莫德)的诱导显著降低(伪发现率(FDR)<0.05；倍数变化(FC)>1.25)(图1A-1B和6)。尽管发现健康患者对照响应R848上调I型干扰素(IFN)，但是IRAK4-/-患者未能响应R848上调I型IFN和其他TLR调控的基因(图2)。
实施例2鉴定系统性红斑狼疮(SLE)患者中上调的基因
进行了两个肾外系统性红斑狼疮(SLE)患者组的分析，以确定实施例1中鉴定的285个差异表达基因中的哪些也在SLE患者中显示提高的基线表达。分析了外周血单个核细胞(PBMC)微阵列数据(密歇根大学组；SLE(n＝61)，健康对照(HC)(n＝20))和全血RNA测序数据(ROSE II期研究(Kalunian等人Ann.Rheum.Dis.75:196-202,2016)；SLE(n＝103),HC(n＝19))的两个数据集在SLE和HC组之间的差异表达。随后在这两个数据集中，鉴定出与健康患者相比，285个差异表达的基因中在SLE患者中有44个基因上调(p<0.05；FC>1.2)(图3和6)。
实施例3.使用IRAK4激酶缺失小鼠表征IRAK4通路基因。
产生IRAK4激酶缺失(KD)小鼠以进一步表征实施例2中鉴定的推定IRAK4通路基因。使用小鼠IRAK4互补DNA的5'端作为探针，从129/J小鼠基因组文库中分离出IRAK4的基因组DNA。使用标准克隆技术，设计靶向构建体以破坏ATG起始密码子，并用PGK-Neo盒替代IRAK4基因的外显子2的一部分。将靶向质粒线性化并转染至129/Ola背景的胚胎干细胞(E14克隆)中。将同源重组的胚胎干细胞系注射到3.5天的C57BL/6J(B6)胚泡中，随后将其转移到CD1假孕寄养母体内以产生嵌合后代。将雄性嵌合体与C57BL/6J雌性回交以产生刺鼠后代。通过Southern印迹分析验证了F1杂合子代中的种系传递，并杂交F1杂合子以获得纯合突变小鼠。
收获来自IRAK4 KD小鼠(n＝5)和野生型对照小鼠(n＝5)的骨髓源巨噬细胞(BMDM)，并用TLR7激动剂R848体外刺激四个小时。通过Fluidigm进行基因表达分析，分析来自IRAK4 KD和野生型对照小鼠的未刺激和刺激的BMDM中推定IRAK4通路生物标志物基因。基因表达分析表明，与IRAK4野生型小鼠相比，来自IRAK4 KD小鼠的BMDM中，推定IRAK4通路生物标志物基因显示TLR7诱导的受损诱导(图4和6)。来自人IRAK4-/-患者全血的类似基因表达分析表明，某些推定IRAK4通路生物标志物基因也显示出TLR7诱导的受损诱导(图6)。特别地，发现总共44个推定IRAK通路生物标志物基因中的24个基因在人和小鼠中均显示出TLR7诱导的受损诱导。这些24个IRAK4通路生物标志物列于表1中，并在本文中进行了描述，突出了人与小鼠系统之间的共性。
其他基因表达分析表明，与IRAK4野生型小鼠相比，IFNβ1在IRAK4 KD小鼠中显示出较低的R848诱导(p＝0.02)(图5)。与IRAK4野生型小鼠相比，在IRAK4 KD小鼠中其他IFN调控基因(OAS1A、OAS2、IFIT1、IFNA5和MX1)显示出相同趋势，即R848诱导的降低(p<0.15)(图7A-7E)。
实施例4.IRAK4小分子抑制剂对IRAK4通路生物标志物基因的剂量依赖性下调。
随后在人全血样品中，基于R848的诱导性和两种不同IRAK4小分子抑制剂测试化合物G03074387(G-4387)(BMS)和G03081557(G-1557)(Pfizer)的剂量依赖性下调，表征了24个IRAK4通路生物标志物基因。来自三名健康供体的全血样品被分为六组：(1)未刺激；(2)用1.25μM(～440ng/ml)的R848刺激；(3)G-4387在IC50(268nM)下持续1小时+R848刺激3.5小时；(4)G-4387在IC70(553nM)下持续1小时+R848刺激3.5小时；(5)G-4387在IC90(1.75μM)下持续1小时+R848刺激3.5小时；(6)G-4387在5μM下持续1小时+R848刺激3.5小时。使用来自相同三个健康供体的全血样品对G-1557进行了类似的实验，不同的是，第(3)-(6)组中G-1557的剂量如下：(3)G-1557，IC50(13nM)；(4)G-1557，IC70(25nM)；(5)G-1557，IC90(70nM)；和(6)G-1557，200nM。对于这两个实验，随后都提取了RNA，并通过qPCR测量了24个IRAK4通路生物标志物基因的转录水平。这些实验的结果示于图8和9中。在24个IRAK4通路生物标志物基因中，全血中的9个基因(CD38、SOCS3、AQP9、CDKN1A、GADD45B、B4GALT5、IL15RA、TNFAIP3和SOCS1)被G-4387和G-1557剂量依赖性下调(图9)。此外，在上述实施例2中描述的ROSE II期和密歇根大学SLE组中，针对这些IRAK4生物标志物基因，在SLE患者血液中观察到相互关联的特征(图10A-10B)。还在IRAK4通路生物标志物基因和干扰素标记度量(ISM)和抗dsDNA状态以及BAFF、抗RNP抗体和抗Sm抗体水平之间观察到显著的正相关。在两个SLE数据集中的IRAK4生物标志物基因和补体成分3(C3)和补体成分4(C4)的水平之间观察到显著的负相关性。
总之，数据表明这些IRAK4调控基因的协调表达反映了TLR和其他上游刺激，因此反映了IRAK通路活性，从而支持已鉴定的IRAK4通路生物标志物基因作为药效学和预测诊断的生物标志物，用于可能对包括IRAK4通路抑制剂(例如IRAK4小分子抑制剂)的治疗反应的患者。
其他实施方案
尽管出于清楚理解的目的已经通过说明和实施例的方式详细地描述了前述发明，但是这些描述和实施例不应解释为限制本发明的范围。本文引用的所有专利和科学文献的公开内容明确地全文引入作为参考。
