发明内容

本发明的目的就是针对上述现有技术的缺陷，提供一种用长穗偃麦草特异序列开发的寡聚核苷酸探针。

本发明的目的是这样实现的：一种利用长穗偃麦草特异序列开发的寡聚核苷酸探针，其特征是，包括以下步骤：

(1)提取长穗偃麦草DNA，得到DNA样品，将DNA样品完成整个文库制备，完成整个文库制备的步骤包括酶切、加测序接头、纯化、PCR扩增；构建好的文库通过Illumina测序仪进行测序，将获取的原始序列进行质控分析，获得高质量序列；

(2)使用Seqtk程序对获得的高质量序列进行随机选择，所选的序列为测序深度的0.25倍；

(3)利用RepeatExplorer网站中RepeatExplorer Utilities工具下的Preprocessing of FASTQ paired-end reads程序对所选的序列进行整合，具体参数为Read sampling:No，Quality cutoff:10，Percent above cutoff:95，Trim reads:Yes，Start position:1，End position:101，Rename reads:Yes；

(4)利用RepeatExplorer网站中RepeatExplorer2工具下的RepeatExplorer2clustering程序对整合过的数据进行分析；

(5)下载分析后的数据，打开文件中tarean报告，选择报告中Putativesatellites(high confidence)列出的序列：

AGCCTAGTTCAAATAATTTTACACTAGAGTTGAACTAGCTCTAT，将该序列合成，并在序列的5’端进行TAMRA修饰，获得Oligo-pTh1探针。

还包括步骤(6)：利用荧光原位杂交技术对合成的Oligo-pTh1探针进行验证，观察该Oligo-pTh1探针在中国春-长穗偃麦草附加系中的信号位置，并根据荧光信号绘制染色体FISH核型图。

当前用于小麦近缘野生种染色体鉴定的方法主要是FISH，即将重复序列制作成探针，利用其在不同染色体上出现的位置情况绘制成FISH核型来识别染色体身份。但目前常用的探针序列并非来自于长穗偃麦草，分析的染色体核型比较局限。因此，针对已有的技术缺点，本发明提供一种利用长穗偃麦草特异序列开发的寡聚核苷酸探针，该探针可以用来丰富染色体的FISH核型图，有利于准确鉴定远缘杂交种质中结构变异的染色体。

本发明方法先进科学，通过本发明，一种利用长穗偃麦草特异序列开发的寡聚核苷酸探针，利用测序技术获取长穗偃麦草基因组序列信息并进行质控分析，得到高质量长穗偃麦草基因组序列；使用Seqtk程序对获得的高质量序列进行随机选择，所选的序列为测序深度的0.25倍；利用RepeatExplorer网站中RepeatExplorer Utilities工具下的Preprocessing of FASTQ paired-end reads程序对所选的序列进行整合；整合后的序列利用RepeatExplorer网站中RepeatExplorer2工具下的RepeatExplorer2 clustering程序进行分析；下载分析后的数据，打开文件中tarean报告，选择报告中Putative satellites(high confidence)列出的序列：AGCCTAGTTCAAATAATTTTACACTAGAGTTGAACTAGCTCTAT，将该序列提交公司合成，并在序列的5’端进行TAMRA修饰，获得Oligo-pTh1探针；利用该探针在中国春-长穗偃麦草附加系中进行验证，观察荧光信号的位置，并绘制染色体FISH核型图。

本发明的有益效果为：获得Oligo-pTh1探针序列来自于长穗偃麦草，不同于目前常用的探针，杂交信号稳定，位置丰富，与其他探针组合使用可以丰富染色体FISH核型图，不仅可以准确识别染色体的身份，还能为物种间的进化关系提供一种鉴定方式。

综上，本发明公开了一种利用长穗偃麦草特异序列开发的寡聚核苷酸探针，主要是通过基因组测序的手段，获取长穗偃麦草中高度重复的序列，设计成寡核酸探针Oligo-pTh1，实验中可与其他探针组合使用，可以丰富染色体FISH核型图，用于识别远缘杂交种质中染色体的结构变异。

小麦远缘杂交材料常常作为中间种质在小麦育种中得以应用，Oligo-pTh1探针可以辅助鉴定出小麦背景中的染色体的结构变异，能够显著提外源染色体的鉴定准确性，便于培育出优质的小麦新种质。